genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  175  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56221804--56222401	44	13.8	43	73	9	396	26	21	21	31	1.98
56221818--56222404	129	4.5	129	86	2	748	26	20	21	31	1.98
56222040--56222453	85	4.8	85	75	9	356	26	20	22	29	1.99
56221858--56222404	257	2.1	260	88	3	798	26	20	21	31	1.98
56222457--56222871	100	4.1	101	87	3	563	25	23	22	27	2.00
56222487--56222868	50	7.7	49	71	5	248	25	24	23	26	2.00
56225142--56225263	33	3.4	33	73	18	118	32	27	20	18	1.96
56225271--56225374	42	2.5	42	98	0	199	31	27	17	23	1.97
56225169--56225438	144	1.9	144	92	0	452	30	28	20	20	1.97
56226920--56226981	12	5.4	11	77	11	54	4	6	4	83	0.89
56226922--56226973	19	2.7	19	88	5	61	5	5	3	84	0.86
56226929--56226973	19	2.4	19	88	7	65	6	4	4	84	0.87
56236508--56236606	50	2.0	50	91	0	162	28	23	26	22	1.99
56236509--56236606	25	4.0	24	82	12	110	28	23	25	22	1.99
56239578--56239608	7	4.3	7	95	4	53	74	0	0	25	0.82
56239943--56239970	7	4.0	7	100	0	56	14	14	71	0	1.15
56249041--56249081	20	2.0	20	86	9	57	73	0	0	26	0.84
56259480--56259519	22	2.0	20	85	14	55	37	0	2	60	1.11
56260916--56260949	3	11.7	3	93	6	61	64	0	35	0	0.94
56262130--56262223	48	2.0	48	87	8	138	40	27	12	19	1.88
56262922--56262965	19	2.5	17	86	13	70	40	9	18	31	1.81
56262924--56262981	19	2.7	22	84	10	68	36	8	17	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56269568--56269629	29	2.1	29	82	5	72	56	1	0	41	1.09
56279435--56279490	27	2.1	27	100	0	112	53	10	7	28	1.62
56279432--56279482	6	9.2	6	83	12	56	50	13	3	31	1.60
56283146--56283178	16	2.1	16	94	0	57	39	12	9	39	1.74
56285219--56285287	33	2.1	33	100	0	138	26	26	5	42	1.78
56286466--56286523	29	2.0	29	90	6	91	32	18	3	44	1.67
56288943--56289048	18	5.4	18	71	18	79	0	32	0	67	0.91
56288930--56289091	39	4.0	42	78	17	161	0	32	0	67	0.91
56288928--56289081	80	1.9	80	92	2	256	0	32	0	67	0.91
56288962--56289091	16	7.6	18	70	26	88	0	33	0	66	0.92
56289035--56289121	22	3.8	22	87	4	111	1	40	0	58	1.05
56288944--56289120	80	2.2	79	83	9	211	0	35	0	63	0.99
56289151--56289221	27	2.6	27	90	0	115	15	28	28	28	1.96
56289275--56289346	30	2.5	30	91	6	114	45	0	9	44	1.36
56290107--56290148	6	7.2	6	91	5	59	66	19	11	2	1.34
56290214--56290241	14	2.0	14	100	0	56	64	0	28	7	1.20
56290217--56290261	19	2.5	18	82	17	58	66	0	26	6	1.16
56292017--56292056	20	2.0	20	86	13	57	60	0	35	5	1.19
56293966--56294042	29	2.6	29	83	4	91	48	15	12	23	1.80
56294185--56294258	29	2.5	29	86	4	94	50	14	13	21	1.78
56315939--56316045	34	3.1	34	61	19	78	50	9	9	30	1.66
56315929--56316059	68	1.9	68	96	0	244	52	8	9	29	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56316174--56316222	25	1.9	26	87	4	73	75	2	0	22	0.90
56318077--56318125	26	1.9	26	83	4	64	63	2	14	20	1.40
56318998--56319022	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
56319790--56319822	16	2.1	16	88	11	50	51	6	18	24	1.68
56321922--56321999	24	3.2	23	77	10	68	20	29	16	33	1.95
56321932--56322014	24	3.4	24	72	18	64	19	30	19	31	1.96
56322077--56322148	26	2.8	26	79	10	78	15	26	23	34	1.94
56324616--56324739	33	3.9	34	75	11	86	39	12	25	22	1.89
56324659--56324746	28	3.0	28	74	14	79	39	11	25	23	1.88
56325431--56325466	18	2.0	18	88	0	54	44	22	5	27	1.75
56328118--56328206	42	2.1	41	81	2	106	58	4	4	32	1.38
56336403--56336428	5	5.2	5	100	0	52	76	0	23	0	0.78
56337210--56337291	43	1.9	43	82	5	103	19	23	26	30	1.98
56340995--56341209	21	10.3	21	70	3	148	14	21	17	46	1.83
56340994--56341192	42	4.7	42	89	1	292	15	21	17	46	1.83
56343265--56343293	12	2.3	13	94	5	51	44	6	0	48	1.29
56343911--56343940	10	3.0	10	90	0	51	0	13	0	86	0.57
56343910--56343942	16	2.0	17	88	5	50	0	18	0	81	0.68
56344072--56344136	14	4.6	14	82	0	58	6	24	38	30	1.80
56344243--56344279	8	4.4	8	90	10	56	0	16	0	83	0.64
56344236--56344281	13	3.4	14	82	11	53	0	19	0	80	0.71
56344351--56344391	20	2.1	20	86	4	57	2	26	0	70	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56346851--56347026	21	8.4	21	69	7	106	14	21	17	47	1.83
56346851--56347049	42	4.7	42	83	4	240	15	20	17	46	1.84
56351583--56351642	26	2.3	26	88	5	86	30	10	13	46	1.75
56358273--56358301	14	2.1	14	93	6	51	6	6	17	68	1.34
56360538--56360587	11	4.8	10	76	9	55	10	12	16	62	1.55
56360538--56360592	21	2.6	21	94	0	92	9	16	14	60	1.59
56370470--56370533	24	2.7	24	90	4	94	35	4	9	50	1.56
56374927--56374972	23	2.0	23	86	0	65	32	4	10	52	1.56
56374943--56374987	24	1.9	23	82	13	56	37	6	8	46	1.61
56382159--56382200	21	2.0	21	81	9	50	35	14	26	23	1.93
56383039--56383079	21	2.0	21	85	9	57	43	0	34	21	1.53
56383016--56383074	29	2.0	29	83	6	75	44	0	35	20	1.52
56383117--56383153	9	4.1	9	86	13	58	32	10	10	45	1.74
56384829--56384861	16	2.1	16	94	0	57	75	0	9	15	1.03
56384859--56384899	21	1.9	22	90	5	66	36	0	0	63	0.95
56387382--56387411	9	3.3	9	95	0	51	0	40	0	60	0.97
56387386--56387424	3	13.0	3	83	0	51	5	33	0	61	1.18
56390787--56390855	19	3.5	19	86	7	93	34	10	14	40	1.80
56390787--56390847	21	3.0	21	90	4	90	36	9	14	39	1.80
56390847--56390891	23	2.0	23	82	4	56	31	4	17	46	1.68
56394658--56394744	20	4.6	19	73	17	74	48	5	3	42	1.44
56411430--56411459	7	4.3	7	95	0	51	26	0	56	16	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56413060--56413092	12	2.8	12	86	13	50	54	0	0	45	0.99
56413123--56413174	20	2.8	18	78	21	63	51	3	1	42	1.31
56418466--56418569	51	2.0	52	94	1	183	41	2	19	36	1.66
56426988--56427058	25	2.8	26	86	4	99	38	11	16	33	1.85
56452943--56452984	20	2.1	20	100	0	84	26	23	9	40	1.85
56456102--56456161	29	2.0	31	83	6	79	56	8	21	13	1.63
56457312--56457336	10	2.5	10	100	0	50	28	0	0	72	0.86
56457619--56457666	19	2.5	19	100	0	96	16	33	31	18	1.94
56457672--56457774	30	3.5	30	83	1	127	23	35	27	13	1.92
56469164--56469206	22	2.0	22	85	0	59	30	0	4	65	1.13
56470282--56470306	13	1.9	13	100	0	50	56	8	0	36	1.29
56471127--56471160	17	2.0	17	94	0	59	20	23	32	23	1.98
56475182--56475387	104	2.0	104	94	0	358	26	26	18	28	1.98
56482071--56482100	15	2.0	15	100	0	60	80	0	20	0	0.72
56488640--56488672	16	2.1	16	88	11	50	33	24	18	24	1.97
56516904--56516971	26	2.5	26	81	13	84	64	0	1	33	1.02
56537045--56537088	22	2.0	22	86	8	63	0	25	0	75	0.81
56539826--56539932	36	3.0	35	73	17	87	49	5	2	42	1.41
56541631--56541681	24	2.1	24	88	0	75	37	3	9	49	1.55
56546033--56546141	41	2.7	41	89	0	164	18	19	29	33	1.95
56546483--56546560	22	3.6	21	79	8	77	26	1	24	47	1.60
56546507--56546595	7	12.6	7	72	2	61	23	0	28	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56546463--56546596	21	6.3	21	74	8	92	26	0	26	46	1.58
56546610--56546673	21	3.0	21	76	19	69	21	0	42	35	1.54
56546781--56546819	17	2.4	17	95	4	71	53	0	0	46	1.00
56547006--56547046	21	1.9	22	85	5	57	21	0	39	39	1.54
56547027--56547055	8	3.8	8	90	9	51	13	0	48	37	1.43
56547455--56547539	39	2.2	39	86	0	116	38	18	21	21	1.93
56548276--56548357	38	2.2	38	86	4	112	20	15	8	54	1.67
56552514--56552827	43	7.3	43	89	0	441	22	18	32	27	1.97
56552470--56552827	129	2.8	129	87	1	479	22	18	30	28	1.97
56552897--56552941	22	2.1	21	87	4	63	42	26	17	13	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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