genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.160.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  160  of  208  ( 24943 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52023302--52023396	38	2.4	41	77	11	101	44	10	8	36	1.69
52023341--52023574	119	2.0	120	82	7	289	46	13	12	26	1.80
52023461--52023733	71	3.8	71	77	6	255	45	10	14	28	1.79
52023460--52023670	36	5.9	36	74	8	162	43	11	15	28	1.82
52023462--52023667	88	2.3	88	78	9	211	44	12	16	27	1.83
52023401--52023699	142	2.1	142	85	4	342	45	12	15	26	1.82
52023725--52023766	19	2.3	19	87	4	59	33	7	9	50	1.62
52023827--52023970	18	8.2	18	75	13	122	45	12	13	29	1.80
52024725--52024765	4	11.0	4	84	10	52	0	21	0	78	0.76
52024720--52024785	22	2.9	22	70	20	55	0	22	7	69	1.13
52024893--52024960	12	6.3	11	73	18	54	1	20	1	76	0.94
52024900--52024966	29	2.3	30	80	14	70	1	22	1	74	0.98
52025493--52025689	30	6.6	30	77	6	154	38	3	22	35	1.72
52025484--52025665	59	3.1	58	75	8	170	39	2	21	36	1.68
52025499--52025689	89	2.1	89	80	5	208	38	3	21	36	1.71
52025873--52026021	50	3.0	50	88	0	226	25	22	31	20	1.98
52026760--52026800	21	1.9	22	85	5	57	39	2	12	46	1.54
52027696--52027727	15	2.1	16	88	11	50	56	0	3	40	1.15
52028011--52028067	19	2.9	19	78	21	57	63	1	1	33	1.15
52028023--52028078	15	3.8	14	73	17	51	66	0	1	32	1.03
52030387--52030455	35	2.0	35	100	0	138	17	50	11	20	1.76
52030404--52030483	34	2.3	35	84	2	99	22	51	10	16	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52031648--52031903	3	85.0	3	67	15	66	26	6	4	62	1.39
52031833--52031886	23	2.3	23	83	0	72	31	7	3	57	1.44
52031995--52032034	3	13.3	3	83	0	53	32	5	2	60	1.32
52039807--52039987	86	2.1	87	90	1	283	27	21	23	27	1.99
52039946--52041011	134	8.0	134	95	0	1868	27	20	22	29	1.98
52040913--52041488	95	6.0	95	96	0	1053	29	18	22	28	1.98
52041279--52041441	50	3.4	50	65	17	126	30	17	24	26	1.97
52040913--52041488	287	2.0	285	96	0	1071	29	18	22	28	1.98
52041393--52042009	130	4.7	130	89	1	865	28	20	23	27	1.99
52041469--52042009	130	4.1	130	91	0	902	29	19	24	26	1.99
52041393--52041985	262	2.3	262	96	0	1069	27	20	23	27	1.99
52041817--52042008	43	4.4	43	67	7	120	28	19	26	25	1.99
52041763--52041942	44	4.1	44	66	8	107	27	22	25	25	2.00
52042452--52042520	35	2.0	35	97	0	129	17	49	11	21	1.78
52043715--52043986	3	90.7	3	67	15	64	26	6	4	62	1.40
52043903--52043956	23	2.3	23	83	0	72	31	7	3	57	1.44
52043745--52043986	3	81.7	3	67	14	65	24	7	4	62	1.41
52044076--52044113	3	12.7	3	94	0	67	34	2	0	63	1.09
52049809--52049877	32	2.2	32	89	0	102	20	23	18	37	1.94
52057980--52058103	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
52057990--52058097	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
52062663--52062786	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52062673--52062780	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
52068016--52068045	12	2.5	12	94	0	51	46	0	6	46	1.29
52068131--52068171	15	2.7	15	88	11	57	63	2	0	34	1.08
52068130--52068181	17	3.1	17	81	15	63	61	5	0	32	1.20
52068389--52068473	3	28.3	3	73	17	63	65	1	3	29	1.16
52068389--52068473	11	7.4	11	71	19	66	65	1	3	29	1.16
52068389--52068470	24	3.4	23	74	14	76	65	1	3	29	1.17
52068389--52068473	35	2.3	36	78	8	91	65	1	3	29	1.16
52068801--52068873	23	3.2	23	76	16	71	60	28	1	9	1.37
52068799--52068864	21	3.0	21	82	8	62	57	30	1	10	1.42
52069331--52069482	40	3.8	40	81	3	196	26	20	21	30	1.98
52069315--52069483	82	2.0	83	89	1	259	26	18	21	33	1.96
52069645--52069947	136	2.2	135	94	1	527	28	23	21	26	1.99
52069885--52070462	44	13.1	45	74	5	444	29	25	17	27	1.97
52069887--52070467	132	4.4	132	91	0	901	29	25	17	27	1.97
52075137--52075166	12	2.5	12	94	0	51	46	0	6	46	1.29
52075248--52075294	16	2.7	17	80	9	51	63	4	0	31	1.13
52075251--52075299	17	2.7	19	78	15	59	61	8	0	30	1.25
52088236--52088265	12	2.5	12	94	0	51	46	0	6	46	1.29
52088347--52088393	16	2.7	17	80	9	51	63	4	0	31	1.13
52088350--52088398	17	2.7	19	78	15	59	61	8	0	30	1.25
52088612--52088693	3	27.3	3	72	18	57	65	1	3	29	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52088612--52088693	11	7.4	11	74	17	71	65	1	3	29	1.17
52088628--52088694	27	2.5	28	76	13	70	67	1	4	26	1.19
52088612--52088690	24	3.4	24	70	21	69	65	1	3	29	1.17
52089023--52089095	23	3.2	23	76	16	71	60	28	1	9	1.37
52089021--52089086	21	3.0	21	82	8	62	57	30	1	10	1.42
52094917--52094960	16	2.7	17	86	13	58	68	9	4	18	1.34
52095572--52095617	24	2.0	23	86	4	65	47	0	15	36	1.45
52107211--52107261	15	3.8	14	80	14	54	50	1	1	45	1.24
52108546--52108580	6	5.8	6	96	0	52	5	17	14	62	1.49
52110860--52110884	13	1.9	13	100	0	50	52	0	8	40	1.31
52111516--52111564	24	2.0	24	100	0	98	46	8	4	40	1.52
52116943--52116972	14	2.1	15	93	6	53	40	0	0	60	0.97
52136052--52136095	21	2.0	20	87	12	61	45	0	2	52	1.13
52136052--52136094	22	2.0	22	90	9	70	46	0	2	51	1.13
52136766--52136829	17	3.6	17	72	15	58	28	12	12	46	1.78
52136758--52136828	36	2.0	36	94	0	124	26	12	14	46	1.80
52136757--52136813	19	3.1	19	71	19	66	28	12	14	45	1.80
52137022--52137117	49	2.0	49	89	2	149	20	15	21	41	1.90
52140147--52140367	119	1.8	120	82	3	284	20	13	19	46	1.84
52141945--52142014	26	2.7	25	74	12	61	48	0	1	50	1.09
52142000--52142029	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
52147711--52147745	17	2.1	17	88	0	52	48	2	0	48	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52152263--52152292	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
52157329--52157387	29	2.0	30	83	3	75	40	3	8	47	1.51
52158272--52158298	11	2.5	11	100	0	54	37	0	7	55	1.28
52161530--52161556	12	2.2	12	100	0	54	59	25	0	14	1.36
52162966--52162999	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
52163408--52163452	18	2.4	19	85	10	58	13	8	4	73	1.23
52167170--52167199	14	2.1	14	93	0	51	46	20	3	30	1.66
52168664--52168733	31	2.3	31	87	5	97	24	2	18	54	1.57
52176460--52176508	24	2.1	23	92	3	80	42	20	10	26	1.84
52177802--52177861	30	2.0	30	83	3	77	33	13	1	51	1.51
52184098--52184138	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
52200830--52200867	19	2.0	19	100	0	76	26	5	15	52	1.64
52209467--52209513	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
52218025--52218056	11	3.1	11	91	8	50	31	0	0	68	0.90
52230524--52230883	43	8.5	42	74	11	267	31	21	21	26	1.98
52230611--52230934	162	1.9	169	85	6	457	31	20	21	26	1.98
52231431--52231455	12	2.1	12	100	0	50	32	36	16	16	1.90
52249696--52250526	88	9.4	88	91	0	1221	26	25	24	23	2.00
52250507--52250794	132	2.2	131	90	2	461	30	19	24	25	1.98
52250811--52250995	99	1.9	99	88	0	280	35	24	20	20	1.96
52250834--52250999	50	3.3	50	71	5	156	36	23	19	20	1.95
52250852--52251213	100	3.6	100	78	4	311	32	24	19	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52251030--52251191	50	3.3	50	70	7	143	33	23	19	23	1.97
52252524--52252548	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
52252657--52252706	20	2.5	21	77	9	59	40	12	0	48	1.40
52252907--52252949	18	2.5	17	85	10	61	13	4	6	74	1.19
52253070--52254012	110	8.6	109	93	0	1555	31	15	19	34	1.93
52253070--52254012	219	4.3	219	92	1	1559	31	15	19	34	1.93
52253061--52254012	329	2.9	328	95	0	1649	31	15	19	34	1.92
52257010--52257042	15	2.2	15	94	0	57	27	12	30	30	1.92
52258849--52258916	23	3.0	23	93	0	118	30	27	22	19	1.97
52268709--52268735	14	1.9	14	100	0	54	33	14	29	22	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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