genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23020171--23020235	11	5.8	12	81	15	77	26	30	1	41	1.65
23020431--23020457	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
23023680--23024055	124	3.0	124	91	0	599	32	23	15	28	1.95
23036251--23036282	11	2.9	11	95	0	55	0	21	3	75	0.95
23036245--23036277	16	2.0	17	88	5	50	0	30	0	69	0.88
23041564--23041620	19	2.8	20	72	12	53	8	33	1	56	1.41
23041986--23042025	15	2.7	15	92	3	64	0	15	17	67	1.23
23043422--23043460	5	7.6	5	97	2	69	0	17	0	82	0.68
23043523--23043563	21	2.0	21	85	9	57	29	0	9	60	1.28
23043581--23043626	18	2.6	18	86	3	58	43	0	2	54	1.12
23043785--23043874	45	2.0	43	87	8	128	36	26	4	32	1.77
23043866--23043928	16	3.9	16	87	4	74	30	22	6	41	1.78
23044913--23044982	35	2.0	35	86	10	99	31	8	20	40	1.82
23046043--23046088	20	2.2	21	84	3	58	52	4	19	23	1.64
23050559--23050793	40	5.9	39	79	5	177	36	15	28	19	1.93
23062472--23062512	15	2.6	17	85	11	52	46	21	0	31	1.52
23062469--23062595	39	3.3	39	85	0	182	45	20	3	30	1.67
23062641--23062683	15	2.7	15	85	7	50	48	23	2	25	1.62
23065093--23065144	19	2.7	19	91	5	79	28	23	26	21	1.99
23074714--23074773	31	1.9	31	93	0	102	28	15	30	26	1.96
23087999--23088031	16	2.1	16	100	0	66	24	12	6	57	1.57
23101360--23101405	21	2.1	22	88	4	67	17	2	28	52	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23104733--23104810	18	4.3	18	67	22	56	38	5	7	48	1.54
23104910--23104935	6	4.3	6	100	0	52	15	0	46	38	1.46
23105029--23105065	7	5.4	7	84	15	51	54	0	0	45	1.00
23105275--23105321	21	2.2	21	85	7	60	8	23	36	31	1.85
23105563--23105605	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
23106616--23106847	41	5.7	41	83	1	304	20	20	25	33	1.97
23106616--23106846	81	2.8	81	84	1	300	20	20	25	33	1.97
23107217--23107310	7	13.3	7	72	2	62	21	1	30	46	1.58
23107217--23107324	42	2.5	42	76	7	110	23	0	30	45	1.59
23107217--23107342	7	18.0	7	69	9	51	23	0	32	43	1.59
23107490--23107531	16	2.5	17	92	7	68	54	0	0	45	0.99
23111000--23111042	17	2.5	17	96	3	77	53	4	4	37	1.43
23111682--23111854	56	3.1	56	95	5	325	46	9	21	21	1.79
23113033--23113229	40	4.9	40	81	4	211	24	20	28	26	1.99
23113077--23113249	79	2.2	79	80	5	197	27	20	26	26	1.99
23113093--23113257	80	2.1	79	80	3	179	26	20	25	27	1.99
23113077--23113249	40	4.3	40	83	4	154	27	20	26	26	1.99
23116766--23116920	43	3.7	43	87	1	215	23	15	29	31	1.95
23116766--23116930	85	1.9	85	87	2	242	22	15	29	33	1.94
23118050--23118112	22	2.8	22	80	20	69	46	1	30	22	1.61
23126265--23126317	24	2.2	25	86	10	74	62	9	1	26	1.36
23127732--23127769	11	3.4	11	85	7	58	31	0	2	65	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23139479--23139567	44	2.0	44	91	0	142	31	21	21	25	1.98
23139379--23139765	142	2.7	142	90	3	602	33	16	20	28	1.95
23154639--23154668	12	2.5	12	94	0	51	16	23	30	30	1.96
23171041--23171069	12	2.4	12	100	0	58	62	13	0	24	1.32
23171660--23171861	107	1.9	108	82	3	255	28	24	13	32	1.94
23173876--23173904	9	3.2	9	100	0	58	79	0	10	10	0.94
23173876--23173930	19	2.9	20	86	7	71	76	0	5	18	0.97
23173897--23173930	12	2.9	11	87	12	50	76	0	0	23	0.79
23176407--23176565	43	3.7	42	70	13	128	25	16	27	30	1.97
23178424--23178489	32	2.1	32	88	0	96	34	22	24	18	1.96
23178489--23178542	26	2.1	26	85	0	72	38	22	20	18	1.93
23178524--23178589	27	2.5	26	85	9	80	33	22	24	19	1.97
23178737--23178965	54	4.2	54	84	4	284	23	20	19	37	1.94
23178737--23178965	27	8.5	27	78	7	214	23	20	19	37	1.94
23178738--23178978	81	3.0	79	80	4	259	23	19	19	38	1.94
23178821--23179013	27	7.1	27	77	4	104	23	17	18	41	1.90
23191703--23191776	34	2.2	34	100	0	148	22	20	13	43	1.87
23195661--23196031	26	14.3	25	66	20	108	28	7	4	59	1.42
23195824--23196031	26	8.2	25	72	11	113	28	6	4	60	1.43
23208396--23208534	51	2.7	50	81	8	174	26	16	25	31	1.96
23208760--23208791	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
23210524--23210809	46	6.4	45	75	7	206	30	21	19	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23210524--23210863	179	1.9	179	92	2	567	30	22	19	27	1.97
23212365--23212419	27	2.1	26	83	9	76	32	1	1	63	1.15
23212450--23212631	26	7.2	25	72	16	101	27	7	4	60	1.44
23212472--23212656	26	7.3	25	74	10	137	27	7	4	60	1.45
23212467--23212656	50	3.8	48	78	8	168	26	7	4	60	1.45
23216015--23216357	37	9.4	37	96	1	620	38	15	20	24	1.92
23216015--23216357	184	1.9	183	96	1	634	38	15	20	24	1.92
23217611--23217729	58	2.0	59	98	1	231	23	13	31	31	1.93
23217630--23217720	28	3.2	28	66	22	80	25	15	31	27	1.95
23217671--23217813	49	2.9	49	91	0	223	23	13	30	32	1.93
23220957--23221304	52	6.9	52	85	7	468	34	14	22	28	1.93
23221009--23221315	98	3.1	98	91	1	438	35	14	22	28	1.93
23220943--23221304	150	2.4	144	92	5	580	34	14	22	28	1.93
23221279--23221498	37	6.0	37	95	1	381	37	16	21	24	1.93
23224528--23224574	19	2.5	19	96	0	85	27	10	8	53	1.64
23225166--23225235	30	2.4	30	79	11	74	38	1	5	54	1.33
23228568--23228620	26	2.0	26	92	0	88	39	9	28	22	1.85
23237701--23237795	17	5.5	17	75	8	77	32	21	25	21	1.98
23237707--23237788	35	2.3	36	79	6	87	35	24	23	17	1.95
23240013--23240066	24	2.2	24	83	3	72	55	5	1	37	1.34
23246144--23246225	25	3.3	24	83	5	94	24	26	19	29	1.98
23259436--23259576	50	2.8	50	82	0	174	25	23	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23268741--23268780	10	3.8	10	84	12	53	35	0	5	60	1.19
23284304--23284442	68	2.0	68	90	0	215	31	13	15	39	1.86
23286983--23287084	38	2.7	38	78	0	105	23	22	24	29	1.99
23286984--23287149	76	2.2	73	80	5	172	22	21	24	31	1.98
23297630--23297930	27	11.1	27	84	2	354	18	16	19	44	1.87
23308567--23308693	65	2.0	65	90	4	204	21	13	15	49	1.78
23310198--23310239	6	6.8	6	97	2	75	16	30	0	52	1.44
23312098--23312140	23	1.9	22	85	4	59	60	6	0	32	1.23
23316319--23316372	25	2.1	26	83	10	67	33	3	1	61	1.25
23328195--23328312	23	5.1	23	85	0	164	26	22	22	28	1.99
23329500--23329639	49	2.9	49	89	0	217	24	13	28	33	1.93
23332150--23332275	25	5.1	25	75	11	100	28	20	24	26	1.99
23341277--23341318	21	2.0	21	100	0	84	61	0	23	14	1.32
23343425--23343544	40	3.0	40	83	0	159	36	20	20	22	1.95
23353520--23353599	3	27.3	3	94	5	146	0	31	0	68	0.90
23354143--23354184	12	3.5	12	78	12	50	16	23	33	26	1.96
23354491--23354546	22	2.4	23	82	5	60	39	3	17	39	1.67
23354803--23354847	22	2.0	22	86	0	63	33	6	13	46	1.69
23363923--23363961	18	2.1	19	90	4	62	41	12	12	33	1.82
23366220--23366294	37	2.0	37	94	0	132	34	4	9	52	1.53
23368960--23368985	4	6.5	4	100	0	52	53	0	0	46	1.00
23369408--23369468	18	3.3	17	78	17	59	67	0	1	31	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23369436--23369484	13	3.6	14	77	22	59	77	0	0	22	0.77
23369444--23369490	12	4.2	12	81	13	55	76	0	0	23	0.78
23369903--23369967	19	3.4	18	76	18	60	33	3	4	58	1.34
23379557--23379849	46	6.6	46	85	9	385	30	21	14	33	1.93
23379744--23379813	36	1.9	36	94	0	122	28	18	14	38	1.90
23379695--23379849	82	1.9	82	91	0	256	30	21	12	36	1.90
23408901--23408944	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
23408989--23409082	45	2.1	45	93	0	161	30	24	19	25	1.98
23409079--23409263	51	3.7	50	83	3	228	31	27	16	24	1.97
23409084--23409270	101	1.8	101	87	3	259	32	26	16	24	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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