genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  45  of  208  ( 24943 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17329413--17329499	33	2.7	32	75	12	95	45	16	11	26	1.81
17334290--17334376	6	14.0	6	79	15	70	72	0	2	25	0.96
17334293--17334357	3	22.3	3	75	12	64	73	0	1	24	0.91
17337973--17338039	18	3.9	18	88	5	95	29	8	25	35	1.86
17337988--17338048	18	3.4	18	90	0	95	27	9	24	37	1.87
17340917--17341031	43	2.7	43	93	0	185	20	20	28	31	1.97
17340909--17341064	43	3.7	43	82	8	160	21	19	26	32	1.97
17345312--17345362	13	3.9	13	89	0	84	31	7	25	35	1.85
17345592--17345639	19	2.6	18	77	9	51	52	0	2	45	1.12
17352818--17352864	24	2.0	24	86	0	67	42	4	4	48	1.42
17354026--17354051	4	6.5	4	100	0	52	26	73	0	0	0.84
17354998--17355126	46	2.8	45	84	4	161	29	22	9	38	1.85
17361649--17361722	33	2.3	33	79	9	82	63	14	9	12	1.52
17371308--17371335	10	2.8	10	100	0	56	21	39	17	21	1.93
17380275--17380308	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
17385464--17385800	46	7.6	46	88	7	491	29	21	16	33	1.95
17385692--17385764	36	2.0	36	97	0	137	26	20	16	36	1.93
17385646--17385800	82	1.9	82	98	0	301	28	21	14	35	1.93
17398019--17398159	41	3.4	41	94	0	237	31	15	23	29	1.95
17404544--17404574	15	2.1	15	100	0	62	29	38	6	25	1.81
17412939--17412978	18	2.3	17	86	4	53	40	0	2	57	1.12
17417242--17417281	13	3.0	13	82	17	55	25	0	2	72	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17419143--17419176	13	2.5	13	85	4	50	26	0	2	70	1.01
17420659--17420721	27	2.3	27	97	0	117	26	23	33	15	1.95
17420837--17420896	17	3.6	18	75	18	58	70	0	30	0	0.88
17420849--17420888	14	2.9	13	85	10	53	65	0	35	0	0.93
17421044--17421284	19	13.1	19	65	24	90	32	1	12	53	1.48
17421046--17421112	22	3.2	22	77	10	77	28	2	10	58	1.46
17421157--17421337	50	3.7	49	81	6	208	33	1	13	51	1.50
17421328--17421447	60	2.0	60	86	3	170	33	0	12	53	1.44
17421480--17421561	38	2.2	38	95	0	146	53	1	3	41	1.26
17421983--17422063	37	2.2	38	97	2	155	40	3	2	53	1.32
17422097--17422218	60	2.0	60	85	3	165	53	13	1	31	1.50
17422232--17422322	8	10.4	8	71	17	65	48	16	1	34	1.54
17422279--17422526	19	13.5	19	67	21	102	55	12	0	31	1.42
17422258--17422413	27	6.1	27	79	15	188	53	12	0	33	1.44
17422362--17422526	41	4.1	41	72	17	155	56	11	0	30	1.39
17422458--17422524	22	3.2	22	83	8	86	61	8	1	28	1.35
17422362--17422560	102	1.9	100	85	8	267	56	12	1	30	1.43
17422593--17422618	12	2.2	12	100	0	52	46	15	0	38	1.46
17423038--17423108	29	2.5	28	82	6	90	25	14	7	53	1.65
17442442--17442589	57	2.5	59	84	9	185	30	22	25	22	1.99
17443667--17443700	17	2.1	17	88	5	52	50	0	17	32	1.47
17444570--17444669	42	2.4	42	91	0	164	36	9	28	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17448136--17448502	46	7.6	49	85	10	449	34	13	22	29	1.92
17448136--17448491	98	3.6	98	95	0	604	34	13	21	29	1.92
17448466--17448611	37	4.0	37	91	1	233	36	16	22	24	1.94
17449866--17450009	49	2.9	49	90	1	207	22	15	30	31	1.94
17453133--17453499	46	7.6	49	85	10	449	34	13	22	29	1.92
17453133--17453488	98	3.6	98	95	0	604	34	13	21	29	1.92
17453463--17453608	37	4.0	37	91	1	233	36	16	22	24	1.94
17476308--17476340	2	16.5	2	100	0	66	0	51	0	48	1.00
17480679--17480799	64	1.9	64	85	0	170	20	21	24	33	1.97
17487845--17487881	9	4.1	9	89	0	56	45	10	10	32	1.74
17487933--17487990	30	1.9	31	82	6	75	20	44	0	34	1.52
17488095--17488154	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
17495426--17495465	22	1.9	21	85	10	55	27	10	5	57	1.52
17495725--17495751	7	3.9	7	100	0	54	59	11	14	14	1.62
17499923--17500053	64	2.0	64	98	0	253	32	14	18	35	1.91
17503809--17503902	45	2.1	45	93	0	161	47	14	9	27	1.75
17516016--17516205	95	2.0	95	95	0	344	41	9	17	31	1.82
17516716--17517016	46	6.3	48	88	7	366	35	14	21	28	1.92
17516650--17517005	98	3.6	98	87	7	499	35	14	21	28	1.93
17516980--17517069	37	2.4	37	98	0	171	36	17	18	26	1.94
17517056--17517082	13	2.1	13	100	0	54	29	22	7	40	1.81
17517019--17517119	50	2.0	50	98	0	193	37	16	15	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17516934--17517138	87	2.4	84	87	4	290	37	16	20	26	1.93
17518725--17518792	13	5.2	13	71	7	57	33	19	1	45	1.59
17518727--17518780	27	2.0	27	85	0	72	33	20	1	44	1.62
17518684--17518792	53	2.1	53	84	6	141	34	17	2	44	1.63
17522906--17522937	8	4.0	8	95	0	55	40	25	0	34	1.56
17534699--17534772	23	3.0	23	90	7	103	33	0	1	64	1.02
17534691--17534755	19	3.2	19	78	16	67	29	0	0	70	0.87
17545796--17545901	34	3.2	33	77	10	126	52	0	2	43	1.22
17551750--17551841	46	2.0	46	100	0	184	8	23	13	54	1.66
17565348--17565410	29	2.2	29	100	0	126	25	30	12	31	1.93
17568514--17568561	21	2.3	21	79	13	55	33	2	2	62	1.18
17569451--17569480	16	1.9	15	93	6	51	53	6	3	36	1.44
17577554--17577608	24	2.3	24	84	6	67	7	38	3	50	1.48
17577571--17577608	12	3.2	12	88	0	58	5	36	0	57	1.21
17582681--17582712	3	11.0	3	93	6	57	68	0	31	0	0.90
17588168--17588195	13	2.2	13	100	0	56	50	0	0	50	1.00
17599207--17599267	25	2.5	25	78	10	72	68	4	8	18	1.33
17599256--17599286	16	1.9	16	93	0	53	80	6	9	3	0.99
17603114--17603243	69	1.9	69	98	0	251	39	15	17	27	1.90
17607105--17607141	6	6.2	6	100	0	74	16	67	0	16	1.23
17608486--17608515	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
17617352--17617388	18	2.1	18	89	0	56	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17617823--17617878	25	2.3	24	81	6	60	50	5	5	39	1.48
17618191--17618227	12	2.8	14	76	16	51	48	8	0	43	1.32
17624971--17625000	14	2.1	14	100	0	60	56	6	0	36	1.26
17626433--17626490	29	2.0	29	100	0	116	44	6	10	37	1.65
17626760--17626823	15	4.3	15	74	7	58	42	6	1	50	1.37
17634022--17634056	17	2.1	17	89	10	54	71	0	20	8	1.11
17661320--17661353	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
17665959--17665992	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
17667503--17667543	3	13.7	3	100	0	82	0	34	0	65	0.93
17672318--17672492	81	2.1	81	94	2	305	37	9	22	30	1.85
17677096--17677163	21	3.3	21	68	15	61	32	8	20	38	1.84
17677056--17677163	40	2.7	40	82	5	119	32	9	19	38	1.83
17677366--17677462	45	2.2	45	90	0	149	22	17	18	41	1.90
17680084--17680140	21	2.6	23	72	8	57	29	3	1	64	1.20
17684776--17684820	22	2.0	23	86	4	65	66	2	4	26	1.22
17698585--17698627	6	7.2	6	97	0	68	4	16	46	32	1.67
17698587--17698636	6	8.3	6	95	0	55	10	18	42	30	1.82
17703603--17703639	18	2.1	18	89	0	56	48	2	2	45	1.30
17704809--17704875	30	2.3	29	81	2	80	58	11	0	29	1.34
17705698--17705723	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
17709159--17709366	48	4.3	48	84	0	245	22	28	21	27	1.99
17711697--17711945	50	4.8	50	87	3	318	20	30	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17712040--17712071	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
17740678--17740820	72	2.0	72	88	0	214	17	27	18	37	1.93
17746944--17746984	18	2.4	18	84	8	59	41	14	0	43	1.45
17749938--17749997	30	2.0	30	87	3	86	43	3	23	30	1.70
17750207--17750238	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
17750333--17750738	50	7.8	51	84	4	444	26	24	28	20	1.99
17750345--17750738	101	3.8	101	89	5	515	26	24	28	21	1.99
17754284--17754335	23	2.3	23	86	0	68	30	19	17	32	1.95
17775324--17775430	31	3.5	30	78	12	112	23	19	18	38	1.93
17775374--17775440	29	2.2	31	82	10	77	23	13	22	40	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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