genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.162.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  162  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51902723--51903052	54	6.1	53	70	9	202	27	19	15	37	1.92
51902771--51903068	108	2.8	108	81	0	308	27	19	14	38	1.91
51902768--51903077	162	1.9	162	79	2	345	27	19	15	37	1.92
51902872--51903123	108	2.3	108	81	1	272	26	21	14	37	1.92
51903356--51903654	54	5.5	55	81	2	212	26	21	15	37	1.93
51903409--51903737	108	3.0	108	80	1	401	26	22	14	36	1.93
51903407--51903737	162	2.0	162	84	1	430	26	22	14	36	1.93
51903407--51903737	54	6.1	55	79	3	341	26	22	14	36	1.93
51902760--51903966	639	1.9	636	82	1	1369	30	18	17	34	1.94
51904012--51904184	54	3.2	54	76	3	143	27	22	13	36	1.92
51903557--51904563	453	2.2	453	83	2	1198	31	17	17	33	1.93
51904464--51904662	54	3.7	54	77	4	195	23	17	19	39	1.92
51903557--51904652	456	2.4	453	81	2	1214	30	17	17	33	1.94
51904576--51904776	54	3.7	54	73	2	170	28	19	15	36	1.93
51904605--51904809	108	1.9	107	80	6	234	28	21	13	36	1.91
51905886--51906042	54	2.9	54	75	7	140	31	18	12	36	1.89
51906066--51906187	54	2.3	54	80	0	127	29	18	15	36	1.92
51906118--51906245	54	2.4	54	80	2	123	27	20	17	35	1.95
51906889--51907235	54	6.4	54	78	4	340	24	21	15	38	1.93
51906889--51907235	162	2.1	162	82	3	403	24	21	15	38	1.93
51906928--51907247	108	3.0	108	83	5	396	24	22	16	37	1.94
51907552--51907700	51	2.8	53	76	6	140	24	19	17	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51907640--51907868	108	2.1	108	84	3	300	26	20	14	37	1.92
51906521--51908025	612	2.5	610	81	4	1677	29	18	17	34	1.94
51907640--51907870	54	4.3	53	79	5	212	26	20	15	37	1.92
51908755--51909002	68	3.6	68	81	10	299	41	18	14	26	1.88
51908743--51908958	114	1.9	116	92	4	366	40	18	14	26	1.89
51908761--51909002	46	5.3	46	89	4	312	40	18	14	26	1.89
51909682--51909834	41	3.8	40	81	5	128	34	27	13	24	1.93
51909699--51909834	41	3.3	40	79	7	139	35	27	13	23	1.93
51909682--51909837	81	1.9	82	82	5	199	33	28	13	24	1.93
51915125--51915180	25	2.2	26	79	17	73	62	0	1	35	1.06
51915734--51915775	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
51922915--51922942	8	3.5	8	100	0	56	53	21	0	25	1.46
51924123--51924148	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
51924629--51924806	27	6.6	27	83	3	187	26	15	28	29	1.96
51924630--51924785	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.96
51924626--51924806	82	2.2	81	81	2	211	26	16	28	29	1.96
51927038--51927405	182	2.0	182	92	1	612	38	15	10	34	1.82
51928925--51929077	53	2.9	53	77	4	155	28	17	15	38	1.91
51929476--51929555	39	2.1	39	100	0	160	21	17	25	36	1.95
51929630--51929814	54	3.4	54	78	3	156	25	17	16	39	1.91
51929715--51930477	346	2.2	345	80	6	889	31	17	17	32	1.94
51930410--51930670	108	2.4	108	83	2	310	25	20	14	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51930409--51930912	54	9.4	54	71	3	269	25	19	16	38	1.92
51932558--51932835	125	2.2	124	87	0	394	32	23	15	28	1.95
51933366--51933444	41	1.9	41	94	5	142	46	17	22	12	1.82
51944960--51945057	52	1.9	52	83	10	130	58	2	2	37	1.21
51944988--51945041	20	2.6	20	80	13	65	55	1	1	40	1.21
51950894--51950928	15	2.3	15	95	0	61	51	14	17	17	1.77
51957730--51957767	18	2.1	18	85	9	51	52	5	26	15	1.64
51961647--51961680	3	11.3	3	100	0	68	32	0	67	0	0.91
51963441--51963466	5	5.2	5	100	0	52	57	0	0	42	0.98
51968635--51969155	172	3.0	172	98	0	1006	41	12	11	34	1.79
51969120--51969960	418	2.0	418	85	3	1122	38	19	12	29	1.88
51973485--51973537	25	2.1	25	83	13	65	54	3	1	39	1.29
51973908--51973946	14	2.6	15	84	12	53	10	0	33	56	1.33
51973941--51974007	21	3.2	21	60	0	53	29	0	22	47	1.51
51974053--51974167	33	3.5	33	87	2	124	40	0	11	48	1.39
51974224--51974556	125	2.6	125	88	2	463	38	15	17	28	1.91
51975738--51975781	21	2.1	21	91	0	70	2	15	52	29	1.55
51994840--51994865	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
51994933--51995101	73	2.3	73	90	2	259	24	23	24	27	2.00
51995097--51995527	146	3.0	146	97	0	819	42	14	17	25	1.87
51995412--51995634	107	2.1	107	98	0	428	43	14	13	27	1.83
51995273--51995780	253	2.0	253	96	0	944	44	13	14	26	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51995519--51996007	146	3.3	145	90	2	784	43	14	16	25	1.85
51996573--51996605	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
51996628--51996667	14	2.9	14	92	0	62	22	0	42	35	1.54
51996628--51996677	7	7.4	7	77	8	50	22	0	42	36	1.54
51996640--51996678	12	3.1	12	88	7	51	20	0	48	30	1.50
51996687--51996751	34	1.9	35	84	6	89	30	1	29	38	1.66
51996972--51997024	7	7.4	7	78	4	61	22	0	45	32	1.53
51996972--51997027	21	2.6	22	88	8	80	25	0	44	30	1.54
51996993--51997037	22	2.0	22	91	0	72	28	2	35	33	1.70
51996997--51997044	22	2.2	22	84	0	60	29	4	37	29	1.76
51997343--51997396	19	2.8	18	78	10	54	70	5	3	20	1.23
51997414--51997495	28	3.2	28	61	28	74	50	6	0	43	1.27
51997381--51997526	47	3.1	47	97	1	274	46	6	0	46	1.29
52000356--52000394	18	2.2	18	86	4	53	46	2	17	33	1.62
52002245--52002492	43	5.8	43	92	0	379	23	17	26	31	1.97
52003623--52003663	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
52008393--52008475	41	2.0	41	97	0	157	43	8	4	43	1.56
52017801--52017851	27	1.9	26	88	4	75	74	5	0	19	1.02
52018256--52018280	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
52021986--52022031	23	2.0	23	82	0	56	30	2	13	54	1.50
52022263--52022299	19	1.9	19	88	0	56	40	2	5	51	1.39
52038150--52038266	43	2.7	43	82	0	135	36	17	19	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52040695--52040730	11	3.3	11	100	0	72	16	16	0	66	1.25
52043810--52043943	67	2.0	67	94	0	232	10	14	23	51	1.73
52047550--52047647	25	3.9	25	73	5	81	19	24	20	35	1.95
52052702--52052739	15	2.4	17	86	8	53	47	0	10	42	1.38
52054198--52054236	18	2.2	18	85	0	51	15	33	33	17	1.92
52059658--52059734	29	2.7	29	75	15	86	49	7	19	23	1.74
52066037--52066213	88	2.0	88	98	0	345	26	18	12	42	1.86
52068315--52068362	24	2.1	22	84	7	60	31	10	25	33	1.89
52069497--52069535	20	1.9	21	84	5	53	35	7	2	53	1.43
52076651--52076877	42	5.5	42	85	3	282	26	23	19	29	1.98
52087571--52087632	3	21.3	3	77	12	67	33	1	1	62	1.14
52087589--52087629	8	5.1	8	88	11	66	36	2	0	60	1.10
52087571--52087633	17	3.8	17	83	8	78	34	1	1	61	1.15
52087744--52087847	10	11.1	10	69	15	53	37	4	2	54	1.36
52087767--52087842	30	2.7	28	80	9	82	36	6	2	53	1.41
52087807--52087850	22	2.0	23	86	4	63	38	2	4	54	1.33
52087793--52087861	32	2.2	30	84	7	84	37	8	2	50	1.48
52097114--52097396	50	5.7	49	67	3	163	30	19	23	26	1.98
52097266--52097408	49	2.9	49	72	2	133	29	20	22	27	1.99
52097122--52097408	99	2.9	99	86	2	387	29	20	22	26	1.99
52098881--52098922	3	14.0	3	85	9	59	35	2	0	61	1.09
52099057--52099108	27	1.9	27	88	0	77	34	7	0	57	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52102236--52102288	13	4.1	13	80	0	70	35	28	5	30	1.80
52105619--52105660	17	2.3	18	80	12	50	59	7	4	28	1.44
52105983--52106150	42	4.0	42	89	0	246	25	22	19	32	1.98
52106211--52106244	14	2.4	14	95	0	59	58	20	8	11	1.59
52106468--52106538	21	3.4	21	84	7	90	4	43	16	35	1.68
52111982--52112250	51	5.2	51	96	2	468	33	0	20	46	1.51
52112472--52112584	35	3.1	35	67	16	104	38	7	1	52	1.41
52112441--52112586	73	2.0	73	100	0	292	41	6	1	50	1.37
52112801--52112842	13	3.2	13	86	0	57	47	2	9	40	1.49
52112847--52113038	17	10.6	17	80	16	208	39	1	13	46	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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