genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

This is table  1  of  208  ( 24943 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2094--2144	19	2.7	19	96	3	95	56	17	0	25	1.41
2128--3001	27	33.0	27	79	17	846	46	24	0	29	1.54
2214--2238	5	5.0	5	100	0	50	40	40	0	20	1.52
2165--2450	59	5.0	59	75	19	218	46	25	0	27	1.55
2961--3017	22	2.7	21	89	8	80	47	29	0	22	1.52
3702--3957	125	2.1	124	83	3	318	33	21	16	28	1.95
6351--6443	47	2.0	47	89	4	143	34	25	5	34	1.79
14862--15129	104	2.6	105	93	1	450	29	30	20	18	1.97
15464--15521	30	1.9	30	82	0	71	29	24	8	37	1.85
22758--22801	23	1.9	23	85	0	61	25	15	4	54	1.60
25180--25255	23	3.3	23	88	0	116	21	19	27	31	1.97
32968--32998	15	2.1	15	100	0	62	19	0	0	80	0.71
33001--33050	17	2.9	17	80	16	59	64	6	0	30	1.18
44183--44239	27	2.1	27	83	6	71	24	17	26	31	1.97
45282--45342	21	3.0	21	83	4	81	73	0	24	1	0.92
47440--47474	16	2.1	17	89	10	54	48	0	22	28	1.51
52892--52920	8	3.8	8	95	4	51	48	0	0	51	1.00
52884--52963	41	2.0	41	82	5	99	45	0	2	52	1.14
52888--52957	15	4.5	16	71	23	60	42	0	2	54	1.15
53454--53579	37	3.2	39	78	7	139	23	15	26	34	1.95
57394--57433	20	2.0	21	85	5	55	42	0	7	50	1.30
59114--59336	101	2.2	101	87	0	331	31	15	23	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61788--61875	40	2.2	41	85	6	117	36	21	26	15	1.94
63884--64125	43	5.6	43	77	7	231	23	16	28	30	1.97
63884--64118	86	2.7	88	83	5	282	23	17	28	30	1.97
64202--64245	22	2.0	22	90	0	70	43	25	20	11	1.85
66701--66760	25	2.3	25	82	5	66	35	23	23	18	1.96
68937--68969	16	2.0	17	88	5	50	63	0	3	33	1.10
74317--74385	32	2.2	32	100	0	138	23	14	18	43	1.87
77338--77384	22	2.1	22	88	0	67	51	6	17	25	1.69
78033--78130	49	2.0	49	88	4	144	31	21	16	30	1.95
80140--80179	20	2.0	20	85	9	55	50	2	0	47	1.14
86652--86998	171	2.0	171	99	0	685	29	19	16	34	1.94
89730--89770	20	2.0	21	85	4	57	53	7	4	34	1.50
97138--97164	14	1.9	14	100	0	54	0	14	25	59	1.36
99627--100225	23	25.7	24	69	15	181	42	18	13	26	1.86
99699--100243	23	23.5	23	73	8	406	42	17	13	26	1.86
99774--99806	16	2.1	16	100	0	66	51	24	6	18	1.68
99703--100158	93	5.0	86	72	14	328	43	17	12	25	1.85
99790--100243	70	6.4	71	87	3	639	42	17	13	26	1.86
99642--99947	157	1.9	158	90	3	483	43	18	12	25	1.85
99790--100243	141	3.2	141	93	1	793	42	17	13	26	1.86
99884--100245	48	7.6	49	71	15	172	42	17	12	27	1.85
100967--101064	28	3.5	28	85	2	126	31	23	12	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109094--109172	23	3.4	23	77	5	70	39	10	12	37	1.77
119221--119270	21	2.4	21	76	3	57	48	2	32	18	1.59
130490--130526	3	12.3	3	88	0	56	62	0	5	32	1.18
146956--147038	41	2.0	41	95	0	148	20	8	12	59	1.59
159393--159527	60	2.3	58	83	9	168	40	14	16	28	1.88
159393--159563	59	2.9	58	78	11	163	39	16	16	28	1.90
165237--165365	6	21.5	6	88	0	195	2	30	31	36	1.70
173667--173700	17	2.0	17	88	0	50	50	5	14	29	1.67
176668--176718	24	2.1	24	92	0	84	23	25	13	37	1.92
176682--176746	24	2.6	26	80	9	73	21	23	18	36	1.95
187343--187377	18	2.0	17	94	5	61	42	0	0	57	0.99
191093--191124	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
191285--191454	43	4.0	43	79	13	208	31	28	18	21	1.97
191285--191442	84	1.9	84	85	7	223	30	29	18	21	1.97
192829--192853	7	3.6	7	100	0	50	44	0	28	28	1.55
195149--195227	34	2.3	34	88	0	113	34	12	11	41	1.79
195404--195494	23	4.0	23	80	11	107	32	18	27	20	1.96
195408--195494	45	1.9	46	84	11	117	31	18	28	21	1.97
200442--200473	11	2.6	13	85	14	50	25	0	0	75	0.81
204575--204610	3	12.0	3	100	0	72	33	33	0	33	1.58
219752--219782	6	5.2	6	100	0	62	16	32	35	16	1.91
224566--224595	4	7.5	4	100	0	60	26	0	46	26	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225633--225669	20	1.9	20	94	5	67	35	0	2	62	1.10
241093--241143	13	3.9	13	77	10	59	60	1	0	37	1.08
260885--260909	5	5.0	5	100	0	50	0	40	0	60	0.97
261234--261265	6	5.2	6	92	7	55	18	15	65	0	1.27
285500--285538	16	2.4	17	80	20	55	30	0	2	66	1.05
296222--296246	5	5.0	5	100	0	50	0	40	0	60	0.97
296566--296605	6	6.7	6	91	8	64	20	12	67	0	1.22
329288--329312	5	5.0	5	100	0	50	0	40	0	60	0.97
329632--329672	6	6.7	6	91	5	64	19	12	68	0	1.21
343372--343412	20	1.9	22	85	14	59	60	0	0	39	0.96
343387--343438	25	2.0	25	88	3	77	67	0	0	32	0.91
345712--345785	36	2.1	36	100	0	148	29	14	8	47	1.73
350878--350902	7	3.6	7	100	0	50	0	12	24	64	1.27
351235--351294	29	2.1	29	81	9	70	61	0	10	28	1.28
365224--365262	18	2.1	19	85	4	53	38	17	0	43	1.50
367562--367614	16	3.2	16	92	5	88	26	0	35	37	1.57
367830--367884	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
367836--367884	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
367932--368144	67	3.1	67	65	16	168	46	3	3	46	1.37
367737--368064	156	2.1	156	97	0	620	42	3	6	46	1.46
368006--368040	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
367742--368182	156	3.1	137	68	19	315	43	3	5	46	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
367944--368222	137	2.0	135	82	6	339	45	5	3	45	1.43
371657--371691	9	4.0	9	92	7	63	65	0	0	34	0.93
371657--371691	17	2.0	17	94	5	61	65	0	0	34	0.93
379656--379755	48	2.1	49	94	1	175	17	32	11	40	1.84
391047--391114	27	2.6	26	73	17	68	54	2	1	41	1.24
401655--401974	160	2.0	160	99	0	631	40	21	9	28	1.84
409279--409330	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
411249--411300	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
415157--415181	6	4.2	6	100	0	50	16	0	48	36	1.46
415516--415629	48	2.4	48	85	5	167	43	7	7	42	1.58
416196--416238	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
418083--418125	11	4.1	11	88	11	56	46	2	30	20	1.63
418359--418392	14	2.4	14	85	0	50	14	26	38	20	1.91
418413--418486	38	1.9	38	97	0	139	33	13	6	45	1.70
418711--418834	19	6.3	19	67	18	58	50	5	3	41	1.42
420354--420394	14	3.0	13	83	13	55	39	2	9	48	1.49
434318--434454	41	3.4	40	86	7	186	33	3	0	62	1.12
434329--434456	51	2.5	50	84	12	154	33	3	0	62	1.14
434410--434462	11	4.9	11	77	13	65	41	3	0	54	1.18
434916--435057	43	3.3	42	92	0	212	24	15	26	33	1.95
435038--435078	21	2.0	21	100	0	82	12	19	24	43	1.85
439594--439624	3	10.3	3	92	0	53	67	0	29	3	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
443950--444007	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
444219--444250	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
444345--444543	50	3.8	51	83	7	233	27	23	28	21	1.99
444357--444543	101	1.8	102	85	8	261	26	22	28	21	1.99
445793--446057	103	2.6	104	91	0	415	29	30	21	18	1.97
446384--446448	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
446391--446448	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
454183--454240	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
454452--454483	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
454578--454776	50	3.8	51	85	6	249	27	23	27	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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