genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7840249--7840312	27	2.4	26	86	2	83	40	1	12	45	1.51
7840296--7840397	8	12.2	8	73	13	64	35	2	16	45	1.63
7840364--7840521	46	3.3	46	71	14	156	34	0	18	46	1.54
7840292--7840426	17	8.3	17	65	14	70	36	2	15	45	1.59
7841456--7842073	114	5.4	114	88	0	896	27	25	22	25	2.00
7849081--7849134	27	2.0	28	81	3	65	48	0	1	50	1.11
7856996--7857051	23	2.4	23	75	0	58	16	10	30	42	1.82
7858358--7858642	31	9.5	31	72	11	182	44	15	8	32	1.76
7858364--7858564	61	3.3	61	80	6	237	42	15	9	32	1.79
7858358--7858564	92	2.2	92	81	5	222	42	14	9	33	1.78
7858551--7858601	25	2.0	25	88	3	75	52	13	5	27	1.63
7860671--7860708	3	13.0	3	94	5	69	68	0	0	31	0.90
7865260--7865287	14	2.0	14	100	0	56	42	7	7	42	1.59
7868816--7869004	43	4.4	43	85	4	265	26	28	17	27	1.98
7869291--7869375	43	2.0	43	88	0	125	45	11	8	34	1.70
7871555--7871580	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
7872736--7873049	111	2.9	110	76	12	367	28	11	11	48	1.74
7873826--7873860	14	2.5	14	90	9	54	31	45	0	22	1.53
7873889--7873930	14	2.9	14	82	6	57	35	35	0	28	1.58
7873885--7873933	15	3.4	15	83	8	66	38	32	0	28	1.57
7874162--7874207	22	2.1	22	83	0	56	41	36	0	21	1.54
7874448--7875161	114	6.3	114	89	1	948	27	26	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7876202--7876258	22	2.7	22	79	15	68	63	5	1	29	1.27
7876202--7876256	21	2.7	19	78	18	58	63	5	1	29	1.27
7878357--7878394	20	1.9	20	94	0	67	31	0	5	63	1.17
7878351--7878395	20	2.3	19	85	11	63	33	2	4	60	1.29
7878917--7878965	21	2.2	21	82	13	55	6	30	2	61	1.32
7881893--7881958	19	3.5	19	82	13	66	59	6	0	34	1.22
7889140--7889244	53	2.0	53	88	0	156	40	8	17	34	1.80
7889536--7889624	39	2.3	39	88	5	126	52	6	2	38	1.40
7889756--7889796	21	2.0	21	85	9	57	43	2	0	53	1.13
7890030--7890072	12	3.3	12	78	15	50	39	4	0	55	1.20
7900878--7900928	26	2.0	26	88	0	75	39	23	19	17	1.92
7900943--7900990	25	1.9	25	82	0	60	25	18	37	18	1.94
7900968--7901007	18	2.2	18	86	0	53	27	22	35	15	1.94
7901183--7901286	44	2.4	44	83	3	138	32	18	30	18	1.95
7902585--7902609	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
7908341--7908381	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
7913155--7913416	131	2.0	131	98	0	506	28	17	22	30	1.97
7918952--7918977	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
7925837--7925881	6	7.5	6	94	0	72	17	0	4	77	0.92
7925880--7925915	6	6.0	6	100	0	72	0	16	0	83	0.65
7926815--7927006	104	1.8	104	84	4	262	27	13	26	33	1.93
7932410--7932486	27	2.9	27	90	3	111	16	16	36	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7935900--7935946	6	7.8	6	87	0	58	4	29	31	34	1.77
7939407--7939459	23	2.4	22	78	6	61	0	33	0	66	0.92
7939672--7939722	13	3.9	13	77	10	59	60	1	0	37	1.08
7940668--7940780	37	3.1	37	100	0	226	39	2	2	54	1.28
7940979--7941192	19	11.2	19	72	21	144	55	12	0	31	1.41
7940979--7941168	80	2.2	80	82	12	204	55	13	0	31	1.38
7941023--7941209	101	1.9	101	94	2	331	57	12	0	29	1.40
7941124--7941190	22	3.2	22	87	8	95	59	10	1	28	1.39
7941339--7941416	14	6.1	12	79	17	61	1	32	0	66	1.00
7941347--7941395	3	17.3	3	79	12	59	2	34	0	63	1.06
7941343--7941405	14	4.5	14	90	4	83	1	34	0	63	1.04
7941942--7941985	21	2.0	24	86	13	67	45	0	4	50	1.22
7942031--7942106	27	2.8	27	76	4	82	19	23	32	23	1.97
7942172--7942217	18	2.4	19	82	10	58	63	2	34	0	1.07
7943376--7943417	16	2.7	15	85	7	57	57	2	2	38	1.25
7943454--7943534	37	2.2	38	95	2	146	39	2	3	54	1.32
7943568--7943689	60	2.0	60	85	3	165	54	13	0	31	1.46
7943749--7943942	48	4.0	48	91	2	309	53	14	1	31	1.48
7943730--7943934	22	8.9	22	76	20	190	53	14	0	30	1.48
7943743--7943938	97	2.0	95	94	2	306	53	14	1	30	1.48
7943743--7943914	27	7.0	27	77	18	160	54	14	1	30	1.48
7943895--7944059	39	4.1	40	69	18	126	53	13	1	30	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7943883--7944076	61	3.2	59	73	19	193	54	14	1	29	1.50
7943730--7944057	19	15.0	21	66	25	114	53	14	1	30	1.50
7944124--7944154	12	2.6	12	94	0	53	41	19	0	38	1.51
7944216--7944281	3	22.7	3	82	11	84	0	33	0	66	0.92
7944230--7944281	11	4.6	11	81	13	70	0	36	0	63	0.95
7944216--7944281	14	4.8	14	92	5	100	0	33	0	66	0.92
7952064--7952109	16	2.8	17	83	12	60	56	0	0	43	0.99
7953308--7953349	21	2.0	21	86	9	59	47	0	2	50	1.14
7953308--7953347	14	2.7	15	80	7	55	45	0	2	52	1.14
7971383--7971412	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
7972400--7972494	48	2.0	48	95	0	172	43	23	15	17	1.88
7972716--7972752	19	1.9	19	100	0	74	48	18	10	21	1.78
7977969--7978009	10	4.0	10	87	3	55	46	19	0	34	1.50
7978429--7978500	26	2.8	26	83	6	94	37	8	20	33	1.83
7985637--7985683	12	3.8	12	86	11	60	68	0	29	2	1.02
7986970--7986999	13	2.3	13	94	0	51	30	0	20	50	1.49
7993820--7993854	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
7994455--7994501	20	2.4	19	82	10	58	25	2	4	68	1.19
8000822--8000872	16	3.4	15	78	15	52	37	1	0	60	1.08
8001710--8001737	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
8009662--8009706	9	5.2	9	84	10	67	22	11	31	35	1.89
8009662--8009706	17	2.6	18	82	10	67	22	11	31	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8009996--8010050	27	2.0	27	100	0	110	45	21	14	18	1.85
8013978--8014099	43	2.9	42	82	2	154	22	18	27	31	1.97
8013978--8014099	42	2.9	42	82	4	147	22	18	27	31	1.97
8015972--8016291	109	3.0	110	93	2	524	32	18	16	32	1.93
8016629--8016763	67	2.0	67	97	0	252	63	14	9	12	1.51
8016864--8016898	15	2.2	16	95	5	63	51	0	8	40	1.33
8017219--8017253	14	2.6	14	90	4	54	60	2	0	37	1.12
8017785--8017834	25	2.0	26	92	4	84	48	2	0	50	1.12
8017788--8017842	25	2.2	26	86	3	76	49	1	1	47	1.23
8017858--8017997	59	2.4	59	97	0	262	39	5	9	46	1.58
8017979--8018006	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
8021505--8021597	32	2.9	32	98	0	177	26	3	18	51	1.61
8022951--8022995	20	2.2	21	88	11	67	57	13	6	22	1.59
8025211--8025450	90	2.8	83	78	12	238	31	7	19	41	1.80
8026761--8026929	94	1.8	90	83	7	223	47	7	8	36	1.62
8030853--8030886	13	2.4	14	90	9	52	61	0	8	29	1.26
8031282--8031382	42	2.4	42	85	3	132	30	18	23	26	1.98
8032710--8032740	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
8033024--8033083	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
8034624--8034656	13	2.6	13	90	4	50	69	0	3	27	1.03
8034612--8034693	31	2.8	30	77	17	82	65	0	2	31	1.05
8034646--8034682	18	2.0	19	89	5	58	67	0	2	29	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8034612--8034671	30	2.0	30	83	9	77	66	0	1	31	1.01
8034616--8034679	20	3.2	20	71	20	55	68	0	3	28	1.04
8034647--8034688	18	2.4	17	84	11	50	73	0	2	23	0.94
8042871--8042908	18	2.1	19	85	5	51	44	0	0	55	0.99
8054721--8054768	18	2.6	19	86	6	71	64	0	2	33	1.05
8059230--8059263	17	2.0	17	100	0	68	35	17	5	41	1.74
8065875--8065936	32	1.9	32	87	6	90	32	12	22	32	1.92
8071816--8071892	16	4.7	16	67	15	50	32	5	2	59	1.33
8082409--8082465	18	3.0	18	78	12	60	8	28	3	59	1.44
8082802--8082938	58	2.4	58	92	0	220	27	16	14	41	1.87

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