genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15880510--15880732	40	5.6	40	83	6	249	25	21	26	26	2.00
15887196--15887315	56	2.1	56	96	0	222	45	8	23	23	1.80
15888433--15888657	40	5.7	40	84	5	278	25	21	27	25	2.00
15891717--15891756	20	2.0	20	90	0	62	35	25	10	30	1.88
15893735--15893812	36	2.1	37	88	2	113	24	32	19	24	1.98
15893931--15894429	47	10.4	47	91	3	667	28	29	9	32	1.89
15894275--15894415	49	3.0	45	91	6	201	29	29	8	31	1.87
15901233--15901402	57	3.0	57	79	5	175	27	27	15	30	1.96
15901310--15901395	29	3.0	28	73	9	84	26	25	15	32	1.95
15903160--15903292	57	2.3	57	81	0	158	27	24	18	30	1.98
15909309--15909383	27	2.9	26	73	13	73	34	14	6	44	1.72
15912729--15912975	126	2.0	127	91	0	406	32	19	14	33	1.92
15916562--15916627	25	2.6	25	90	0	96	31	24	18	25	1.97
15922137--15922225	43	2.1	43	89	0	133	15	16	22	44	1.86
15924651--15924695	23	2.0	23	82	8	56	53	2	13	31	1.52
15932258--15932283	13	2.0	13	100	0	52	15	23	30	30	1.95
15934946--15934975	15	1.9	16	93	6	53	53	20	0	26	1.46
15951327--15951569	124	2.0	124	92	1	407	27	11	21	39	1.89
15957621--15957648	13	2.2	13	100	0	56	64	0	14	21	1.29
15958779--15958891	24	4.7	23	78	7	118	17	26	20	35	1.95
15958779--15958890	48	2.3	48	96	0	206	17	26	20	34	1.95
15961144--15961187	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15961232--15961325	45	2.1	45	93	0	161	30	24	19	25	1.98
15974515--15974548	17	2.1	17	88	5	52	52	0	0	47	1.00
15980409--15980447	20	2.0	20	90	5	62	58	0	2	38	1.12
15980837--15980905	35	2.0	33	88	5	102	34	7	10	47	1.65
15993462--15993631	40	4.3	40	89	0	225	25	28	22	24	1.99
16001370--16001539	40	4.3	40	90	0	234	25	28	21	24	1.99
16001368--16001592	80	2.8	79	81	4	211	25	28	21	24	1.99
16003329--16003379	12	4.2	12	80	5	59	17	23	5	52	1.66
16003628--16003870	50	4.7	50	86	3	288	23	30	20	25	1.99
16012909--16012968	31	1.9	32	83	16	81	26	10	11	51	1.69
16014635--16014717	37	2.3	37	97	2	159	38	18	14	28	1.90
16016000--16016053	8	6.6	8	80	4	54	70	0	1	27	0.98
16026176--16026211	17	2.1	17	90	10	56	38	44	0	16	1.48
16033041--16033141	20	5.1	19	83	9	114	39	22	23	13	1.90
16033021--16033129	40	2.7	40	89	0	155	39	22	25	12	1.89
16034930--16035014	44	1.9	44	82	0	107	35	25	20	18	1.95
16043944--16043995	27	1.9	27	96	0	95	38	15	28	17	1.90
16044101--16044164	18	3.6	18	76	16	60	23	29	15	31	1.95
16061352--16061530	28	6.4	28	91	1	270	26	11	27	34	1.91
16065816--16065857	20	2.2	19	87	12	59	19	21	4	54	1.62
16091141--16091195	28	2.0	27	82	10	67	38	25	0	36	1.56
16095401--16095756	29	12.4	29	73	4	142	25	14	23	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16095585--16095725	58	2.4	58	89	0	201	25	12	23	38	1.90
16095585--16095750	58	2.9	58	82	9	196	27	13	22	37	1.91
16100148--16100190	22	2.0	22	90	0	68	16	13	32	37	1.88
16100158--16100280	38	3.2	38	83	2	140	19	17	29	33	1.95
16100220--16100304	38	2.2	38	82	0	98	20	16	27	36	1.93
16106434--16106666	49	4.6	49	84	8	254	26	19	30	24	1.98
16106434--16106699	50	5.3	50	83	7	227	27	20	28	23	1.99
16123344--16123535	49	3.9	49	78	2	170	34	22	15	27	1.95
16125530--16125605	27	2.8	26	74	7	71	46	19	17	17	1.85
16140490--16140702	67	3.1	67	66	12	171	43	5	5	45	1.49
16140429--16140851	138	3.1	138	90	2	643	42	7	4	45	1.51
16140483--16140696	71	3.1	70	64	24	162	43	5	5	45	1.49
16146389--16146682	39	7.5	39	77	4	261	17	32	17	32	1.94
16146389--16146665	78	3.6	78	81	2	288	17	32	17	32	1.93
16146444--16146656	117	1.8	117	83	6	288	17	33	16	32	1.93
16164486--16164520	17	2.1	17	89	5	54	34	2	5	57	1.37
16180625--16180683	22	2.7	22	91	0	91	35	18	27	18	1.94
16181162--16181330	85	2.0	86	83	3	216	27	17	22	33	1.96
16184648--16184704	10	5.2	11	74	21	57	21	35	0	43	1.52
16184665--16184720	22	2.5	22	97	2	103	28	32	0	39	1.57
16185802--16185826	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
16186475--16186509	18	1.9	18	94	0	61	25	31	8	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16186931--16187111	45	4.0	45	73	11	152	41	0	12	45	1.46
16186984--16187121	25	5.7	25	75	11	144	44	0	13	42	1.48
16187121--16187854	29	26.2	29	75	18	627	45	26	0	27	1.58
16187121--16187854	59	13.6	58	73	18	628	45	26	0	27	1.58
16187123--16187854	103	6.8	118	81	12	615	44	26	0	28	1.58
16187358--16187874	23	20.4	23	72	24	313	45	25	0	28	1.58
16187370--16187721	51	7.0	49	78	16	350	45	24	0	28	1.57
16187458--16187824	80	4.8	77	73	21	313	45	24	0	28	1.59
16187117--16187854	131	5.5	128	79	14	646	45	26	0	27	1.58
16187700--16187883	51	3.6	51	84	7	264	45	25	1	28	1.61
16187730--16187775	22	2.2	21	85	11	60	45	26	0	28	1.54
16187659--16187883	103	2.1	108	92	4	379	44	26	0	28	1.60
16187833--16187878	22	2.2	20	88	11	67	45	28	0	26	1.54
16187880--16188213	116	2.9	116	97	0	632	38	8	9	43	1.68
16188189--16188230	17	2.4	18	80	4	50	42	9	2	45	1.49
16191242--16191591	126	2.8	123	86	5	508	31	22	16	29	1.96
16196541--16196586	9	5.1	9	89	0	74	32	10	10	45	1.74
16212537--16212688	27	5.6	27	90	2	223	26	14	28	30	1.95
16212537--16212688	55	2.8	55	89	2	234	26	14	28	30	1.95
16212537--16212688	82	1.9	82	91	0	250	26	14	28	30	1.95
16221583--16221628	24	1.9	24	95	0	83	32	10	15	41	1.82
16226004--16226114	25	4.4	25	69	13	66	25	16	27	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16226003--16226251	76	3.3	76	82	1	275	29	15	23	31	1.95
16226161--16226226	25	2.6	25	76	9	71	33	13	19	33	1.91
16227946--16227979	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
16231166--16231358	21	9.2	21	71	4	138	18	22	16	42	1.89
16231157--16231339	42	4.4	42	83	0	231	17	22	15	44	1.87
16231157--16231353	84	2.3	84	89	0	295	17	22	15	44	1.87
16232930--16232966	14	2.7	14	95	4	67	62	18	0	18	1.34
16234919--16234968	20	2.5	20	86	0	64	26	26	10	38	1.87
16238241--16238705	70	6.7	68	77	7	393	25	21	21	30	1.98
16238411--16238680	133	2.0	134	86	2	373	25	22	21	30	1.99
16238608--16238826	121	1.8	121	83	0	294	25	20	20	33	1.97
16238701--16239005	70	4.3	70	71	5	215	26	20	19	33	1.96
16238701--16239012	140	2.2	140	79	7	337	26	20	19	33	1.97
16248102--16248167	24	2.8	24	86	6	82	33	3	6	57	1.38
16251762--16251842	40	2.0	40	97	0	153	23	22	28	25	1.99
16264218--16264335	45	2.6	45	93	0	200	41	11	16	31	1.83
16264177--16264339	45	3.7	43	80	6	164	40	12	17	30	1.86
16276139--16276255	58	2.0	58	94	0	207	37	15	11	35	1.83
16278061--16278191	69	1.9	69	87	3	192	16	35	17	30	1.93
16279217--16279259	21	2.2	19	83	8	50	44	0	11	44	1.40
16280038--16280094	29	1.9	30	82	10	73	73	3	8	14	1.20
16286991--16287041	18	2.8	18	76	5	50	41	1	27	29	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16288953--16288990	20	1.9	19	89	5	58	13	0	5	81	0.85
16291273--16291304	7	4.6	7	92	0	55	62	28	0	9	1.26
16292084--16292128	6	7.3	6	97	2	81	48	20	0	31	1.49
16293343--16293382	21	1.9	21	89	0	62	32	5	2	60	1.32
16296030--16296063	16	2.1	16	100	0	68	35	11	14	38	1.83
16306819--16306866	18	2.6	17	83	9	51	20	10	0	68	1.18
16311759--16311797	17	2.4	16	84	12	53	15	12	2	69	1.30
16317808--16317860	28	1.9	28	88	3	81	30	20	24	24	1.99
16317932--16317989	29	1.9	31	89	6	93	39	15	15	29	1.88
16318365--16318547	27	6.7	27	82	3	100	19	14	21	43	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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