genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16623670--16623707	6	6.8	6	82	17	55	86	0	13	0	0.56
16624913--16625310	88	4.5	88	89	0	562	28	26	23	21	1.99
16624971--16625195	44	5.1	44	64	4	139	25	26	25	22	2.00
16625324--16625612	44	6.7	44	82	7	351	26	18	26	28	1.98
16625324--16625612	126	2.2	130	89	6	437	26	18	26	28	1.98
16631932--16631956	12	2.1	12	100	0	50	60	24	0	16	1.36
16638483--16638507	9	2.8	9	100	0	50	60	32	0	8	1.26
16648193--16648222	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
16648708--16648885	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
16648709--16648864	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
16648705--16648885	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
16653855--16653895	19	2.2	19	95	0	73	31	19	9	39	1.84
16672153--16672324	79	2.2	79	82	3	211	24	21	28	25	1.99
16672100--16672322	40	5.6	39	80	8	200	25	21	27	25	1.99
16672180--16672357	79	2.2	80	81	2	198	24	21	28	24	1.99
16698609--16698738	25	5.2	25	74	6	84	30	25	16	27	1.97
16698557--16698764	50	4.1	50	75	4	159	31	26	15	26	1.96
16698706--16698755	26	2.0	25	88	4	73	34	28	12	26	1.92
16704105--16704303	48	4.1	48	84	0	236	24	28	19	27	1.99
16713283--16713314	9	3.4	10	87	12	50	34	0	0	65	0.93
16713611--16713653	23	1.9	22	86	13	61	34	2	0	62	1.08
16715767--16715831	9	7.1	9	70	16	53	70	3	3	23	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16715766--16715818	20	2.7	19	77	5	61	73	1	3	20	1.08
16715793--16715851	16	3.5	17	77	17	61	67	5	0	27	1.11
16715987--16716039	27	2.0	27	85	7	72	41	1	0	56	1.10
16715982--16716041	27	2.2	26	80	11	66	38	1	0	60	1.07
16716095--16716153	25	2.3	26	83	13	79	44	1	1	52	1.21
16716293--16716351	19	3.1	19	78	7	57	38	0	0	61	0.96
16717580--16717648	19	3.5	19	71	15	52	40	1	15	42	1.56
16719454--16719492	6	6.5	6	87	0	51	15	23	0	61	1.33
16723678--16723937	30	8.7	30	91	0	405	30	8	18	42	1.80
16733448--16733613	86	1.9	86	86	3	235	46	5	10	37	1.61
16773887--16773912	6	4.3	6	100	0	52	0	0	15	84	0.62
16776642--16776688	19	2.4	20	79	10	53	51	6	0	42	1.27
16778216--16778505	123	2.3	123	94	1	492	28	16	22	32	1.96
16781690--16782195	29	17.3	29	87	4	721	30	0	26	42	1.60
16782424--16782468	21	2.1	21	83	0	54	2	20	35	42	1.64
16784520--16784585	30	2.2	30	88	2	96	65	0	1	33	1.02
16784619--16784669	22	2.3	21	87	9	75	35	0	33	31	1.58
16784622--16784720	52	1.9	52	93	0	171	39	0	31	29	1.57
16784674--16784720	22	2.1	22	92	0	76	42	0	31	25	1.55
16787420--16787462	22	2.0	22	90	4	70	58	2	0	39	1.11
16787423--16787470	22	2.2	22	81	7	53	56	4	0	39	1.19
16789645--16789720	20	3.9	20	70	20	54	64	0	2	32	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16789723--16789752	9	3.3	9	90	0	51	50	0	0	50	1.00
16790466--16790529	30	2.1	30	83	11	78	4	25	1	68	1.17
16802851--16802911	23	2.5	24	81	10	70	32	19	22	24	1.97
16807192--16807231	20	2.0	20	90	0	62	42	22	27	7	1.80
16807525--16807557	10	3.3	10	95	0	57	51	0	0	48	1.00
16819999--16820149	75	2.0	75	89	0	230	33	15	9	41	1.80
16822048--16822407	186	2.0	183	92	3	598	31	7	17	43	1.76
16826900--16827057	44	3.6	43	81	5	165	27	22	20	29	1.98
16826804--16827398	327	1.8	329	81	7	760	28	20	19	30	1.97
16827505--16827605	44	2.3	44	82	3	114	32	24	17	24	1.97
16827538--16827841	85	3.5	86	73	12	301	28	22	19	29	1.98
16827620--16827911	96	3.2	94	69	12	271	27	23	17	31	1.97
16827538--16827911	181	2.1	181	90	1	588	28	23	18	29	1.98
16828895--16828981	45	1.9	45	85	0	120	48	10	13	27	1.75
16829261--16829330	5	14.8	5	75	15	51	1	15	1	81	0.84
16829266--16829323	13	4.4	13	86	4	89	1	17	0	81	0.78
16829266--16829324	27	2.2	27	90	0	91	1	16	0	81	0.78
16829269--16829325	22	2.6	22	78	15	64	1	17	0	80	0.79
16829261--16829333	18	3.9	18	80	5	58	1	15	1	82	0.81
16836650--16836674	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
16837269--16837309	15	2.7	15	88	3	55	31	2	0	65	1.05
16839700--16839738	19	2.1	19	85	0	51	33	23	10	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16841479--16841632	45	3.4	44	78	8	132	33	22	15	28	1.94
16842071--16842252	50	3.7	48	84	5	233	19	33	20	26	1.96
16842071--16842252	97	1.8	99	88	3	278	19	33	20	26	1.96
16845391--16845538	43	3.5	43	84	3	174	29	16	26	28	1.97
16852095--16852127	16	2.1	16	88	11	50	54	6	6	33	1.50
16853582--16853640	23	2.7	20	76	12	55	69	1	6	22	1.21
16855417--16855776	44	8.1	44	78	1	333	28	18	18	35	1.94
16855426--16855780	89	4.0	89	82	3	403	28	18	17	35	1.94
16860622--16860677	7	8.0	7	91	0	94	3	25	0	71	1.02
16864811--16864868	30	1.9	30	83	13	75	43	6	24	25	1.79
16865079--16865110	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
16865205--16865453	50	4.8	50	87	3	300	26	23	28	20	1.99
16865205--16865454	100	2.4	103	86	5	344	26	23	28	21	1.99
16871829--16871887	29	2.0	29	93	0	100	32	23	16	27	1.96
16871977--16872056	31	2.6	31	75	11	76	53	0	0	46	1.00
16872010--16872034	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
16872778--16872803	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
16873110--16873148	20	2.0	20	85	10	53	33	0	2	64	1.08
16875337--16875376	18	2.2	18	86	8	55	72	2	2	22	1.09
16875334--16875485	77	1.9	79	84	7	202	46	9	9	34	1.69
16875934--16876001	16	4.2	16	96	0	127	26	0	35	38	1.57
16876237--16876271	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16876124--16876408	157	1.8	157	95	0	516	43	2	5	48	1.40
16876374--16876408	15	2.2	16	90	5	54	51	0	0	48	1.00
16879619--16879673	28	2.0	28	92	0	92	63	5	29	1	1.27
16884307--16884348	19	2.1	21	86	8	61	47	23	7	21	1.75
16889281--16889309	13	2.2	13	100	0	58	41	41	0	17	1.49
16889450--16889517	9	7.4	9	83	9	84	22	10	26	41	1.85
16890371--16890401	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
16890454--16890490	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
16896101--16896138	13	2.9	13	92	0	67	28	15	18	36	1.92
16896616--16896655	13	3.1	13	77	0	53	35	27	7	30	1.84
16896962--16896990	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
16907271--16907455	96	1.9	97	88	9	279	43	14	22	19	1.87
16908966--16910480	353	4.3	353	87	1	2067	38	10	18	32	1.85
16912691--16912759	19	3.7	18	81	11	75	49	0	24	26	1.51
16915725--16915794	25	2.8	25	97	0	131	22	21	21	34	1.97
16917608--16917761	49	3.1	49	63	23	124	40	22	5	31	1.76
16924752--16924869	41	2.8	42	80	11	118	29	25	16	27	1.97
16925762--16925817	28	2.0	28	86	6	78	48	3	1	46	1.30
16927856--16927882	9	3.0	9	100	0	54	22	11	0	66	1.22
16931768--16931810	18	2.5	17	82	14	52	44	0	4	51	1.22
16931780--16931820	18	2.3	18	87	8	57	43	0	2	53	1.13
16931901--16931934	9	3.8	9	84	0	50	23	2	17	55	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16931902--16931939	18	2.1	18	90	0	58	28	2	13	55	1.51
16935041--16935081	17	2.3	18	84	12	50	43	0	12	43	1.41
16935039--16935082	18	2.3	18	84	11	52	40	0	15	43	1.47
16936918--16937119	43	4.7	44	67	14	114	24	21	23	30	1.99
16936822--16937129	130	2.4	129	92	1	503	23	20	22	33	1.97
16937149--16937329	50	3.7	50	73	2	143	24	23	22	29	1.99
16937137--16937410	99	2.8	99	83	2	327	25	22	21	30	1.99
16937688--16937793	44	2.5	44	77	8	105	33	18	16	31	1.93
16937831--16938212	129	3.0	128	91	1	613	25	23	19	30	1.98
16939449--16939483	15	2.4	15	95	4	63	11	11	0	77	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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