genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  73  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22351939--22352370	40	10.8	40	93	0	729	29	20	27	22	1.98
22357102--22357365	40	6.7	40	88	5	342	25	21	27	26	1.99
22357102--22357398	120	2.5	118	81	9	329	26	20	27	25	1.99
22358865--22358905	20	2.1	19	86	4	55	24	12	31	31	1.92
22369488--22369517	13	2.2	14	94	5	53	56	0	6	36	1.26
22369592--22369626	18	1.9	18	88	0	52	45	5	0	48	1.26
22372441--22372483	21	2.0	21	82	13	52	53	6	6	32	1.55
22377086--22377314	92	2.5	92	84	4	302	36	11	20	31	1.88
22384858--22384889	13	2.3	15	89	10	50	62	0	34	3	1.11
22384894--22384923	5	6.0	5	100	0	60	40	0	60	0	0.97
22385286--22385320	16	2.1	17	94	5	63	22	0	2	74	0.95
22388000--22388169	62	2.7	62	79	8	159	50	10	5	33	1.61
22388051--22388169	62	1.9	62	92	0	202	49	10	6	33	1.63
22391401--22391475	27	2.8	27	75	0	78	28	32	21	18	1.97
22392619--22392653	17	2.1	17	89	10	54	31	0	0	68	0.90
22392773--22392818	22	2.2	20	92	7	74	60	0	0	39	0.97
22393246--22393284	20	2.0	20	89	0	60	46	12	7	33	1.71
22393251--22393291	20	2.0	20	85	0	55	51	9	7	31	1.62
22393283--22395045	377	4.7	376	86	2	2196	29	17	18	34	1.94
22396130--22396159	4	7.5	4	92	0	51	70	0	30	0	0.88
22397822--22398012	34	5.6	34	78	1	168	42	12	13	31	1.81
22406690--22406759	33	2.1	33	100	0	140	24	8	12	54	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22409356--22409542	67	2.8	67	77	7	198	45	11	12	30	1.77
22411831--22411856	7	3.7	7	100	0	52	61	0	11	26	1.30
22413221--22413274	22	2.5	22	80	14	67	9	31	18	40	1.82
22427359--22427396	20	1.9	20	88	0	58	18	18	15	47	1.83
22433673--22433732	26	2.3	26	88	5	86	45	15	11	28	1.81
22437051--22437127	27	2.9	27	82	7	93	31	18	19	31	1.96
22438473--22438515	11	3.7	11	85	11	59	60	2	0	37	1.10
22442808--22442833	13	2.0	13	100	0	52	30	7	7	53	1.57
22443471--22443528	22	2.6	22	86	5	73	37	22	22	17	1.93
22443493--22443537	22	2.0	22	86	0	63	35	22	22	20	1.96
22444527--22444566	21	2.0	21	85	9	57	27	7	17	47	1.74
22461691--22461728	20	1.9	20	89	10	60	60	5	15	18	1.53
22466456--22466568	51	2.2	49	83	9	138	27	16	6	49	1.69
22473575--22473618	21	2.0	22	86	4	63	34	13	0	52	1.41
22473568--22473624	14	4.2	13	75	20	53	33	15	0	50	1.44
22473585--22473633	14	3.5	13	78	10	53	34	16	0	48	1.46
22473583--22473641	28	2.1	28	81	12	68	35	16	0	47	1.47
22473638--22473673	13	2.7	13	95	4	63	30	0	0	69	0.89
22475328--22475497	63	2.7	62	82	6	191	32	34	5	27	1.79
22480417--22480557	41	3.4	41	80	1	140	23	26	14	35	1.93
22483011--22483386	41	9.2	41	84	0	430	20	27	17	35	1.94
22483123--22483238	21	5.6	21	62	20	64	17	29	18	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22495433--22495479	6	7.8	6	76	9	51	68	0	0	31	0.90
22495428--22495479	18	2.9	17	80	8	68	71	0	0	28	0.87
22500468--22500583	22	5.1	22	77	7	90	44	37	2	14	1.59
22500468--22500583	23	5.1	23	78	4	128	44	37	2	14	1.59
22500468--22500583	45	2.6	44	83	4	133	44	37	2	14	1.59
22506732--22506821	40	2.2	41	82	4	101	38	25	13	22	1.90
22508090--22508554	231	2.0	231	97	0	876	39	17	12	30	1.87
22511701--22511767	25	2.7	25	76	0	71	41	13	13	31	1.83
22515881--22516252	50	7.6	50	72	4	326	23	20	23	31	1.98
22515849--22516278	98	4.4	98	90	0	590	23	20	22	33	1.97
22553274--22553300	8	3.4	8	100	0	54	37	22	0	40	1.54
22560232--22560380	74	2.0	74	98	0	289	32	22	10	34	1.88
22562729--22562776	25	2.0	24	84	8	62	29	2	16	52	1.56
22567783--22567897	6	19.2	6	75	0	86	44	20	19	16	1.87
22567786--22567897	12	9.3	12	80	0	116	43	20	19	16	1.88
22567774--22567900	24	5.3	24	82	0	119	44	21	18	14	1.86
22571024--22571064	8	5.2	8	82	14	50	19	2	2	75	1.03
22571032--22571064	15	2.2	15	89	10	50	21	0	3	75	0.93
22576543--22576666	32	3.9	32	84	0	158	37	20	20	21	1.94
22576543--22576666	64	1.9	64	86	0	176	37	20	20	21	1.94
22576845--22576890	11	4.0	11	81	10	56	50	26	4	19	1.66
22576838--22576895	24	2.4	24	91	0	89	48	24	5	22	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22576838--22576879	13	3.4	13	83	12	61	47	23	4	23	1.70
22576852--22576924	24	3.0	24	86	4	85	46	23	5	24	1.73
22576939--22577298	27	13.4	27	73	11	174	24	20	18	37	1.94
22576939--22577163	80	2.8	79	76	10	217	22	20	19	38	1.94
22576959--22577108	53	2.8	53	82	4	178	22	19	19	38	1.93
22577074--22577220	54	2.7	54	87	6	201	25	19	16	38	1.92
22577099--22577321	54	4.1	54	82	4	198	24	20	17	38	1.93
22577068--22577321	81	3.1	80	80	4	271	24	20	17	37	1.93
22577193--22577321	27	4.7	27	77	4	109	24	21	17	36	1.95
22579701--22579882	41	4.4	41	89	2	258	25	28	20	24	1.99
22580517--22580541	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
22581430--22581468	16	2.2	19	86	13	57	33	5	0	61	1.18
22587479--22587672	41	4.7	41	98	0	370	26	28	20	24	1.99
22587948--22587984	19	1.9	19	88	0	56	45	5	2	45	1.40
22588294--22588319	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
22595157--22595351	41	4.8	41	98	0	372	26	28	21	24	1.99
22595963--22596015	2	27.0	2	81	11	65	47	3	1	47	1.31
22596202--22596233	15	2.1	16	94	5	57	53	6	3	37	1.42
22596912--22596950	16	2.2	19	86	13	57	33	5	0	61	1.18
22608098--22608136	16	2.2	19	86	13	57	33	5	0	61	1.18
22608473--22608615	41	3.5	41	76	5	137	20	20	24	33	1.97
22612608--22612768	41	3.9	41	82	4	182	20	19	26	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22612612--22612768	82	1.9	82	83	5	201	20	19	26	33	1.97
22616587--22616674	46	1.9	46	83	4	115	38	18	20	22	1.93
22616890--22617028	32	4.4	32	82	0	163	38	20	20	20	1.94
22617173--22617230	24	2.4	24	91	5	91	48	24	8	18	1.76
22617186--22617263	24	3.2	24	81	3	77	48	23	5	23	1.70
22617211--22617283	24	3.0	24	83	0	83	47	21	5	24	1.72
22617327--22617607	27	10.4	27	77	10	145	23	18	17	40	1.91
22617326--22617617	54	5.4	55	77	11	225	23	18	18	39	1.92
22617370--22617629	81	3.2	80	82	9	260	23	18	18	39	1.92
22617410--22617629	27	8.1	27	86	5	250	24	18	17	39	1.92
22625235--22625546	159	2.0	159	89	2	484	36	10	15	37	1.83
22627292--22627355	13	4.9	13	92	0	110	23	7	28	40	1.82
22627601--22627636	8	4.5	8	100	0	72	50	0	0	50	1.00
22627607--22627642	16	2.2	16	90	0	54	58	0	0	41	0.98
22630245--22630306	32	1.9	32	100	0	124	45	0	8	46	1.32
22632879--22633167	143	2.0	143	95	1	517	28	14	24	33	1.94
22639505--22639545	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
22647673--22647733	26	2.3	26	83	8	70	54	1	1	42	1.20
22651313--22651650	51	6.6	51	80	5	321	28	14	26	30	1.95
22651309--22651647	102	3.3	101	87	2	441	28	15	26	29	1.96
22651304--22651650	153	2.3	152	83	2	419	29	14	25	29	1.95
22653436--22653521	21	4.0	22	82	8	97	38	22	20	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22654403--22654485	30	2.9	28	77	10	78	0	26	4	68	1.09
22654694--22654758	30	2.3	27	84	7	76	41	3	0	55	1.15
22657015--22657054	21	2.0	20	90	5	62	47	2	2	47	1.29
22657261--22657357	49	2.0	49	100	0	194	30	30	15	22	1.95
22661158--22661195	20	1.9	20	84	10	51	71	0	10	18	1.14
22664487--22664620	30	4.5	29	68	17	78	38	10	7	43	1.67
22666586--22666666	41	2.0	41	95	0	144	28	24	20	25	1.99
22668336--22668387	28	1.9	26	92	7	86	46	7	0	46	1.31
22671065--22671111	24	2.0	23	87	4	67	12	4	10	72	1.25
22672691--22672728	20	1.9	20	89	10	60	18	0	7	73	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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