genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  19  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6028630--6028664	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
6029142--6029187	23	2.0	23	83	8	58	30	2	10	56	1.46
6029418--6029454	19	1.9	19	88	0	56	40	2	5	51	1.39
6041388--6042039	44	14.9	44	77	6	598	26	16	27	29	1.97
6041388--6042039	87	7.4	89	78	7	613	26	16	27	29	1.97
6041388--6041985	131	4.6	131	94	2	983	26	16	27	29	1.96
6043094--6043127	11	3.2	11	91	4	52	0	52	0	47	1.00
6043607--6043652	23	2.0	23	83	8	58	30	2	10	56	1.46
6043884--6043920	19	1.9	19	88	0	56	40	2	5	51	1.39
6046279--6046366	30	2.9	30	75	6	88	21	2	51	25	1.60
6046299--6046588	156	1.9	156	90	2	467	25	4	51	18	1.66
6046299--6046558	78	3.3	78	95	1	459	25	5	51	18	1.67
6046533--6046618	30	2.7	30	76	10	82	24	4	51	19	1.66
6046629--6046669	18	2.3	18	86	0	55	26	2	53	17	1.56
6046704--6046768	24	2.7	24	73	7	78	15	1	55	27	1.49
6046658--6046780	48	2.8	42	73	13	102	15	4	54	26	1.59
6047283--6047332	21	2.3	23	82	6	59	14	12	2	72	1.22
6047661--6047727	31	2.2	29	82	15	75	22	5	7	64	1.42
6051313--6051420	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
6051303--6051426	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
6055996--6056089	30	3.1	30	93	1	152	25	25	6	42	1.78
6056006--6056083	15	5.2	15	70	11	70	25	23	7	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6059568--6059610	18	2.4	18	88	7	61	53	0	0	46	1.00
6061368--6061408	18	2.2	18	86	8	55	24	4	14	56	1.58
6061956--6062028	35	2.2	32	83	11	85	35	13	34	16	1.88
6062111--6062135	11	2.3	11	100	0	50	40	8	0	52	1.31
6062083--6062222	43	3.3	41	86	6	192	31	4	0	64	1.13
6062135--6062196	9	6.4	9	72	20	54	25	1	0	72	0.94
6062094--6062229	40	3.3	41	89	5	204	30	4	0	65	1.12
6062218--6062248	6	5.0	6	96	4	53	19	0	0	80	0.71
6062094--6062253	40	3.9	40	81	9	164	30	3	0	65	1.10
6063002--6063052	21	2.4	22	83	12	70	60	3	0	35	1.15
6075020--6075058	20	1.9	21	89	5	62	46	7	2	43	1.46
6075529--6075613	40	2.1	41	93	2	145	5	15	17	61	1.53
6077469--6077535	34	1.9	35	90	3	109	44	13	8	32	1.75
6078067--6078109	4	10.8	4	100	0	86	48	25	0	25	1.51
6081677--6081729	24	2.2	23	83	6	61	43	22	0	33	1.54
6084228--6084287	9	6.7	9	88	0	84	26	10	21	41	1.85
6084228--6084287	27	2.2	27	90	0	93	26	10	21	41	1.85
6084314--6084374	28	2.2	27	80	8	68	32	8	16	42	1.78
6088596--6088652	26	2.1	27	87	9	82	45	0	7	47	1.30
6105506--6105564	25	2.4	25	97	0	109	62	0	3	33	1.12
6106709--6106752	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
6113309--6114176	88	9.9	88	89	0	1259	27	23	25	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6114159--6114391	44	5.3	44	93	0	376	32	14	21	31	1.94
6114150--6114421	88	3.1	88	88	0	400	32	13	23	30	1.93
6116229--6116259	6	5.2	6	100	0	62	32	0	0	67	0.91
6116229--6116290	17	3.7	16	76	8	61	30	3	1	64	1.19
6119597--6119646	21	2.4	22	83	10	68	38	18	42	2	1.61
6120047--6120288	41	5.9	41	90	1	376	21	21	23	33	1.97
6120047--6120288	83	2.9	82	91	1	385	21	21	23	33	1.97
6128612--6128670	3	20.7	3	93	6	97	0	28	0	71	0.87
6128671--6128700	3	10.3	3	92	7	53	30	0	0	70	0.88
6128773--6128816	24	1.9	24	86	9	65	25	4	0	70	1.06
6128840--6128908	27	2.5	28	78	4	77	37	11	2	47	1.55
6129007--6129031	13	1.9	13	100	0	50	32	8	4	56	1.47
6140366--6140403	17	2.2	18	85	4	51	15	0	2	81	0.80
6140757--6140812	3	18.7	3	96	0	103	0	30	0	69	0.89
6140811--6140843	3	11.3	3	93	6	59	30	0	0	69	0.88
6142455--6142489	16	2.2	16	94	0	61	17	17	20	45	1.85
6146747--6147131	44	8.7	45	85	3	487	30	16	22	30	1.95
6146747--6147139	177	2.2	177	85	3	515	30	16	22	30	1.95
6148937--6148973	3	12.3	3	88	0	56	27	5	0	67	1.12
6149280--6149304	13	1.9	13	100	0	50	32	8	4	56	1.47
6149879--6149928	15	3.3	15	84	13	59	28	0	0	72	0.86
6149879--6149928	7	6.7	7	80	13	55	28	0	0	72	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6149917--6150067	26	6.1	25	70	17	84	61	0	0	37	1.01
6149915--6150164	35	7.3	34	70	21	155	61	0	1	37	1.04
6149944--6150111	10	16.3	10	67	22	55	62	0	0	36	1.00
6149925--6149957	17	2.0	17	88	5	50	66	0	0	33	0.92
6149925--6150069	25	5.9	25	73	13	88	62	0	0	37	1.01
6150042--6150111	28	2.5	28	88	4	106	64	0	0	35	0.94
6149955--6150174	72	3.1	69	80	11	212	63	0	1	35	1.03
6152896--6153298	45	9.0	45	88	0	545	30	22	16	30	1.96
6157719--6157753	16	2.2	16	94	0	61	45	20	17	17	1.85
6159303--6159380	27	2.8	28	76	3	86	47	2	11	38	1.54
6159527--6159556	3	10.3	3	92	7	53	70	0	0	30	0.88
6159555--6159616	3	20.7	3	100	0	124	67	0	32	0	0.91
6168029--6168272	42	5.8	42	90	0	382	34	22	21	21	1.97
6168672--6168722	21	2.5	20	84	9	66	1	41	19	37	1.63
6173698--6173824	39	3.2	39	76	18	127	26	24	14	33	1.94
6173904--6174480	173	3.3	176	88	3	873	24	26	22	26	2.00
6173904--6174480	87	6.6	88	89	2	862	24	26	22	26	2.00
6186313--6186404	48	1.9	48	81	0	112	42	18	21	17	1.89
6187696--6188096	45	9.0	45	87	0	527	30	16	22	30	1.96
6189237--6189281	4	12.0	4	77	13	51	20	2	2	75	1.01
6189245--6189280	7	5.0	7	89	3	54	16	0	2	80	0.83
6189918--6189961	12	3.7	12	87	0	61	22	6	0	70	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6189927--6189964	3	12.7	3	88	0	58	26	5	0	68	1.11
6190915--6190945	7	4.4	7	95	0	53	22	0	0	77	0.77
6190934--6191220	39	7.7	39	81	15	331	35	1	0	63	1.05
6191087--6191148	26	2.4	27	91	5	101	38	0	0	61	0.96
6191048--6191189	65	2.2	66	93	2	241	36	1	0	61	1.05
6191103--6191220	40	3.0	39	85	10	159	38	1	0	59	1.08
6190987--6191219	9	24.3	9	71	13	67	36	1	0	61	1.04
6191161--6191220	31	2.0	31	93	3	104	38	1	0	60	1.07
6196990--6197057	15	4.5	15	70	17	52	60	1	0	38	1.06
6216660--6216709	21	2.2	22	82	10	57	34	0	12	54	1.38
6216978--6217021	24	1.9	22	90	9	70	56	0	2	40	1.11
6216981--6217030	21	2.3	21	75	3	55	60	2	2	36	1.20
6218845--6218883	21	1.9	21	89	5	62	56	0	0	43	0.99
6223477--6223516	20	2.0	20	85	0	53	5	2	32	60	1.32
6232720--6232829	37	3.0	37	94	1	195	24	21	16	37	1.93
6232793--6233107	52	6.2	52	86	7	402	28	22	13	34	1.93
6232793--6233113	98	3.3	98	83	10	438	29	22	14	34	1.93
6245302--6245327	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
6249612--6249688	31	2.5	31	87	4	102	58	3	6	31	1.42
6250402--6250459	18	3.3	17	80	11	55	32	0	5	62	1.18
6250579--6250650	31	2.3	31	80	2	81	45	13	1	38	1.53
6252682--6253072	192	2.0	192	98	0	764	38	7	16	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6265597--6265783	60	3.2	59	87	5	288	21	20	18	39	1.92
6265607--6265781	57	3.0	57	89	3	269	20	21	18	40	1.91
6280628--6280671	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
6280716--6280809	45	2.1	45	91	0	152	31	24	19	24	1.98
6280806--6281001	51	3.9	50	78	4	223	31	28	16	23	1.96
6284297--6284334	17	2.2	18	85	4	51	31	0	5	63	1.17
6284508--6284560	26	2.0	26	89	7	81	37	1	0	60	1.08
6284471--6284591	10	13.0	9	71	11	84	38	2	4	54	1.33
6285979--6286019	18	2.2	19	87	12	59	60	9	4	24	1.47
6292731--6292770	18	2.1	20	86	9	57	57	0	2	40	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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