genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27555700--27555748	24	2.1	22	92	7	80	46	10	2	40	1.49
27555754--27555864	17	6.4	17	79	14	111	50	9	13	26	1.72
27555754--27555864	35	3.2	35	82	10	113	50	9	13	26	1.72
27555616--27555906	129	2.2	128	84	8	351	51	9	9	29	1.66
27556651--27556693	18	2.4	18	84	0	59	9	23	48	18	1.76
27556737--27556814	6	12.3	6	81	14	68	0	25	0	74	0.82
27556738--27556770	17	1.9	17	93	0	57	0	18	0	81	0.68
27556747--27556815	3	24.0	3	82	5	81	0	27	0	72	0.85
27556832--27556875	18	2.5	18	82	10	56	0	43	34	22	1.54
27556894--27556951	20	3.0	20	80	9	68	0	37	0	62	0.96
27557166--27557282	30	3.9	29	77	11	94	44	3	21	30	1.69
27557181--27557282	30	3.4	30	83	2	125	44	3	21	30	1.70
27557278--27557314	15	2.4	16	90	4	58	24	0	2	72	0.97
27557280--27557314	16	2.2	16	89	0	52	20	0	2	77	0.90
27561772--27561862	45	2.0	45	84	0	119	19	14	6	59	1.57
27562075--27562393	126	2.5	126	89	2	480	37	14	12	35	1.83
27565132--27565188	30	1.9	30	89	3	89	40	3	24	31	1.72
27565400--27565431	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
27565526--27565767	50	4.7	48	73	15	159	28	23	28	19	1.99
27565525--27565775	100	2.4	101	86	7	337	27	23	27	20	1.99
27572709--27572766	30	1.9	31	86	6	84	43	1	24	31	1.64
27572978--27573009	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27573104--27573345	50	4.7	48	73	15	159	28	23	28	19	1.99
27573103--27573353	100	2.4	101	86	7	337	27	23	27	20	1.99
27583259--27583642	135	2.8	134	90	2	581	35	8	11	45	1.71
27598345--27598494	42	3.6	43	73	13	125	56	0	7	36	1.32
27598345--27598486	8	17.4	8	69	17	53	54	0	7	36	1.34
27598349--27598458	54	2.1	51	80	10	114	54	0	8	36	1.36
27598418--27598495	34	2.2	35	84	4	95	55	1	5	38	1.30
27598840--27598869	14	2.1	14	93	0	51	66	6	3	23	1.30
27615840--27615965	37	3.2	40	75	10	134	34	23	16	24	1.95
27616809--27616875	27	2.5	26	79	11	73	4	16	4	74	1.14
27616792--27616869	6	12.3	6	72	17	52	2	19	3	74	1.09
27628216--27628249	7	4.9	7	100	0	68	0	0	41	58	0.98
27632486--27632561	27	2.8	27	90	4	118	17	25	38	19	1.93
27632620--27632672	22	2.3	23	84	12	74	66	1	30	1	1.13
27634073--27634114	16	2.7	15	85	7	57	57	2	2	38	1.25
27634151--27634228	39	2.0	39	94	0	138	38	2	2	56	1.27
27634372--27634418	21	2.2	21	88	3	67	61	10	0	27	1.29
27634372--27634660	22	13.2	22	71	18	194	55	12	0	31	1.41
27634423--27634660	49	5.5	42	71	16	168	55	12	0	31	1.43
27634475--27634662	20	9.2	19	69	19	103	54	11	0	33	1.41
27634378--27634526	49	3.1	48	86	2	217	54	12	0	32	1.42
27634985--27635049	27	2.4	27	92	0	112	13	40	16	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27639710--27639775	33	2.0	33	90	0	105	34	9	16	39	1.80
27645466--27645515	24	2.1	23	89	10	75	0	32	2	66	1.03
27645920--27645983	23	2.6	24	73	17	60	50	0	39	10	1.38
27645929--27645985	26	2.2	26	84	6	71	50	0	38	10	1.37
27652613--27652820	91	2.3	91	91	0	326	45	3	4	46	1.41
27652735--27652795	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
27652653--27652795	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
27652825--27653035	54	3.6	58	68	18	152	41	2	4	52	1.34
27652874--27653072	66	3.2	63	66	16	164	40	3	6	50	1.44
27652825--27653134	120	2.6	120	91	1	485	41	2	4	50	1.36
27652961--27653012	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
27653077--27653112	18	2.0	18	89	10	56	41	0	0	58	0.98
27653081--27653123	13	3.1	14	86	6	52	46	0	0	53	1.00
27653085--27653132	16	3.1	16	79	11	55	45	0	2	52	1.12
27653081--27653123	15	2.9	15	83	13	54	46	0	0	53	1.00
27658932--27658975	16	2.8	16	82	10	54	68	2	2	27	1.14
27661724--27661788	20	3.3	20	70	12	62	55	7	16	20	1.65
27661713--27661793	39	2.1	39	90	0	126	54	6	18	20	1.65
27662421--27662461	3	13.7	3	94	0	73	31	0	0	68	0.90
27662652--27662701	26	2.0	26	92	4	84	32	2	4	62	1.25
27673406--27673442	18	2.1	18	94	0	65	27	16	32	24	1.96
27673714--27673768	14	4.1	13	77	9	65	50	14	23	10	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27673714--27673768	27	2.0	27	82	6	67	50	14	23	10	1.74
27677437--27677563	18	7.1	18	90	0	200	28	22	15	33	1.95
27683106--27683175	31	2.3	31	82	5	79	52	7	0	40	1.29
27686899--27686946	18	2.7	18	78	9	53	29	8	2	60	1.37
27691761--27691853	11	9.1	11	66	17	58	59	2	3	35	1.26
27691839--27691873	17	2.0	18	88	5	54	54	2	5	37	1.39
27692110--27692153	18	2.4	19	85	11	65	31	0	0	68	0.90
27696684--27696719	18	2.0	18	94	0	63	25	11	5	58	1.54
27699842--27700125	126	2.3	125	89	0	415	26	22	19	32	1.97
27700595--27700622	6	4.7	6	100	0	56	35	50	0	14	1.43
27708609--27708675	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
27716179--27716284	54	2.0	54	92	0	176	30	25	20	23	1.99
27716344--27716417	36	2.1	36	94	0	130	35	14	27	22	1.94
27732819--27732868	15	3.3	15	75	10	57	12	64	4	20	1.43
27733011--27733060	24	2.1	24	96	0	91	22	44	16	18	1.87
27733065--27733122	18	3.2	18	77	0	62	15	63	10	10	1.51
27733140--27733189	24	2.1	24	84	0	64	24	46	16	14	1.83
27733195--27733246	24	2.2	24	85	0	68	17	71	1	9	1.22
27733195--27733246	12	4.3	12	75	0	50	17	71	1	9	1.22
27737234--27737267	17	2.0	17	88	0	50	38	2	0	58	1.13
27739706--27739753	23	2.1	23	100	0	96	54	16	4	25	1.60
27742805--27742869	21	2.8	22	74	19	60	67	1	6	24	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27747727--27748006	46	6.6	45	86	10	330	36	13	21	28	1.92
27749508--27749563	20	2.7	21	81	13	53	69	7	12	10	1.36
27749519--27749563	21	2.1	23	88	12	69	68	8	8	13	1.38
27766085--27766124	18	2.2	19	95	4	73	70	5	15	10	1.32
27777622--27777684	31	2.1	31	88	8	94	39	6	7	46	1.59
27783208--27783269	22	2.5	24	80	12	65	37	3	0	59	1.13
27786683--27787008	110	3.0	110	90	2	489	33	19	17	29	1.95
27787543--27787679	40	3.5	40	80	7	163	38	24	21	16	1.92
27787793--27787830	20	1.9	20	88	0	58	23	5	5	65	1.34
27787886--27787944	26	2.3	26	82	5	75	54	1	11	32	1.47
27788315--27788445	61	2.1	62	81	5	158	29	2	23	45	1.65
27788425--27788487	21	3.0	21	88	2	81	25	0	41	33	1.56
27788435--27788494	14	4.3	14	76	0	57	23	0	43	33	1.54
27788424--27788498	28	2.6	28	83	6	80	25	0	40	34	1.56
27789227--27789292	31	2.1	31	100	0	132	30	0	7	62	1.23
27789968--27789996	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
27792371--27792396	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
27794106--27794713	44	14.1	43	71	10	404	26	21	21	31	1.98
27794100--27794390	129	2.3	127	91	1	456	26	21	21	29	1.99
27794100--27794434	129	2.6	127	85	5	451	25	22	22	29	1.99
27794110--27794607	173	2.9	170	82	6	556	26	20	21	31	1.98
27794407--27794711	129	2.4	129	91	0	493	26	20	20	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27794750--27795867	50	22.5	49	68	14	412	24	20	22	32	1.98
27794981--27795067	45	1.9	45	88	0	129	24	20	21	33	1.97
27795514--27795905	50	7.8	50	82	5	497	27	19	21	32	1.97
27794750--27795905	100	11.6	99	87	3	1089	24	20	22	32	1.98
27795847--27796655	125	6.5	125	94	0	1366	26	19	19	35	1.95
27796006--27796055	25	2.0	25	84	0	64	26	14	20	40	1.90
27797821--27797922	43	2.4	43	80	12	120	28	24	14	32	1.95
27799130--27799175	12	3.6	13	80	13	51	4	17	0	78	0.91
27799187--27799222	13	2.8	12	88	12	54	2	0	8	88	0.59
27802691--27803000	110	2.9	109	90	3	466	32	20	16	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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