genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  197  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62934923--62935929	23	40.9	23	78	14	948	28	0	22	48	1.54
62938060--62938093	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
62938192--62938252	29	2.1	30	87	3	88	63	1	0	34	1.04
62938290--62938331	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
62938303--62938361	30	2.0	30	93	0	100	33	0	35	30	1.58
62938281--62938383	52	2.0	51	85	9	138	34	0	33	32	1.58
62938333--62938424	22	4.2	22	83	10	125	40	0	29	30	1.57
62938333--62938424	44	2.1	44	89	4	141	40	0	29	30	1.57
62939538--62939594	29	2.0	29	89	0	87	28	8	12	50	1.69
62944673--62944711	18	2.3	17	86	8	53	23	5	0	71	1.05
62945075--62945177	19	5.3	18	74	13	80	65	0	1	32	1.11
62945075--62945182	29	3.7	29	83	9	123	62	0	1	34	1.12
62945067--62945129	11	5.9	11	72	10	51	68	0	3	28	1.05
62945080--62945182	10	10.3	10	78	11	95	61	0	1	35	1.14
62949249--62949308	28	2.1	28	96	0	111	30	33	16	20	1.94
62949552--62949579	7	4.0	7	100	0	56	28	28	28	14	1.95
62952941--62952978	17	2.3	17	90	4	60	60	7	5	26	1.46
62956418--62956444	11	2.5	11	100	0	54	33	29	22	14	1.94
62969626--62969735	41	2.8	40	74	10	118	24	14	23	37	1.92
62972190--62972227	11	3.5	11	86	13	60	28	0	0	71	0.87
62972189--62972251	22	2.9	23	79	11	71	33	0	0	66	0.92
62978514--62978556	19	2.1	21	87	8	63	48	18	6	25	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62984843--62985027	46	4.0	46	92	0	307	28	27	9	34	1.88
62991166--62991252	45	2.0	45	90	2	140	26	17	22	33	1.96
62994780--62994819	12	3.3	12	89	0	62	65	0	5	30	1.14
62996681--62996979	45	6.7	45	80	2	287	30	25	18	26	1.98
62999696--62999842	45	3.3	45	88	0	204	32	21	15	30	1.94
62999727--62999865	45	3.1	45	82	0	116	33	24	13	28	1.93
63009478--63009511	16	2.1	16	88	0	50	44	20	14	20	1.87
63011064--63011103	12	3.3	12	89	0	62	65	0	5	30	1.14
63012841--63013089	50	4.8	50	89	3	345	21	30	22	25	1.99
63013184--63013215	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
63015241--63015275	10	3.2	11	88	12	54	17	37	0	45	1.48
63015256--63015379	51	2.5	51	93	4	207	28	28	1	41	1.65
63017649--63017817	45	3.6	44	74	11	158	39	1	12	46	1.49
63017704--63017776	25	2.9	25	89	0	119	43	1	13	41	1.53
63017811--63018104	29	10.2	29	94	1	504	42	26	3	27	1.71
63017811--63018104	86	3.4	86	93	1	509	42	26	3	27	1.71
63019953--63020304	126	2.8	125	92	0	562	33	22	15	28	1.94
63023249--63023321	24	3.0	24	89	0	119	12	46	4	36	1.61
63026110--63026175	35	1.9	33	87	6	96	43	12	9	34	1.73
63038942--63038977	5	7.2	5	87	0	54	75	2	2	19	1.06
63039523--63039558	3	12.3	3	94	5	65	66	0	0	33	0.92
63039526--63039558	17	1.9	17	100	0	66	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63041716--63041802	25	3.5	25	81	4	88	20	26	20	32	1.97
63044988--63045025	5	7.6	5	93	0	67	21	2	0	76	0.91
63049727--63049758	15	2.1	15	100	0	64	43	18	6	31	1.75
63054058--63054091	12	2.8	12	81	0	50	82	0	11	5	0.83
63061067--63061138	35	2.1	35	91	0	117	26	27	22	23	1.99
63064725--63064900	50	3.5	50	78	3	142	28	22	26	22	1.99
63067086--63067184	51	1.9	51	87	4	146	36	21	17	25	1.94
63067152--63067295	44	3.2	44	74	1	144	33	18	20	27	1.96
63067152--63067389	88	2.7	88	81	4	257	34	18	19	27	1.95
63067239--63067389	44	3.4	44	73	8	137	36	18	18	26	1.94
63067361--63067687	153	2.1	153	100	0	654	32	21	19	26	1.97
63073872--63073973	29	3.4	31	77	6	102	49	5	13	31	1.66
63094245--63094343	50	2.0	50	93	0	171	27	28	7	37	1.83
63097415--63097470	27	2.1	27	93	0	94	39	26	0	33	1.57
63101469--63101522	18	2.9	18	86	2	72	11	1	46	40	1.50
63103669--63103732	32	2.0	32	100	0	128	46	0	6	46	1.27
63111066--63111120	28	2.0	26	86	6	74	63	3	5	27	1.33
63121999--63122066	34	2.1	33	83	5	84	70	0	20	8	1.13
63126569--63126593	12	2.1	12	100	0	50	32	8	0	60	1.26
63127006--63127097	29	3.2	27	73	10	76	23	4	0	71	1.03
63127021--63127097	20	3.8	20	71	6	57	23	3	0	72	1.01
63127168--63127251	9	8.9	10	69	16	54	30	3	0	65	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63128690--63128756	34	1.9	35	88	8	102	44	11	8	34	1.73
63130185--63130241	29	2.0	29	83	13	73	54	1	0	43	1.10
63130285--63130325	15	2.6	16	78	14	50	70	0	0	29	0.87
63130284--63130370	35	2.3	40	80	13	112	64	0	1	34	1.01
63130317--63130371	27	2.0	27	85	7	74	61	0	1	36	1.06
63130462--63130516	24	2.2	25	81	12	69	49	1	1	47	1.23
63131649--63131713	29	2.3	29	75	2	69	44	15	13	26	1.84
63135574--63135609	15	2.3	16	90	4	56	2	8	0	88	0.59
63135571--63135599	14	2.1	14	93	6	51	0	10	0	89	0.48
63136759--63137284	227	2.3	226	82	7	578	44	8	9	37	1.69
63138583--63138645	23	2.7	23	83	9	67	52	4	1	41	1.32
63140178--63140225	23	2.1	23	84	0	60	12	8	6	72	1.26
63149592--63149621	11	2.6	11	94	5	51	60	0	3	36	1.14
63151656--63151686	16	1.9	16	93	0	53	35	29	3	32	1.73
63154688--63156238	778	2.0	778	92	1	2561	33	16	24	25	1.96
63156399--63156429	15	2.1	15	93	0	53	41	19	0	38	1.51
63157012--63157066	27	2.0	27	82	3	65	34	16	9	40	1.80
63157046--63157078	16	2.0	17	94	5	59	24	24	12	39	1.89
63157139--63157174	15	2.4	16	90	9	58	61	2	0	36	1.11
63165928--63165982	25	2.2	25	87	12	78	41	0	9	49	1.34
63166305--63166338	11	3.1	11	86	0	50	17	0	17	64	1.29
63174125--63174160	15	2.4	15	95	0	63	27	8	2	61	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63183480--63183519	18	2.2	19	86	4	55	30	15	0	55	1.41
63191724--63191748	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
63191909--63192025	9	12.6	9	85	7	162	35	31	9	23	1.86
63192032--63192092	17	3.4	17	68	12	50	52	13	1	32	1.50
63192049--63192112	20	3.3	20	68	12	62	45	15	4	34	1.67
63192026--63192138	37	3.1	37	94	1	192	47	15	4	32	1.65
63192179--63192237	24	2.5	24	88	0	91	30	25	0	44	1.55
63195300--63195333	16	2.1	16	94	0	59	50	8	0	41	1.34
63196228--63196268	17	2.5	17	92	4	66	24	4	34	36	1.77
63197389--63197448	12	5.2	11	84	7	50	56	3	6	33	1.42
63197389--63197432	18	2.4	18	81	7	54	54	2	9	34	1.44
63197464--63197511	17	2.8	18	82	14	57	70	4	2	22	1.15
63199220--63199527	96	3.3	95	73	11	314	31	20	15	31	1.94
63199115--63199583	181	2.6	181	89	0	688	31	20	16	31	1.95
63199158--63199569	96	4.6	88	72	13	309	31	20	16	30	1.95
63199497--63199695	44	4.5	44	71	16	124	27	21	19	31	1.97
63199717--63199850	44	3.0	45	75	2	126	26	20	20	32	1.97
63199361--63199898	274	2.0	275	82	3	663	28	20	18	32	1.96
63200727--63200784	11	5.0	11	76	19	55	5	15	0	79	0.90
63200728--63200785	18	3.2	18	77	18	75	5	13	0	81	0.86
63200727--63200783	16	3.3	16	77	17	69	5	15	0	78	0.91
63205901--63205943	18	2.5	17	82	17	54	72	2	2	23	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63206190--63206214	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
63207855--63207994	57	2.4	59	85	9	187	24	23	20	32	1.98
63213680--63213704	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
63215073--63215189	41	2.9	41	87	2	155	22	18	23	35	1.96
63219907--63220155	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
63219906--63220155	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
63220250--63220281	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
63220492--63220549	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
63222201--63222282	41	2.0	41	100	0	164	36	9	14	39	1.79
63239039--63239090	26	2.0	26	96	0	95	46	13	11	28	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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