genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  63  of  222  ( 26535 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19136795--19136920	28	4.5	28	95	1	209	31	29	13	25	1.94
19144359--19144484	28	4.5	28	95	1	218	30	30	13	25	1.94
19144962--19144991	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
19147350--19147483	43	3.1	43	76	3	135	26	21	21	30	1.98
19147334--19147491	86	1.8	86	80	2	192	27	20	21	30	1.98
19148257--19148285	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
19150482--19150893	115	3.6	115	87	1	542	27	20	19	32	1.96
19156672--19156893	40	5.6	40	88	4	281	25	20	27	26	1.99
19156675--19156926	120	2.1	119	81	7	280	26	20	26	26	1.99
19156675--19156926	80	3.2	80	82	8	282	26	20	26	26	1.99
19174226--19174418	30	6.5	30	71	9	119	22	25	11	39	1.89
19174284--19174445	29	5.5	29	79	6	130	24	26	12	37	1.91
19174404--19174472	29	2.4	29	87	4	95	26	26	11	36	1.90
19181729--19181821	27	3.4	27	64	24	68	34	2	5	58	1.33
19181722--19181825	55	1.9	55	97	0	199	35	2	4	56	1.35
19203970--19204896	50	18.7	50	69	5	526	32	24	19	23	1.97
19203961--19204890	100	9.4	100	87	2	1211	33	23	19	23	1.97
19206273--19206324	3	17.3	3	77	0	50	32	7	1	57	1.38
19206411--19206468	31	1.9	29	86	6	80	44	10	0	44	1.38
19206785--19206819	17	2.1	17	89	5	54	17	2	5	74	1.14
19209716--19209846	50	2.6	50	85	0	181	23	29	20	25	1.99
19216967--19217033	17	4.4	17	70	27	60	37	17	5	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19216967--19217060	43	2.2	43	94	0	161	37	18	5	39	1.73
19217284--19217476	50	3.7	50	81	6	208	23	27	21	27	1.99
19232723--19232994	40	6.8	40	92	1	445	23	29	21	26	1.99
19232723--19232994	122	2.2	120	93	1	454	23	29	21	26	1.99
19241213--19241402	40	4.8	40	92	0	308	22	28	22	26	1.99
19245624--19245694	36	2.0	35	81	5	81	29	26	9	33	1.89
19282383--19282427	22	2.0	22	83	8	56	40	0	0	60	0.97
19283939--19283985	10	4.6	10	85	12	51	31	0	6	61	1.21
19287682--19287736	20	2.8	20	94	0	101	50	0	27	21	1.49
19296563--19296618	25	2.2	25	83	0	67	25	19	23	32	1.98
19296623--19296670	25	1.9	25	86	0	69	35	16	18	29	1.93
19297112--19297331	122	1.8	122	98	0	431	41	8	16	33	1.79
19296772--19297986	435	2.8	435	99	0	2367	32	10	17	38	1.84
19297547--19297766	122	1.8	122	98	0	431	41	8	16	33	1.79
19307917--19307996	27	3.1	27	61	23	64	31	11	30	27	1.91
19310812--19311007	41	4.8	41	86	3	225	20	18	27	33	1.96
19312887--19312925	20	2.0	20	85	10	53	30	17	17	33	1.94
19315624--19315649	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
19316008--19316033	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
19315611--19316385	387	2.0	384	96	0	1415	46	7	10	35	1.68
19316945--19316991	10	4.3	11	82	15	53	59	0	0	40	0.97
19326663--19326731	34	2.0	34	100	0	138	37	18	5	37	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19330207--19330254	20	2.4	20	89	0	69	41	20	29	8	1.81
19330148--19330254	40	2.7	40	72	10	110	38	18	29	13	1.89
19336574--19336620	21	2.2	21	92	0	85	31	12	23	31	1.92
19360864--19360897	17	2.1	16	88	5	50	20	11	17	50	1.77
19362855--19362929	39	1.9	39	91	0	123	25	16	22	36	1.94
19365957--19366032	27	2.8	27	76	7	75	36	14	23	25	1.93
19371048--19371148	41	2.5	40	81	9	109	33	14	21	29	1.94
19374901--19374956	19	3.0	19	89	7	80	39	0	5	55	1.23
19375789--19375820	5	6.4	5	96	0	55	0	15	3	81	0.82
19386307--19386335	14	2.1	14	100	0	58	27	20	6	44	1.77
19387405--19387482	18	4.3	18	83	0	102	48	10	15	25	1.76
19387405--19387482	36	2.2	36	90	0	120	48	10	15	25	1.76
19387494--19387532	18	2.2	18	90	0	60	33	7	15	43	1.75
19393853--19393896	20	2.2	19	84	8	52	59	0	4	36	1.18
19393856--19393929	29	2.6	28	79	14	73	52	0	5	41	1.24
19393979--19394028	19	2.6	19	75	9	57	58	0	8	34	1.28
19394300--19394366	21	3.3	22	72	17	56	41	8	0	49	1.34
19395150--19395200	22	2.3	21	81	18	52	50	0	3	45	1.20
19401871--19401917	20	2.4	19	80	19	53	65	4	2	27	1.22
19403169--19403403	127	1.9	126	84	2	319	28	22	18	30	1.97
19403690--19403857	88	1.9	88	83	2	221	27	26	18	27	1.98
19408395--19408448	24	2.3	24	78	12	58	59	1	14	24	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19408427--19408482	26	2.2	26	86	0	76	62	8	12	16	1.53
19415550--19415581	15	2.1	15	94	0	55	62	0	3	34	1.11
19416026--19416107	14	6.2	13	76	17	71	62	2	1	34	1.16
19416036--19416127	25	3.8	25	75	16	86	61	2	1	34	1.15
19416033--19416100	3	23.0	3	77	14	70	61	2	0	35	1.11
19419503--19419597	48	2.0	48	87	0	136	44	18	15	21	1.87
19419896--19419966	36	2.0	35	83	8	90	35	26	7	30	1.83
19424690--19424784	48	2.0	48	89	0	145	44	22	15	17	1.87
19425081--19425152	36	2.0	36	86	2	101	29	27	8	34	1.86
19431242--19431301	29	2.1	29	93	6	104	33	5	8	53	1.53
19438309--19438367	24	2.5	24	76	13	59	45	1	6	45	1.40
19438606--19438670	25	2.7	24	72	15	62	33	6	0	60	1.22
19439390--19439431	22	1.9	22	95	0	75	9	30	28	30	1.89
19440848--19440883	14	2.6	14	90	0	54	66	8	11	13	1.44
19441663--19441695	2	16.5	2	93	0	57	54	45	0	0	0.99
19444070--19444107	18	2.1	18	85	9	51	36	2	0	60	1.11
19444216--19444252	19	1.9	19	88	0	56	27	5	29	37	1.79
19449126--19449190	28	2.3	28	91	0	103	23	38	29	9	1.85
19450478--19450516	20	2.0	19	85	5	51	46	0	5	48	1.24
19456710--19456754	23	2.0	23	82	8	56	35	13	4	46	1.63
19456865--19457210	20	17.3	20	79	0	287	41	20	26	11	1.86
19456865--19457201	80	4.2	80	78	0	316	40	20	27	11	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19456868--19457210	100	3.4	100	82	1	373	41	20	26	11	1.86
19459716--19459754	12	3.1	12	79	13	51	46	5	0	48	1.24
19459961--19460000	20	2.1	19	85	4	53	27	0	7	65	1.20
19466016--19466367	126	2.8	125	88	4	539	28	16	22	33	1.95
19469399--19469741	116	3.0	116	95	0	623	42	8	9	39	1.69
19469758--19470148	175	2.2	173	94	2	676	27	0	28	44	1.55
19469758--19470148	87	4.5	87	93	3	662	27	0	28	44	1.55
19469758--19470148	29	13.4	29	89	3	590	27	0	28	44	1.55
19470176--19470287	35	3.2	36	68	10	113	45	13	0	40	1.49
19470244--19470329	43	2.0	45	90	4	140	50	12	0	37	1.41
19470752--19470786	18	1.9	18	94	0	61	34	8	31	25	1.86
19471422--19471446	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
19472625--19472680	22	2.5	22	97	2	103	39	0	32	28	1.57
19472641--19472697	10	5.2	11	74	21	57	43	0	35	21	1.52
19479358--19479415	19	2.7	22	84	10	68	36	8	17	37	1.80
19479600--19479644	23	2.0	23	81	0	54	24	0	13	62	1.31
19481414--19481457	23	1.9	23	90	0	70	43	9	4	43	1.56
19483299--19483339	9	4.6	9	84	0	55	26	2	2	68	1.15
19486699--19486745	19	2.5	19	86	6	60	25	19	10	44	1.82
19495044--19495243	44	4.4	44	76	10	147	28	19	24	28	1.98
19496991--19497040	21	2.4	20	77	9	55	36	2	4	58	1.29
19500747--19500827	40	2.0	40	92	0	135	27	16	9	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19502347--19502373	13	2.1	13	100	0	54	33	22	7	37	1.82
19502609--19502663	25	2.2	25	93	0	92	49	0	7	43	1.30
19506238--19506431	50	3.9	50	84	0	226	22	29	21	26	1.99
19506238--19506430	100	1.9	100	88	0	287	22	30	21	26	1.99
19509029--19509071	16	2.7	16	82	7	52	67	4	2	25	1.22
19519515--19519571	26	2.2	26	84	9	73	21	1	3	73	1.07
19521613--19521665	26	2.0	26	96	0	97	37	5	15	41	1.70
19528428--19528467	21	2.0	20	85	5	53	45	5	7	42	1.54
19529053--19529093	21	1.9	21	85	5	55	58	4	0	36	1.20
19530721--19530756	17	2.1	17	100	0	72	25	16	22	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222