genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  67  of  208  ( 24943 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24824524--24824578	27	2.0	27	85	3	74	25	21	1	50	1.58
24826826--24826970	30	4.8	31	70	15	90	33	6	15	44	1.71
24826927--24827001	30	2.4	32	84	10	102	40	8	8	44	1.63
24837299--24837328	6	5.0	6	95	0	51	46	0	3	50	1.18
24842810--24842891	41	2.0	41	97	0	155	53	6	0	40	1.26
24857003--24857104	52	2.0	52	98	0	195	36	24	8	30	1.86
24859169--24859194	12	2.2	12	100	0	52	61	0	23	15	1.33
24860280--24860349	24	2.9	24	89	2	104	15	21	22	40	1.91
24864948--24864992	23	2.0	22	82	4	54	40	17	4	37	1.70
24867066--24867114	16	3.1	16	84	0	71	42	6	30	20	1.76
24867094--24867186	44	2.1	46	89	4	145	26	6	31	35	1.82
24867094--24867199	46	2.5	42	80	11	119	28	6	31	33	1.83
24867344--24867489	18	9.3	15	66	21	59	56	2	1	39	1.22
24867337--24867474	26	5.1	26	72	11	125	55	2	0	41	1.20
24867519--24867562	21	2.1	21	83	8	54	56	6	0	36	1.26
24870140--24870175	15	2.4	14	86	13	54	69	2	8	19	1.27
24870717--24870743	10	2.7	10	100	0	54	44	18	7	29	1.77
24871413--24871481	16	4.2	16	96	3	129	24	0	36	39	1.56
24871413--24871481	33	2.1	32	97	2	129	24	0	36	39	1.56
24871462--24871552	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
24871697--24871751	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
24871703--24871751	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24871873--24871906	17	2.0	17	88	11	52	55	0	0	44	0.99
24871790--24872054	136	1.9	138	89	1	417	44	3	4	47	1.40
24871604--24871930	156	2.1	156	95	0	575	43	3	6	46	1.46
24873027--24873061	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24873060--24873098	16	2.4	16	100	0	78	41	12	0	46	1.42
24876560--24876595	18	2.0	18	88	0	54	63	5	5	25	1.38
24881714--24882540	414	2.0	414	99	0	1627	33	16	13	37	1.87
24883502--24883536	15	2.3	15	100	0	70	42	0	0	57	0.99
24887890--24887947	26	2.2	26	100	0	116	29	24	22	24	1.99
24889259--24889314	21	2.7	21	80	0	58	21	26	33	17	1.96
24891292--24891323	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
24903085--24903127	22	2.0	22	86	4	61	53	6	13	25	1.65
24905818--24905857	19	2.1	19	100	0	80	42	20	10	27	1.83
24906518--24906580	31	2.0	31	100	0	126	42	12	12	31	1.81
24910129--24910160	14	2.3	14	94	0	55	31	0	15	53	1.43
24919260--24919409	77	1.9	78	91	1	248	44	7	4	44	1.50
24922459--24922800	88	3.9	88	87	3	383	25	22	22	29	1.99
24922578--24922721	44	3.2	45	66	7	132	23	20	21	34	1.96
24922625--24922762	44	3.2	43	67	8	134	25	23	21	28	1.99
24922571--24922798	88	2.6	88	95	2	397	25	21	22	30	1.99
24922656--24922794	44	3.2	44	66	8	120	24	21	25	28	1.99
24925019--24925052	16	2.1	17	88	5	52	5	8	5	79	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24927532--24927580	19	2.5	20	80	6	57	40	12	20	26	1.87
24935899--24935982	42	2.0	42	85	0	114	21	38	10	29	1.87
24945303--24945395	33	2.8	33	81	4	116	19	10	17	52	1.73
24963819--24963857	5	7.6	5	82	5	51	41	0	17	41	1.50
24963963--24964056	27	3.6	27	84	11	133	39	12	1	46	1.49
24964208--24964277	19	3.7	19	78	3	88	35	10	1	52	1.44
24964213--24964283	37	1.9	37	97	0	133	38	11	1	49	1.48
24964501--24964539	19	2.1	19	85	4	53	35	7	0	56	1.28
24964842--24964912	37	1.9	37	100	0	142	49	0	11	39	1.39
24964848--24964916	19	3.7	19	82	5	97	52	0	10	37	1.36
24964988--24965063	26	2.9	27	84	3	93	21	30	22	26	1.99
24965668--24965746	24	3.2	24	90	1	113	16	21	20	41	1.90
24967295--24967363	33	2.1	33	91	0	111	37	10	24	27	1.88
24968862--24968895	13	2.6	14	86	13	54	44	17	11	26	1.83
24973097--24973243	72	2.0	72	97	0	276	17	31	18	32	1.94
24977704--24977757	27	2.0	27	92	0	90	38	11	29	20	1.87
24981268--24981310	19	2.1	21	87	8	63	58	2	2	37	1.24
24981356--24981403	20	2.5	20	83	12	57	64	2	0	33	1.05
24981333--24981396	29	2.2	29	83	10	78	64	1	1	32	1.13
24987321--24987403	31	2.7	30	83	3	94	44	12	13	30	1.80
24988255--24988306	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
24990224--24990275	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24996492--24996526	18	1.9	18	88	0	52	40	2	0	57	1.14
24996450--24996527	31	2.5	30	76	17	79	48	2	0	48	1.15
24999186--24999256	25	3.0	23	71	20	65	15	26	19	38	1.92
25005157--25005251	25	3.8	24	78	8	75	34	22	25	17	1.96
25005220--25005281	25	2.5	25	84	5	72	38	20	24	16	1.92
25005181--25005276	50	1.9	50	82	4	122	35	22	23	17	1.95
25007270--25007343	23	3.2	24	80	12	77	18	33	18	28	1.95
25008861--25008891	5	6.2	5	96	0	53	0	58	0	41	0.98
25015733--25015777	5	8.2	6	92	2	53	42	0	2	55	1.12
25021488--25021567	24	3.3	24	96	0	142	41	12	37	8	1.74
25039215--25039284	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
25039215--25039312	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
25047499--25047568	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
25047499--25047596	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
25056618--25056691	30	2.7	26	76	21	71	54	2	9	33	1.47
25066539--25066579	21	1.9	21	90	5	64	24	0	0	75	0.80
25067195--25067234	20	2.0	20	86	13	57	20	10	7	62	1.50
25067773--25067834	30	2.0	31	84	3	81	24	22	20	32	1.98
25077834--25077896	30	2.1	30	96	0	117	30	22	15	31	1.95
25078789--25078813	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
25078785--25078841	10	5.4	10	81	10	51	0	26	1	71	0.95
25078784--25078833	26	1.9	26	83	0	64	0	28	0	72	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25081246--25081353	25	4.3	25	74	13	89	29	19	24	26	1.98
25081508--25081551	22	2.0	23	86	4	63	54	9	0	36	1.32
25082217--25082241	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
25091901--25091943	21	2.0	21	100	0	86	44	13	13	27	1.83
25112481--25112523	23	2.0	22	86	9	61	39	9	9	41	1.69
25113523--25113580	25	2.3	25	87	0	80	18	25	20	34	1.96
25113536--25113621	22	3.8	22	75	7	75	18	26	19	34	1.95
25117917--25118054	69	2.0	71	91	7	228	31	8	5	53	1.55
25118258--25118315	13	4.1	14	79	16	50	46	1	0	51	1.11
25123967--25124768	101	8.0	101	87	4	993	29	22	16	32	1.95
25123993--25124447	33	13.5	33	66	13	171	29	21	16	32	1.95
25124364--25124736	90	3.9	92	76	13	297	28	23	15	32	1.95
25124590--25124768	33	5.3	33	68	7	92	28	21	15	34	1.94
25125694--25125726	16	2.0	17	88	5	50	27	12	12	48	1.76
25126808--25126892	42	2.0	42	84	4	109	23	22	23	30	1.99
25138296--25138328	16	2.1	16	100	0	66	30	12	6	51	1.63
25139873--25139913	18	2.4	17	79	4	55	29	34	9	26	1.88
25142835--25142860	9	2.9	9	100	0	52	30	0	0	69	0.89
25145141--25145177	19	1.9	19	89	10	58	48	0	5	45	1.25
25145135--25145180	23	2.0	22	84	12	58	47	0	6	45	1.28
25149536--25149774	101	2.4	101	89	0	352	29	22	15	33	1.94
25151672--25151718	11	4.1	11	78	10	58	65	2	0	31	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25153647--25153800	70	2.2	70	92	0	254	30	9	25	35	1.87
25155867--25155904	14	2.6	15	91	4	60	42	0	2	55	1.14
25157300--25157335	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
25159673--25159755	42	2.0	42	100	0	166	28	15	26	28	1.96
25161380--25161425	24	1.9	24	100	0	92	8	28	13	50	1.70
25162373--25162421	24	2.0	24	92	0	80	28	24	24	22	1.99
25169595--25169639	23	2.0	23	82	8	56	20	15	6	57	1.60
25172659--25172714	21	2.7	21	88	0	76	16	8	21	53	1.69
25172676--25172724	21	2.4	21	82	3	55	14	10	16	59	1.61
25173427--25173468	18	2.4	17	81	14	50	69	7	2	21	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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