genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

This is table  21  of  208  ( 24943 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8246497--8246690	95	2.0	95	94	0	343	29	18	22	29	1.97
8246726--8246921	97	2.0	96	91	1	313	31	18	21	28	1.97
8246937--8247121	95	2.0	90	82	9	223	28	21	22	28	1.99
8247129--8247642	44	11.7	45	75	5	453	26	17	26	29	1.97
8247129--8247511	132	2.9	132	95	0	669	26	17	26	29	1.98
8247129--8247647	87	5.9	87	83	3	569	26	16	26	30	1.97
8248717--8248757	8	5.2	8	85	11	50	0	0	12	87	0.53
8248724--8248757	11	3.0	11	91	4	50	0	0	11	88	0.52
8248719--8248750	12	2.6	12	95	5	55	0	0	9	90	0.45
8249745--8249778	15	2.3	15	89	0	50	17	14	8	58	1.61
8256655--8256702	3	16.0	3	100	0	96	0	33	0	66	0.92
8266615--8266697	43	1.9	43	82	4	105	26	18	16	38	1.92
8274332--8274437	27	3.9	27	82	2	140	47	6	5	40	1.53
8284980--8285307	46	7.6	45	82	13	397	29	21	14	34	1.93
8285071--8285225	36	4.0	36	79	15	175	28	20	14	36	1.92
8285025--8285271	82	3.0	82	94	0	422	29	21	14	35	1.92
8285071--8285307	128	1.9	123	87	8	349	28	21	13	36	1.91
8305291--8305445	50	3.1	50	81	0	166	18	25	25	30	1.98
8306052--8306092	3	13.7	3	89	0	64	36	2	0	60	1.10
8306968--8306994	5	5.4	5	100	0	54	44	18	18	18	1.87
8314730--8314777	21	2.3	21	92	3	80	39	22	6	31	1.79
8316023--8316159	69	2.0	69	98	0	265	40	10	12	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8316814--8316900	36	2.5	36	94	3	151	43	5	4	45	1.48
8317560--8317603	23	1.9	24	90	9	74	54	2	20	22	1.56
8318138--8318196	27	2.2	26	79	8	64	25	0	27	47	1.52
8351177--8351256	40	2.0	40	97	0	151	32	13	5	48	1.64
8355001--8355041	3	13.7	3	100	0	82	0	31	0	68	0.90
8357534--8357568	17	2.1	17	100	0	70	28	0	11	60	1.32
8357624--8357667	13	3.5	13	75	12	56	50	4	0	45	1.22
8357614--8357683	24	2.8	24	93	4	113	54	4	0	41	1.20
8357617--8357678	12	5.1	12	69	11	54	56	3	0	40	1.15
8369200--8369243	4	10.5	4	86	13	54	75	0	25	0	0.81
8369170--8369243	29	2.8	26	82	11	87	74	6	18	0	1.04
8369200--8369242	18	2.6	16	85	10	59	76	0	23	0	0.78
8369200--8369242	10	3.8	11	81	12	52	76	0	23	0	0.78
8369170--8369251	33	2.5	32	79	11	78	73	6	20	0	1.05
8369213--8369251	11	3.6	11	82	6	53	74	0	25	0	0.82
8370166--8370261	41	2.4	40	80	5	113	25	11	22	40	1.87
8377000--8377079	40	2.0	40	85	9	110	32	22	2	42	1.67
8377828--8377858	12	2.6	12	94	0	53	0	25	3	70	1.02
8378393--8378430	3	12.7	3	88	0	58	60	0	0	39	0.97
8381298--8381379	43	1.9	43	85	2	112	29	19	20	30	1.97
8395087--8395126	20	2.0	20	100	0	80	40	10	10	40	1.72
8398208--8398248	21	2.0	21	90	9	66	39	2	7	51	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8398266--8398291	12	2.2	12	100	0	52	57	7	34	0	1.27
8404402--8404455	27	2.0	27	82	7	65	35	7	5	51	1.53
8409121--8409177	18	3.3	18	71	14	66	59	5	5	29	1.41
8409657--8409703	16	2.9	17	81	9	55	46	0	0	53	1.00
8410448--8410513	21	3.3	19	73	16	53	25	4	1	68	1.18
8412416--8412603	92	2.0	92	94	0	331	37	3	4	54	1.37
8412420--8412569	48	3.2	47	64	21	116	39	4	5	51	1.43
8412561--8412608	25	1.9	25	91	8	80	35	0	2	62	1.07
8415645--8415921	127	2.2	128	80	6	294	31	18	14	35	1.91
8415983--8416076	34	2.8	32	82	10	107	40	15	0	43	1.47
8421362--8421813	46	9.4	45	87	7	465	34	14	21	29	1.93
8421303--8421813	98	5.3	95	84	9	614	34	14	21	29	1.93
8421303--8421802	144	3.4	144	95	1	865	34	14	21	29	1.93
8421777--8421886	37	3.0	37	94	1	195	37	16	21	24	1.93
8422894--8422934	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
8436703--8436736	15	2.1	16	89	10	52	5	23	0	70	1.09
8441174--8441216	20	2.2	20	83	8	52	39	4	9	46	1.57
8446765--8446844	24	3.2	26	77	8	69	17	25	21	36	1.95
8452366--8452494	37	3.5	37	97	0	240	25	19	17	37	1.94
8452458--8452726	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
8452501--8452720	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
8452458--8452726	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8455850--8456053	49	4.0	50	83	10	241	32	29	13	24	1.94
8455934--8456052	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
8455943--8456033	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
8457320--8457448	37	3.5	37	97	0	240	25	19	17	37	1.94
8457412--8457680	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
8457455--8457674	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
8457412--8457680	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
8466475--8466503	6	4.8	6	100	0	58	13	0	51	34	1.42
8470433--8470502	31	2.3	31	87	0	95	34	2	7	55	1.42
8487328--8487366	9	4.0	9	81	18	51	43	0	0	56	0.99
8487329--8487373	21	2.1	21	95	0	81	42	2	0	55	1.12
8488014--8488064	21	2.4	22	80	6	68	31	1	9	56	1.43
8488096--8488148	27	2.0	27	92	0	88	32	0	13	54	1.39
8488314--8488349	16	2.3	16	90	4	56	33	2	5	58	1.36
8488643--8488709	29	2.3	29	82	7	84	28	16	7	47	1.73
8504719--8504774	22	2.6	21	88	8	85	37	19	26	16	1.92
8504720--8504797	22	3.4	22	82	12	70	37	20	25	16	1.93
8506802--8506836	15	2.2	16	90	5	54	77	0	2	20	0.90
8508398--8508428	15	2.1	15	93	0	53	48	0	12	38	1.42
8513788--8513837	23	2.2	24	82	10	68	40	6	18	36	1.75
8517157--8517198	16	2.6	16	88	3	57	26	2	2	69	1.13
8529615--8529665	16	3.1	16	76	15	50	66	7	0	25	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8541726--8541761	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
8546788--8546892	25	4.3	25	77	8	101	40	19	21	18	1.91
8547996--8548042	5	9.2	5	95	4	85	61	0	0	38	0.96
8551355--8551422	30	2.2	31	84	2	84	50	5	16	27	1.68
8551789--8551844	27	2.1	27	100	0	112	39	10	14	35	1.81
8556416--8556441	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
8558782--8558821	18	2.2	18	91	8	64	47	0	0	52	1.00
8559475--8559531	19	2.9	19	80	12	62	59	0	0	40	0.97
8559491--8559529	21	1.9	20	89	5	60	58	0	0	41	0.98
8559502--8559547	18	2.5	20	80	13	55	60	0	0	39	0.97
8562680--8562752	38	1.9	38	91	0	119	41	17	10	30	1.84
8562867--8562918	25	2.1	25	92	7	88	21	13	3	61	1.48
8565034--8565141	24	4.5	25	73	10	82	36	22	24	17	1.95
8565089--8565197	24	4.5	23	76	13	87	39	19	22	18	1.92
8568532--8568719	42	4.5	41	79	4	162	29	21	19	30	1.97
8568559--8568719	42	3.9	42	82	4	200	28	20	19	31	1.97
8568533--8568698	84	2.0	83	89	3	253	29	19	18	31	1.96
8572952--8573005	20	2.7	20	97	0	99	29	16	5	48	1.69
8574076--8574114	6	6.8	6	82	11	55	0	30	0	69	0.89
8574076--8574114	17	2.3	17	86	8	53	0	30	0	69	0.89
8574142--8574180	6	6.3	6	90	3	60	5	15	0	79	0.90
8574141--8574189	18	2.9	17	84	6	64	8	14	0	77	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8574201--8574228	13	2.2	13	100	0	56	60	7	0	32	1.24
8577799--8577887	6	16.4	5	73	16	54	71	2	22	3	1.11
8577799--8577887	11	7.6	11	70	15	54	71	2	22	3	1.11
8577805--8577876	34	2.1	35	82	7	85	69	2	25	2	1.15
8578220--8578263	18	2.3	20	80	15	65	45	4	18	31	1.69
8578226--8578263	18	2.1	18	95	0	67	44	5	18	31	1.72
8579646--8579672	11	2.5	11	100	0	54	40	7	0	51	1.30
8584178--8584226	2	24.5	2	100	0	98	0	48	0	51	1.00
8594235--8594290	23	2.5	22	83	11	69	46	0	7	46	1.30
8594879--8594927	26	1.9	25	87	4	71	32	0	2	65	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208