genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.170.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  170  of  222  ( 26535 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54507671--54507733	30	2.2	29	85	5	83	38	9	19	33	1.84
54508077--54508157	26	3.2	26	65	28	73	23	13	28	34	1.93
54507972--54508155	102	1.8	102	89	4	293	23	16	27	32	1.96
54507968--54508157	51	3.8	50	80	4	222	23	16	27	32	1.96
54508164--54508251	45	2.0	45	95	0	158	26	18	22	32	1.97
54529520--54529578	29	2.0	29	100	0	118	32	16	27	23	1.96
54530567--54530934	44	8.0	43	71	16	179	35	16	17	29	1.93
54530698--54531012	44	6.6	51	74	14	262	34	16	18	30	1.93
54530567--54531007	139	3.2	132	75	14	341	34	17	17	30	1.93
54530567--54531012	95	4.8	95	83	3	487	34	16	18	30	1.93
54534331--54534484	60	2.6	59	85	3	193	29	13	24	32	1.94
54534490--54534609	61	2.0	61	89	0	186	30	14	26	28	1.95
54534578--54534638	32	1.9	32	93	3	106	24	9	34	31	1.88
54536787--54536836	20	2.8	17	75	16	55	48	2	4	46	1.32
54536790--54536829	20	2.0	20	95	0	71	47	0	5	47	1.24
54552177--54552282	41	2.6	41	90	0	167	22	22	23	31	1.99
54575106--54575348	125	1.9	125	97	0	459	32	20	20	27	1.97
54577245--54577311	30	2.2	29	82	10	73	14	17	40	26	1.89
54578947--54579005	29	2.1	27	87	6	82	59	3	1	35	1.24
54579010--54579054	11	4.2	11	91	2	74	46	0	28	24	1.53
54579013--54579054	10	4.0	10	84	9	57	45	0	30	23	1.53
54580072--54580145	25	3.0	25	92	2	123	54	0	1	44	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54580714--54580755	22	1.9	22	85	0	57	16	38	2	42	1.61
54580677--54580940	79	3.3	80	82	8	292	18	37	3	40	1.68
54581499--54581529	13	2.4	13	94	0	53	45	0	12	41	1.42
54581538--54581563	12	2.2	12	100	0	52	11	0	15	73	1.11
54583271--54583345	25	3.0	25	75	11	73	28	2	4	65	1.24
54583963--54584032	35	2.0	35	94	0	122	44	10	4	41	1.57
54584114--54584138	7	3.6	7	100	0	50	32	12	16	40	1.84
54592808--54593039	40	5.8	40	82	3	243	26	28	20	24	1.99
54592808--54593038	80	2.9	81	87	3	306	26	29	20	23	1.99
54592808--54593035	120	1.9	120	88	0	348	26	29	20	23	1.99
54599420--54600252	415	2.0	418	95	0	1492	37	12	17	32	1.87
54600849--54600897	25	2.0	24	96	4	89	36	2	0	61	1.08
54601624--54601901	139	2.0	139	95	1	495	40	16	20	23	1.91
54606105--54606200	38	2.5	38	88	3	140	32	20	13	33	1.92
54607502--54607995	269	1.8	269	86	0	720	32	17	25	24	1.97
54608669--54608720	26	2.0	25	85	3	68	46	0	3	50	1.20
54608679--54608730	27	2.0	26	85	11	70	48	0	1	50	1.12
54610811--54610937	61	2.1	62	82	4	159	40	4	14	40	1.68
54617702--54617809	57	1.9	57	92	0	180	32	13	17	36	1.89
54618531--54618589	22	2.8	20	78	14	64	42	1	1	54	1.20
54618825--54618889	28	2.4	26	74	5	67	66	13	1	18	1.33
54618825--54618890	27	2.4	28	77	5	73	65	13	1	19	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54619535--54619570	15	2.3	16	90	4	56	36	0	0	63	0.94
54626969--54627248	46	6.6	44	87	10	317	28	21	13	35	1.92
54627104--54627212	36	3.0	36	97	0	200	29	20	12	37	1.90
54632818--54633040	33	6.7	32	69	9	95	31	16	23	28	1.96
54632816--54633055	101	2.4	101	91	0	381	32	16	23	27	1.96
54635719--54635769	21	2.4	21	77	6	50	72	1	7	17	1.18
54636234--54636280	21	2.3	20	78	10	51	57	2	0	40	1.11
54643241--54643371	64	2.0	64	98	0	253	27	17	15	39	1.90
54650825--54650885	21	2.9	22	85	4	72	21	22	37	18	1.94
54656692--54656747	25	2.2	25	87	0	76	41	5	10	42	1.62
54658288--54658375	36	2.5	35	77	5	88	55	5	7	30	1.52
54658474--54658536	12	5.4	11	74	12	54	66	6	0	26	1.15
54658481--54658524	6	7.5	6	87	2	54	68	9	0	22	1.18
54658471--54658533	24	2.5	25	87	7	83	66	6	0	26	1.15
54668867--54668922	27	2.1	27	100	0	112	25	14	14	46	1.82
54671988--54672053	3	22.3	3	75	9	64	66	4	0	28	1.11
54671988--54672052	24	2.6	25	85	9	87	66	4	0	29	1.12
54693496--54693803	40	7.7	40	91	0	499	21	26	20	32	1.97
54702292--54702321	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
54703401--54703494	25	3.8	25	94	0	152	31	21	23	23	1.98
54704965--54705049	28	3.0	28	72	14	84	36	18	18	25	1.94
54706635--54706741	50	2.1	50	82	0	133	20	28	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54719622--54719655	16	2.1	16	100	0	68	29	5	23	41	1.78
54723985--54724054	29	2.4	29	82	0	77	27	15	14	42	1.86
54729783--54729820	20	1.9	20	84	10	51	47	7	10	34	1.67
54740773--54740826	20	2.8	20	85	2	74	44	7	9	38	1.65
54743083--54743120	12	3.2	12	92	0	58	31	5	34	28	1.80
54757206--54757269	3	21.3	3	96	0	119	65	0	1	32	1.02
54775212--54775244	15	2.1	16	88	5	50	36	24	6	33	1.80
54778162--54778237	36	2.1	36	95	0	134	35	26	11	26	1.91
54781312--54781391	26	3.1	26	77	0	70	38	26	18	16	1.92
54781607--54781780	79	2.2	79	81	6	208	25	14	16	43	1.85
54781607--54781791	27	6.9	27	77	6	162	25	15	16	42	1.88
54782609--54782648	18	2.2	19	86	8	57	70	5	25	0	1.08
54786611--54786639	15	1.9	15	100	0	58	20	3	0	75	0.94
54789924--54789953	13	2.4	12	94	5	51	26	0	0	73	0.84
54802613--54802661	22	2.1	24	85	7	66	18	8	12	61	1.55
54803340--54803393	19	2.7	19	77	5	54	14	44	1	38	1.56
54804490--54804527	17	2.2	17	90	0	58	57	5	0	36	1.21
54808881--54809114	41	5.7	41	89	0	360	28	20	28	23	1.98
54809285--54809398	34	3.3	34	77	8	86	33	7	17	41	1.79
54811124--54811287	43	3.9	43	78	10	151	29	15	24	29	1.96
54829568--54829609	21	2.0	21	86	4	59	33	9	0	57	1.31
54829923--54829948	9	2.9	9	100	0	52	11	23	7	57	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54838466--54838617	27	5.6	27	90	2	223	26	15	28	30	1.96
54838466--54838617	55	2.8	55	89	2	234	26	15	28	30	1.96
54838466--54838617	82	1.9	82	91	0	250	26	15	28	30	1.96
54847377--54847599	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
54847452--54847634	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
54855327--54855549	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
54855402--54855584	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
54857371--54857798	46	9.5	46	88	4	653	32	15	23	28	1.95
54857371--54857798	91	4.8	91	91	3	690	32	15	23	28	1.95
54857371--54857774	177	2.2	177	91	2	664	32	16	22	28	1.95
54862254--54862421	20	8.2	20	77	6	142	25	14	23	36	1.92
54862254--54862367	41	2.8	41	79	7	117	23	14	23	37	1.92
54862251--54862368	61	1.9	61	85	0	164	22	14	23	38	1.91
54862338--54862400	21	3.1	20	84	10	83	28	17	20	33	1.95
54869483--54869512	11	2.7	11	94	0	51	43	0	20	36	1.52
54880015--54880060	24	1.9	24	86	8	67	34	2	13	50	1.53
54894775--54894836	30	2.1	30	93	0	106	58	9	3	29	1.46
54899596--54899767	63	2.7	63	82	0	200	33	33	8	25	1.86
54903102--54903150	6	8.2	6	97	0	89	48	0	2	48	1.12
54903439--54903490	26	2.0	26	85	7	70	32	5	5	55	1.47
54910506--54910551	11	4.0	12	83	8	60	52	0	0	47	1.00
54910506--54910551	23	2.0	23	91	0	74	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54910439--54910551	52	2.2	52	82	9	142	50	2	1	45	1.26
54910850--54910895	21	2.2	21	88	0	65	63	0	0	36	0.95
54910870--54910931	31	2.0	32	93	3	108	62	0	3	33	1.11
54915810--54915854	8	5.9	8	89	7	58	86	0	13	0	0.57
54915810--54915853	18	2.5	18	92	3	72	88	0	11	0	0.51
54915810--54915854	23	2.0	23	90	0	72	86	0	13	0	0.57
54916971--54917013	16	2.7	16	88	0	68	20	27	0	51	1.48
54920359--54920396	20	1.9	20	88	0	58	31	36	5	26	1.79
54922333--54922361	10	3.0	10	95	5	51	93	0	0	6	0.36
54922333--54922362	15	2.0	15	93	0	51	90	0	0	10	0.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222