genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61346428--61346481	25	2.2	24	75	18	56	11	20	24	44	1.83
61346434--61346485	27	2.0	26	92	7	88	7	23	23	46	1.78
61354966--61355035	34	2.1	34	100	0	140	28	11	15	44	1.81
61359231--61359257	13	2.1	13	100	0	54	51	0	0	48	1.00
61363421--61363463	21	2.0	21	81	4	50	60	4	2	32	1.30
61363423--61363470	19	2.6	17	78	18	51	60	2	2	35	1.20
61366154--61366198	20	2.2	21	88	4	65	40	2	8	48	1.47
61366160--61366204	20	2.2	20	84	7	56	44	0	6	48	1.29
61368224--61368255	10	3.4	10	91	8	50	71	0	0	28	0.86
61371037--61371312	139	2.0	139	90	0	435	38	10	16	34	1.83
61379571--61379870	50	5.9	50	85	3	357	20	29	23	26	1.99
61379965--61379995	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
61384684--61384732	24	2.1	23	81	11	55	55	10	0	34	1.34
61386555--61386595	18	2.2	19	86	4	57	14	7	9	68	1.39
61386910--61386952	23	1.9	23	85	4	61	34	4	2	58	1.32
61388969--61389055	45	1.9	45	81	9	106	34	4	2	58	1.31
61389987--61390041	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
61390698--61390734	19	2.0	19	89	5	58	37	0	5	56	1.22
61390698--61390748	18	2.7	19	85	8	61	41	0	5	52	1.25
61390739--61390784	10	4.7	10	89	2	67	21	0	8	69	1.15
61393314--61393395	31	2.7	30	79	17	98	35	7	12	45	1.69
61396063--61396103	12	3.5	12	87	9	50	0	14	7	78	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61396072--61396098	12	2.2	12	100	0	54	0	7	7	85	0.75
61403374--61403671	113	2.6	113	79	4	294	33	17	12	36	1.88
61405430--61405489	25	2.4	25	94	0	102	56	21	3	18	1.55
61411397--61411441	14	3.1	14	78	12	54	8	28	2	60	1.39
61411388--61411433	15	3.0	16	81	12	69	8	26	4	60	1.44
61411448--61411490	3	14.3	3	95	0	77	0	34	0	65	0.93
61422294--61422362	32	2.2	31	87	5	95	55	1	0	43	1.08
61423398--61423444	21	2.2	22	85	11	71	59	8	2	29	1.39
61423400--61423472	20	3.7	20	82	10	80	57	8	1	32	1.37
61424207--61424263	25	2.1	28	81	15	68	47	0	3	49	1.18
61430984--61431034	18	2.8	18	91	5	77	39	1	1	56	1.22
61430902--61431078	98	1.8	98	88	2	275	41	1	2	54	1.25
61431223--61431275	16	3.3	16	91	0	88	24	33	3	37	1.74
61455262--61455302	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
61460389--61460502	16	6.8	16	76	11	88	44	8	8	37	1.67
61460358--61460600	35	6.9	36	74	12	134	46	9	10	33	1.72
61460356--61460645	17	16.5	17	71	15	155	45	10	10	33	1.72
61460511--61460654	18	8.2	17	70	14	69	47	12	13	27	1.78
61460514--61460644	35	3.7	34	77	13	115	48	11	11	29	1.74
61460974--61461011	10	3.8	10	86	10	51	0	15	0	84	0.63
61460975--61461009	18	1.9	18	88	0	52	0	14	0	85	0.59
61460974--61461012	19	2.0	20	90	5	62	0	15	0	84	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61461321--61461413	7	13.1	7	76	8	64	0	26	0	73	0.84
61461353--61461412	25	2.4	25	91	0	93	0	30	0	70	0.88
61461744--61461904	30	5.4	29	79	11	141	45	4	14	34	1.67
61461758--61461910	59	2.6	58	80	10	168	47	5	15	32	1.67
61464959--61465023	29	2.3	29	84	10	82	44	7	4	43	1.53
61466722--61466798	22	3.6	21	77	8	66	28	29	0	41	1.56
61466838--61466896	31	1.9	31	89	3	93	37	3	0	59	1.14
61467976--61468000	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
61469151--61469234	36	2.3	35	82	6	96	36	2	14	46	1.57
61469239--61469360	24	4.8	24	82	11	163	47	28	0	23	1.52
61469321--61470547	36	37.1	36	70	23	780	43	31	0	24	1.56
61469362--61469420	23	2.4	24	86	8	75	45	27	1	25	1.63
61469421--61469469	23	2.1	23	100	0	98	44	28	0	26	1.54
61469501--61469530	6	5.0	6	91	0	51	33	46	0	20	1.51
61469495--61469631	56	2.4	56	77	15	158	43	32	1	22	1.62
61469551--61469604	24	2.2	24	96	0	99	48	27	0	24	1.52
61469609--61469766	6	26.3	6	68	10	63	41	36	0	22	1.54
61469687--61469821	24	5.6	24	76	15	129	42	34	0	22	1.54
61469711--61469797	42	2.1	42	95	0	156	41	35	0	22	1.54
61469789--61469851	18	3.5	18	68	8	56	44	34	0	20	1.52
61469819--61469870	24	2.2	24	92	0	86	44	34	0	21	1.52
61469807--61469833	6	4.5	6	100	0	54	37	48	0	14	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61469940--61469966	6	4.5	6	100	0	54	37	48	0	14	1.45
61470019--61470177	24	6.6	24	70	16	105	44	30	0	24	1.54
61470211--61470262	24	2.2	24	100	0	104	46	30	0	23	1.53
61470163--61470225	6	10.5	6	79	6	56	39	39	0	20	1.53
61470238--61470440	111	1.8	109	86	11	297	44	29	0	26	1.54
61470414--61470691	24	10.8	24	66	21	118	43	32	0	24	1.54
61470462--61470523	6	10.5	6	80	3	63	38	40	0	20	1.53
61470648--61470843	36	5.4	36	74	18	181	44	32	1	21	1.62
61469651--61470662	60	15.6	60	76	17	835	43	32	0	24	1.54
61470720--61470891	30	5.7	29	72	19	138	45	30	1	22	1.60
61470738--61470796	18	3.3	18	70	0	64	45	30	0	23	1.53
61470763--61470867	25	4.0	26	71	18	92	44	31	0	22	1.59
61470787--61470891	55	1.9	55	92	3	176	44	31	1	21	1.63
61473703--61474045	123	2.8	124	86	2	494	30	25	16	27	1.97
61474262--61474287	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
61474916--61474948	16	1.9	17	88	11	50	42	0	30	27	1.56
61475311--61475347	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74
61476236--61476274	20	2.0	20	94	0	69	33	17	23	25	1.96
61478111--61478140	6	5.0	6	91	0	51	33	46	0	20	1.51
61478161--61478266	24	4.2	24	83	15	142	46	28	0	24	1.59
61478163--61478916	36	21.1	36	71	19	367	44	30	0	24	1.58
61478284--61478382	18	5.5	18	68	17	80	43	31	0	25	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61478350--61479025	24	26.9	24	68	20	282	44	30	0	24	1.58
61478531--61478608	18	4.5	17	75	10	70	47	26	0	25	1.52
61478657--61478716	6	10.0	6	76	7	50	38	40	0	21	1.54
61478908--61478944	18	2.0	20	89	10	60	45	27	0	27	1.54
61478949--61479023	19	4.1	18	68	21	66	44	36	0	20	1.52
61481898--61482228	124	2.7	124	89	0	527	30	24	16	29	1.96
61483145--61483183	20	2.0	20	89	0	60	33	17	20	28	1.96
61487103--61487135	16	2.1	16	94	0	57	21	12	15	51	1.75
61488565--61488630	29	2.3	29	87	7	100	51	0	7	40	1.30
61488664--61488709	20	2.4	19	81	3	56	54	2	2	41	1.25
61488857--61488934	31	2.5	31	79	8	79	57	5	3	33	1.39
61493984--61494022	12	3.6	12	74	25	50	53	10	0	35	1.35
61493979--61494106	20	6.2	20	76	21	115	57	7	0	34	1.27
61494090--61494154	22	3.2	19	80	10	67	61	1	4	32	1.26
61494090--61494148	10	5.7	10	73	15	57	61	1	5	32	1.28
61494076--61494154	20	3.9	19	73	11	68	60	2	3	32	1.28
61498721--61498752	16	1.9	17	93	6	57	75	3	18	3	1.08
61500282--61500318	14	2.4	16	82	8	51	62	0	0	37	0.96
61500263--61500322	22	2.6	24	85	12	74	61	0	0	38	0.96
61508315--61508694	188	2.0	188	98	0	733	26	19	21	32	1.97
61513269--61513342	20	3.7	20	83	5	96	55	12	0	32	1.37
61513317--61513365	18	2.7	18	84	6	55	53	8	0	38	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61513270--61513405	20	7.2	19	71	16	81	53	9	0	36	1.34
61513368--61513410	10	4.3	10	80	19	54	55	6	0	37	1.27
61513422--61513448	13	2.1	13	100	0	54	59	0	0	40	0.98
61514161--61514232	23	3.1	23	69	15	67	51	16	12	19	1.76
61515021--61515063	11	3.8	12	84	9	54	23	27	0	48	1.51
61515025--61515062	11	3.5	11	88	0	58	23	26	0	50	1.50
61515394--61515971	115	5.0	115	99	0	1113	33	8	28	30	1.86
61517565--61517783	108	2.0	108	100	0	438	32	16	19	31	1.94
61522954--61522986	16	2.1	16	94	0	57	36	3	36	24	1.71
61523203--61523495	120	2.4	121	92	2	475	50	5	1	42	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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