genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13056249--13056379	9	15.9	9	69	17	70	44	16	3	35	1.64
13056241--13056366	25	5.2	25	71	9	91	46	15	2	34	1.59
13056255--13056374	16	7.9	16	66	19	78	45	16	2	35	1.61
13061805--13061935	66	2.0	66	86	3	183	41	19	24	13	1.88
13061830--13061967	66	2.1	66	83	5	172	42	16	26	13	1.86
13061969--13062036	21	3.2	21	80	0	82	30	17	44	7	1.76
13062391--13062692	86	3.5	86	77	6	306	25	19	28	26	1.99
13062381--13062692	43	7.3	43	78	3	243	25	18	28	27	1.98
13062381--13062692	129	2.4	129	78	2	304	25	18	28	27	1.98
13062874--13062916	22	2.0	22	90	0	68	44	27	16	11	1.82
13070197--13070241	19	2.4	19	79	20	58	20	8	2	68	1.27
13071373--13071399	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
13072038--13072104	3	23.3	3	75	11	52	28	1	5	64	1.26
13072038--13072104	21	3.3	21	86	10	79	28	1	5	64	1.26
13072245--13072274	15	1.9	16	93	6	53	40	3	0	56	1.16
13075217--13075294	38	2.1	38	100	0	156	24	12	10	52	1.70
13079315--13079664	148	2.3	148	83	6	393	44	9	16	30	1.79
13085586--13085663	30	2.6	30	93	0	129	26	30	20	21	1.98
13085607--13085671	30	2.2	30	94	0	112	29	29	20	21	1.98
13088762--13088800	19	2.1	18	85	4	51	20	2	2	74	1.06
13088806--13088849	18	2.5	16	80	20	52	40	0	4	54	1.21
13088811--13088856	18	2.3	20	85	14	69	36	0	6	56	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13088811--13088861	19	2.7	20	85	14	72	33	0	5	60	1.21
13097455--13097620	39	4.2	39	82	0	197	16	15	32	35	1.90
13099655--13100043	70	5.6	70	80	6	375	31	22	18	28	1.97
13099655--13100042	140	2.8	138	82	5	442	31	21	18	28	1.97
13099610--13100080	70	6.8	70	76	8	354	32	22	17	27	1.96
13100249--13100295	18	2.6	18	82	0	58	27	10	12	48	1.74
13103279--13103321	20	2.2	20	86	0	59	25	11	37	25	1.90
13104564--13104595	16	2.0	16	100	0	64	37	18	12	31	1.88
13111200--13111394	41	4.8	41	87	1	257	25	23	22	28	1.99
13112020--13112071	21	2.4	22	80	6	70	21	0	40	38	1.53
13112785--13112995	105	2.0	105	92	3	356	46	13	10	28	1.77
13112918--13113142	76	2.9	76	96	0	414	45	13	8	31	1.75
13113173--13113312	74	1.9	74	82	10	178	43	13	10	32	1.78
13115645--13115893	43	5.8	43	84	3	270	21	20	31	26	1.98
13115645--13115871	85	2.6	84	84	4	292	19	21	32	27	1.97
13116007--13116296	43	6.8	43	83	5	286	32	29	17	20	1.96
13121323--13121433	41	2.7	41	91	0	177	30	29	19	19	1.97
13121491--13121600	40	2.8	40	77	1	114	20	21	20	36	1.95
13123245--13123270	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
13123731--13124121	124	3.1	125	86	3	538	30	15	16	37	1.90
13124173--13124303	68	1.9	69	83	4	169	44	14	0	41	1.45
13124182--13124303	34	3.6	35	78	4	144	43	14	0	41	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13126092--13126131	21	1.9	21	84	0	53	27	27	12	32	1.93
13139081--13139122	21	2.0	21	86	9	59	59	33	7	0	1.25
13139784--13139816	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
13141509--13141553	21	2.1	22	83	4	56	44	4	31	20	1.71
13144853--13145204	196	1.8	190	87	3	524	43	9	11	35	1.74
13145274--13145317	18	2.3	19	85	14	56	59	2	6	31	1.36
13147767--13147869	31	3.4	31	76	10	113	53	3	2	39	1.34
13147764--13147879	61	1.9	61	92	3	198	52	3	2	41	1.32
13151093--13151187	25	3.8	25	90	0	127	20	30	20	29	1.97
13151094--13151190	50	1.9	50	89	0	149	18	29	20	30	1.97
13158652--13158700	25	2.0	25	83	0	62	20	20	18	40	1.91
13174258--13174284	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
13177089--13177233	74	2.0	74	98	0	281	31	11	32	24	1.91
13181341--13181506	23	6.5	25	72	22	91	52	1	2	43	1.25
13181352--13181378	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
13181403--13181487	23	3.7	23	89	9	120	56	0	1	42	1.07
13181397--13181509	13	8.7	14	68	21	61	53	0	0	45	1.06
13181396--13181487	13	7.7	13	71	24	78	55	0	1	43	1.07
13181473--13181505	18	1.9	18	88	11	52	45	0	0	54	0.99
13181413--13181503	10	8.8	10	70	19	55	56	0	1	42	1.06
13189540--13189570	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
13194567--13194616	18	2.8	18	90	3	75	18	28	40	14	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13204543--13204590	18	2.7	17	81	9	60	41	4	16	37	1.68
13204948--13205049	20	5.7	18	73	19	72	49	4	2	43	1.39
13204956--13205090	68	2.0	69	92	1	227	50	3	3	42	1.38
13215175--13215208	18	1.9	17	88	5	50	52	8	20	17	1.71
13217209--13217303	13	7.3	13	69	8	59	42	3	18	35	1.67
13228421--13228507	32	2.7	32	85	0	120	28	1	17	52	1.51
13250894--13250958	33	2.0	33	100	0	130	24	18	27	29	1.98
13255975--13256047	26	2.7	27	81	14	89	47	2	0	49	1.15
13255993--13256050	20	2.8	21	82	12	66	44	3	0	51	1.18
13264478--13264539	29	2.1	29	85	5	81	22	17	22	37	1.94
13265578--13265643	29	2.2	29	81	2	78	45	7	16	30	1.75
13268539--13268602	30	2.1	30	85	5	85	42	7	6	43	1.58
13268597--13268657	30	2.0	30	100	0	122	32	6	9	50	1.61
13268609--13268657	15	3.3	15	72	11	55	28	6	10	55	1.57
13281553--13281612	18	3.4	18	71	13	61	60	1	3	35	1.23
13284996--13285028	17	2.0	16	94	5	57	48	0	9	42	1.35
13285344--13285380	18	2.1	18	100	0	74	54	0	10	35	1.36
13286540--13286601	31	2.0	31	100	0	124	29	16	16	38	1.90
13288512--13288545	6	5.5	6	89	3	50	70	2	0	26	1.01
13289104--13289162	29	2.0	29	80	6	66	47	8	18	25	1.77
13290332--13290356	8	3.1	8	100	0	50	52	0	0	48	1.00
13292336--13292365	11	2.7	11	94	0	51	60	16	6	16	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13307354--13307388	16	2.2	16	90	5	54	77	0	2	20	0.90
13307459--13307494	17	2.1	17	94	0	63	75	2	0	22	0.94
13307740--13307799	30	2.0	31	84	15	81	50	0	43	6	1.28
13308424--13308466	12	3.7	12	82	14	54	81	4	13	0	0.84
13311125--13311183	31	1.9	31	89	0	91	28	20	27	23	1.99
13324677--13324744	16	4.2	16	96	0	127	26	0	35	38	1.57
13324725--13324815	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
13324963--13325466	120	4.2	120	94	1	857	47	6	2	43	1.41
13332039--13332066	11	2.5	11	100	0	56	42	10	39	7	1.67
13333076--13333169	27	3.5	27	92	0	143	23	19	23	34	1.97
13345328--13345464	72	2.0	71	82	5	172	36	4	7	51	1.50
13346268--13346319	21	2.5	21	90	0	77	23	21	38	17	1.93
13374139--13374177	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
13374468--13374574	50	2.1	50	84	0	142	21	31	20	26	1.98
13381868--13381906	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
13390664--13390776	51	2.3	51	81	6	124	47	7	15	29	1.73
13396523--13396552	6	5.0	6	100	0	60	66	0	16	16	1.25
13396479--13396609	69	1.9	69	85	3	183	48	6	18	25	1.72
13405006--13405123	57	2.1	57	96	0	218	33	14	13	38	1.85
13410659--13410715	11	5.2	11	78	0	60	66	12	3	17	1.37
13412840--13412901	19	3.4	19	64	31	53	25	19	3	51	1.62
13412832--13412903	36	2.0	36	100	0	144	25	22	2	50	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13412868--13412993	52	2.4	52	92	2	200	28	20	7	43	1.78
13412774--13412946	88	1.9	90	91	7	287	26	21	6	45	1.77
13412868--13413009	52	2.7	51	82	12	173	26	20	6	46	1.74
13417194--13417219	12	2.2	12	100	0	52	42	15	15	26	1.87
13424872--13424956	34	2.5	34	80	14	97	64	3	3	28	1.26
13425877--13426201	170	1.9	169	94	0	569	37	14	12	36	1.83
13435067--13435114	25	1.9	25	91	0	78	62	22	4	10	1.44
13444511--13444728	79	2.7	82	79	10	220	24	26	22	26	2.00
13444525--13444728	40	5.1	40	81	8	220	24	26	22	25	2.00
13452729--13452909	40	4.6	40	80	6	190	24	27	23	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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