genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15850600--15850690	28	3.2	28	63	22	71	26	15	30	27	1.96
15850641--15850783	49	2.9	49	92	0	223	24	13	29	32	1.94
15853974--15854176	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
15853908--15854176	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
15854140--15854285	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
15856825--15856857	12	2.5	13	85	14	50	30	24	6	39	1.79
15862961--15863038	39	2.0	39	100	0	156	28	7	28	35	1.85
15867092--15867122	15	2.0	15	93	6	53	70	0	3	25	1.02
15887584--15887629	2	23.0	2	100	0	92	50	0	50	0	1.00
15888196--15888236	20	2.0	21	85	9	57	68	12	17	2	1.31
15891519--15891587	21	3.3	21	77	0	84	14	24	18	42	1.88
15891476--15891587	42	2.7	42	84	4	136	16	22	19	41	1.89
15894502--15894695	101	1.9	101	83	0	253	34	13	22	29	1.92
15900506--15900620	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
15900506--15900639	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
15907889--15908003	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
15907889--15908022	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
15916080--15916173	9	10.4	9	83	8	120	26	11	22	39	1.88
15920232--15920263	16	2.1	15	94	5	55	46	6	0	46	1.27
15921002--15921063	31	2.0	31	93	0	106	16	22	35	25	1.94
15926140--15926253	56	2.0	56	93	0	192	22	23	10	42	1.84
15926417--15927123	354	2.0	355	96	0	1308	40	18	17	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15929851--15929904	23	2.3	23	87	9	74	57	24	3	14	1.54
15930211--15930495	149	1.9	146	84	5	376	37	8	9	44	1.67
15931192--15931254	31	2.0	32	84	9	85	33	9	0	57	1.31
15948806--15948843	18	2.0	20	85	10	53	31	5	2	60	1.33
15950971--15951001	9	3.6	9	91	8	55	35	0	0	64	0.94
15954798--15955020	46	4.8	46	92	0	356	29	22	8	39	1.84
15957506--15957571	26	2.6	25	80	7	69	18	24	21	36	1.95
15958182--15958268	31	2.8	31	75	7	95	37	2	0	59	1.10
15958191--15958227	11	3.4	11	89	10	58	37	2	0	59	1.12
15958191--15958231	12	3.5	12	87	9	50	39	2	0	58	1.11
15958182--15958262	20	4.0	20	75	16	85	38	2	0	59	1.11
15958225--15958269	20	2.2	20	84	7	56	35	2	0	62	1.08
15958224--15958269	21	2.2	20	88	3	65	34	2	0	63	1.07
15958179--15958269	41	2.2	41	77	15	98	38	2	0	59	1.10
15959950--15960223	126	2.2	126	84	2	363	30	16	16	36	1.92
15960278--15960395	34	3.6	32	78	13	123	46	16	0	35	1.54
15991489--15991516	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
15992512--15992621	57	1.9	56	96	1	202	25	5	10	58	1.53
15993383--15993448	34	2.0	34	87	3	98	33	1	9	56	1.40
15996028--15996104	31	2.5	30	76	14	77	45	9	10	35	1.70
15996858--15996903	19	2.5	19	86	10	60	36	2	2	58	1.22
15997431--15997467	5	7.4	5	100	0	74	40	0	40	18	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16004624--16004659	19	1.9	19	88	5	56	58	2	0	38	1.13
16005715--16005784	35	2.0	35	100	0	140	34	14	25	25	1.94
16008706--16008861	74	2.1	74	82	0	195	48	7	17	26	1.74
16010969--16011642	114	5.9	113	87	3	836	25	22	23	28	1.99
16011840--16011886	23	2.0	23	87	0	67	17	2	46	34	1.59
16012154--16012200	7	6.4	7	85	4	58	17	2	46	34	1.59
16012151--16012199	15	3.3	15	83	11	64	14	2	48	34	1.55
16012151--16012185	8	4.5	8	92	7	63	11	0	51	37	1.38
16012606--16012975	106	3.5	105	90	3	546	43	14	13	28	1.83
16013120--16013371	99	2.5	104	83	8	304	46	13	13	25	1.80
16016293--16016346	23	2.4	23	96	3	101	27	9	12	50	1.71
16017918--16017982	30	2.1	32	85	5	89	46	6	0	47	1.27
16017927--16017971	23	2.0	22	86	4	63	46	6	0	46	1.29
16017949--16018033	20	4.4	20	77	12	72	44	8	0	47	1.33
16018017--16018720	9	80.9	9	64	21	143	45	19	2	32	1.64
16018004--16018064	20	3.1	20	83	6	72	49	14	0	36	1.44
16018048--16018135	25	3.5	25	82	0	104	45	20	3	30	1.67
16018046--16018252	50	4.4	48	75	13	187	45	18	2	32	1.65
16018184--16018393	25	8.9	25	71	10	129	45	19	2	32	1.65
16018025--16018298	93	3.0	89	83	6	280	46	17	2	33	1.61
16018278--16018316	20	2.0	19	95	5	69	53	15	0	30	1.42
16018185--16018420	113	2.1	112	85	5	309	45	18	2	33	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16018493--16018527	12	2.9	12	86	0	52	45	14	11	28	1.79
16018536--16018687	34	4.7	33	77	10	161	45	21	2	30	1.66
16018577--16018716	16	8.7	16	71	13	90	45	22	1	30	1.61
16018626--16018722	25	3.9	24	73	16	90	45	20	0	34	1.52
16020459--16020508	21	2.4	21	89	0	73	34	18	44	4	1.68
16023247--16023362	46	2.5	46	90	4	173	29	21	12	36	1.91
16026208--16026246	21	1.9	19	90	10	60	53	5	5	35	1.45
16026200--16026249	19	2.5	19	83	6	64	54	4	4	38	1.38
16028738--16028930	50	3.8	50	88	0	287	20	29	23	26	1.99
16029025--16029055	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
16029956--16030370	46	9.5	46	82	11	482	28	21	14	34	1.93
16030137--16030291	36	4.0	36	78	15	166	27	20	14	37	1.92
16030091--16030337	82	3.0	82	92	0	404	28	20	14	36	1.92
16030000--16030370	128	2.9	123	81	11	419	28	21	14	35	1.93
16032113--16032137	10	2.5	10	100	0	50	84	0	0	16	0.63
16032104--16032145	17	2.5	17	88	7	59	80	2	0	16	0.81
16032519--16032559	18	2.4	17	84	11	57	82	0	4	12	0.81
16033062--16033149	44	2.0	44	88	0	131	15	17	29	37	1.91
16038376--16038458	35	2.5	31	76	14	94	34	2	2	60	1.23
16038398--16038462	17	3.7	18	72	12	64	40	3	0	56	1.15
16046350--16046384	15	2.3	15	85	0	52	62	5	31	0	1.18
16046355--16046404	18	2.8	17	75	19	57	58	6	34	2	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16046930--16047070	69	2.0	69	98	0	273	35	14	19	29	1.92
16047480--16047516	18	2.1	18	94	0	65	43	10	24	21	1.84
16050234--16050267	16	2.0	18	88	11	54	38	0	0	61	0.96
16051234--16051267	16	2.2	16	89	5	52	58	0	0	41	0.98
16068654--16068724	31	2.3	31	87	0	97	30	21	21	26	1.98
16073050--16073127	40	2.0	40	86	0	111	33	33	14	19	1.91
16074812--16074845	16	2.1	16	94	0	59	29	11	11	47	1.76
16074891--16074926	18	2.0	18	94	0	63	41	13	22	22	1.89
16078642--16078679	16	2.2	18	86	9	53	28	0	2	68	1.03
16081678--16081759	26	3.2	26	92	0	137	32	6	24	36	1.80
16085772--16085809	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
16087073--16087319	76	3.3	73	79	8	234	20	15	23	39	1.91
16087254--16087504	36	7.1	34	66	10	110	23	21	20	34	1.97
16087250--16087537	71	4.1	71	87	2	391	23	22	21	32	1.98
16092071--16092126	25	2.4	23	82	14	62	39	0	1	58	1.08
16092238--16092314	23	3.2	24	71	20	63	32	7	0	59	1.26
16092813--16092885	30	2.4	31	82	13	89	23	8	6	61	1.48
16093630--16093668	20	1.9	21	89	5	62	30	20	5	43	1.73
16095344--16095410	25	2.7	23	73	22	62	41	1	0	56	1.08
16095857--16095886	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
16098592--16098649	28	2.0	28	83	9	73	46	0	3	50	1.18
16101058--16101100	3	14.3	3	83	9	52	27	0	4	67	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16122228--16122317	44	2.0	44	80	0	99	27	25	18	27	1.98
16122480--16122635	44	3.6	43	79	2	168	26	23	21	28	1.99
16122468--16122678	87	2.4	87	81	5	228	26	22	21	29	1.99
16144171--16144261	18	5.1	18	87	0	128	31	24	13	30	1.93
16151671--16151698	6	4.7	6	100	0	56	35	0	32	32	1.58
16162610--16162651	5	8.4	5	94	0	75	38	0	21	40	1.53
16166354--16166488	40	3.4	39	76	7	121	33	25	15	25	1.95
16166769--16166801	17	1.9	17	100	0	66	57	18	0	24	1.40
16172250--16172416	91	1.8	92	82	1	219	34	19	10	35	1.86
16172460--16172509	19	2.6	19	81	15	66	60	0	0	40	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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