genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21834996--21835083	29	2.9	28	77	11	86	34	21	3	40	1.70
21835109--21835210	29	3.5	28	67	14	80	31	17	8	42	1.80
21835078--21835208	59	2.2	59	94	0	226	33	19	8	38	1.82
21835562--21835609	25	2.0	24	87	4	69	70	10	14	4	1.29
21835749--21835790	13	3.3	12	90	6	57	76	0	23	0	0.79
21835740--21835814	26	3.1	25	72	16	68	73	0	26	0	0.84
21835838--21835869	5	6.2	5	92	7	55	18	59	21	0	1.38
21835838--21835869	16	2.1	15	94	5	55	18	59	21	0	1.38
21835898--21835939	21	2.0	22	85	4	59	66	21	11	0	1.23
21835912--21835949	19	2.0	20	94	5	69	63	18	18	0	1.32
21836239--21837151	453	2.0	453	97	0	1729	35	12	11	40	1.80
21837070--21837115	17	2.6	17	83	12	58	30	15	8	45	1.76
21837305--21837345	20	2.0	21	95	4	75	39	12	9	39	1.76
21837363--21837411	17	2.8	17	81	9	53	32	10	10	46	1.71
21837375--21837411	18	2.0	19	89	5	58	24	10	10	54	1.67
21837634--21837934	69	4.4	67	85	7	338	30	14	10	44	1.79
21837642--21837853	34	6.2	34	74	6	178	32	14	10	42	1.79
21837634--21837933	17	17.4	17	70	10	144	30	14	11	44	1.79
21837950--21837993	19	2.2	20	88	4	63	38	11	6	43	1.67
21842437--21842482	21	2.1	22	92	4	76	21	26	4	47	1.69
21846941--21846998	2	29.0	2	100	0	116	50	0	50	0	1.00
21855685--21855757	31	2.4	31	97	0	137	26	19	4	50	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21855951--21855995	20	2.2	20	88	7	65	26	0	0	73	0.84
21873469--21873653	81	2.3	79	79	7	196	42	5	8	43	1.58
21880277--21880313	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
21884943--21884995	18	2.8	19	83	13	65	54	1	1	41	1.22
21884937--21884998	19	3.3	19	78	15	65	58	1	1	38	1.18
21884937--21885005	18	3.7	18	77	12	61	55	1	2	40	1.24
21885129--21885162	17	1.9	18	88	5	52	70	0	5	23	1.09
21885192--21885244	20	2.5	21	82	14	65	30	5	1	62	1.29
21885358--21885383	11	2.4	11	100	0	52	23	0	0	76	0.78
21885347--21885388	21	2.0	20	86	4	57	33	0	0	66	0.92
21885355--21885388	10	3.3	10	88	8	50	35	0	0	64	0.94
21886816--21886850	15	2.5	14	86	13	54	34	0	0	65	0.93
21886840--21886878	17	2.2	18	86	4	53	25	2	0	71	0.98
21892111--21892542	215	2.0	215	100	0	864	45	8	24	21	1.80
21893447--21893769	158	2.0	158	89	0	493	32	23	14	29	1.94
21893994--21894055	33	1.9	32	83	9	81	40	0	0	59	0.97
21900741--21900822	37	2.2	37	91	0	128	40	15	8	35	1.78
21900865--21900940	33	2.3	33	97	0	143	43	15	5	35	1.70
21903963--21905186	121	10.2	120	96	2	2174	43	3	5	47	1.42
21904653--21904687	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
21903963--21905186	241	5.1	241	95	2	2221	43	3	5	47	1.42
21904894--21904928	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21905136--21905169	18	1.9	17	88	5	50	44	0	0	55	0.99
21905336--21905426	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
21905407--21905459	16	3.2	16	89	5	88	35	35	1	26	1.68
21915786--21915831	21	2.2	21	100	0	92	8	10	8	71	1.30
21923940--21923992	3	17.7	3	84	7	72	30	3	1	64	1.22
21924123--21924202	36	2.2	36	80	8	92	36	8	2	52	1.46
21936653--21936777	62	2.0	62	88	0	187	29	8	24	37	1.85
21938681--21938714	15	2.3	15	89	0	50	58	8	14	17	1.61
21938814--21938873	22	2.7	23	72	23	56	70	3	5	21	1.22
21939402--21939428	14	1.9	14	100	0	54	44	7	3	44	1.49
21946185--21946252	33	2.1	33	97	0	127	35	23	19	22	1.96
21946644--21946795	46	3.4	46	93	2	247	28	22	15	34	1.94
21949597--21949630	17	1.9	17	88	5	50	58	0	2	38	1.13
21950963--21951010	21	2.3	21	85	0	60	54	8	0	37	1.31
21951488--21951523	18	1.9	19	88	5	56	36	0	2	61	1.11
21958902--21958944	22	2.0	22	86	9	61	60	6	2	30	1.35
21972080--21972122	21	1.9	24	86	13	65	46	9	13	30	1.75
21979260--21979320	30	2.0	30	90	6	97	26	22	6	44	1.77
22015464--22015499	3	12.0	3	93	0	63	0	33	2	63	1.08
22018187--22018254	23	3.0	23	80	6	68	11	7	11	69	1.37
22020574--22020700	31	4.1	31	71	6	132	38	8	20	32	1.83
22022498--22022746	50	4.8	50	84	4	275	20	29	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22022499--22022746	100	2.4	104	87	6	344	20	29	24	25	1.99
22022841--22022872	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
22023084--22023140	30	1.9	30	88	0	87	31	21	3	43	1.69
22030089--22030337	50	4.8	50	84	4	275	20	29	24	25	1.99
22030090--22030337	100	2.4	104	87	6	344	20	29	24	25	1.99
22030432--22030463	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
22030675--22030732	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
22032333--22032380	21	2.3	20	79	6	60	58	0	0	41	0.98
22034567--22034600	16	2.1	16	100	0	68	26	0	35	38	1.57
22034838--22034872	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
22034889--22034967	24	3.5	24	73	16	62	36	0	10	53	1.35
22034909--22034943	16	2.2	16	100	0	70	31	0	11	57	1.34
22035078--22035119	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
22035087--22035128	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
22035076--22035373	120	2.5	121	92	5	489	49	4	3	43	1.38
22035197--22035248	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
22035308--22035386	28	2.9	27	70	19	65	54	0	2	43	1.14
22038979--22039181	25	8.2	25	77	14	208	36	7	5	50	1.54
22039022--22039188	23	7.0	24	77	14	184	34	8	6	50	1.59
22039006--22039188	48	3.8	48	100	0	366	36	7	6	50	1.56
22043393--22043418	6	4.3	6	100	0	52	0	15	69	15	1.20
22044527--22044560	14	2.5	14	95	4	61	14	0	35	50	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22044688--22044737	24	2.0	25	84	3	66	68	6	6	20	1.33
22046342--22046421	36	2.2	36	88	4	117	30	13	5	51	1.63
22063813--22063862	20	2.5	20	83	3	57	36	8	2	54	1.42
22066341--22066384	20	2.2	20	100	0	88	18	13	27	40	1.88
22066687--22067035	123	2.8	124	91	1	567	30	15	22	31	1.94
22069465--22069723	29	8.9	29	72	22	172	25	0	28	45	1.54
22069527--22069568	18	2.3	18	95	0	75	28	0	23	47	1.52
22069537--22069749	97	2.2	97	89	4	322	26	0	27	46	1.53
22069574--22069788	47	4.5	47	79	8	229	26	0	26	46	1.54
22069492--22069759	144	1.9	144	86	8	384	25	0	27	46	1.53
22069700--22069795	18	5.7	18	76	16	107	27	0	25	47	1.52
22069791--22069854	25	2.5	26	82	2	85	37	10	1	50	1.47
22070263--22070297	18	1.9	18	88	0	52	31	8	34	25	1.86
22070949--22070973	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
22074485--22074573	40	2.2	40	95	0	160	42	0	25	31	1.55
22075193--22075244	17	3.4	17	68	26	53	25	13	3	57	1.53
22081684--22081739	29	1.9	29	88	0	85	17	25	21	35	1.95
22087510--22088150	320	2.0	319	87	3	921	31	22	14	31	1.94
22090845--22091085	50	4.8	50	91	2	378	21	31	23	24	1.98
22090845--22091085	99	2.4	99	91	2	385	21	31	23	24	1.98
22091180--22091210	13	2.4	13	88	0	53	54	9	3	32	1.49
22091423--22091478	30	1.9	29	82	7	69	30	23	3	42	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22092396--22092467	5	14.8	5	74	21	64	38	0	4	56	1.18
22092425--22092467	19	2.3	19	92	8	70	41	0	0	58	0.98
22092477--22092510	17	2.0	17	94	0	59	79	0	17	2	0.86
22092477--22092510	9	3.9	9	84	7	52	79	0	17	2	0.86
22093380--22093513	44	3.0	45	83	4	162	35	13	23	27	1.93
22098542--22098613	5	14.8	5	74	21	64	38	0	4	56	1.18
22098571--22098613	19	2.3	19	92	8	70	41	0	0	58	0.98
22098618--22098657	18	2.2	19	90	4	64	80	2	15	2	0.93
22099527--22099660	44	3.0	45	83	4	162	35	13	23	27	1.93
22102990--22103069	4	20.0	4	100	0	160	50	25	0	25	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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