genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  45  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13452729--13452909	79	2.3	81	80	7	201	24	27	23	24	2.00
13464231--13464279	26	2.0	25	84	8	64	44	4	0	51	1.20
13466587--13466615	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
13469105--13469130	13	2.0	13	100	0	52	15	15	0	69	1.20
13477403--13477528	41	3.0	43	76	11	134	30	26	17	24	1.97
13478267--13478292	10	2.6	10	100	0	52	61	19	7	11	1.53
13478400--13478445	25	1.9	23	83	16	58	39	13	0	47	1.42
13490306--13490368	24	2.6	24	73	12	65	36	20	17	25	1.94
13498272--13498330	3	19.3	3	86	10	84	67	28	3	0	1.06
13498913--13498958	23	2.0	23	86	0	65	23	4	0	71	1.03
13499148--13499172	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
13499212--13499272	20	2.8	22	78	14	63	37	6	0	55	1.26
13503672--13503815	41	3.3	41	68	22	121	41	5	3	49	1.43
13503643--13503833	91	2.1	92	99	1	375	39	6	4	49	1.49
13509039--13509209	66	2.6	65	84	4	209	40	19	27	12	1.87
13509200--13509288	21	4.2	21	85	0	124	32	17	44	4	1.69
13509191--13509279	42	2.1	42	80	0	97	34	19	41	4	1.71
13509642--13509894	43	5.9	42	76	8	215	21	17	31	29	1.96
13509617--13509875	87	3.0	86	84	2	295	22	17	31	28	1.97
13509662--13509899	87	2.8	86	87	2	325	23	17	31	27	1.97
13509642--13509894	130	2.0	129	83	3	321	21	17	31	29	1.96
13516817--13516852	7	5.1	7	96	0	63	44	2	27	25	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13516762--13516896	65	2.1	65	85	2	182	34	12	22	30	1.91
13516827--13516940	44	2.6	44	94	0	192	35	14	21	28	1.93
13516876--13517046	58	3.1	57	72	13	185	35	14	23	26	1.94
13516760--13517047	109	2.7	106	82	6	312	34	14	22	29	1.93
13523088--13523151	14	4.4	14	71	24	51	56	1	0	42	1.09
13527086--13527527	125	3.5	125	92	0	713	31	17	20	29	1.96
13529606--13529658	22	2.5	21	90	6	88	18	1	33	45	1.61
13529642--13529672	7	4.6	7	92	8	55	12	0	41	45	1.42
13529691--13529730	7	5.9	7	83	16	57	52	0	0	47	1.00
13529688--13529730	12	3.3	12	78	15	50	53	0	0	46	1.00
13529606--13529897	138	2.1	138	95	1	523	31	1	20	47	1.57
13529829--13529868	7	5.9	7	83	16	57	52	0	0	47	1.00
13529826--13529868	12	3.3	12	78	15	50	53	0	0	46	1.00
13532230--13532325	22	4.4	22	70	12	72	48	2	25	23	1.61
13532217--13532306	45	2.0	45	84	4	119	47	2	23	26	1.63
13535901--13535944	21	2.1	21	83	8	54	65	4	0	29	1.12
13544810--13545581	114	6.8	113	76	9	687	32	18	20	28	1.97
13544918--13545581	228	2.9	227	93	1	1105	31	19	20	28	1.97
13546062--13546101	15	2.7	15	92	3	64	17	0	37	45	1.49
13546479--13546514	14	2.3	17	86	13	51	55	0	2	41	1.14
13548959--13549051	17	5.9	17	71	19	67	39	4	6	49	1.48
13548952--13549069	30	3.9	30	70	12	98	36	5	7	50	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13548952--13549004	13	3.8	13	77	18	52	33	7	3	54	1.46
13549000--13549038	16	2.5	16	83	4	53	46	0	7	46	1.31
13548970--13549117	61	2.4	61	82	10	178	40	4	7	47	1.53
13549218--13549267	15	3.5	15	81	15	61	62	10	0	28	1.27
13549263--13549320	21	2.8	20	79	7	71	43	15	3	37	1.64
13549242--13549397	84	1.9	84	94	1	278	46	14	2	35	1.59
13549405--13549865	9	51.1	9	72	12	313	48	16	1	33	1.57
13549405--13549872	27	17.4	27	79	8	352	48	16	1	33	1.57
13549566--13549763	94	2.1	94	90	1	308	48	15	1	34	1.55
13549797--13549856	16	3.6	16	84	8	84	45	20	1	33	1.61
13549797--13549862	34	1.9	34	96	0	123	43	21	1	33	1.62
13555403--13555429	12	2.2	12	100	0	54	40	18	40	0	1.51
13555863--13556155	85	3.5	84	83	5	281	26	22	19	32	1.97
13555867--13556175	127	2.4	126	86	5	390	25	22	19	31	1.98
13555867--13556175	42	7.3	42	85	4	347	25	22	19	31	1.98
13555929--13556158	85	2.7	85	87	1	336	23	21	19	34	1.96
13556768--13556878	25	4.4	25	72	8	82	26	22	18	32	1.97
13562096--13562160	32	2.0	32	100	0	130	30	20	9	40	1.83
13570530--13570564	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
13575732--13575995	50	5.3	50	73	8	259	21	19	24	34	1.97
13575685--13576003	100	3.2	100	90	1	505	21	20	23	33	1.97
13576316--13576543	44	5.2	44	67	10	160	24	26	25	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13576382--13576519	45	3.1	45	72	4	145	21	25	25	27	1.99
13576288--13576946	87	7.5	87	84	3	795	24	24	23	28	2.00
13578974--13579004	14	2.3	14	94	5	55	0	16	0	83	0.64
13580036--13580605	285	2.0	285	97	0	1088	22	26	15	34	1.94
13589774--13589825	22	2.4	22	75	12	52	26	17	0	55	1.42
13597075--13597126	5	10.6	5	76	12	54	40	0	0	59	0.97
13597074--13597135	25	2.5	24	79	7	70	41	1	0	56	1.09
13600834--13600887	26	2.1	26	100	0	108	38	14	11	35	1.82
13603676--13603705	14	2.1	14	93	0	51	43	13	10	33	1.77
13606008--13606037	5	5.8	5	96	4	51	43	0	0	56	0.99
13607032--13607074	20	2.2	20	87	8	61	18	11	2	67	1.32
13607483--13607519	17	2.2	17	100	0	74	51	0	0	48	1.00
13612024--13612066	21	2.0	21	95	0	77	13	30	18	37	1.90
13615944--13615983	20	2.1	19	95	4	71	35	7	10	47	1.65
13617361--13617434	32	2.5	29	87	10	98	50	18	2	28	1.61
13618835--13618895	27	2.3	27	82	0	77	49	8	4	37	1.54
13620801--13620855	25	2.2	24	78	9	58	50	3	27	18	1.63
13620841--13620880	18	2.2	18	86	8	55	70	0	27	2	1.01
13622529--13622586	29	2.0	29	93	0	98	37	13	12	36	1.82
13623302--13623348	22	2.1	23	88	4	69	27	21	8	42	1.81
13625930--13626010	30	2.8	28	83	10	99	45	2	2	49	1.28
13637703--13637741	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13637717--13637808	34	2.6	34	84	6	103	59	3	4	32	1.33
13638913--13638978	30	2.2	30	80	0	78	10	6	39	43	1.64
13643575--13643609	18	1.9	18	88	11	54	40	11	22	25	1.88
13649731--13649757	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
13653008--13653052	20	2.2	20	88	0	63	26	13	15	44	1.83
13653953--13654110	23	7.1	22	68	5	93	34	30	4	30	1.77
13653947--13654110	45	3.6	45	86	1	213	34	30	4	30	1.77
13653979--13654090	22	5.0	23	72	4	93	35	32	4	27	1.77
13658675--13658959	47	6.1	47	92	0	446	32	9	29	28	1.88
13659078--13659156	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
13660901--13660986	38	2.2	38	83	10	102	67	2	19	10	1.31
13665227--13665341	22	5.1	22	76	4	122	38	31	3	26	1.73
13665178--13665341	45	3.6	45	90	1	231	37	31	2	29	1.70
13665217--13665341	23	5.5	22	75	4	115	39	31	3	26	1.72
13665217--13665373	45	3.5	44	84	4	138	40	30	3	25	1.71
13667210--13667368	43	3.7	42	70	13	128	25	18	27	29	1.98
13669312--13669427	34	3.3	35	80	11	132	21	28	31	18	1.97
13672775--13672813	20	2.0	20	84	0	51	33	30	23	12	1.92
13680285--13680335	17	3.1	16	81	15	52	43	1	0	54	1.11
13680299--13680335	17	2.2	17	90	9	58	43	0	0	56	0.99
13683078--13683119	22	1.9	22	95	0	75	57	16	19	7	1.62
13684938--13684988	20	2.4	21	81	15	61	60	1	1	35	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13687069--13687157	4	22.2	4	92	0	97	23	10	24	41	1.85
13690312--13690361	25	2.0	25	84	7	66	28	8	20	44	1.79
13690339--13690504	51	3.3	51	81	0	199	21	16	25	36	1.94
13690328--13690479	25	6.0	24	70	7	81	21	15	25	37	1.93
13690466--13690528	25	2.5	25	78	0	72	20	19	26	33	1.96
13692828--13692863	18	2.1	18	89	5	56	52	0	0	47	1.00
13693632--13693675	7	6.1	7	86	5	52	25	4	4	65	1.30
13698900--13698953	15	3.3	16	76	18	58	55	1	0	42	1.10
13710177--13710249	36	2.0	36	100	0	146	53	8	24	13	1.67
13710797--13710835	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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