genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28111598--28111651	23	2.4	23	84	3	65	42	1	1	53	1.22
28114015--28114048	4	8.5	4	100	0	68	50	23	0	26	1.50
28120862--28120910	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
28122620--28122736	43	2.8	43	84	5	150	26	16	24	32	1.96
28123146--28123196	14	3.4	14	82	12	66	41	0	1	56	1.10
28123324--28123355	17	1.9	17	93	6	57	43	0	3	53	1.16
28123308--28123334	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
28123371--28123410	17	2.3	17	91	4	62	75	7	12	5	1.18
28123808--28123854	22	2.0	23	84	12	60	42	0	27	29	1.56
28124111--28124187	6	12.8	6	98	0	127	33	0	11	54	1.37
28124296--28124329	17	1.9	18	88	5	52	35	0	26	38	1.57
28129203--28129285	26	3.2	26	65	27	68	26	13	26	33	1.93
28129203--28129423	51	4.4	50	80	3	237	24	15	28	31	1.95
28129199--28129423	101	2.2	101	84	2	281	24	16	28	31	1.96
28132379--28132447	34	2.0	34	94	0	120	30	18	13	37	1.89
28132749--28132786	16	2.4	16	95	4	69	26	21	26	26	1.99
28139538--28139571	14	2.5	14	90	4	52	29	0	0	70	0.87
28142509--28142555	24	2.0	24	87	4	69	57	17	6	19	1.60
28144726--28144767	21	1.9	22	85	9	59	61	0	0	38	0.96
28148425--28148467	14	3.1	14	93	0	77	9	34	25	30	1.87
28149257--28149298	22	1.9	22	85	9	59	26	0	4	69	1.08
28152166--28152213	22	2.2	22	96	0	87	52	29	8	10	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28154812--28154933	39	2.9	43	71	22	125	22	18	28	31	1.97
28155585--28155613	14	2.0	15	93	6	51	24	0	20	55	1.44
28157442--28157500	23	2.7	22	79	7	59	35	10	5	49	1.59
28158632--28158663	16	2.0	16	100	0	64	25	12	12	50	1.75
28158648--28158850	92	2.2	93	97	1	381	32	11	15	41	1.82
28158648--28158850	47	4.4	47	91	3	322	32	11	15	41	1.82
28158709--28158904	23	8.5	23	63	23	65	31	9	17	40	1.82
28168469--28168525	30	1.9	30	82	7	71	52	3	3	40	1.35
28169835--28169869	16	2.2	16	100	0	70	28	0	0	71	0.86
28171563--28171625	26	2.2	28	75	13	67	53	1	0	44	1.10
28186846--28186872	11	2.5	11	100	0	54	37	0	0	62	0.95
28186916--28186949	17	2.0	17	88	11	52	58	0	2	38	1.13
28188336--28188379	22	2.0	23	86	13	65	52	15	2	29	1.55
28188920--28188969	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
28190038--28190140	9	11.4	9	91	0	134	24	8	25	41	1.83
28197007--28197065	18	3.2	19	90	7	95	11	13	0	74	1.07
28197007--28197065	6	9.7	6	86	1	82	11	13	0	74	1.07
28197041--28197171	57	2.3	58	85	5	178	27	19	4	48	1.69
28205302--28205396	28	3.3	28	75	16	72	31	4	5	58	1.39
28205950--28205993	21	2.1	21	82	0	52	72	2	2	22	1.07
28205925--28206021	9	9.9	9	71	14	68	61	3	3	31	1.26
28205927--28206034	50	2.1	51	83	6	139	63	3	2	29	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28206500--28206544	19	2.4	18	82	10	54	35	2	4	57	1.31
28206514--28206587	27	2.8	27	76	19	77	36	1	1	60	1.13
28206540--28206605	28	2.4	28	82	12	75	31	3	1	63	1.19
28206456--28206654	111	1.8	108	80	7	240	33	3	2	61	1.25
28206639--28206721	30	2.7	31	76	17	91	31	0	1	67	0.98
28206593--28206729	10	14.6	10	74	17	64	31	1	1	65	1.10
28217203--28217264	10	6.1	10	85	7	81	37	0	3	59	1.13
28217203--28217254	21	2.5	21	100	0	104	34	0	3	61	1.14
28217818--28217869	26	2.0	27	88	3	79	44	13	19	23	1.86
28218593--28218638	17	2.7	17	82	0	56	39	0	0	60	0.97
28218622--28218719	11	9.4	11	68	21	50	34	4	0	61	1.15
28218604--28218728	30	3.3	40	70	26	128	32	3	0	64	1.10
28218702--28218741	21	1.9	21	89	0	62	37	2	0	60	1.11
28218701--28218759	22	2.8	21	80	14	59	42	1	1	54	1.20
28219673--28219729	28	2.0	28	96	0	105	17	29	14	38	1.89
28224230--28224363	67	2.0	66	80	7	146	20	22	5	50	1.69
28224491--28224546	21	2.6	21	88	5	76	21	26	1	50	1.59
28225480--28225605	66	1.9	66	88	3	191	48	5	25	20	1.71
28234395--28234422	14	2.0	14	100	0	56	28	7	14	50	1.69
28237771--28237820	24	2.1	24	100	0	100	38	12	16	34	1.85
28242450--28242682	35	6.8	35	84	5	298	40	18	22	18	1.91
28242450--28242682	67	3.4	67	86	4	274	40	18	22	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28242444--28242682	102	2.3	102	92	0	397	41	17	22	18	1.91
28246599--28246731	41	3.2	41	91	0	194	32	24	18	24	1.97
28247639--28247668	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
28251164--28251189	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
28259836--28259865	10	3.0	10	95	0	51	23	0	26	50	1.50
28264275--28264351	31	2.6	30	87	8	104	44	0	0	55	0.99
28272281--28272314	10	3.4	10	92	8	52	91	0	8	0	0.43
28272281--28272315	16	2.2	16	94	0	61	91	0	8	0	0.42
28282107--28282348	117	2.1	116	94	1	423	43	9	11	35	1.73
28286766--28286803	14	2.9	14	85	14	55	71	0	0	28	0.87
28286943--28286978	17	2.1	18	89	5	56	72	8	2	16	1.21
28287067--28287105	17	2.3	16	87	12	60	69	0	12	17	1.19
28288408--28288473	3	21.0	3	75	9	60	37	3	3	56	1.30
28288425--28288462	20	1.9	20	88	0	58	31	5	5	57	1.43
28288776--28288841	18	3.6	19	78	10	57	40	7	0	51	1.30
28292387--28292448	7	9.3	7	89	10	103	87	12	0	0	0.55
28292390--28292450	1	61.0	1	76	0	59	88	11	0	0	0.51
28293833--28294404	131	4.4	131	89	2	826	29	19	25	25	1.99
28293918--28294298	87	4.4	87	69	12	208	29	20	24	25	1.99
28293833--28294298	44	10.7	44	67	10	220	28	20	25	25	1.99
28294227--28294807	220	2.6	219	88	1	865	28	20	24	26	1.99
28294796--28294913	45	2.5	45	77	10	112	25	16	22	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28294978--28295137	44	3.7	44	75	12	143	31	16	20	31	1.94
28294990--28295219	44	5.4	41	69	18	114	31	15	22	30	1.94
28294979--28295224	85	2.9	84	84	1	321	30	15	21	31	1.95
28295081--28295254	85	2.0	85	82	4	208	30	16	22	30	1.96
28295151--28295471	130	2.5	130	93	0	543	32	18	19	29	1.96
28297057--28297122	3	21.0	3	75	9	60	37	3	3	56	1.30
28297074--28297111	20	1.9	20	88	0	58	31	5	5	57	1.43
28298841--28298991	51	3.0	51	87	0	194	27	17	17	37	1.93
28298960--28299702	44	16.7	44	74	8	445	32	18	15	34	1.92
28299007--28299428	132	3.2	132	82	2	490	34	17	14	32	1.91
28300593--28300642	3	16.7	3	100	0	100	0	32	0	68	0.90
28306205--28306255	3	17.0	3	88	8	77	64	0	3	31	1.11
28309940--28309971	14	2.3	14	94	0	55	37	0	6	56	1.25
28313027--28313058	14	2.3	14	94	0	55	40	0	3	56	1.15
28313189--28313238	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
28313563--28313602	16	2.5	16	95	0	71	35	0	32	32	1.58
28316919--28316957	19	2.0	20	90	5	62	46	30	0	23	1.53
28321661--28321699	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
28321804--28321832	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
28321919--28321971	23	2.3	23	93	0	97	20	20	26	32	1.98
28334163--28334211	20	2.4	22	76	16	59	55	2	6	36	1.37
28334219--28334350	38	3.5	36	83	12	160	45	3	10	40	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28356290--28356327	19	1.9	19	89	5	58	42	13	28	15	1.85
28356395--28356444	20	2.5	20	83	6	66	12	36	16	36	1.85
28357250--28357288	16	2.4	16	95	0	69	38	0	2	58	1.12
28362841--28362891	18	2.8	18	71	11	50	35	3	5	54	1.43
28362825--28362922	40	2.5	38	80	11	110	36	5	4	54	1.42
28362828--28362913	36	2.4	37	80	11	90	34	4	4	55	1.41
28364024--28364086	34	1.9	34	84	12	87	38	11	11	39	1.76
28367845--28367883	17	2.3	17	95	0	69	38	20	23	17	1.93
28369434--28369741	132	2.4	122	83	11	436	27	17	24	30	1.97
28369509--28369702	44	4.4	44	64	17	105	29	16	24	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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