genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7696879--7696917	20	2.0	20	84	0	51	30	20	7	41	1.80
7698071--7698527	227	2.0	227	99	0	905	22	12	23	41	1.88
7706352--7706431	31	2.5	33	85	6	101	53	6	3	36	1.44
7713825--7714016	63	3.0	62	91	1	294	34	14	16	34	1.89
7717220--7717268	20	2.7	17	77	17	53	22	4	4	69	1.23
7719200--7719296	23	4.4	21	71	16	56	54	5	4	36	1.42
7719417--7719453	3	12.3	3	94	0	65	67	0	2	29	1.04
7719478--7719538	6	10.2	6	79	10	54	77	4	4	13	1.10
7726974--7727030	10	6.1	9	80	12	62	63	0	1	35	1.05
7726974--7727030	9	6.1	10	72	15	50	63	0	1	35	1.05
7726980--7727048	20	3.6	19	81	12	63	59	1	2	36	1.21
7727343--7727386	9	4.6	10	77	11	56	63	0	4	31	1.14
7727343--7727386	19	2.3	19	84	7	63	63	0	4	31	1.14
7727962--7728073	48	2.4	45	78	12	116	25	31	0	42	1.55
7728022--7728054	16	2.1	16	94	0	57	27	27	0	45	1.54
7727977--7728095	48	2.4	50	85	4	152	24	34	0	40	1.61
7728283--7728327	19	2.4	20	75	14	51	40	8	0	51	1.33
7729228--7729255	14	2.0	14	100	0	56	21	50	21	7	1.72
7729276--7729309	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
7730324--7730358	3	11.7	3	87	0	52	28	2	2	65	1.21
7730545--7730585	12	3.8	12	81	18	54	43	0	0	56	0.99
7735087--7735134	16	3.1	15	85	8	60	77	0	22	0	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7735070--7735123	20	2.7	20	77	11	65	77	0	22	0	0.76
7736015--7736065	24	2.1	24	89	7	77	35	9	19	35	1.85
7736394--7736650	50	5.1	50	66	0	163	31	23	19	25	1.98
7736340--7736707	201	1.8	201	88	0	556	29	21	22	27	1.99
7736340--7736708	100	3.7	101	84	2	483	28	21	22	27	1.99
7736780--7737110	41	7.8	41	76	9	299	32	20	19	27	1.97
7736732--7737106	128	2.9	129	83	4	447	31	20	20	27	1.97
7737947--7737987	14	3.0	14	80	16	50	19	2	0	78	0.87
7738945--7738987	14	3.1	14	89	0	68	44	4	0	51	1.22
7739000--7739079	39	2.0	40	83	7	101	32	15	5	47	1.66
7742375--7742443	9	7.4	9	73	12	50	30	1	4	63	1.22
7742395--7742443	19	2.6	19	84	9	64	34	0	4	61	1.15
7745981--7746023	21	2.0	21	82	8	52	60	6	0	32	1.23
7747190--7747328	73	1.9	72	83	1	179	28	28	19	23	1.98
7747260--7748050	114	6.9	114	81	3	885	25	23	26	24	2.00
7747260--7748023	227	3.3	228	87	2	1034	25	23	26	24	2.00
7747668--7747746	41	1.9	41	92	0	131	27	20	29	22	1.98
7747941--7748103	73	2.2	73	85	2	220	23	23	25	26	2.00
7747941--7748123	73	2.5	74	78	6	212	24	23	26	25	2.00
7748370--7748425	21	2.7	21	83	5	69	19	3	37	39	1.69
7748412--7748442	16	1.9	16	100	0	62	22	0	51	25	1.48
7749106--7749146	20	2.0	20	86	9	57	78	7	4	9	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7750131--7750237	55	1.9	55	98	0	205	27	14	21	36	1.93
7751231--7751371	39	3.7	36	80	11	140	43	12	1	42	1.50
7751278--7751368	18	4.9	18	79	15	105	45	12	0	42	1.41
7751947--7752498	9	64.8	9	64	21	128	47	18	2	31	1.61
7751966--7752020	17	3.2	17	71	21	51	50	20	0	29	1.48
7751973--7752493	32	15.9	34	65	20	127	48	18	2	31	1.61
7751997--7752070	25	3.0	24	76	5	76	44	18	4	32	1.69
7751993--7752165	68	2.6	68	89	1	251	43	20	2	32	1.66
7752024--7752112	43	2.1	43	82	4	108	46	20	2	31	1.63
7752034--7752494	16	28.9	16	69	17	164	48	18	1	31	1.59
7752079--7752166	41	2.1	41	89	4	133	43	21	2	32	1.65
7752152--7752231	21	3.7	21	76	12	90	50	15	0	35	1.44
7752185--7752362	7	23.7	7	68	22	80	51	16	1	29	1.54
7752149--7752402	44	6.2	42	74	18	248	51	16	1	31	1.52
7752177--7752431	76	3.3	73	80	16	273	51	17	1	29	1.55
7752220--7752402	83	2.2	83	84	9	230	51	16	1	29	1.54
7752056--7752509	25	19.3	25	69	18	166	48	18	1	31	1.59
7757991--7758058	21	3.3	21	83	2	75	36	19	39	4	1.71
7758422--7758558	42	3.2	42	89	5	213	24	18	21	34	1.96
7760453--7760512	30	2.0	30	90	3	95	40	25	3	31	1.72
7764421--7764473	18	2.9	18	97	2	97	11	16	28	43	1.83
7768362--7768386	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7768546--7768601	9	6.2	9	97	0	94	42	25	10	21	1.85
7771083--7771177	44	2.2	44	84	3	120	15	34	22	27	1.94
7771179--7771214	16	2.2	16	90	0	54	19	25	22	33	1.97
7772817--7773052	49	4.8	49	76	7	219	29	21	25	23	1.99
7772824--7773052	50	4.6	50	77	5	173	29	20	26	23	1.99
7776922--7777006	31	2.8	31	76	1	91	36	10	11	41	1.76
7779010--7779042	16	1.9	18	88	11	52	45	3	0	51	1.16
7781278--7781306	14	2.0	15	93	6	51	41	10	6	41	1.66
7781951--7781985	17	2.0	18	88	5	54	60	17	0	22	1.37
7787890--7787915	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
7787898--7787936	19	2.0	19	90	5	60	35	0	0	64	0.94
7788136--7788178	12	3.3	12	81	12	50	58	0	4	37	1.19
7788368--7788472	53	2.0	53	84	3	140	33	17	9	40	1.82
7789367--7789553	43	4.3	43	76	9	150	30	20	21	27	1.98
7789388--7789552	85	1.9	85	79	10	185	30	20	21	26	1.98
7789474--7789566	42	2.2	43	88	1	134	30	23	19	26	1.98
7789973--7790011	12	3.2	12	92	0	51	2	35	20	41	1.66
7789997--7790044	21	2.3	21	88	0	69	6	39	18	35	1.76
7795511--7795761	9	29.8	9	72	12	158	30	3	20	46	1.66
7795500--7795703	25	8.1	25	79	3	185	30	3	21	45	1.68
7795500--7795719	16	13.7	16	69	17	111	30	3	20	45	1.67
7795514--7795601	34	2.5	35	78	10	92	28	3	23	44	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7795500--7795703	50	4.0	50	83	1	219	30	3	21	45	1.68
7795572--7795760	41	4.8	41	75	15	173	30	2	19	47	1.63
7795688--7795753	25	2.6	25	87	0	96	31	1	13	53	1.49
7795850--7795904	24	2.2	26	87	6	78	23	0	18	58	1.39
7795696--7795906	94	2.3	93	76	12	220	28	3	15	52	1.59
7796078--7796110	15	2.2	15	94	0	57	54	3	3	39	1.31
7796195--7796242	15	3.1	15	77	17	53	56	6	2	35	1.36
7795967--7796353	177	2.2	177	97	0	729	50	5	4	40	1.45
7796255--7796287	15	2.2	15	94	0	57	54	3	3	39	1.31
7798246--7798324	39	2.0	39	87	2	113	35	5	43	16	1.70
7798277--7798329	23	2.3	23	83	9	63	35	3	41	18	1.69
7799489--7800291	265	3.1	265	87	4	1221	29	20	18	32	1.96
7799488--7800280	258	3.0	259	88	4	1146	29	20	18	32	1.96
7800260--7800500	113	2.1	113	80	6	263	29	21	21	27	1.98
7800335--7800586	113	2.2	114	86	2	337	29	21	21	26	1.99
7801867--7801960	37	2.5	35	79	14	91	30	23	2	43	1.65
7803156--7803181	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
7805877--7805916	18	2.2	18	95	0	71	40	20	20	20	1.92
7807646--7807814	84	2.0	84	90	0	266	28	31	17	21	1.96
7813986--7814116	23	5.7	23	70	18	94	22	8	21	48	1.77
7813983--7814141	46	3.5	46	91	0	246	22	10	19	47	1.80
7818246--7818546	44	6.8	44	82	4	338	28	20	16	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7818246--7818564	88	3.6	88	85	2	390	29	20	15	34	1.94
7818254--7818543	133	2.2	132	83	4	361	29	21	15	33	1.94
7818299--7818564	89	3.0	89	89	2	392	30	19	15	33	1.93
7829392--7829441	6	8.3	6	95	0	64	42	8	0	50	1.32
7829392--7829441	18	2.8	18	87	0	73	42	8	0	50	1.32
7829837--7829941	8	13.8	8	71	12	60	60	0	14	25	1.35
7829806--7829968	61	2.6	62	75	12	167	63	0	14	22	1.30
7834171--7834290	59	2.0	59	98	0	231	25	13	15	45	1.82
7836485--7836528	21	2.1	21	83	8	54	29	4	18	47	1.68
7839578--7839743	43	3.9	43	89	0	260	21	29	20	28	1.98

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