genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7416081--7416146	26	2.5	26	85	0	96	27	28	19	24	1.99
7429141--7429188	19	2.6	18	83	9	60	52	0	8	39	1.32
7429244--7429305	33	1.9	32	83	9	81	62	1	4	30	1.25
7431204--7431261	29	2.0	30	83	10	75	25	18	6	48	1.73
7432454--7432520	17	3.7	18	86	7	100	17	11	10	59	1.60
7432638--7432926	17	15.8	18	71	14	191	32	14	10	43	1.79
7432640--7432815	18	9.6	19	70	16	88	32	13	10	43	1.78
7432640--7432941	38	8.2	37	74	11	178	31	14	10	43	1.79
7432718--7432776	16	3.5	16	76	15	57	33	15	8	42	1.77
7432829--7433084	20	13.0	20	66	23	100	33	12	9	44	1.75
7432952--7432993	21	2.0	20	86	9	57	40	7	7	45	1.59
7432975--7433086	16	6.3	17	75	12	75	34	8	11	44	1.72
7432640--7433031	38	10.3	37	70	16	150	32	13	10	43	1.77
7432965--7433049	37	2.2	38	83	6	100	40	10	10	38	1.74
7432965--7433084	18	6.5	18	75	12	84	36	10	10	42	1.73
7433016--7433122	35	2.9	36	80	13	112	34	10	9	45	1.70
7439814--7440155	52	6.8	52	85	7	465	34	14	22	29	1.93
7439866--7440172	98	3.1	98	91	1	429	35	14	21	28	1.92
7439800--7440155	150	2.4	144	92	5	577	33	14	22	29	1.94
7440136--7440244	37	3.0	37	91	2	177	36	16	22	24	1.94
7440916--7440950	11	3.2	11	92	8	54	8	8	0	82	0.83
7446246--7446291	21	2.1	22	84	4	58	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7447300--7447332	17	1.9	17	100	0	66	48	0	9	42	1.35
7448155--7448197	22	2.0	22	81	9	52	20	9	9	60	1.55
7455858--7455900	22	2.0	22	85	0	59	65	0	0	34	0.93
7455877--7455925	25	1.9	26	83	4	64	59	2	0	38	1.09
7456323--7456370	23	2.0	24	88	4	71	58	2	0	39	1.10
7457443--7457501	29	2.1	28	84	9	75	35	1	13	49	1.52
7461407--7461452	23	2.0	23	83	8	58	21	19	23	34	1.96
7472567--7472615	25	2.0	25	95	0	89	42	24	28	4	1.73
7473598--7473630	16	2.1	16	94	0	57	75	6	15	3	1.11
7476264--7476331	32	2.1	33	81	8	77	22	8	8	60	1.54
7476576--7476635	30	2.0	31	86	3	86	51	5	6	36	1.50
7478782--7479046	103	2.6	104	91	0	415	29	29	20	19	1.97
7479381--7479438	30	1.9	30	82	6	73	32	24	6	36	1.82
7486266--7486530	103	2.6	104	91	0	424	29	30	20	19	1.97
7492706--7492746	20	2.0	21	85	4	57	39	0	0	60	0.96
7492705--7492746	22	2.0	21	85	4	57	40	0	0	59	0.97
7495718--7495801	42	2.0	42	92	0	141	46	17	8	27	1.77
7495720--7495814	42	2.3	42	87	1	129	48	17	5	28	1.69
7495822--7495867	19	2.4	19	85	0	65	45	15	6	32	1.71
7512224--7512268	17	2.7	17	82	3	56	40	0	0	60	0.97
7512245--7512326	38	2.2	37	93	4	137	32	2	0	64	1.07
7512299--7512338	21	1.9	21	89	0	62	37	2	0	60	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7512298--7512356	22	2.8	21	80	14	59	40	1	3	54	1.27
7516834--7516985	57	2.6	61	77	6	161	26	9	0	63	1.25
7517071--7517116	23	2.0	23	83	8	58	23	13	2	60	1.43
7517746--7517779	17	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
7519814--7519869	21	2.8	20	79	17	62	55	1	0	42	1.10
7520960--7521006	24	2.0	24	91	0	76	21	29	17	31	1.96
7521336--7521376	12	3.4	12	93	0	73	68	14	0	17	1.22
7521323--7521376	18	2.9	18	91	5	81	68	11	0	20	1.19
7521416--7521449	9	3.8	9	92	0	50	26	11	26	35	1.91
7521416--7521453	18	2.1	18	95	0	67	28	10	26	34	1.90
7522056--7522111	28	2.0	28	96	0	103	19	25	10	44	1.83
7527588--7527669	31	2.7	31	92	1	139	24	39	0	36	1.56
7527724--7527774	27	1.9	27	92	4	86	23	37	0	39	1.55
7533412--7533628	42	5.6	41	72	18	205	21	17	28	32	1.96
7533459--7533666	33	5.7	34	72	19	161	21	20	27	31	1.98
7533417--7533663	75	3.3	75	94	0	431	21	18	27	32	1.97
7537856--7537894	11	3.7	11	83	13	55	28	2	0	69	1.02
7537856--7537893	20	1.9	20	94	0	67	28	2	0	68	1.03
7537859--7537900	10	4.2	10	79	11	50	26	2	2	69	1.13
7537962--7538002	20	2.2	20	82	8	50	34	2	4	58	1.32
7537998--7538030	11	3.3	10	84	16	50	27	0	3	69	1.03
7539677--7539724	13	3.7	13	78	8	53	64	6	0	29	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7541471--7541581	40	2.8	40	86	4	143	29	22	22	25	1.99
7541509--7541733	44	5.2	44	70	11	117	26	23	21	28	1.99
7541721--7542205	89	5.5	88	81	3	413	24	22	23	28	1.99
7541721--7542025	44	6.9	43	74	9	220	24	22	23	29	1.99
7542013--7542821	88	9.2	88	90	0	1222	24	21	25	28	1.99
7544000--7544024	10	2.5	10	100	0	50	8	8	0	84	0.79
7544842--7544891	11	4.5	11	92	5	82	4	0	8	88	0.64
7544842--7544891	23	2.2	23	92	3	84	4	0	8	88	0.64
7548522--7548761	127	1.9	126	79	9	274	34	12	16	37	1.86
7549056--7549104	13	3.7	13	78	5	53	65	6	0	28	1.16
7552110--7552141	12	2.8	12	95	4	57	25	0	6	68	1.12
7552488--7552524	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
7555374--7555422	5	9.8	5	100	0	98	40	0	0	59	0.98
7556386--7556488	25	4.2	25	85	3	131	15	22	21	40	1.90
7556386--7556518	50	2.8	48	82	10	148	16	22	20	40	1.91
7556432--7556512	22	3.5	22	80	11	92	14	25	19	39	1.90
7565949--7566034	44	2.0	44	97	0	163	45	12	13	27	1.81
7567975--7568011	17	2.2	17	100	0	74	24	16	21	37	1.93
7569154--7569708	44	12.6	44	80	3	562	32	15	19	31	1.93
7569165--7569675	177	2.9	177	84	1	682	33	14	20	31	1.93
7570460--7570519	13	4.7	13	74	17	63	46	1	1	50	1.21
7577662--7577717	29	1.9	29	88	0	85	51	8	7	32	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7578150--7578186	16	2.3	16	90	0	56	27	13	2	56	1.50
7580973--7581087	33	3.5	33	72	8	81	26	24	16	33	1.96
7598197--7598245	19	2.5	20	80	6	64	24	4	0	71	1.03
7605524--7605560	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
7605762--7605802	19	2.1	20	82	13	50	26	31	0	41	1.56
7620582--7620635	28	1.9	28	85	7	74	27	20	1	50	1.59
7620667--7620739	36	2.0	36	100	0	146	20	32	21	24	1.97
7623143--7623180	3	12.7	3	94	0	67	63	0	2	34	1.09
7624567--7625224	98	6.7	98	93	0	1055	22	21	24	32	1.98
7638091--7638142	7	6.7	7	81	18	59	19	0	0	80	0.71
7638087--7638147	32	2.0	31	87	12	90	22	0	0	77	0.78
7638944--7638973	14	2.2	14	94	5	53	30	3	0	66	1.07
7657980--7658138	43	3.7	43	79	7	171	29	25	18	25	1.98
7657980--7658139	86	1.9	85	83	8	209	30	25	18	25	1.98
7658781--7658808	14	2.0	14	100	0	56	50	21	0	28	1.49
7673423--7673767	179	1.9	177	90	1	546	36	12	10	41	1.77
7676317--7676588	9	30.0	9	74	12	209	35	1	17	46	1.55
7676317--7676588	27	10.3	27	77	12	235	35	1	17	46	1.55
7676703--7676736	17	1.9	18	88	5	52	55	0	5	38	1.24
7676760--7676794	9	3.9	9	84	0	52	37	0	14	48	1.44
7676758--7676802	18	2.5	18	96	0	81	40	0	11	48	1.39
7677426--7677463	13	2.9	13	77	14	51	50	31	0	18	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7679463--7679515	7	7.6	7	84	0	61	41	35	0	22	1.54
7679453--7679512	14	4.2	14	80	2	57	36	36	1	25	1.66
7679469--7679515	21	2.2	21	92	0	76	40	38	0	21	1.53
7679692--7679734	15	2.9	16	76	20	56	39	39	0	20	1.53
7679814--7679846	14	2.4	14	89	0	57	51	27	0	21	1.48
7679786--7679873	39	2.2	40	86	6	126	48	23	1	26	1.58
7679882--7679907	7	3.7	7	100	0	52	69	15	0	15	1.20
7681661--7681702	21	2.0	21	85	0	57	66	7	2	23	1.28
7685180--7685207	14	2.0	14	100	0	56	21	14	14	50	1.78
7688665--7688710	23	2.0	23	95	0	83	23	21	17	36	1.94

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