genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21973472--21973583	5	22.4	5	100	0	224	59	0	0	40	0.97
21974843--21974908	34	1.9	34	90	0	105	15	13	27	43	1.84
21974843--21974920	34	2.3	34	86	4	104	15	11	29	43	1.82
21984302--21984329	6	4.7	6	100	0	56	32	17	17	32	1.94
21984851--21984888	18	2.2	18	90	4	60	18	39	26	15	1.91
21989386--21989427	21	2.0	21	86	4	59	33	9	2	54	1.46
21996019--21996087	34	2.0	34	100	0	138	33	34	2	28	1.72
21999542--21999610	26	2.7	26	86	0	102	26	14	17	42	1.87
22014156--22014203	19	2.5	20	82	6	62	10	4	6	79	1.05
22014434--22014496	3	21.0	3	85	6	83	28	1	1	68	1.08
22020003--22020300	49	6.4	46	75	11	234	34	20	18	26	1.96
22020003--22020271	46	5.7	48	77	10	252	34	19	18	26	1.95
22020003--22020215	93	2.3	90	82	7	232	34	20	18	26	1.96
22019998--22020404	44	8.9	45	74	10	224	34	20	17	27	1.95
22019998--22020403	139	3.0	139	85	3	522	33	20	17	27	1.96
22020046--22020271	95	2.4	92	81	5	258	34	19	19	26	1.96
22019959--22020390	93	4.8	88	75	9	228	33	20	17	28	1.95
22030880--22030910	6	5.2	6	100	0	62	0	67	0	32	0.91
22036877--22036908	14	2.4	14	94	5	57	21	6	0	71	1.07
22039978--22040035	22	2.6	23	81	8	66	34	22	24	18	1.96
22039977--22040067	23	4.0	22	77	9	78	36	19	23	20	1.95
22042530--22042563	16	2.1	17	88	5	52	23	2	2	70	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22045647--22045843	89	2.2	88	81	3	216	27	23	20	27	1.99
22053385--22053422	3	12.3	3	84	15	51	65	0	2	31	1.06
22053385--22053422	11	3.1	12	88	11	51	65	0	2	31	1.06
22053385--22053422	14	2.7	14	91	0	58	65	0	2	31	1.06
22057211--22057273	30	2.1	30	96	0	117	30	11	20	38	1.87
22059161--22059200	21	1.9	21	85	10	55	47	2	15	35	1.58
22060254--22060382	43	3.0	43	75	6	118	19	17	28	34	1.94
22062997--22063074	36	2.2	36	95	0	138	35	8	16	38	1.80
22073836--22073866	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
22074417--22074505	18	4.9	18	91	0	133	30	24	14	30	1.95
22078557--22078587	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
22080178--22080205	14	2.0	14	100	0	56	7	28	0	64	1.20
22080269--22080297	6	5.0	6	95	4	51	13	0	17	68	1.20
22081880--22081914	17	2.1	17	100	0	70	34	0	0	65	0.93
22082071--22082166	45	2.2	44	83	5	113	35	28	6	30	1.82
22082654--22082727	38	1.9	39	94	2	132	17	13	6	62	1.52
22088406--22088599	50	3.9	50	79	4	178	29	22	25	21	1.99
22097266--22097318	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
22109520--22109605	4	21.8	4	72	9	52	23	8	1	67	1.24
22109520--22109559	21	1.9	21	90	10	64	20	12	0	67	1.22
22109524--22109567	21	2.1	21	83	8	54	20	13	0	65	1.26
22112891--22112942	9	5.6	9	78	21	54	84	3	9	1	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22112896--22112942	18	2.6	18	89	3	67	85	2	10	2	0.78
22112905--22112945	8	5.0	8	88	8	57	85	0	12	2	0.70
22113726--22114221	137	3.6	135	72	8	428	33	16	20	29	1.95
22113969--22114525	96	6.1	88	70	15	238	32	17	20	29	1.96
22114016--22114368	181	2.0	181	91	0	580	31	16	22	30	1.96
22114334--22114527	44	4.2	44	73	10	156	32	19	18	29	1.95
22114495--22114566	37	1.9	37	85	0	99	30	25	22	22	1.99
22116218--22116272	12	4.4	13	80	15	55	25	3	0	70	1.03
22137954--22138182	50	4.5	50	81	3	215	26	20	28	24	1.99
22143578--22143643	18	3.7	18	97	0	123	34	13	12	39	1.82
22144074--22144312	72	3.3	72	90	1	356	23	6	15	53	1.65
22145599--22145637	21	1.9	20	85	15	53	43	5	20	30	1.73
22146222--22146253	13	2.5	13	89	0	55	37	25	9	28	1.87
22146200--22146253	26	2.0	27	82	10	67	33	27	7	31	1.84
22146373--22146404	14	2.2	15	94	5	57	37	6	0	56	1.25
22146701--22146748	22	2.2	22	85	7	62	31	8	6	54	1.55
22163261--22163331	35	2.0	35	100	0	142	28	11	30	29	1.91
22168538--22168645	55	2.0	55	90	3	173	21	12	14	51	1.74
22170567--22170591	5	5.0	5	100	0	50	40	20	20	20	1.92
22170682--22170707	5	5.2	5	100	0	52	38	19	19	23	1.93
22171629--22171683	9	6.1	9	85	8	76	32	9	12	45	1.74
22173887--22173937	25	2.1	24	85	10	68	21	3	5	68	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22193483--22193547	13	4.7	13	74	20	60	33	0	1	64	1.03
22193490--22193546	3	21.0	3	73	20	54	29	0	1	68	1.00
22194629--22194654	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
22197488--22197602	52	2.2	52	90	3	178	36	17	13	33	1.88
22198434--22198551	36	3.2	38	75	18	106	42	1	2	53	1.24
22198422--22198510	36	2.5	35	81	15	112	46	1	3	49	1.26
22199546--22199612	34	1.9	35	90	3	109	34	8	10	46	1.70
22215564--22215598	17	2.0	18	88	5	54	34	2	22	40	1.69
22217933--22217964	6	5.3	6	100	0	64	84	0	0	15	0.63
22219664--22219726	23	2.7	23	75	22	67	68	3	3	25	1.19
22219683--22219720	8	4.8	8	84	9	51	65	5	0	28	1.14
22219665--22219726	25	2.6	23	78	14	63	69	3	3	24	1.18
22220576--22220787	115	1.8	114	83	6	275	27	25	22	24	2.00
22227643--22227705	27	2.2	29	83	8	76	60	0	1	38	1.07
22230849--22230910	31	2.0	30	84	3	79	43	3	3	50	1.34
22233462--22234454	467	2.1	466	81	2	1154	31	10	26	32	1.89
22234606--22234721	57	2.0	57	89	0	178	40	14	8	36	1.77
22246908--22246948	23	1.9	21	85	14	57	19	4	7	68	1.32
22253114--22253462	138	2.5	138	82	0	401	32	15	22	30	1.94
22253331--22253986	44	14.1	44	64	18	159	32	19	19	27	1.96
22253114--22253521	138	3.0	138	80	1	388	32	15	21	30	1.94
22253341--22254019	94	7.2	93	81	4	616	32	19	19	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22253531--22254021	187	2.6	188	84	3	623	32	20	19	27	1.96
22253959--22254073	50	2.3	50	92	0	194	30	20	20	28	1.98
22253866--22254162	144	2.1	144	80	4	321	33	19	19	27	1.96
22271396--22271420	9	2.8	9	100	0	50	16	0	0	84	0.63
22274125--22274169	18	2.5	18	100	0	90	0	57	0	42	0.98
22275306--22275371	34	1.9	34	90	3	105	42	15	10	31	1.81
22275449--22275498	24	2.1	24	100	0	100	50	12	12	26	1.74
22277909--22277951	18	2.4	18	84	0	59	32	2	2	62	1.20
22278053--22278101	25	2.0	25	87	0	71	51	4	4	40	1.40
22279535--22279603	32	2.2	32	86	2	95	55	4	4	36	1.40
22280164--22280214	26	2.0	27	81	14	63	68	0	1	29	1.00
22289017--22289054	19	2.1	18	85	14	51	36	0	10	52	1.36
22289741--22289800	25	2.5	24	78	10	68	15	23	20	41	1.89
22289793--22289934	25	5.8	24	74	9	126	19	25	19	35	1.95
22289925--22289984	25	2.4	26	80	8	70	28	23	16	31	1.96
22294024--22294121	43	2.2	44	83	1	126	34	23	15	26	1.94
22295416--22295460	19	2.4	19	85	7	56	68	0	2	28	1.01
22299783--22299896	60	1.9	59	84	8	151	46	14	12	26	1.80
22299782--22299944	60	2.8	59	79	11	149	45	14	12	27	1.81
22302384--22302425	21	2.0	21	86	9	59	40	19	19	21	1.92
22302635--22302678	22	2.0	22	86	4	61	38	18	27	15	1.91
22304444--22304531	11	8.4	11	72	18	71	22	31	1	44	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22304445--22304544	51	2.0	51	84	7	132	24	31	1	44	1.61
22306126--22306168	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
22306409--22306456	21	2.3	21	78	7	53	37	39	16	6	1.74
22307423--22307480	28	2.1	28	83	3	73	25	3	5	65	1.29
22315035--22315071	15	2.3	17	86	9	51	16	2	2	78	0.98
22315037--22315101	26	2.3	26	82	10	76	15	3	4	76	1.07
22319065--22319106	20	2.1	20	100	0	84	23	28	4	42	1.74
22336715--22336899	40	4.7	40	86	7	218	25	21	27	26	1.99
22336715--22336932	80	2.7	79	78	10	207	26	20	27	25	1.99
22343295--22343726	40	10.8	40	93	0	729	29	20	27	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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