genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25217996--25218058	19	3.0	22	84	9	69	39	7	17	34	1.79
25218966--25219016	25	2.1	24	85	10	68	35	5	1	56	1.35
25225134--25225185	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
25229052--25229090	20	2.0	20	85	5	53	30	5	2	61	1.31
25229589--25229630	15	2.7	15	89	10	59	40	9	7	42	1.65
25230425--25230479	25	2.2	24	78	9	58	16	7	5	70	1.28
25244697--25244740	16	2.6	17	82	7	63	50	4	0	45	1.22
25244699--25244796	23	4.1	23	78	15	92	45	5	1	47	1.31
25250470--25250538	26	2.7	26	97	0	129	28	21	18	30	1.97
25252627--25252811	40	4.7	40	81	6	189	25	21	27	25	1.99
25252680--25252844	79	2.1	79	79	6	174	27	19	27	26	1.99
25255271--25255310	20	2.0	20	85	0	53	55	2	0	42	1.13
25261364--25261664	148	2.0	148	92	0	503	37	22	6	33	1.79
25263433--25263567	65	2.1	65	100	0	270	42	17	10	29	1.83
25277809--25277865	20	2.8	20	84	7	62	17	5	5	71	1.23
25277785--25277885	49	2.1	48	80	10	109	18	4	4	71	1.23
25287658--25287700	23	1.9	23	85	4	61	39	2	13	44	1.57
25289698--25289723	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
25295069--25295191	28	4.4	28	88	2	167	33	27	12	26	1.92
25300391--25300569	80	2.2	80	82	10	215	29	26	19	24	1.99
25300356--25300523	40	4.2	40	83	6	191	27	27	20	24	1.99
25300357--25300573	40	5.4	41	79	11	168	27	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25307814--25307981	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
25307849--25308034	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
25307851--25308034	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
25311526--25311608	27	3.1	27	70	6	78	28	13	22	34	1.92
25311852--25311903	26	2.0	26	92	0	86	21	11	26	40	1.87
25314968--25315084	58	2.0	58	94	0	207	33	13	22	30	1.93
25316806--25316863	22	2.5	23	78	13	57	41	24	3	31	1.71
25321280--25321311	16	1.9	17	93	6	57	43	6	0	50	1.27
25334063--25334096	5	6.8	5	93	0	50	38	35	5	20	1.77
25334317--25334345	10	2.9	10	100	0	58	6	62	0	31	1.22
25334342--25334374	2	16.5	2	100	0	66	0	51	0	48	1.00
25334306--25334368	14	4.5	14	80	7	65	3	58	0	38	1.14
25336444--25336525	25	3.2	26	86	8	89	35	23	23	18	1.96
25336457--25336526	25	2.8	25	95	0	122	37	20	24	18	1.94
25336600--25336658	25	2.4	25	80	8	68	32	15	25	27	1.95
25349007--25349046	20	2.1	20	90	9	66	37	0	7	55	1.29
25350548--25350588	21	2.0	21	85	0	55	51	9	0	39	1.35
25356070--25356149	39	2.1	39	97	0	151	53	5	18	22	1.63
25358034--25358571	269	2.0	269	93	0	916	30	23	15	30	1.95
25361406--25361460	27	2.0	27	82	6	67	27	29	0	43	1.55
25361438--25361474	18	2.0	19	89	5	58	21	32	0	45	1.52
25365919--25366194	137	2.0	136	94	0	480	17	32	26	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25366430--25366466	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
25366674--25366733	30	2.0	31	83	9	79	20	38	0	41	1.52
25367466--25367491	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
25369299--25369355	24	2.4	24	79	5	62	5	17	21	56	1.60
25371941--25371975	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
25376791--25376873	29	2.9	29	70	8	71	49	0	2	48	1.14
25376996--25377089	45	2.1	44	83	13	113	35	22	5	37	1.77
25377071--25377142	16	4.5	16	81	6	92	29	26	5	38	1.79
25377375--25377440	31	2.1	32	83	13	84	50	3	4	42	1.38
25380412--25380437	7	3.7	7	100	0	52	76	0	0	23	0.78
25381877--25382276	199	2.0	201	97	0	750	42	14	14	28	1.85
25382558--25382610	26	2.0	27	88	3	81	64	1	20	13	1.38
25384328--25384445	62	1.9	62	94	0	209	34	11	17	36	1.85
25386779--25386824	23	2.0	23	86	0	65	26	10	19	43	1.84
25386954--25387051	48	2.0	48	90	0	151	52	9	13	25	1.70
25389001--25389121	38	3.3	36	84	7	145	4	28	13	53	1.60
25390143--25390281	69	2.0	69	87	2	199	25	7	25	41	1.82
25391467--25391555	37	2.4	37	92	0	151	42	14	7	34	1.75
25391601--25391673	33	2.2	33	95	0	128	42	17	4	35	1.69
25391532--25391817	138	2.1	138	96	1	529	42	13	7	36	1.72
25391740--25391811	33	2.2	33	97	0	135	43	16	5	34	1.72
25394998--25395052	25	2.3	23	84	6	65	45	0	3	50	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25394877--25395077	85	2.3	91	85	6	270	45	3	4	46	1.40
25394998--25395119	47	2.6	47	71	8	113	42	2	4	50	1.34
25395227--25395281	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
25395403--25395513	45	2.6	44	79	8	124	30	27	5	36	1.79
25395493--25395544	16	3.2	16	88	0	77	34	34	0	30	1.58
25396058--25396111	21	2.6	21	82	2	56	64	1	1	31	1.14
25396078--25396124	10	4.7	10	76	10	51	59	2	2	36	1.21
25397402--25397455	20	2.7	20	75	18	58	33	3	1	61	1.25
25415857--25415911	27	2.0	27	82	6	67	50	5	0	43	1.25
25418965--25419052	35	2.5	35	85	5	117	39	36	14	9	1.78
25422389--25422419	10	3.1	10	100	0	62	48	0	19	32	1.49
25422615--25422640	13	2.0	13	100	0	52	38	7	23	30	1.83
25426021--25426083	30	2.1	31	85	8	85	38	1	1	58	1.17
25432556--25432670	23	4.9	23	84	3	149	45	6	28	20	1.74
25440103--25440166	23	2.7	23	90	2	101	42	6	28	23	1.78
25441558--25441616	29	2.0	29	96	0	109	28	13	22	35	1.92
25450345--25450391	26	1.9	25	83	12	62	25	21	6	46	1.74
25454815--25454933	25	4.8	25	72	3	89	33	20	26	19	1.96
25454995--25455078	26	3.3	27	73	8	77	32	20	27	20	1.97
25459481--25459742	39	6.6	39	87	6	320	24	27	22	25	2.00
25467444--25467720	40	6.9	40	92	0	455	24	28	20	26	1.99
25475717--25475993	40	6.9	40	94	0	473	24	28	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25479112--25479373	39	6.6	39	87	6	320	24	27	22	25	2.00
25479112--25479370	118	2.2	119	83	10	327	24	27	21	25	1.99
25485445--25485563	25	4.8	25	73	7	100	33	21	25	19	1.97
25485502--25485637	48	2.8	47	77	4	146	34	22	26	16	1.95
25485501--25485689	26	7.6	26	68	10	92	34	22	25	17	1.95
25486697--25486724	13	2.2	13	100	0	56	21	14	0	64	1.29
25489109--25489218	54	2.1	53	87	1	157	19	32	20	27	1.97
25493687--25493747	25	2.4	26	97	2	115	42	9	0	47	1.36
25493888--25493947	4	15.0	4	80	13	61	68	0	31	0	0.90
25493887--25493947	18	3.5	18	80	8	65	67	0	32	0	0.91
25498043--25498083	3	13.7	3	100	0	82	68	31	0	0	0.90
25498329--25498430	27	3.8	26	82	7	123	18	34	22	24	1.96
25498480--25498538	26	2.2	27	93	3	102	50	0	10	38	1.36
25502736--25502766	16	1.9	16	93	0	53	41	0	9	48	1.36
25504658--25504702	23	2.0	23	90	0	72	80	6	11	2	0.99
25505381--25505456	38	2.0	38	100	0	152	34	18	13	34	1.89
25506025--25506139	46	2.6	43	75	18	117	51	2	10	35	1.50
25507790--25507820	16	1.9	16	93	0	53	35	35	0	29	1.58
25510592--25510616	12	2.1	12	100	0	50	32	16	0	52	1.44
25511058--25511103	21	2.4	21	86	13	64	34	8	2	54	1.43
25515297--25515572	139	2.0	139	88	1	410	36	15	21	27	1.93
25516800--25516882	3	27.7	3	92	0	76	56	31	10	1	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25517457--25517553	33	2.8	35	72	20	89	45	3	1	50	1.24
25524003--25524093	45	2.0	45	91	4	148	15	19	6	58	1.59
25535675--25535711	18	2.2	18	85	9	51	40	2	0	56	1.13
25535945--25535987	21	2.0	21	81	0	50	37	2	11	48	1.52
25536245--25536269	9	2.8	9	100	0	50	48	20	8	24	1.76
25538293--25538338	17	2.8	18	84	15	64	28	41	30	0	1.56
25539099--25539132	16	2.1	17	88	5	52	44	2	0	52	1.16
25551225--25551250	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
25553109--25553223	25	4.5	25	80	12	135	25	24	11	39	1.88
25571936--25571999	31	2.2	29	86	8	85	12	6	4	76	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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