genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8909597--8909628	17	2.0	17	88	11	50	68	9	0	21	1.17
8912110--8912179	30	2.3	29	85	4	86	41	0	0	58	0.98
8916661--8916688	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
8919833--8919862	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
8920455--8920490	17	2.1	18	89	5	56	72	0	11	16	1.12
8921798--8921912	29	4.0	29	79	9	137	37	3	0	59	1.15
8921809--8921912	31	3.6	29	82	10	106	38	3	0	57	1.17
8923237--8923283	17	2.8	17	90	3	69	27	0	17	55	1.42
8924028--8924166	46	3.0	46	93	0	242	34	8	26	30	1.86
8925419--8925449	15	2.1	15	100	0	62	19	32	12	35	1.90
8930238--8930268	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
8930323--8930359	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
8930891--8930919	9	3.2	9	100	0	58	31	0	0	68	0.89
8931395--8931420	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
8953432--8953469	17	2.2	18	86	13	53	31	0	5	63	1.17
8954898--8954922	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
8955125--8955167	19	2.2	20	84	8	54	32	2	0	65	1.06
8957359--8957963	90	6.7	90	92	0	978	29	17	30	22	1.97
8966561--8966591	16	1.9	16	100	0	62	51	32	0	16	1.44
8973399--8973639	42	5.7	42	89	0	365	22	32	10	34	1.88
8974541--8974594	24	2.3	24	74	3	56	37	1	0	61	1.07
8974682--8974738	23	2.5	23	83	11	73	47	1	3	47	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8976861--8976923	30	2.1	30	93	0	108	58	15	1	23	1.46
8977263--8977300	11	3.5	11	82	10	51	60	0	2	36	1.11
8978083--8978144	28	2.1	28	91	5	97	41	1	3	53	1.27
8978785--8978820	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
8979266--8979329	21	3.0	22	70	9	69	18	17	25	39	1.92
8981818--8982066	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
8981817--8982066	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
8982161--8982192	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
8982402--8982461	30	2.0	30	87	3	86	31	23	3	41	1.71
8989416--8989664	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
8989415--8989664	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
8989759--8989790	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
8990000--8990059	30	2.0	30	83	3	77	31	21	3	43	1.69
8991167--8991196	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
9001515--9001555	16	2.6	16	88	0	64	43	2	2	51	1.28
9002220--9002257	12	3.2	12	77	7	51	52	0	0	47	1.00
9014264--9014485	46	4.8	46	93	0	374	38	9	22	29	1.85
9017796--9017893	42	2.3	42	83	0	115	43	13	21	21	1.86
9018999--9019085	40	2.2	40	85	4	113	42	21	5	29	1.76
9019876--9019901	5	5.2	5	100	0	52	57	0	0	42	0.98
9020851--9020947	21	4.7	21	87	2	126	40	16	27	15	1.89
9027891--9027977	41	2.1	41	89	0	129	29	18	20	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9042809--9042853	23	2.0	23	86	0	63	2	31	8	57	1.41
9042816--9042965	66	2.3	66	94	2	257	3	26	8	62	1.38
9042832--9042972	38	4.0	38	73	20	133	4	26	9	60	1.46
9042816--9042991	66	2.7	66	85	3	167	4	25	10	60	1.48
9043314--9043428	42	2.9	39	76	14	128	22	7	26	42	1.81
9044877--9044924	21	2.3	21	88	0	78	22	25	25	27	2.00
9047302--9047438	41	3.4	39	73	18	118	42	1	2	54	1.21
9047330--9047388	26	2.3	25	85	8	82	40	0	1	57	1.09
9047369--9047437	22	3.3	22	69	22	67	43	2	0	53	1.15
9047238--9047414	70	2.6	69	85	7	195	41	0	2	55	1.19
9047391--9047434	17	2.6	17	83	16	56	43	4	0	52	1.22
9047245--9047454	18	12.6	17	64	22	63	43	0	2	53	1.20
9047682--9047749	16	4.2	16	90	0	109	35	35	0	29	1.58
9050208--9050270	31	2.1	29	82	11	74	38	19	11	31	1.86
9055108--9055139	6	5.3	6	96	0	55	18	15	65	0	1.27
9064444--9064499	27	2.1	27	89	0	85	57	0	12	30	1.36
9065248--9065286	17	2.2	18	86	4	53	64	2	0	33	1.08
9065246--9065287	18	2.3	18	80	8	50	64	2	0	33	1.07
9065233--9065289	28	2.1	28	83	9	73	61	1	0	36	1.07
9069788--9069822	3	11.7	3	93	0	61	2	28	0	68	1.04
9094513--9094564	23	2.3	23	90	6	79	42	9	13	34	1.77
9094615--9094646	9	3.6	9	100	0	64	78	9	0	12	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9098976--9099027	23	2.3	23	90	6	79	42	9	13	34	1.77
9099078--9099109	9	3.6	9	100	0	64	78	9	0	12	0.97
9103076--9103153	40	2.0	39	92	2	129	37	1	0	61	1.04
9103575--9103630	24	2.3	24	96	0	103	41	10	21	26	1.86
9103946--9103984	18	2.2	18	85	0	51	38	5	7	48	1.54
9106444--9106491	23	2.1	23	88	3	71	43	2	8	45	1.45
9112672--9112720	24	2.1	24	84	3	64	8	12	2	77	1.07
9113224--9113250	10	2.7	10	100	0	54	29	0	0	70	0.88
9113273--9113330	27	2.1	27	80	0	62	36	10	1	51	1.46
9113602--9113666	30	2.1	31	83	8	80	32	12	6	49	1.65
9114842--9114902	9	6.6	9	78	10	61	63	1	3	31	1.20
9114831--9114893	29	2.2	28	82	5	72	63	1	4	30	1.24
9115231--9115286	22	2.7	21	81	10	62	33	10	1	53	1.46
9115294--9115368	20	3.6	20	70	17	55	40	5	1	53	1.32
9115294--9115368	21	3.6	20	75	12	62	40	5	1	53	1.32
9115367--9115416	20	2.5	21	81	12	61	34	0	2	64	1.05
9121456--9121504	22	2.2	22	85	0	62	24	10	2	63	1.37
9123355--9123385	2	15.5	2	93	0	53	48	3	48	0	1.17
9126509--9126565	20	2.8	20	76	21	57	54	1	0	43	1.10
9126640--9126681	21	2.0	22	86	13	61	42	0	4	52	1.22
9139123--9139193	35	2.0	35	100	0	142	33	14	16	35	1.89
9140703--9140743	21	2.0	21	90	0	64	26	21	29	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9143373--9143428	20	2.7	20	81	15	69	35	0	7	57	1.26
9145538--9145574	9	4.1	9	89	0	56	45	10	10	32	1.74
9145938--9145980	18	2.6	16	75	13	50	27	25	0	46	1.53
9145942--9145979	18	2.1	18	90	0	58	21	26	0	52	1.47
9146217--9146292	38	2.0	37	82	7	89	43	2	0	53	1.14
9146489--9146556	5	13.2	5	73	17	50	23	27	13	35	1.92
9146491--9146556	26	2.5	26	100	0	132	22	28	13	34	1.92
9147055--9147087	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
9152338--9152380	22	1.9	23	85	4	61	58	0	6	34	1.25
9153182--9153276	47	2.0	47	97	0	181	27	26	24	22	2.00
9156089--9156124	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
9159409--9159435	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
9171463--9171491	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
9187016--9187046	14	2.2	14	94	0	53	38	0	12	48	1.42
9192031--9192071	21	2.0	21	90	4	66	19	0	9	70	1.14
9196868--9196893	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
9230241--9230271	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
9235405--9236050	221	2.9	219	85	5	802	42	13	6	37	1.71
9239574--9239640	35	1.9	34	81	3	80	38	26	4	29	1.76
9240844--9240896	21	2.5	19	77	19	52	45	3	1	49	1.31
9250294--9250503	103	2.0	103	100	0	420	49	6	22	21	1.73
9253883--9253946	33	2.0	33	96	3	121	17	14	28	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9254496--9254551	29	1.9	29	81	0	67	42	12	3	41	1.60
9258459--9258692	116	2.0	116	94	0	405	32	21	10	35	1.87
9260904--9260952	22	2.2	22	78	7	55	36	0	2	61	1.08
9267464--9267526	29	2.2	28	83	5	81	26	11	15	46	1.80
9268413--9268469	29	1.9	29	82	3	69	49	15	7	28	1.71
9270155--9270185	16	1.9	16	93	0	53	35	3	19	41	1.67
9276500--9276528	5	6.0	5	92	8	51	37	0	20	41	1.53
9277170--9277198	3	9.7	3	100	0	58	0	0	68	31	0.89
9290022--9290106	17	4.8	17	69	21	57	60	0	0	40	0.97
9290000--9290086	38	2.3	38	88	8	131	59	0	1	39	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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