genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  6  of  222  ( 26535 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1853465--1853551	18	4.8	18	76	5	77	28	25	13	32	1.94
1853463--1853551	36	2.5	36	84	0	115	28	24	14	32	1.95
1866011--1866038	12	2.3	12	100	0	56	42	25	0	32	1.55
1878985--1879022	19	2.0	19	90	10	60	36	2	2	57	1.26
1880329--1880374	18	2.6	18	80	13	58	28	4	4	63	1.33
1885633--1885686	25	2.2	24	83	12	65	50	0	0	50	1.00
1886316--1886366	24	2.1	24	82	7	59	68	1	23	5	1.22
1886290--1886365	11	6.7	11	73	20	52	69	2	21	6	1.23
1888001--1888110	22	4.6	24	81	13	113	40	20	23	16	1.91
1894571--1894624	19	2.9	18	76	13	56	29	5	5	59	1.43
1901370--1901454	21	3.9	23	80	11	108	16	23	24	35	1.95
1901368--1901453	44	2.0	41	86	6	118	17	24	24	33	1.96
1908352--1908385	18	1.9	17	94	5	59	47	0	0	52	1.00
1923471--1923657	93	2.0	93	98	0	365	31	9	13	46	1.74
1926374--1926417	3	14.7	3	95	0	79	68	2	0	29	1.02
1928057--1928602	44	12.5	44	68	14	190	29	21	18	30	1.97
1928016--1928431	129	3.2	129	86	2	636	29	22	18	29	1.98
1927959--1928379	131	3.2	131	86	2	632	29	22	18	29	1.97
1927959--1928431	260	1.8	260	95	0	856	28	22	19	29	1.98
1928224--1928650	175	2.4	174	92	1	730	29	21	19	30	1.97
1940610--1940650	21	2.0	21	90	0	64	63	17	9	9	1.51
1941195--1941233	3	13.0	3	94	0	69	66	2	0	30	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1945744--1945795	24	2.2	24	89	0	77	55	9	3	30	1.50
1947711--1947762	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
1956971--1957003	14	2.4	14	100	0	66	69	12	6	12	1.35
1961724--1961775	25	2.1	25	82	7	61	59	11	7	21	1.56
1966728--1966773	24	1.9	24	90	0	74	34	15	2	47	1.57
1974282--1974326	20	2.3	19	82	17	56	66	2	0	31	1.04
1974672--1974725	23	2.3	24	90	9	85	53	0	1	44	1.11
1985015--1985398	138	2.8	137	86	4	506	46	5	7	40	1.53
1988190--1988505	138	2.3	137	92	3	519	46	5	8	39	1.58
1996412--1996440	6	4.8	6	100	0	58	34	13	0	51	1.42
1999997--2000036	21	1.9	21	100	0	80	47	5	20	27	1.70
2003694--2003750	29	1.9	30	92	3	98	54	3	5	36	1.40
2003697--2003761	29	2.2	30	86	5	87	52	1	7	38	1.40
2004780--2004851	5	14.8	5	74	21	64	38	1	4	55	1.28
2004809--2004851	19	2.3	19	92	8	70	41	2	0	55	1.12
2005795--2005909	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
2005795--2005928	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
2009094--2009319	40	5.7	40	86	4	253	25	26	21	26	1.99
2009096--2009319	120	1.9	120	83	7	294	25	26	21	26	1.99
2009919--2010006	37	2.4	37	100	0	176	32	22	14	29	1.94
2010484--2010603	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
2011517--2011610	47	2.1	43	79	12	102	43	7	12	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2019612--2019645	17	2.0	17	94	0	59	52	2	20	23	1.60
2024423--2024450	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2025040--2025079	20	2.0	20	95	0	71	17	0	27	55	1.43
2033029--2033066	18	2.1	18	85	14	51	0	23	31	44	1.54
2033283--2033346	13	4.9	13	82	0	83	37	23	7	31	1.83
2033741--2033843	54	1.9	54	90	4	163	33	14	9	41	1.79
2034966--2035057	31	3.0	30	87	4	121	33	21	4	40	1.73
2035484--2035539	29	1.9	29	85	7	78	51	12	16	19	1.75
2035572--2035677	31	3.5	31	68	18	80	50	13	12	23	1.74
2035504--2035677	59	2.9	60	84	7	194	50	12	14	22	1.76
2035717--2035766	22	2.2	22	80	13	57	52	6	6	36	1.51
2037816--2037841	11	2.4	11	100	0	52	15	7	15	61	1.55
2041684--2041723	21	1.9	21	89	0	62	57	0	2	40	1.12
2041709--2041785	27	2.8	26	74	16	75	51	2	11	33	1.52
2041838--2041905	23	3.2	23	64	20	65	45	5	17	30	1.72
2042155--2042184	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
2043623--2044343	88	8.3	87	87	3	737	24	23	23	28	1.99
2046946--2046971	13	2.0	13	100	0	52	15	23	23	38	1.92
2056994--2057028	17	2.1	17	94	0	61	54	2	5	37	1.39
2057378--2057419	3	14.0	3	89	0	66	61	0	4	33	1.17
2059182--2059795	88	7.0	86	86	6	766	25	23	21	28	1.99
2059181--2059795	178	3.5	176	89	3	875	25	23	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2059182--2059795	266	2.3	265	88	5	879	25	23	21	28	1.99
2059563--2059789	44	5.2	43	64	16	106	25	22	23	28	1.99
2061479--2061522	18	2.4	18	85	10	63	4	9	4	81	0.96
2061479--2061528	18	2.8	17	82	8	55	4	12	4	80	1.00
2064107--2064158	19	2.7	20	73	5	54	40	15	17	26	1.89
2066167--2066201	17	2.1	17	94	0	61	54	2	5	37	1.39
2066547--2066585	3	13.0	3	88	0	60	61	0	5	33	1.18
2068325--2068357	11	2.9	12	91	8	52	48	0	51	0	1.00
2068324--2068361	18	2.1	18	90	0	58	50	0	50	0	1.00
2068433--2068486	19	2.8	20	80	2	56	20	1	3	74	1.07
2069585--2069836	73	3.5	72	92	2	398	31	18	17	32	1.94
2069769--2070014	88	2.8	87	84	4	289	34	19	16	29	1.94
2070236--2070573	76	4.5	74	86	5	430	32	20	15	31	1.94
2070236--2070591	148	2.4	148	83	4	459	34	19	14	30	1.92
2070591--2070765	70	2.5	70	85	4	212	33	22	14	28	1.94
2071540--2071647	41	2.6	41	79	10	112	14	26	15	42	1.86
2081056--2081125	8	8.4	8	74	14	52	65	0	5	28	1.15
2081596--2081639	22	2.0	23	81	4	54	61	0	38	0	0.96
2094801--2094863	27	2.3	27	88	0	90	20	26	26	25	1.99
2099528--2099562	17	2.1	17	94	0	61	54	2	5	37	1.39
2099910--2099945	3	12.0	3	87	0	54	61	0	5	33	1.19
2101706--2102315	174	3.5	174	89	3	856	25	23	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2101707--2102315	88	7.0	87	87	4	809	25	23	21	28	1.99
2103951--2104041	19	4.8	18	71	18	60	8	12	6	72	1.27
2104002--2104047	24	2.0	23	95	0	74	4	13	4	78	1.05
2106630--2106681	19	2.7	20	73	5	54	40	15	17	26	1.89
2108719--2108753	17	2.1	17	94	0	61	54	2	5	37	1.39
2109099--2109140	3	14.0	3	89	0	66	61	0	4	33	1.17
2110463--2110491	10	2.9	10	100	0	58	41	0	6	51	1.28
2113927--2114149	51	4.4	51	77	2	198	29	27	16	26	1.97
2115950--2115987	18	2.1	19	85	5	51	73	5	7	13	1.22
2117827--2117880	28	2.0	28	85	3	74	61	9	11	18	1.55
2119038--2119082	23	1.9	24	86	13	67	53	8	0	37	1.32
2119714--2119741	14	2.0	14	100	0	56	21	21	21	35	1.96
2130156--2130215	24	2.7	22	78	12	59	43	0	0	56	0.99
2130647--2130679	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
2140340--2140389	10	5.0	10	80	0	64	42	6	42	10	1.63
2140339--2140389	20	2.5	20	96	0	93	41	7	41	9	1.67
2141296--2141427	71	1.9	71	87	3	194	45	6	6	41	1.55
2157042--2157107	34	1.9	34	100	0	132	34	15	12	37	1.84
2157696--2157725	15	1.9	16	93	6	53	30	3	0	66	1.07
2159594--2159621	7	4.0	7	100	0	56	28	28	0	42	1.56
2163964--2164038	37	2.0	37	100	0	150	22	21	26	29	1.99
2168152--2168193	22	1.9	22	85	0	57	23	11	9	54	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2168477--2168533	29	1.9	30	85	3	80	29	8	14	47	1.74
2175404--2175454	26	1.9	27	84	4	68	60	3	15	19	1.50
2184947--2184977	15	2.1	15	100	0	62	61	0	0	38	0.96
2189021--2189046	8	3.2	8	100	0	52	11	0	23	65	1.25
2192956--2193007	10	4.9	11	79	11	56	57	0	1	40	1.10
2192956--2193037	41	2.0	42	92	2	139	60	0	2	36	1.10
2192962--2193087	40	3.2	40	83	10	143	64	0	3	32	1.09
2193004--2193068	29	2.2	30	86	5	87	67	0	4	27	1.10
2192956--2193077	12	11.8	11	67	23	52	61	0	3	35	1.12
2203079--2203128	9	5.2	10	81	11	52	64	2	2	32	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222