genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

This is table  64  of  208  ( 24943 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23911205--23911389	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
23911206--23911389	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
23911258--23911422	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
23913061--23913226	24	6.6	24	70	10	73	33	18	25	23	1.97
23913118--23913184	27	2.5	26	83	7	80	35	16	20	26	1.94
23913134--23913194	27	2.3	27	79	0	68	34	19	21	24	1.96
23913279--23913330	25	2.1	25	82	3	61	34	17	26	21	1.95
23913292--23913379	25	3.6	25	76	1	88	36	17	20	26	1.94
23914600--23914944	190	1.8	188	97	1	654	21	14	16	46	1.83
23922980--23923048	35	2.0	35	94	0	120	18	49	10	21	1.77
23924355--23924408	23	2.3	23	83	0	72	31	7	3	57	1.44
23924197--23924439	3	81.7	3	67	15	58	25	7	4	62	1.42
23924518--23924581	3	21.3	3	90	0	101	32	3	1	62	1.20
23930529--23930582	11	4.9	10	77	18	54	81	5	9	3	0.97
23930527--23930593	23	3.0	22	73	18	66	77	8	8	4	1.11
23931020--23931065	6	7.8	6	83	9	51	84	0	13	2	0.71
23931009--23931064	15	3.8	13	80	19	58	83	1	12	1	0.79
23931025--23931058	8	4.4	8	88	7	52	88	0	8	2	0.62
23931020--23931064	7	6.4	7	80	19	58	86	0	11	2	0.65
23932068--23932567	132	3.8	131	91	3	772	28	16	25	30	1.96
23932230--23932772	219	2.5	219	92	2	840	28	15	26	29	1.96
23932068--23932594	263	2.0	263	89	2	810	28	15	25	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23932080--23932774	263	2.6	261	83	4	772	27	15	26	30	1.96
23932077--23932774	132	5.3	131	86	3	550	27	15	26	30	1.96
23932887--23933283	88	4.4	92	67	10	232	26	18	23	30	1.98
23932701--23933502	134	6.0	134	91	1	1256	26	19	23	30	1.98
23932685--23933424	46	16.6	46	66	13	251	27	19	23	30	1.98
23933933--23934001	35	2.0	35	97	0	129	18	50	10	20	1.75
23934317--23934361	22	2.0	22	86	0	63	33	4	28	33	1.77
23935296--23935371	23	3.4	22	78	5	64	28	7	2	60	1.38
23935456--23935519	3	21.3	3	90	0	101	32	3	1	62	1.20
23940536--23940604	36	1.9	36	90	0	111	47	8	2	40	1.49
23947381--23947448	16	4.2	16	90	7	102	27	0	33	38	1.57
23947381--23947448	32	2.1	32	94	0	118	27	0	33	38	1.57
23951272--23951370	52	1.9	52	95	0	180	25	13	33	28	1.93
23953868--23953909	16	2.6	16	75	14	50	54	0	0	45	0.99
23957696--23957746	15	3.5	15	69	15	52	49	11	13	25	1.76
23957700--23957775	29	2.6	29	95	0	134	48	10	11	28	1.73
23961230--23961281	17	2.9	18	78	15	63	46	0	0	53	1.00
23961230--23961281	20	2.9	17	76	15	59	46	0	0	53	1.00
23965187--23965275	11	8.0	11	72	7	72	64	3	3	29	1.26
23966660--23966915	131	1.9	133	88	1	381	53	7	10	28	1.63
23966791--23967243	156	2.9	154	90	4	691	50	7	10	31	1.64
23967613--23967641	15	1.9	15	100	0	58	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23967733--23967761	15	1.9	15	100	0	58	48	0	0	51	1.00
23967593--23967831	120	2.0	120	98	0	460	36	19	10	34	1.85
23970740--23970786	23	2.0	23	84	8	60	59	14	2	23	1.46
23976342--23976368	11	2.5	11	100	0	54	74	0	0	25	0.83
23979441--23979474	17	2.1	17	88	5	52	29	0	0	70	0.87
23983492--23983567	36	2.1	37	95	2	136	36	10	18	34	1.85
23983449--23983653	89	2.3	89	81	11	217	33	14	21	30	1.93
23990508--23990551	21	2.1	21	91	8	72	34	31	4	29	1.78
23994962--23995012	6	8.5	6	100	0	102	33	0	15	50	1.44
23995704--23995756	27	2.0	27	81	7	63	45	0	5	49	1.26
23997034--23997307	88	3.1	84	82	7	316	36	20	11	32	1.88
23997404--23997537	10	13.4	10	64	17	64	64	1	2	32	1.15
23997412--23997519	21	5.4	19	68	21	51	62	0	2	33	1.15
23997434--23997538	32	3.0	33	74	17	86	63	1	1	32	1.16
23997471--23997537	18	3.4	20	72	15	68	64	2	1	31	1.18
23997404--23997537	42	3.4	39	77	18	134	64	1	2	32	1.15
23997434--23997547	20	5.7	20	74	13	74	64	2	2	30	1.21
23997787--23997863	27	2.9	25	85	11	100	29	1	2	66	1.13
23997798--23997867	18	3.9	18	75	14	65	27	1	2	68	1.12
23997742--23997866	18	6.9	18	69	14	60	28	4	2	64	1.26
23998125--23998195	37	1.9	38	88	5	110	38	1	0	60	1.06
23999580--23999621	21	2.0	21	85	0	57	26	4	2	66	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24012464--24013120	256	2.6	257	91	0	1066	30	17	21	30	1.96
24012464--24013120	129	5.1	129	92	0	1057	30	17	21	30	1.96
24014743--24014864	26	4.4	27	67	25	69	31	11	1	55	1.45
24017391--24017458	31	2.3	30	87	5	93	29	5	14	50	1.67
24019235--24019278	21	2.1	21	87	4	63	40	18	25	15	1.90
24019348--24019441	8	9.8	10	72	20	51	59	0	2	38	1.09
24019374--24019403	11	2.6	11	94	5	51	46	0	3	50	1.18
24019346--24019441	10	10.1	9	73	18	54	59	0	2	38	1.09
24019313--24019460	40	3.7	40	71	17	128	64	0	1	33	1.07
24042375--24042446	24	3.0	24	87	0	99	47	9	23	19	1.79
24042523--24042586	21	3.0	21	77	8	67	18	21	17	42	1.89
24042531--24042624	42	2.2	42	82	0	107	18	21	17	43	1.88
24042601--24042645	21	2.2	21	84	7	58	8	22	22	46	1.79
24049147--24049180	17	1.9	18	94	5	61	82	0	0	17	0.67
24062791--24062962	88	1.9	89	83	8	226	40	19	6	33	1.79
24062971--24063026	20	3.1	18	87	7	69	66	1	1	30	1.12
24063090--24063134	21	2.1	21	84	8	56	60	4	8	26	1.46
24063352--24063409	18	3.2	18	75	18	57	37	1	0	60	1.07
24063302--24063400	44	2.2	46	85	7	132	37	2	1	59	1.16
24063352--24063406	19	2.9	18	76	12	58	40	1	0	58	1.09
24063792--24064039	125	2.0	122	85	9	348	22	13	16	47	1.82
24063847--24064039	64	3.1	61	71	8	181	21	15	17	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24066969--24067157	93	2.0	93	98	0	369	48	5	5	40	1.48
24067629--24067671	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
24067636--24067677	11	3.8	11	80	0	57	54	9	14	21	1.68
24069591--24069615	8	3.1	8	100	0	50	0	12	12	76	1.04
24091826--24091853	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24093887--24093933	24	2.0	24	83	4	60	51	2	0	46	1.13
24100443--24100476	16	2.1	16	88	5	50	47	0	5	47	1.26
24103123--24103147	7	3.6	7	100	0	50	48	0	0	52	1.00
24113660--24113752	18	5.2	18	88	5	134	32	13	24	29	1.94
24113660--24113752	36	2.6	36	91	0	150	32	13	24	29	1.94
24114601--24114633	3	11.3	3	87	6	50	3	30	0	66	1.06
24118871--24118908	20	2.0	20	89	5	60	47	5	0	47	1.24
24119329--24119372	22	2.0	22	86	8	63	43	2	4	50	1.35
24119298--24119374	32	2.5	31	81	8	84	42	5	6	45	1.52
24128621--24128661	19	2.2	19	86	4	57	60	4	0	34	1.18
24128668--24128715	19	2.6	19	90	3	71	56	2	0	41	1.11
24133115--24133168	28	1.9	28	100	0	108	27	11	11	50	1.72
24139131--24139163	3	11.0	3	100	0	66	33	0	33	33	1.58
24150248--24150304	25	2.2	24	77	20	62	64	1	14	19	1.36
24150398--24150429	14	2.3	14	100	0	64	75	0	0	25	0.81
24150408--24150553	68	2.1	69	92	2	249	46	10	6	36	1.64
24150540--24150592	9	6.1	9	82	8	74	52	13	0	33	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24150549--24150592	16	2.6	17	89	7	63	52	13	0	34	1.41
24150539--24150595	25	2.3	25	90	0	87	52	12	0	35	1.39
24150541--24150595	16	3.3	16	80	19	60	50	12	0	36	1.41
24150665--24150706	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
24150682--24150741	22	2.7	23	82	7	70	51	1	1	45	1.21
24151645--24151708	27	2.4	26	79	7	67	48	0	3	48	1.17
24151710--24151739	14	2.1	14	93	0	51	16	3	13	66	1.37
24153818--24153868	21	2.4	21	83	0	57	33	33	5	27	1.81
24157817--24157867	24	2.1	24	88	0	75	21	25	7	45	1.79
24167723--24167763	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208