genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  198  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63242824--63243018	105	1.9	101	82	8	241	32	16	24	27	1.96
63242824--63243070	105	2.4	101	76	11	236	33	17	23	25	1.96
63244112--63244163	21	2.5	20	74	20	52	59	3	1	34	1.27
63244399--63244432	14	2.3	15	90	5	52	67	2	2	26	1.19
63248277--63248336	30	2.0	31	83	3	77	18	40	0	41	1.50
63248965--63248990	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
63257272--63257296	9	2.8	9	100	0	50	60	0	32	8	1.26
63261070--63261102	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
63265045--63265077	14	2.4	14	100	0	66	24	24	0	51	1.48
63267443--63267514	23	3.0	23	77	6	63	33	22	27	16	1.95
63267483--63267539	26	2.2	26	87	6	80	38	22	22	15	1.92
63271660--63271776	47	2.5	47	83	1	119	27	16	27	29	1.97
63276346--63276388	22	2.0	22	86	13	63	48	18	0	32	1.48
63277061--63277159	48	2.0	50	94	3	175	53	12	12	22	1.70
63288139--63288233	20	4.8	20	81	12	99	64	1	2	32	1.12
63288151--63288223	10	7.5	10	73	15	64	64	1	1	32	1.11
63288179--63288231	28	1.9	27	85	11	72	64	0	3	32	1.12
63288151--63288237	9	9.2	9	73	21	72	64	1	2	32	1.13
63288178--63288237	28	2.2	26	80	16	68	63	0	3	33	1.11
63288139--63288326	37	4.8	37	74	15	130	58	1	3	36	1.23
63288139--63288326	20	9.6	19	72	13	98	58	1	3	36	1.23
63288338--63288364	12	2.2	12	100	0	54	0	40	0	59	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63288516--63288706	20	9.6	21	71	18	67	38	7	1	51	1.40
63288579--63288636	10	5.7	10	75	17	57	37	3	3	55	1.34
63288518--63288636	20	5.8	20	74	9	82	35	7	2	54	1.42
63288687--63288761	20	3.8	19	77	6	62	32	4	2	61	1.28
63288728--63288767	19	2.1	19	85	0	53	37	2	0	60	1.11
63290270--63290307	17	2.2	17	82	13	51	52	0	2	44	1.14
63290270--63290315	19	2.6	18	82	6	58	56	0	2	41	1.11
63290270--63290322	19	2.9	18	75	8	54	54	0	1	43	1.11
63291150--63291175	5	5.2	5	100	0	52	23	0	57	19	1.40
63294151--63294225	36	2.0	38	90	10	120	33	1	0	65	1.01
63294181--63294236	26	2.2	26	86	0	76	26	1	5	66	1.23
63299316--63299384	27	2.5	28	83	6	88	24	4	20	50	1.66
63300774--63300813	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
63305067--63305105	20	2.0	19	85	5	51	51	23	15	10	1.73
63313463--63313490	14	2.0	14	100	0	56	42	7	14	35	1.73
63316919--63316959	20	2.0	20	90	0	64	48	7	7	36	1.59
63317273--63317318	24	2.0	23	86	4	65	26	2	6	65	1.28
63317574--63317609	13	2.8	13	86	0	54	47	0	2	50	1.15
63317603--63317636	16	2.1	17	94	5	61	41	8	0	50	1.34
63320320--63320903	31	18.8	31	72	12	358	33	7	15	42	1.75
63320320--63320879	61	9.0	62	72	10	381	33	7	15	42	1.76
63320374--63320457	41	2.0	41	83	0	105	33	3	19	44	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63320425--63320903	92	5.2	91	83	2	577	33	7	15	43	1.75
63323688--63323735	25	2.0	24	87	4	69	37	20	25	16	1.93
63323683--63323773	24	3.7	24	77	11	78	39	17	25	17	1.91
63323968--63324023	24	2.3	24	100	0	112	30	12	37	19	1.89
63331056--63331335	46	6.6	45	82	16	348	34	15	21	28	1.94
63331056--63331210	82	1.9	82	94	0	274	35	14	21	27	1.93
63331175--63331334	82	2.0	79	93	3	275	34	16	20	28	1.94
63331056--63331335	128	2.2	127	94	1	483	34	15	21	28	1.94
63331563--63331603	20	2.0	20	86	9	57	29	17	12	41	1.85
63331939--63331983	8	5.9	8	89	10	76	46	0	0	53	1.00
63332110--63332141	17	1.9	17	93	6	57	43	0	3	53	1.16
63332157--63332196	17	2.3	17	86	4	53	72	7	15	5	1.24
63333122--63333209	39	2.2	40	84	6	108	35	5	19	39	1.75
63333384--63333466	39	2.2	39	86	6	116	19	20	21	38	1.93
63333384--63333559	45	4.2	39	73	17	140	19	19	21	38	1.93
63333411--63333561	45	3.3	45	86	0	212	19	19	21	39	1.92
63345175--63345199	12	2.1	12	100	0	50	60	8	0	32	1.26
63348230--63348362	50	2.6	51	83	1	169	36	10	28	24	1.89
63351477--63351521	21	2.1	22	84	12	58	66	8	11	13	1.44
63353824--63353997	35	5.2	33	80	8	199	43	17	21	18	1.88
63353827--63353997	67	2.6	67	93	0	279	42	17	21	18	1.89
63354261--63354294	14	2.5	13	86	9	50	44	8	2	44	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63355345--63355389	20	2.1	22	84	12	58	13	11	8	66	1.44
63359938--63359974	17	2.2	17	95	0	65	81	0	18	0	0.70
63362710--63362763	28	2.0	27	85	3	72	35	7	29	27	1.84
63365939--63365982	23	1.9	23	81	9	54	59	15	18	6	1.58
63369127--63369160	15	2.3	15	100	0	68	14	11	14	58	1.63
63373681--63374026	96	3.6	96	82	3	417	21	18	20	39	1.92
63373852--63374431	177	3.3	177	91	2	923	20	17	20	40	1.91
63374128--63374283	81	1.9	81	84	5	208	20	17	20	41	1.90
63374305--63374466	81	2.0	82	86	3	229	21	19	17	40	1.91
63374404--63374540	69	2.0	69	86	2	195	19	19	18	42	1.90
63374473--63374675	96	2.1	96	85	3	266	21	19	17	41	1.90
63387250--63387545	159	1.9	158	84	2	405	32	20	18	28	1.96
63392423--63392468	24	1.9	24	90	0	74	36	15	8	39	1.78
63392546--63392591	23	2.0	22	87	4	65	23	10	10	54	1.67
63392571--63392615	12	3.7	12	79	5	54	31	13	6	48	1.68
63395233--63395271	19	2.1	19	100	0	78	30	30	10	28	1.90
63395453--63395503	24	2.1	24	85	7	68	62	7	0	29	1.23
63396429--63396909	114	4.2	114	89	0	694	23	20	26	28	1.99
63397455--63397488	14	2.3	15	90	5	52	38	0	26	35	1.57
63397511--63397561	7	7.6	7	78	8	52	19	0	45	35	1.51
63397602--63397775	96	1.8	96	91	3	262	27	1	31	40	1.66
63397674--63397841	89	2.0	84	81	10	198	26	2	28	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63397890--63397943	21	2.6	21	72	21	51	50	1	5	42	1.36
63397938--63397981	9	4.7	9	79	20	54	59	0	9	31	1.29
63397933--63397967	17	2.1	16	94	5	61	57	0	8	34	1.29
63397933--63397966	8	4.2	8	89	10	52	55	0	8	35	1.31
63397955--63397979	12	2.1	12	100	0	50	68	0	8	24	1.16
63397946--63397990	20	2.3	20	88	3	65	64	2	6	26	1.30
63397984--63398033	18	2.7	19	79	20	61	76	4	2	18	1.04
63398018--63398117	48	2.1	49	83	3	123	43	9	3	45	1.51
63399412--63399494	6	13.8	6	100	0	166	33	0	15	50	1.45
63400317--63400360	18	2.4	19	84	3	54	13	15	13	56	1.67
63400364--63400412	7	6.9	7	88	4	71	4	14	10	71	1.27
63400362--63400412	21	2.4	22	96	3	95	5	13	9	70	1.32
63400915--63400975	13	4.7	13	77	4	61	42	8	3	45	1.50
63401116--63401435	9	35.8	9	71	15	202	45	20	2	32	1.64
63401182--63401305	34	3.6	33	75	16	85	47	22	2	27	1.64
63401259--63401378	53	2.3	51	80	10	143	46	21	1	30	1.61
63401342--63401446	25	4.2	26	78	9	119	44	18	2	34	1.64
63401182--63401446	52	5.1	50	73	13	153	45	20	2	31	1.65
63404520--63404588	21	3.3	21	89	0	75	33	18	43	4	1.70
63404993--63405199	42	5.0	41	85	4	252	26	18	19	35	1.95
63409295--63409352	30	1.9	30	96	0	107	41	1	10	46	1.48
63409768--63409805	17	2.3	17	95	4	69	63	2	0	34	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63414744--63414812	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
63414744--63414812	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
63415045--63415079	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
63415060--63415247	61	3.1	61	70	14	199	48	6	1	42	1.39
63415028--63415320	120	2.4	121	94	1	518	49	5	2	42	1.37
63415144--63415195	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
63415261--63415543	91	3.0	93	84	7	317	48	3	3	44	1.35
63415361--63415421	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
63415368--63415511	47	3.1	46	65	23	113	49	4	2	44	1.33
63415336--63415543	91	2.3	90	90	4	326	46	4	3	45	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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