genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23741261--23741299	19	2.1	19	85	9	53	41	12	7	38	1.72
23747525--23747743	117	1.9	113	86	3	312	24	20	23	31	1.98
23747557--23747852	110	2.6	111	81	3	315	26	19	23	30	1.98
23756181--23756243	24	2.7	23	73	7	63	44	1	1	52	1.20
23761939--23761972	17	1.9	18	88	5	52	23	14	0	61	1.33
23762270--23762339	24	3.0	24	77	8	72	32	5	2	58	1.36
23768565--23768596	13	2.5	13	100	0	64	68	0	15	15	1.21
23772889--23772965	38	2.0	38	100	0	154	40	12	20	25	1.89
23777291--23777342	24	2.2	24	96	0	95	30	11	28	28	1.92
23777843--23778034	44	4.5	44	69	18	134	30	20	19	28	1.97
23777796--23778029	128	1.8	128	84	3	319	31	19	19	29	1.97
23781860--23781889	14	2.1	14	100	0	60	66	13	0	20	1.24
23781993--23782024	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
23787703--23787748	23	2.1	22	84	8	58	65	0	34	0	0.93
23787919--23787968	21	2.4	21	89	0	73	36	10	20	34	1.86
23791816--23791882	33	2.0	33	94	0	116	31	1	4	62	1.24
23792430--23792477	21	2.3	21	88	0	69	14	33	22	29	1.94
23795236--23795580	51	6.8	50	80	4	336	30	24	14	30	1.95
23795237--23795580	102	3.4	102	85	2	451	30	25	14	29	1.95
23804437--23804534	49	2.0	50	83	2	126	43	7	17	31	1.76
23811350--23811406	20	2.6	21	81	13	62	10	29	0	59	1.31
23811436--23811468	3	11.3	3	87	6	50	0	27	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23811433--23811468	11	3.2	11	88	7	54	0	27	0	72	0.85
23812073--23812169	37	2.6	37	83	1	131	39	16	18	25	1.91
23823504--23823575	25	2.9	24	80	12	58	26	16	25	31	1.96
23825127--23825162	18	2.0	18	88	0	54	13	13	19	52	1.74
23833374--23833406	3	11.0	3	100	0	66	0	33	0	66	0.92
23849820--23850322	88	5.7	87	77	8	464	33	16	14	35	1.90
23849820--23850327	176	2.9	174	80	4	534	33	16	14	35	1.90
23861071--23861132	25	2.5	25	81	5	72	20	32	12	33	1.91
23868143--23868219	25	3.1	25	83	1	93	19	32	15	32	1.93
23869932--23869970	15	2.7	14	76	7	51	56	2	0	41	1.13
23874630--23874672	20	2.2	20	100	0	86	46	13	4	34	1.65
23881632--23881666	17	2.0	18	88	5	54	68	5	14	11	1.37
23882526--23882576	3	16.7	3	95	4	93	1	31	0	66	1.03
23883225--23883283	28	2.1	28	90	6	93	40	6	22	30	1.79
23884367--23884422	26	2.2	26	80	6	60	16	3	5	75	1.13
23890165--23890236	35	2.1	35	83	0	90	40	31	12	15	1.84
23891532--23891570	20	2.0	20	100	0	78	28	0	20	51	1.48
23894520--23894570	23	2.2	23	92	0	84	27	9	21	41	1.84
23895874--23895913	18	2.2	19	86	4	55	57	2	5	35	1.34
23896302--23896571	102	2.7	95	79	12	274	29	18	21	31	1.97
23897512--23897718	90	2.3	91	88	1	308	35	21	18	24	1.95
23903831--23903861	15	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23903809--23903911	49	2.0	52	85	9	142	43	0	0	54	1.13
23903883--23903918	18	1.9	19	88	5	56	25	5	0	69	1.10
23904485--23904534	19	2.6	19	93	0	82	20	48	10	22	1.79
23904697--23904796	44	2.4	41	84	11	139	11	16	21	52	1.74
23904711--23904798	44	2.0	44	95	0	158	11	13	22	52	1.72
23904918--23904964	24	2.0	24	95	0	85	25	14	19	40	1.90
23904919--23904972	24	2.2	24	90	0	81	25	16	18	38	1.92
23909629--23909717	44	2.0	44	88	0	133	23	21	13	41	1.88
23913216--23913245	10	3.0	10	100	0	60	0	10	20	70	1.16
23913514--23913561	23	2.0	24	88	12	71	50	0	8	41	1.33
23921404--23921442	20	1.9	21	89	5	62	38	5	0	56	1.22
23926506--23926560	21	2.7	21	82	2	67	29	18	14	38	1.90
23926566--23926610	22	2.0	22	82	4	54	20	20	13	46	1.83
23926511--23926610	21	4.6	23	75	10	59	26	19	13	42	1.87
23926858--23926896	19	2.0	20	85	5	53	64	0	20	15	1.30
23926967--23927000	6	5.7	6	96	0	59	29	0	14	55	1.40
23928308--23928342	13	2.5	14	90	9	54	31	2	17	48	1.61
23928526--23928551	5	5.2	5	100	0	52	0	0	57	42	0.98
23935564--23935626	25	2.5	25	76	0	63	22	15	26	34	1.94
23942774--23942825	26	2.0	27	88	3	79	15	3	38	42	1.65
23950581--23950637	27	2.2	26	81	12	64	35	7	7	50	1.56
23950761--23950855	49	1.9	49	93	0	163	44	23	15	16	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23951060--23951123	17	3.6	17	74	15	67	46	14	12	26	1.79
23951078--23951131	17	2.9	19	71	20	60	46	16	12	24	1.82
23951061--23951131	36	2.0	36	97	0	133	46	15	12	25	1.81
23955898--23955994	48	2.0	48	85	0	131	43	19	18	18	1.89
23956196--23956259	17	3.6	17	74	15	67	46	10	12	29	1.76
23956197--23956267	36	2.0	36	97	0	133	46	12	12	28	1.78
23956214--23956267	17	2.9	19	71	20	60	46	14	12	25	1.81
23957627--23957686	23	2.6	23	82	10	70	48	3	0	48	1.18
23957627--23957686	22	2.6	23	84	10	70	48	3	0	48	1.18
23965597--23965725	63	2.0	63	95	3	231	35	16	10	37	1.84
23966988--23967033	24	1.9	24	86	0	65	56	15	0	28	1.39
23967788--23967848	30	2.0	30	100	0	122	60	19	3	16	1.49
23969331--23969609	41	6.8	42	83	5	320	23	20	26	29	1.99
23969347--23969609	82	3.2	82	88	3	359	23	20	25	30	1.99
23969332--23969609	123	2.3	122	86	5	380	23	20	25	29	1.99
23969940--23970022	23	3.4	23	81	12	112	54	0	7	38	1.28
23969933--23970097	50	3.1	50	86	13	258	53	0	5	40	1.24
23969939--23970045	23	4.5	24	75	18	98	54	0	5	40	1.24
23969977--23970138	58	2.8	58	96	1	290	52	0	5	41	1.25
23973680--23973850	43	4.1	42	81	11	199	28	12	25	33	1.92
23973680--23973873	84	2.3	84	79	7	218	27	13	25	33	1.93
23973771--23973869	41	2.3	43	82	3	112	25	15	28	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23976498--23976840	140	2.4	139	77	9	349	53	9	9	26	1.64
23977863--23977909	23	2.0	23	95	0	85	34	2	17	46	1.59
23977865--23977907	13	3.5	13	75	18	56	32	2	16	48	1.58
23980741--23980772	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
23985942--23985973	10	3.3	10	95	4	57	81	0	0	18	0.70
23986514--23986569	13	4.5	13	84	13	82	33	1	16	48	1.56
23987881--23987987	29	3.8	27	75	13	92	34	2	3	58	1.30
23987851--23987988	10	14.7	10	69	19	75	34	2	3	59	1.27
23988954--23988993	18	2.2	19	86	4	55	65	0	5	30	1.14
23991612--23991807	51	3.9	50	83	4	250	30	28	17	23	1.97
23991612--23991803	101	1.9	101	91	3	314	30	28	17	23	1.97
23994287--23994323	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
24002670--24002701	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
24008171--24008223	27	2.0	27	85	7	72	16	18	39	24	1.91
24011398--24011559	10	18.4	8	69	25	64	64	1	3	30	1.16
24011399--24011460	26	2.5	25	80	12	65	69	0	3	27	1.04
24011447--24011563	29	4.1	29	76	15	95	64	1	2	31	1.17
24011395--24011789	19	21.1	19	66	23	105	59	3	2	34	1.28
24011394--24011555	57	3.0	53	76	14	145	64	1	3	30	1.20
24011399--24011644	9	26.4	10	70	18	83	63	2	2	31	1.24
24011572--24011638	30	2.2	29	77	12	73	58	5	1	34	1.32
24011589--24011644	20	2.9	19	78	5	60	64	7	1	26	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24011733--24011797	20	3.2	21	75	16	66	60	1	0	38	1.07
24018982--24019045	29	2.3	29	81	10	71	39	1	1	57	1.17
24018982--24019045	28	2.3	28	83	5	76	39	1	1	57	1.17
24019682--24019799	38	3.0	38	79	7	130	44	8	10	37	1.69
24020778--24020806	14	2.1	14	100	0	58	55	27	0	17	1.42
24024413--24024484	32	2.3	32	92	4	121	19	15	13	51	1.76
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24027275--24027321	19	2.3	21	89	10	71	63	14	0	21	1.30
24028332--24028359	12	2.3	12	100	0	56	28	7	14	50	1.69
24041020--24041048	14	2.1	14	100	0	58	58	0	0	41	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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