genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28832298--28832375	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
28836560--28836613	24	2.1	24	83	10	63	66	1	1	29	1.12
28836826--28836869	23	1.9	23	90	0	70	45	25	2	27	1.65
28839103--28839146	21	2.1	21	100	0	88	38	9	13	38	1.77
28839102--28839157	21	2.8	19	87	10	85	37	8	16	37	1.80
28839115--28839180	23	3.0	23	82	12	77	37	6	16	39	1.74
28839146--28839190	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
28839351--28839389	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
28839583--28839616	12	2.8	12	90	4	50	23	0	0	76	0.79
28846166--28846993	88	9.4	88	90	0	1179	28	27	23	20	1.99
28847007--28847338	44	7.7	44	80	8	369	28	18	24	28	1.98
28847007--28847338	126	2.6	131	86	5	462	28	18	24	28	1.98
28848181--28848224	21	2.1	21	100	0	88	38	9	13	38	1.77
28848180--28848235	21	2.8	19	87	10	85	37	8	16	37	1.80
28848193--28848258	23	3.0	23	82	12	77	37	6	16	39	1.74
28848224--28848268	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
28848668--28848705	15	2.6	15	83	4	51	26	0	2	71	1.00
28848670--28848720	12	4.0	12	82	12	50	29	0	1	68	1.00
28848684--28848721	12	2.8	13	88	11	51	34	0	0	65	0.93
28848685--28848721	15	2.7	15	88	12	53	35	0	0	64	0.94
28852867--28852907	20	2.0	19	86	13	55	43	0	2	53	1.13
28853581--28853619	18	2.2	18	86	9	53	56	2	2	38	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28853714--28853746	13	2.4	14	85	10	50	45	0	0	54	0.99
28856308--28856399	27	3.5	27	85	8	145	46	3	5	44	1.42
28857382--28857521	40	3.5	40	75	6	133	27	16	24	32	1.96
28859719--28859779	29	2.0	31	87	6	90	19	45	0	34	1.51
28869806--28870506	40	17.6	40	95	1	1214	27	19	28	24	1.99
28872456--28872514	26	2.3	26	96	0	109	57	8	15	18	1.63
28872456--28872527	26	2.7	26	91	4	99	58	9	15	16	1.63
28875502--28875750	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
28875501--28875750	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
28875845--28875876	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
28883094--28883335	50	4.7	50	85	6	263	20	28	23	26	1.99
28883086--28883335	100	2.4	104	86	6	330	21	28	23	26	1.99
28883430--28883461	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
28883673--28883730	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
28894104--28894704	47	12.4	47	90	5	878	33	8	28	29	1.87
28894106--28894704	98	6.2	96	88	5	859	33	8	28	30	1.87
28894104--28894704	145	4.1	145	93	3	1003	33	8	28	29	1.87
28894823--28894901	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
28902250--28902337	4	20.5	4	72	23	56	20	3	3	72	1.13
28902250--28902310	13	4.8	12	77	15	52	21	3	0	75	0.94
28902250--28902334	18	4.8	17	77	12	75	20	3	3	72	1.14
28902254--28902334	23	3.5	22	80	14	74	19	3	3	72	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28902250--28902337	13	6.8	13	71	21	51	20	3	3	72	1.13
28902450--28902474	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
28902563--28902647	36	2.4	36	89	0	134	24	10	9	55	1.63
28904260--28904301	19	2.2	20	79	12	52	21	0	4	73	1.01
28904258--28904324	32	2.1	32	83	5	82	14	0	7	77	0.97
28904244--28904324	25	3.1	24	80	18	83	13	1	7	77	1.03
28906750--28906857	36	3.0	36	90	2	182	32	12	12	41	1.82
28909836--28909920	42	2.0	42	100	0	170	32	16	14	36	1.89
28918009--28918129	46	2.6	46	84	3	136	34	4	22	38	1.76
28918009--28918218	23	9.1	23	71	7	122	31	4	22	40	1.75
28918053--28918135	24	3.5	24	78	4	73	36	4	20	38	1.74
28918825--28918864	16	2.5	16	95	0	71	30	27	7	35	1.84
28920893--28920952	18	3.1	19	71	15	59	38	3	0	58	1.15
28920895--28920955	20	3.0	20	70	15	63	36	3	0	60	1.13
28921891--28921929	20	2.0	20	94	0	69	43	15	12	28	1.83
28923383--28923430	18	2.7	18	80	0	51	29	10	12	47	1.74
28923653--28923683	14	2.2	14	94	0	53	35	6	16	41	1.74
28923675--28923712	19	2.0	19	100	0	76	26	10	15	47	1.78
28925176--28925443	43	6.3	43	83	2	281	25	24	19	30	1.98
28925218--28925443	86	2.6	86	87	2	312	24	25	18	31	1.97
28930327--28930703	9	44.4	9	69	18	202	29	1	18	50	1.54
28930327--28930538	16	13.0	16	76	15	156	32	1	18	47	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28930327--28930638	25	12.4	25	75	13	277	30	1	18	49	1.56
28930521--28930724	96	2.1	96	99	0	399	26	0	17	54	1.49
28930681--28930739	24	2.5	24	86	5	77	27	3	18	50	1.62
28930327--28930724	12	31.8	12	62	20	72	29	1	18	50	1.54
28930521--28930780	96	2.7	95	88	5	276	27	1	18	52	1.56
28930865--28930903	19	2.0	20	95	5	62	56	0	0	43	0.99
28930927--28931007	9	9.0	9	71	15	60	37	2	16	44	1.61
28930931--28931009	16	5.0	16	75	14	74	37	2	15	44	1.60
28931781--28931810	14	2.1	14	100	0	60	53	6	13	26	1.64
28934122--28934158	18	2.0	20	89	10	60	16	2	5	75	1.10
28934746--28934787	14	2.9	14	82	6	57	35	35	0	28	1.58
28934742--28934788	15	3.3	15	82	8	62	40	31	0	27	1.57
28935037--28935085	14	3.4	14	88	5	71	34	40	0	24	1.55
28935044--28935086	15	2.9	15	89	3	61	37	39	0	23	1.55
28934579--28935188	298	2.0	296	87	6	865	41	27	1	29	1.67
28935336--28935414	41	1.9	41	92	0	131	30	35	15	18	1.92
28935425--28935845	114	3.7	114	89	2	605	26	24	21	27	1.99
28935759--28935918	72	2.2	73	87	3	225	28	24	18	28	1.98
28935632--28936096	186	2.5	186	87	1	657	26	24	21	27	1.99
28935824--28936031	113	1.8	114	87	1	310	28	24	18	28	1.98
28935934--28936096	72	2.3	72	86	4	213	25	23	23	27	2.00
28937856--28937897	4	10.8	4	94	5	77	0	21	26	52	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28938357--28938395	16	2.3	18	86	8	55	20	10	20	48	1.78
28940515--28940566	26	2.0	26	88	0	77	26	11	9	51	1.68
28949008--28949034	14	1.9	14	100	0	54	51	7	0	40	1.30
28957110--28957136	8	3.4	8	100	0	54	51	11	0	37	1.37
28962069--28962145	13	5.9	13	79	0	73	29	20	27	22	1.98
28969199--28969290	22	3.8	23	72	14	78	42	0	0	57	0.98
28969179--28969234	22	2.4	23	85	11	71	39	1	1	57	1.20
28969211--28969244	12	2.6	13	90	9	52	44	0	0	55	0.99
28975407--28975460	21	2.6	21	87	0	81	35	3	0	61	1.14
28975476--28975519	18	2.4	19	92	3	72	43	4	0	52	1.22
28975502--28975557	25	2.3	23	76	8	58	39	12	0	48	1.41
28975615--28975655	15	2.7	15	88	7	57	58	2	0	39	1.11
28975636--28975677	22	2.0	20	86	9	57	57	0	0	42	0.99
28975672--28975713	21	1.9	21	85	9	57	61	2	0	35	1.09
28975804--28975862	15	3.9	14	77	20	57	79	1	3	15	0.94
28975817--28975878	24	2.6	22	80	16	70	77	3	4	14	1.06
28975827--28975886	24	2.5	24	76	15	70	78	3	5	13	1.04
28975801--28975878	15	5.1	15	74	10	52	78	2	3	15	1.01
28977427--28977497	31	2.3	31	85	0	88	66	5	0	28	1.14
28983736--28983799	17	3.6	17	74	15	67	26	12	14	46	1.79
28983728--28983798	36	2.0	36	97	0	133	25	12	15	46	1.81
28983727--28983783	19	3.1	19	71	19	66	26	12	15	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28984003--28984098	48	2.0	48	84	8	124	19	14	23	41	1.89
28985091--28985119	6	5.0	6	91	8	51	17	82	0	0	0.66
28985094--28985122	11	2.6	11	100	0	58	17	82	0	0	0.66
28988387--28988426	20	2.0	20	85	0	53	37	2	2	57	1.26
28988693--28988743	25	2.0	25	100	0	102	33	15	15	35	1.90
28988697--28988752	25	2.2	25	87	6	78	33	12	16	37	1.86
28993868--28994089	40	5.6	40	82	8	249	24	20	28	26	1.99
28993865--28994089	80	2.8	80	82	7	280	24	20	28	27	1.99
29014368--29014414	11	4.3	11	76	7	51	63	2	27	6	1.30
29014367--29014400	11	2.9	12	82	8	52	64	2	26	5	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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