genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  74  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22675727--22675778	25	2.0	28	88	11	83	51	3	11	32	1.56
22688228--22688300	29	2.5	26	74	20	65	53	2	1	42	1.23
22696024--22696260	49	4.8	49	80	4	219	22	28	21	27	1.99
22696074--22696263	49	3.9	49	83	4	238	21	30	21	26	1.98
22697615--22697657	21	2.0	22	86	13	63	44	0	13	41	1.44
22697615--22697658	20	2.1	21	84	12	56	45	0	13	40	1.44
22697652--22697809	63	2.5	62	83	11	196	32	10	16	41	1.82
22697952--22698108	41	3.8	40	82	3	161	21	20	27	31	1.98
22697953--22698127	41	4.3	40	75	9	131	21	20	26	32	1.98
22704874--22704925	25	2.0	28	85	11	74	51	5	11	30	1.61
22706824--22706968	41	3.5	41	97	0	263	26	22	28	22	1.99
22719908--22719951	18	2.4	18	82	10	54	52	6	31	9	1.59
22719999--22720046	24	1.9	25	87	8	71	18	4	10	66	1.37
22728116--22728258	45	3.2	44	80	7	155	18	18	16	46	1.85
22728247--22728409	45	3.6	45	88	2	231	23	19	21	36	1.95
22728215--22728401	90	2.1	90	84	6	245	22	20	18	38	1.93
22729193--22729312	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
22730440--22730624	40	4.7	40	78	7	182	24	21	27	25	1.99
22730493--22730657	79	2.1	79	80	6	183	26	20	27	26	1.99
22737095--22737214	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
22738343--22738567	79	2.8	80	80	7	253	24	21	27	26	1.99
22738343--22738567	40	5.7	40	84	5	269	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22738344--22738600	40	6.5	40	81	7	197	26	21	27	25	1.99
22738343--22738600	119	2.2	119	79	6	265	25	20	27	25	1.99
22748223--22748278	23	2.4	23	82	5	69	39	19	32	8	1.83
22759087--22759142	22	2.5	22	82	5	69	37	19	16	26	1.92
22767748--22767793	23	2.0	23	82	0	56	10	28	26	34	1.90
22769235--22769332	40	2.4	38	81	13	99	58	1	0	40	1.05
22769245--22769328	31	2.9	29	84	8	102	60	1	0	38	1.04
22769259--22769314	10	5.6	10	75	14	53	64	0	0	35	0.94
22769242--22769337	27	3.4	27	83	11	95	61	1	0	37	1.03
22770364--22770401	18	2.1	18	90	9	60	57	0	0	42	0.98
22770394--22770462	9	7.4	9	72	4	57	65	2	4	27	1.26
22770394--22770462	18	3.7	18	78	3	75	65	2	4	27	1.26
22770748--22770809	19	3.2	18	76	14	61	30	4	3	61	1.33
22770748--22770809	9	6.4	9	73	12	52	30	4	3	61	1.33
22781445--22781491	9	5.1	9	82	10	51	25	2	0	72	0.96
22781445--22781489	19	2.4	19	82	10	58	24	2	0	73	0.95
22810274--22810314	19	2.2	19	90	0	64	2	17	0	80	0.82
22817801--22817890	47	1.9	47	84	4	119	26	18	17	36	1.94
22817782--22817987	42	4.7	43	74	10	177	28	18	17	34	1.94
22817848--22818023	85	2.1	85	82	4	212	28	18	19	33	1.96
22817960--22818043	43	2.0	42	81	11	100	28	15	27	28	1.96
22829192--22829218	7	3.9	7	100	0	54	74	0	0	25	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22829528--22829658	40	3.2	40	81	3	147	30	20	22	26	1.98
22829559--22829674	40	2.9	39	80	2	133	31	19	20	28	1.97
22829713--22829801	40	2.2	40	86	4	117	34	20	21	23	1.96
22829570--22830152	157	3.9	145	82	9	459	33	17	21	27	1.96
22829701--22830187	157	3.1	157	86	4	614	31	16	22	28	1.96
22830227--22830287	7	8.6	7	78	3	50	19	0	27	52	1.46
22830227--22830291	21	3.0	21	77	2	76	20	0	27	52	1.47
22830234--22830322	43	2.1	43	80	4	99	22	0	23	53	1.46
22830313--22830357	14	3.2	14	87	6	65	20	0	28	51	1.48
22830325--22830363	7	5.6	7	85	11	53	15	0	30	53	1.42
22830318--22830363	21	2.2	21	92	0	74	15	0	30	54	1.41
22830569--22830649	14	5.9	14	73	13	60	20	1	28	49	1.57
22830616--22830670	7	7.9	7	81	18	62	16	0	30	52	1.44
22830590--22830670	21	3.9	21	80	9	94	17	1	30	50	1.54
22830619--22830677	14	4.2	14	78	8	57	16	0	32	50	1.46
22830623--22830692	21	3.3	21	81	2	77	15	1	37	45	1.55
22830666--22830721	29	1.9	29	88	0	85	19	3	37	39	1.69
22831516--22831600	43	2.1	41	87	10	122	28	25	9	36	1.87
22833451--22833698	43	5.8	43	82	6	279	28	33	17	19	1.95
22838317--22838348	14	2.2	15	94	5	57	40	31	0	28	1.57
22838504--22838551	25	1.9	25	95	0	87	62	2	0	35	1.07
22838618--22838667	23	2.2	23	86	13	68	40	46	0	14	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22838680--22838720	14	2.9	15	82	10	59	39	31	0	29	1.57
22838660--22838736	22	3.6	22	72	8	70	38	33	0	27	1.57
22839079--22839394	41	7.8	40	80	7	282	30	28	20	20	1.98
22839079--22839392	82	3.9	81	81	6	329	30	28	21	20	1.98
22839079--22839392	123	2.6	118	82	4	371	30	28	21	20	1.98
22841972--22842004	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
22843683--22843716	17	2.1	17	88	5	52	41	2	0	55	1.15
22844948--22845004	28	2.0	28	93	0	96	40	5	0	54	1.23
22845210--22845278	4	17.5	4	74	16	56	73	0	26	0	0.83
22845204--22845285	10	8.3	10	76	12	80	71	0	28	0	0.86
22845190--22845299	37	2.8	40	79	10	118	67	0	32	0	0.91
22845212--22845299	27	3.0	27	79	14	70	70	0	29	0	0.88
22845239--22845279	13	3.1	13	85	3	55	78	0	21	0	0.76
22845207--22845299	37	2.4	38	87	3	125	70	0	29	0	0.87
22846077--22846112	18	2.1	17	89	5	54	19	0	5	75	1.00
22846149--22846241	24	3.5	27	84	12	131	40	8	1	49	1.40
22851151--22851176	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
22851025--22851167	61	2.4	59	79	12	143	52	11	1	34	1.46
22851641--22851708	28	2.5	26	76	17	68	52	2	4	39	1.36
22861965--22862176	53	4.0	53	86	2	246	36	12	22	28	1.90
22864949--22864978	15	2.0	15	100	0	60	80	0	20	0	0.72
22880013--22880085	29	2.5	28	85	14	96	28	15	28	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22880043--22880404	174	2.1	174	97	0	697	29	14	25	30	1.95
22880242--22880515	145	1.9	145	96	0	503	30	14	23	31	1.94
22888295--22888370	29	2.6	28	85	10	100	26	14	28	30	1.95
22888323--22888684	174	2.1	174	97	0	688	29	14	25	30	1.95
22888522--22888795	145	1.9	145	94	0	485	29	14	23	31	1.95
22900946--22918364	605	29.0	607	96	1	32002	25	17	23	33	1.96
22924496--22924554	27	2.2	27	87	0	82	16	16	5	61	1.52
22925543--22925702	85	1.9	85	90	0	257	33	15	19	32	1.92
22927837--22927951	43	2.7	42	79	6	124	25	16	27	30	1.97
22928716--22928745	6	5.0	6	95	0	51	30	3	16	50	1.62
22940895--22940972	20	3.9	20	75	0	75	43	10	12	33	1.77
22940895--22940972	40	2.0	40	81	0	93	43	10	12	33	1.77
22940905--22940985	20	4.1	20	77	0	54	44	11	11	33	1.75
22943598--22943802	27	7.6	27	82	2	232	44	20	15	19	1.87
22943598--22943801	81	2.5	81	90	1	320	44	20	15	19	1.86
22943598--22943801	54	3.8	54	84	2	257	44	20	15	19	1.86
22947708--22947805	45	2.3	41	79	11	108	26	17	25	30	1.97
22949890--22949960	35	2.0	35	97	0	133	36	15	18	29	1.92
22952273--22952346	31	2.4	31	81	0	94	18	21	16	43	1.88
22971594--22971665	19	3.7	19	85	7	101	56	6	0	36	1.26
22974283--22974364	42	2.0	42	100	0	164	53	8	17	20	1.69
22980259--22980310	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22984430--22984525	30	3.0	31	86	10	124	35	3	0	61	1.12
22984487--22984526	20	2.0	20	85	14	55	30	5	0	65	1.14
22995715--22995743	6	4.8	6	100	0	58	13	51	0	34	1.42
22995739--22995771	16	2.1	16	100	0	66	6	51	12	30	1.63
22998241--22998275	18	1.9	18	88	11	54	65	5	5	22	1.36
23005547--23005590	12	3.8	12	88	11	74	45	0	0	54	0.99
23005556--23005591	10	3.4	10	85	14	54	44	0	0	55	0.99
23005547--23005591	22	2.0	22	100	0	90	46	0	0	53	1.00
23014411--23014491	37	2.3	35	83	12	94	30	16	18	34	1.93
23016030--23016062	15	2.1	16	88	11	50	57	3	6	33	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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