genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  71  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21752533--21752570	20	1.9	20	88	0	58	34	10	0	55	1.34
21752428--21752674	93	2.5	103	87	7	309	33	10	4	51	1.55
21757562--21757657	12	7.8	12	72	5	66	79	2	13	5	1.00
21757612--21757658	6	8.2	6	90	9	80	82	0	17	0	0.66
21758887--21759025	44	3.2	44	66	11	113	26	30	23	18	1.98
21758905--21759045	43	3.2	42	68	11	104	26	28	27	17	1.98
21758875--21759101	88	2.6	89	92	1	366	30	27	23	18	1.98
21759084--21759605	132	3.9	132	89	1	778	29	19	22	27	1.98
21759548--21759716	44	3.8	44	85	4	234	27	18	24	28	1.98
21759548--21759716	88	1.9	88	89	4	261	27	18	24	28	1.98
21759098--21759673	264	2.2	263	88	3	791	29	18	23	28	1.98
21761302--21761339	20	1.9	20	88	0	58	34	10	0	55	1.34
21761366--21761408	16	2.5	17	81	7	52	34	6	4	53	1.49
21761399--21761450	20	2.8	18	78	13	61	38	7	0	53	1.30
21761302--21761547	100	2.4	104	85	10	360	34	10	3	52	1.52
21761402--21761447	20	2.3	20	84	0	65	36	8	0	54	1.32
21761389--21761544	46	3.2	49	71	20	153	33	10	4	50	1.58
21766264--21766333	29	2.4	29	85	0	104	58	18	11	11	1.62
21766331--21766373	20	2.2	20	87	8	61	53	16	25	4	1.62
21766343--21766393	25	2.0	25	85	7	68	49	15	27	7	1.72
21778383--21778468	20	4.2	20	76	12	75	46	24	13	15	1.82
21788736--21788770	18	1.9	18	100	0	70	40	14	11	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21793004--21793048	19	2.3	20	84	7	65	66	0	4	28	1.11
21793017--21793108	10	9.4	10	70	16	59	64	1	5	29	1.23
21793062--21793097	18	1.9	18	88	5	54	63	0	11	25	1.27
21793121--21793179	10	6.0	10	75	9	50	67	1	8	22	1.26
21793120--21793178	19	2.9	20	80	10	66	67	3	8	20	1.31
21793133--21793213	27	3.0	26	80	10	65	61	6	4	27	1.40
21793380--21793421	20	2.1	20	82	8	50	30	7	2	59	1.37
21793390--21793430	19	2.2	18	83	12	55	34	4	0	60	1.18
21793365--21793511	9	16.1	9	65	12	59	31	3	2	62	1.26
21794861--21795215	96	3.7	96	94	0	586	28	18	24	28	1.98
21801548--21801897	124	2.8	124	93	0	601	30	14	21	33	1.93
21803953--21803991	17	2.3	17	100	0	78	28	10	12	48	1.74
21805794--21805872	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
21805993--21806516	47	11.0	47	92	2	805	28	31	9	31	1.89
21805993--21806516	96	5.5	94	91	3	805	28	31	9	31	1.89
21805991--21806516	143	3.7	144	93	1	844	28	31	9	31	1.89
21809961--21810197	40	5.9	40	92	0	384	24	26	23	26	2.00
21809978--21810276	40	7.5	39	85	6	143	24	26	23	26	2.00
21809974--21810276	120	2.5	120	83	5	355	24	26	23	26	2.00
21810584--21810662	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
21812557--21812635	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
21812756--21813278	47	11.0	47	92	2	805	28	31	9	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21812756--21813278	96	5.5	94	91	3	805	28	31	9	30	1.89
21816722--21816958	40	5.9	40	92	0	384	24	26	23	26	2.00
21816739--21817037	40	7.5	39	85	6	143	24	26	23	26	2.00
21816735--21817037	120	2.5	120	83	5	355	24	26	23	26	2.00
21817345--21817423	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
21819318--21819396	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
21819515--21820042	47	11.1	47	92	2	815	28	31	9	31	1.88
21819515--21820039	96	5.5	94	92	3	818	28	31	9	31	1.88
21819515--21820039	143	3.7	144	93	1	853	28	31	9	31	1.88
21823604--21823669	31	2.2	30	94	2	114	62	0	0	37	0.96
21823612--21823652	21	2.0	21	85	0	55	60	0	0	39	0.96
21823670--21823791	51	2.4	51	90	6	185	41	0	27	29	1.62
21823764--21823789	12	2.2	12	100	0	52	38	0	30	30	1.58
21824420--21824479	30	2.0	30	96	0	111	28	3	11	56	1.51
21824603--21824636	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
21829532--21829646	42	2.7	43	80	1	133	30	27	19	22	1.98
21833498--21833759	39	6.7	40	87	7	328	25	22	27	24	2.00
21841524--21841785	39	6.6	39	85	5	302	25	22	27	25	2.00
21859002--21859060	15	3.8	15	75	16	66	54	1	0	44	1.10
21859037--21859087	24	2.1	24	85	7	68	54	0	0	45	0.99
21859112--21859182	16	4.4	16	68	26	51	38	0	1	60	1.06
21859123--21859147	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21859297--21859385	44	2.0	46	82	8	112	39	23	2	34	1.67
21863164--21863321	71	2.2	71	87	0	217	30	20	20	27	1.98
21863358--21863412	22	2.5	22	69	0	56	23	16	21	38	1.93
21866038--21866062	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
21877707--21877764	28	2.2	25	80	19	80	43	22	12	22	1.86
21877713--21877769	28	2.0	28	100	0	114	43	24	10	21	1.83
21880506--21880562	26	2.2	26	93	0	96	43	8	22	24	1.81
21880525--21880577	26	2.0	26	85	0	70	41	16	16	24	1.89
21883796--21883842	19	2.5	19	83	16	55	68	10	17	4	1.35
21888335--21888476	43	3.3	44	82	5	157	30	24	15	29	1.96
21888358--21888490	43	3.1	42	77	6	142	28	23	15	32	1.95
21888799--21888848	21	2.4	21	100	0	100	0	46	18	36	1.49
21894297--21894693	9	43.0	9	67	17	158	35	0	18	46	1.52
21894286--21894722	58	7.3	58	74	15	247	35	0	18	45	1.51
21894359--21894650	49	5.7	48	70	22	143	34	0	19	45	1.53
21894301--21894706	34	12.0	34	68	21	173	34	0	18	46	1.52
21894558--21894624	21	3.4	20	72	16	68	37	0	17	44	1.49
21894560--21894634	38	2.0	38	97	0	141	36	0	18	45	1.50
21894755--21894840	9	9.3	9	75	9	75	38	1	16	44	1.55
21894755--21894840	37	2.3	37	82	7	104	38	1	16	44	1.55
21894755--21894830	28	2.7	29	80	13	88	38	0	17	44	1.49
21894956--21894996	20	2.0	20	100	0	82	14	19	9	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21895066--21895246	75	2.4	75	92	0	301	48	8	11	32	1.69
21895379--21895529	66	2.3	65	86	3	203	49	11	3	35	1.56
21897977--21898189	7	29.9	7	73	9	117	41	33	1	23	1.63
21897977--21898048	29	2.5	30	86	6	103	36	41	1	20	1.61
21898482--21898782	114	2.7	113	88	2	437	27	24	20	27	1.99
21898711--21898843	40	3.3	40	79	2	124	23	26	21	29	1.99
21898917--21898950	10	3.4	10	87	0	50	44	14	0	41	1.45
21902299--21902349	2	25.5	2	100	0	102	0	0	50	49	1.00
21905071--21905108	19	2.0	19	85	10	51	42	2	5	50	1.39
21910507--21910594	43	2.0	43	100	0	176	28	14	25	31	1.95
21913228--21913374	74	2.0	74	94	0	258	37	8	12	41	1.74
21914689--21914717	13	2.1	14	93	6	51	82	0	6	10	0.83
21914767--21914798	11	2.9	11	100	0	64	56	15	9	18	1.66
21914767--21914807	11	3.7	11	93	0	55	58	12	7	21	1.58
21916192--21916222	15	2.1	15	93	0	53	19	45	9	25	1.81
21918568--21918795	40	5.7	40	96	0	411	30	20	27	21	1.98
21920173--21920623	217	2.1	218	90	0	706	27	22	19	30	1.98
21920287--21920623	45	7.7	45	71	11	198	26	24	19	29	1.98
21929015--21929067	15	3.5	15	76	5	54	60	7	1	30	1.35
21932655--21932718	32	2.0	32	96	0	119	12	29	9	48	1.72
21936131--21936197	34	2.0	32	94	5	116	50	2	2	43	1.32
21937843--21937893	26	2.0	26	84	7	68	17	0	9	72	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21940917--21940999	41	2.1	39	84	8	105	32	13	19	34	1.90
21941366--21941400	17	2.0	18	88	5	54	34	8	11	45	1.71
21945525--21945559	17	2.0	18	88	5	54	34	8	11	45	1.71
21946697--21946731	17	2.0	18	88	5	54	34	8	11	45	1.71
21947792--21947826	17	2.0	18	94	5	63	34	5	11	48	1.63
21960691--21960725	17	2.0	18	88	5	54	34	8	11	45	1.71
21964172--21964212	14	2.8	15	82	10	50	24	2	4	68	1.22
21964268--21964400	35	3.8	35	79	0	131	25	21	12	41	1.87
21966481--21966509	6	4.8	6	100	0	58	34	0	48	17	1.47
21969016--21969082	29	2.3	30	80	10	86	35	2	4	56	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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