genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.112.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  112  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35922078--35922125	3	15.7	3	78	4	51	37	6	0	56	1.25
35922447--35922730	150	1.9	147	83	9	371	42	4	9	42	1.58
35922717--35922768	21	2.6	20	71	17	54	42	3	13	40	1.62
35926409--35926558	27	5.6	27	85	3	185	30	28	16	24	1.96
35934425--35934493	27	2.6	27	85	0	93	31	28	14	24	1.95
35941871--35941937	20	3.3	20	72	0	71	35	13	28	22	1.92
35944352--35944529	27	6.6	27	80	8	173	29	28	15	26	1.96
35951788--35951854	20	3.3	20	72	0	71	35	13	28	22	1.92
35968816--35968866	3	16.7	3	79	4	57	37	5	0	56	1.23
35969191--35969471	147	1.9	145	84	9	374	43	4	9	41	1.59
35969459--35969510	21	2.6	20	71	17	54	42	3	13	40	1.62
35977452--35977518	20	3.3	20	72	0	71	34	14	28	22	1.94
35984115--35984181	20	3.3	20	72	0	71	35	13	28	22	1.92
35994636--35994858	79	2.8	78	82	9	265	25	27	21	25	2.00
35994636--35994858	39	5.6	39	84	8	242	25	27	21	25	2.00
36000893--36000959	20	3.3	20	72	0	71	35	13	28	22	1.92
36028984--36029161	27	6.6	27	82	3	205	29	28	15	26	1.96
36037264--36037352	37	2.4	37	98	0	169	37	14	22	25	1.92
36038293--36038330	17	2.3	17	86	13	53	23	13	7	55	1.64
36044666--36044877	51	4.2	51	78	6	241	31	26	16	25	1.96
36044668--36044852	101	1.8	101	89	3	291	30	26	17	25	1.97
36044666--36044877	101	2.1	101	84	4	275	31	26	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36046780--36046844	33	2.0	33	90	0	103	26	13	33	26	1.94
36054231--36054323	45	2.1	45	93	0	159	35	15	24	24	1.94
36066059--36066247	40	4.8	40	84	0	245	35	19	26	18	1.95
36067444--36067516	38	1.9	38	86	5	103	41	21	15	21	1.90
36068377--36068407	12	2.6	12	100	0	62	61	9	6	22	1.50
36068580--36068718	43	3.2	43	89	1	197	33	20	20	26	1.97
36072427--36072590	43	3.9	41	79	7	168	35	21	20	21	1.96
36076870--36076911	20	2.1	20	90	0	66	19	19	21	40	1.92
36086041--36086118	25	3.1	25	86	0	120	30	23	19	26	1.98
36087493--36087530	13	2.9	13	88	0	58	47	13	13	26	1.79
36095744--36096024	27	10.4	27	76	5	203	35	20	20	23	1.96
36095745--36096062	54	5.9	54	77	4	221	35	21	19	23	1.96
36095763--36096063	81	3.7	81	80	4	304	36	21	19	22	1.95
36095770--36096077	27	11.5	27	73	10	154	37	19	20	22	1.94
36095874--36096063	80	2.3	80	86	5	265	37	21	18	23	1.94
36096057--36096109	26	2.0	27	88	3	81	24	16	22	35	1.95
36096099--36096156	24	2.4	24	91	0	89	20	8	22	48	1.77
36096327--36096513	32	5.9	32	82	1	187	21	18	19	39	1.92
36096329--36096513	95	1.9	95	82	4	230	21	18	20	39	1.93
36099813--36099920	29	3.8	28	80	6	108	21	16	22	39	1.92
36106024--36106105	29	2.8	29	75	5	85	31	14	12	41	1.83
36110619--36110890	40	6.8	40	92	0	445	22	27	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36119788--36119995	104	2.0	104	96	0	380	25	25	15	33	1.95
36126355--36126505	28	5.4	28	91	1	214	25	12	28	33	1.92
36134731--36134884	28	5.5	28	96	0	265	25	12	28	33	1.92
36134706--36134884	56	3.2	55	91	1	268	25	12	28	33	1.92
36141368--36141520	53	2.9	53	91	0	252	24	23	9	43	1.83
36144637--36144689	25	2.1	25	96	0	97	26	3	16	52	1.61
36150246--36150274	6	4.8	6	100	0	58	13	51	0	34	1.42
36150795--36150837	17	2.5	18	77	11	54	39	4	0	55	1.20
36150824--36150850	13	2.1	13	100	0	54	37	0	0	62	0.95
36157499--36157704	60	3.4	60	76	6	159	36	13	22	27	1.91
36157812--36157873	28	2.2	29	82	5	83	32	17	19	30	1.95
36167168--36167198	16	1.9	16	100	0	62	12	19	22	45	1.84
36167775--36167891	31	3.7	31	75	5	92	46	18	19	15	1.84
36169057--36169102	14	3.3	14	80	17	51	30	0	17	52	1.45
36174605--36174712	54	2.0	54	83	3	137	19	33	20	26	1.96
36177051--36177230	90	2.0	90	95	0	324	35	16	14	33	1.89
36180589--36180758	40	4.3	39	86	5	198	25	21	27	25	1.99
36189380--36189427	23	2.1	23	100	0	96	43	0	12	43	1.42
36196290--36196368	37	2.1	37	88	4	115	25	29	20	25	1.99
36196487--36196653	47	3.6	47	90	0	244	26	31	9	32	1.88
36196631--36196674	21	2.1	21	100	0	88	34	27	4	34	1.77
36196584--36196721	68	2.0	68	95	0	249	31	29	7	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36196538--36196757	115	1.9	115	95	0	395	30	29	8	31	1.87
36196652--36196757	47	2.3	47	93	0	176	31	29	8	31	1.87
36200209--36200404	40	4.9	40	83	2	189	26	27	22	23	2.00
36200714--36200786	29	2.5	29	88	4	103	26	31	16	26	1.96
36200768--36200870	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
36202736--36202814	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
36202933--36203248	47	6.6	47	92	1	470	27	30	9	32	1.88
36210975--36211080	10	10.3	11	71	21	63	65	0	0	33	1.00
36210986--36211080	10	9.5	10	73	17	65	65	0	0	34	0.93
36211000--36211063	9	6.8	9	78	15	67	67	0	0	32	0.91
36211001--36211077	20	3.9	20	86	6	95	66	0	0	33	0.92
36210991--36211062	29	2.4	30	86	13	96	68	0	0	31	0.90
36210986--36211069	9	8.4	11	72	25	55	65	0	0	34	0.93
36211011--36211077	20	3.3	21	87	10	104	65	0	0	34	0.93
36211134--36211221	10	9.4	9	73	16	56	55	9	0	35	1.32
36211140--36211216	29	2.7	29	89	2	111	59	9	0	31	1.28
36211153--36211209	19	2.9	19	89	2	87	61	7	0	31	1.23
36211690--36211770	9	8.6	9	80	10	65	33	0	4	61	1.17
36211728--36211770	19	2.2	20	88	8	63	27	0	6	65	1.18
36217913--36236273	616	30.0	617	96	1	33706	28	12	24	34	1.92
36241901--36242054	28	5.5	28	97	0	274	33	28	11	25	1.91
36245141--36245192	18	2.7	18	76	8	50	38	21	15	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36246328--36246366	17	2.4	17	91	4	62	84	0	12	2	0.72
36248630--36248721	46	2.0	46	100	0	184	39	8	17	34	1.80
36252973--36253076	25	4.2	25	69	9	68	25	15	19	39	1.91
36257154--36257286	27	4.9	27	83	3	142	27	20	16	35	1.94
36257185--36257285	27	3.7	28	89	4	143	26	20	15	36	1.93
36263449--36263497	24	2.0	25	88	4	73	30	14	6	48	1.67
36278489--36278528	19	2.1	19	100	0	80	37	20	5	37	1.74
36288183--36288225	22	2.0	21	86	4	59	51	27	0	20	1.48
36289053--36289107	9	6.6	9	75	12	55	27	0	0	72	0.85
36289066--36289130	23	2.8	24	81	9	80	30	0	0	69	0.89
36289066--36289122	23	2.4	25	88	5	82	33	0	0	66	0.92
36289040--36289147	32	3.5	30	76	14	105	30	0	1	67	1.01
36289055--36289155	32	3.2	33	75	19	106	32	0	0	66	0.99
36289646--36290518	114	7.7	113	82	5	971	35	19	20	24	1.95
36289684--36290519	342	2.4	341	85	4	1098	35	19	20	24	1.96
36290501--36290538	20	1.9	20	88	0	58	44	21	7	26	1.79
36291253--36291296	21	2.1	21	83	8	54	25	0	36	38	1.56
36291931--36292310	191	2.0	191	91	1	618	17	24	12	44	1.84
36293264--36293311	25	1.9	25	91	8	80	37	0	4	58	1.18
36293619--36293666	25	1.9	25	86	0	69	47	18	0	33	1.49
36293589--36293987	9	45.7	9	74	9	290	47	17	1	33	1.58
36293973--36294028	26	2.2	26	96	0	103	39	12	7	41	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36309966--36310016	21	2.4	21	96	0	93	31	17	45	5	1.72
36309987--36310117	66	2.0	65	81	11	151	39	19	28	12	1.88
36310398--36310557	42	3.9	42	85	7	211	32	21	21	23	1.98
36310404--36310557	82	1.9	84	86	5	224	31	22	22	24	1.98
36313237--36313307	20	3.7	20	79	9	76	57	0	4	38	1.18
36313258--36313304	17	2.5	19	83	10	62	57	0	6	36	1.24
36321026--36321077	9	5.8	9	95	0	86	23	9	28	38	1.86
36321238--36321262	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
36324914--36324965	22	2.2	23	80	19	63	48	1	1	48	1.24
36332980--36333041	30	2.1	30	100	0	124	46	20	0	32	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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