genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

This is table  18  of  208  ( 24943 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7242038--7242067	14	2.1	14	100	0	60	26	0	26	46	1.53
7242074--7242124	21	2.4	22	90	9	88	27	0	33	39	1.57
7242052--7242156	54	1.9	54	94	0	183	23	0	33	42	1.55
7242097--7242301	33	6.4	33	77	16	216	20	1	34	43	1.60
7242194--7242221	14	2.0	14	100	0	56	28	0	28	42	1.56
7242206--7242284	27	2.6	30	88	11	110	22	1	34	41	1.62
7241910--7242301	154	2.5	152	84	11	508	20	1	34	43	1.60
7248568--7248623	29	1.9	29	85	0	76	35	14	8	41	1.77
7256473--7256502	16	1.9	15	93	6	51	60	0	0	40	0.97
7256465--7256519	27	2.0	29	89	7	87	58	0	0	41	0.98
7256474--7256524	24	2.1	25	82	10	61	58	0	1	39	1.09
7257695--7257771	21	3.6	21	83	13	104	16	19	24	38	1.92
7273049--7273073	12	2.1	12	100	0	50	52	40	0	8	1.31
7280802--7280945	74	1.9	78	82	5	188	42	5	2	49	1.40
7281095--7281125	15	2.1	15	100	0	62	54	0	0	45	0.99
7281091--7281159	15	4.8	14	72	16	61	52	0	0	47	1.00
7282386--7282478	48	2.0	45	87	10	134	26	12	18	41	1.86
7282635--7282674	21	1.9	21	89	0	62	55	0	2	42	1.13
7285053--7285446	87	4.6	87	77	11	386	26	25	16	30	1.96
7285202--7285340	75	1.9	75	84	0	188	27	22	17	32	1.97
7286196--7286280	39	2.2	39	89	4	136	12	21	21	44	1.85
7286805--7287241	213	2.0	213	95	0	775	23	28	14	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7292764--7292795	16	2.0	16	100	0	64	31	6	18	43	1.75
7296576--7296624	24	2.0	24	96	0	89	14	28	20	36	1.92
7296860--7296906	18	2.6	18	82	0	58	27	34	10	27	1.90
7306286--7306312	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
7306985--7307026	21	1.9	22	85	9	59	57	0	7	35	1.26
7307526--7307552	6	4.5	6	100	0	54	66	0	0	33	0.92
7308432--7308485	9	6.2	9	75	14	51	72	3	0	24	1.01
7316512--7316552	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
7322306--7322332	14	1.9	14	100	0	54	7	7	44	40	1.60
7327428--7327459	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
7353493--7353538	23	2.0	23	82	4	56	41	2	0	56	1.11
7356873--7356903	15	2.1	15	100	0	62	32	12	19	35	1.90
7357589--7357614	13	2.0	13	100	0	52	30	7	30	30	1.85
7366704--7366742	21	1.9	21	84	5	53	51	2	10	35	1.50
7372290--7372351	33	1.9	32	83	9	81	67	6	11	14	1.40
7376504--7376543	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
7376512--7376578	35	1.9	35	87	3	100	31	10	13	44	1.77
7376527--7376566	20	2.0	20	85	0	53	27	12	12	47	1.77
7378111--7378136	13	2.0	13	100	0	52	46	15	15	23	1.83
7381397--7381496	21	4.9	21	73	16	84	59	5	0	36	1.20
7383037--7383083	20	2.6	18	78	21	53	34	4	0	61	1.15
7385813--7385852	21	2.0	21	90	5	64	47	0	5	47	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7385861--7385918	29	2.0	29	83	6	73	50	1	1	46	1.22
7390861--7390953	37	2.5	37	94	0	159	26	20	17	35	1.94
7390916--7391132	52	4.2	52	84	8	293	27	23	14	35	1.93
7390966--7391138	46	3.7	46	84	9	231	28	22	14	34	1.93
7390915--7391138	98	2.3	98	94	0	394	28	23	14	34	1.93
7399467--7399595	40	3.3	39	73	11	95	33	24	17	24	1.97
7400876--7400902	7	3.9	7	100	0	54	29	0	11	59	1.32
7400869--7400905	14	2.7	13	88	12	56	29	2	8	59	1.40
7401186--7401242	14	3.9	14	75	13	53	68	1	12	17	1.29
7401950--7401992	12	3.6	12	87	0	50	41	0	6	51	1.29
7401958--7401996	18	2.2	18	90	0	60	38	0	5	56	1.22
7403487--7403541	4	13.0	4	80	14	58	1	20	1	76	0.97
7403488--7403542	19	3.2	17	85	10	76	1	18	1	78	0.94
7403487--7403547	23	2.6	23	86	2	77	3	18	1	77	0.99
7403564--7403592	5	5.8	5	100	0	58	58	0	0	41	0.98
7403538--7403649	57	2.0	57	94	3	199	36	3	0	59	1.15
7411221--7411249	13	2.1	14	93	6	51	34	0	0	65	0.93
7418498--7418539	20	2.1	21	86	8	61	47	11	0	40	1.40
7433274--7433310	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
7435848--7435878	3	10.3	3	92	0	53	32	0	3	64	1.09
7447533--7447563	14	2.1	15	94	5	55	38	6	0	54	1.26
7456570--7456871	95	3.2	94	78	7	263	38	3	16	42	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7456905--7457196	126	2.3	126	90	0	458	32	19	21	26	1.97
7457155--7457239	44	1.9	44	90	0	134	27	25	24	22	2.00
7461601--7461832	46	5.0	46	88	2	313	35	9	25	29	1.87
7469742--7469769	12	2.3	12	100	0	56	50	0	28	21	1.49
7469713--7469770	22	2.7	19	80	17	53	46	1	25	25	1.62
7480463--7480512	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
7485103--7485152	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
7507552--7507591	13	3.1	13	79	13	55	35	27	7	30	1.84
7508062--7508112	22	2.5	20	78	18	59	25	1	1	70	1.08
7518179--7518236	30	1.9	30	89	0	89	50	6	1	41	1.39
7535397--7535444	5	9.8	5	97	2	89	41	0	0	58	0.98
7535530--7535557	14	2.0	14	100	0	56	85	0	14	0	0.59
7536238--7536286	15	3.1	15	81	16	55	36	0	14	48	1.44
7536400--7536534	41	3.4	39	76	7	130	25	16	25	32	1.96
7536400--7536539	40	3.5	40	75	6	133	27	17	24	31	1.97
7548230--7548263	16	2.1	17	88	5	52	64	0	2	32	1.08
7548298--7548343	20	2.3	20	85	7	58	71	2	2	23	1.08
7548323--7548361	17	2.3	17	86	0	51	61	0	5	33	1.18
7548981--7549015	17	2.1	18	89	10	56	51	0	0	48	1.00
7551204--7551278	37	2.0	37	100	0	150	36	10	29	24	1.89
7552647--7552691	21	2.2	21	84	4	56	46	2	8	42	1.47
7558573--7558619	21	2.3	20	79	10	60	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7558599--7558646	25	1.9	25	86	0	69	45	0	0	54	0.99
7558596--7558646	14	3.9	14	75	15	54	45	0	0	54	0.99
7575731--7575760	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00
7576005--7576085	39	2.2	37	82	6	92	62	14	1	20	1.38
7577414--7577451	18	2.2	17	86	9	51	21	7	2	68	1.28
7580118--7580218	22	4.3	23	79	10	82	36	17	28	16	1.92
7580119--7580206	47	1.9	44	82	11	106	35	18	29	17	1.93
7581176--7581216	12	3.5	13	81	18	54	53	0	0	46	1.00
7600679--7600831	10	15.3	10	68	21	65	67	0	31	0	0.95
7600680--7600756	28	2.6	30	78	15	88	70	0	29	0	0.88
7600699--7600857	38	4.3	36	80	14	157	67	0	31	0	0.95
7600679--7600763	34	2.9	28	75	24	86	68	0	31	0	0.90
7600699--7600857	76	2.2	72	82	8	178	67	0	31	0	0.95
7601538--7601589	19	2.7	19	88	5	70	26	0	5	67	1.13
7601626--7601694	27	2.6	27	93	4	113	40	10	0	49	1.37
7601692--7601725	17	2.1	17	94	5	61	85	0	2	11	0.71
7605301--7605648	52	6.9	52	85	7	459	35	14	22	28	1.93
7605353--7605659	98	3.1	98	91	1	429	35	13	22	28	1.92
7605287--7605648	150	2.4	144	92	5	571	34	14	22	28	1.93
7605623--7605731	37	3.0	37	90	2	177	35	16	22	24	1.95
7607786--7607890	37	2.9	37	91	2	169	24	21	17	36	1.95
7607854--7608070	52	4.2	52	83	8	275	28	22	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7607904--7608076	46	3.7	46	82	9	222	28	22	13	34	1.93
7607853--7608076	98	2.3	98	91	0	358	28	22	13	34	1.93
7610700--7610831	52	2.5	52	93	1	219	36	14	23	25	1.93
7610795--7610904	37	3.0	37	97	1	204	36	16	22	24	1.94
7612159--7612351	49	3.9	49	94	0	323	23	16	30	30	1.96
7615485--7615707	52	4.2	52	92	1	347	35	13	23	27	1.93
7615671--7615853	37	5.0	37	95	1	316	37	16	21	24	1.94
7617211--7617263	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
7617577--7617640	27	2.4	27	91	0	101	17	32	26	23	1.96
7617593--7617650	27	2.1	27	87	0	80	10	36	22	31	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208