genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  22  of  208  ( 24943 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8609190--8609216	6	4.5	6	100	0	54	18	0	0	81	0.69
8620930--8620986	27	2.1	27	80	6	62	47	5	1	45	1.35
8622449--8622483	12	2.8	12	86	4	52	45	2	8	42	1.49
8629252--8629318	9	7.0	9	79	12	71	59	5	1	32	1.31
8629252--8629318	19	3.5	20	85	4	84	59	5	1	32	1.31
8629251--8629302	20	2.7	20	87	3	79	55	9	0	34	1.32
8634257--8634344	43	2.0	43	97	0	167	32	23	2	40	1.67
8634271--8634342	20	3.4	21	70	19	69	34	23	1	40	1.64
8646988--8647014	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
8653123--8653156	13	2.6	13	85	0	50	41	38	0	20	1.53
8653139--8653252	39	3.0	39	88	2	169	50	26	2	21	1.62
8653388--8653450	17	3.5	17	69	12	54	34	3	12	49	1.57
8653385--8653459	37	2.0	37	94	0	114	36	4	14	45	1.64
8654871--8654905	17	2.0	18	88	5	54	51	0	0	48	1.00
8659408--8659444	18	2.1	18	100	0	74	54	5	29	10	1.57
8663364--8663388	11	2.3	11	100	0	50	28	8	0	64	1.22
8663776--8663836	24	2.7	21	74	16	59	37	8	4	49	1.54
8666762--8666816	27	2.0	27	89	0	83	29	38	23	9	1.85
8667790--8667859	6	11.7	6	74	6	52	8	45	1	44	1.43
8667794--8667859	12	5.5	12	75	0	69	9	45	1	43	1.44
8667794--8667857	18	3.6	18	78	0	65	9	45	1	43	1.45
8669250--8669294	18	2.5	17	82	10	54	28	2	2	66	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8669245--8669321	26	3.0	26	68	24	63	32	1	1	64	1.09
8675404--8675437	2	17.0	2	100	0	68	0	0	50	50	1.00
8680181--8680217	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
8681674--8681718	22	2.1	21	84	12	56	35	4	4	55	1.40
8690688--8690753	31	2.1	32	83	8	82	43	15	9	31	1.77
8701867--8701930	26	2.5	26	92	5	94	40	14	1	43	1.54
8705890--8705928	19	2.1	19	100	0	78	25	25	0	48	1.51
8706946--8707008	29	2.2	29	88	0	90	63	0	0	36	0.95
8706939--8706998	11	5.7	11	72	23	58	58	0	0	41	0.98
8706952--8706990	18	2.1	19	95	4	71	64	0	0	35	0.94
8708629--8708680	16	2.9	18	76	21	56	63	1	0	34	1.06
8718082--8718187	39	2.6	39	88	5	149	60	0	1	36	1.14
8718123--8718194	31	2.4	30	88	11	103	59	0	2	37	1.12
8718141--8718214	31	2.3	32	79	9	89	63	0	1	35	1.03
8719237--8719292	25	2.2	25	90	0	85	42	17	21	17	1.89
8721245--8721349	38	2.9	35	71	19	97	30	26	18	24	1.98
8721663--8721730	6	11.3	6	84	6	84	60	5	0	33	1.21
8721663--8721732	12	5.8	12	90	6	97	58	7	0	34	1.25
8722788--8722832	9	5.1	9	82	15	58	53	2	0	44	1.13
8728517--8729345	275	3.0	275	98	0	1613	30	13	21	34	1.91
8729323--8729510	98	1.9	98	100	0	376	32	5	19	43	1.73
8730185--8730237	23	2.3	23	100	0	106	22	20	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8730367--8730439	38	1.9	37	86	8	103	45	1	21	31	1.61
8732209--8732267	28	2.1	28	100	0	118	38	22	10	28	1.86
8732215--8732275	28	2.2	28	93	0	104	40	18	9	31	1.83
8732603--8732669	25	2.8	24	80	6	73	35	17	22	23	1.95
8740191--8740215	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
8740446--8740471	4	6.5	4	100	0	52	73	0	0	26	0.84
8740858--8741012	75	2.0	76	93	3	267	17	7	14	60	1.58
8741156--8741227	36	2.0	36	100	0	144	25	13	25	36	1.93
8745858--8745989	25	5.5	24	87	6	180	40	21	21	15	1.90
8745857--8745989	49	2.8	49	87	6	175	41	21	21	15	1.90
8746816--8746847	12	2.6	13	85	14	50	40	25	0	34	1.56
8747019--8747044	11	2.4	11	100	0	52	0	42	7	50	1.31
8747095--8747138	21	2.0	22	91	4	72	59	2	0	38	1.10
8761909--8761937	13	2.1	14	93	6	51	31	20	6	41	1.79
8766843--8766883	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
8779467--8779505	14	2.8	14	88	0	51	41	2	2	53	1.28
8785888--8785956	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
8785888--8785956	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
8786079--8786395	157	2.0	157	94	1	555	43	3	5	47	1.41
8786329--8786370	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
8786338--8786379	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
8786332--8786624	120	2.4	121	94	2	502	50	4	3	41	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8786458--8786499	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
8788262--8788328	35	1.9	35	90	0	107	53	16	7	22	1.67
8790627--8790885	129	2.0	129	100	0	518	35	18	27	18	1.94
8791517--8792433	304	3.0	304	99	0	1798	32	14	16	36	1.89
8793365--8793419	28	2.0	28	100	0	110	38	18	18	25	1.93
8796182--8796548	46	7.6	49	86	8	431	34	14	22	29	1.93
8796196--8796548	196	1.8	196	92	0	598	34	14	22	28	1.93
8796512--8796658	37	4.0	37	96	0	260	38	16	21	24	1.93
8796182--8796537	150	2.4	149	89	4	458	34	14	21	29	1.93
8797636--8797673	20	1.9	20	100	0	76	31	0	0	68	0.90
8797635--8797680	20	2.3	20	88	0	74	32	0	0	67	0.91
8797996--8798036	19	2.2	19	86	8	57	46	0	2	51	1.14
8798917--8798959	22	2.0	22	85	0	59	60	9	9	20	1.55
8798978--8799031	20	2.7	20	82	2	63	75	9	3	11	1.15
8799216--8799283	34	2.0	35	82	8	86	54	0	1	44	1.09
8800224--8800358	40	3.4	38	80	9	139	37	21	21	20	1.95
8800394--8800551	41	3.9	41	88	0	237	18	23	27	29	1.98
8801050--8801087	13	3.0	13	84	3	51	47	2	2	47	1.30
8801329--8801357	15	1.9	15	100	0	58	20	0	34	44	1.52
8802185--8802341	37	4.0	37	82	14	199	26	21	15	36	1.93
8802258--8802480	52	4.6	46	87	7	257	28	22	13	34	1.93
8802301--8802474	52	3.3	52	91	1	267	27	23	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8802257--8802480	98	2.3	98	79	9	244	28	23	13	34	1.93
8805605--8805846	49	4.9	49	95	0	412	29	30	16	23	1.96
8807103--8807259	37	4.0	37	82	14	199	26	21	15	36	1.93
8807176--8807398	52	4.6	46	87	7	257	28	22	13	34	1.93
8807219--8807392	52	3.3	52	91	1	267	27	23	13	35	1.92
8807175--8807398	98	2.3	98	79	9	244	28	23	13	34	1.93
8810522--8810763	49	4.9	49	95	0	421	29	30	16	23	1.96
8812020--8812176	37	4.0	37	82	14	199	26	21	15	36	1.93
8812093--8812315	52	4.6	46	87	7	257	28	22	13	34	1.93
8812136--8812309	52	3.3	52	91	1	267	27	23	13	35	1.92
8812092--8812315	98	2.3	98	79	9	244	28	23	13	34	1.93
8819816--8819899	43	2.0	43	87	0	123	32	10	11	45	1.75
8819987--8820052	34	1.9	34	84	9	89	40	3	1	54	1.25
8819987--8820055	35	2.0	35	83	11	88	40	2	1	55	1.24
8820134--8820379	43	5.7	43	81	7	234	27	17	28	26	1.98
8820134--8820379	129	1.9	129	80	8	286	27	17	28	26	1.98
8825503--8825566	19	3.4	19	66	30	55	34	1	0	64	1.03
8825514--8825592	13	6.6	11	69	19	52	40	1	0	58	1.06
8825511--8825600	23	4.3	20	68	28	64	41	1	0	57	1.06
8825497--8825580	38	2.2	39	93	6	154	35	1	0	63	1.03
8825552--8825601	22	2.2	23	89	7	75	42	0	0	58	0.98
8825558--8825615	22	2.6	22	80	2	62	41	0	3	55	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8837779--8837829	23	2.2	23	86	6	68	68	1	5	23	1.22
8847896--8847948	25	2.0	26	92	7	90	67	1	15	15	1.31
8847894--8847948	27	2.0	27	92	0	92	69	1	14	14	1.28
8856737--8856774	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
8876046--8876077	15	2.0	17	88	11	50	68	3	18	9	1.30
8879706--8879761	29	1.9	29	85	0	76	32	21	5	41	1.76
8884703--8884738	18	2.0	18	94	0	63	30	27	13	27	1.94
8890816--8890856	18	2.3	18	86	0	55	21	41	4	31	1.74
8896951--8896988	14	2.5	16	79	12	53	52	7	10	28	1.64
8903282--8903341	29	2.0	30	84	9	79	26	15	6	51	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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