genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

This is table  49  of  208  ( 24943 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19025577--19025620	20	2.2	21	84	8	56	56	2	2	38	1.24
19030019--19030069	16	3.2	16	70	13	52	31	1	0	66	1.03
19030015--19030122	31	3.7	29	76	20	100	36	1	0	62	1.06
19030086--19030129	20	2.2	19	92	8	70	38	0	0	61	0.96
19030067--19030118	26	2.0	26	96	0	95	36	1	0	61	1.07
19030837--19030874	7	5.4	7	100	0	76	60	0	13	26	1.33
19033348--19033396	26	1.9	26	91	4	82	34	10	24	30	1.89
19056176--19056215	22	1.9	20	89	5	53	57	2	2	37	1.26
19060536--19060570	17	2.0	18	88	5	54	65	0	0	34	0.93
19064308--19064364	19	3.2	18	72	22	57	38	1	3	56	1.27
19064471--19064523	21	2.5	21	90	0	79	30	37	9	22	1.86
19081277--19081544	36	6.5	46	78	17	206	36	12	22	29	1.90
19081311--19081501	36	5.0	36	81	12	220	36	12	20	29	1.90
19081277--19081465	82	2.3	82	93	0	315	37	11	22	29	1.89
19084059--19084205	42	3.5	42	79	0	132	42	17	22	18	1.89
19085805--19085868	30	2.1	31	82	5	76	35	0	3	60	1.12
19090056--19090109	21	2.4	22	81	9	65	44	5	3	46	1.44
19090516--19090981	124	3.7	126	92	1	756	30	14	21	33	1.93
19090516--19090981	250	1.9	251	92	0	781	30	14	21	33	1.93
19093275--19093337	29	2.2	29	88	0	90	65	0	0	34	0.93
19093383--19093433	22	2.3	22	100	0	102	39	0	33	27	1.57
19096110--19096149	20	2.0	20	86	13	57	77	5	7	10	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19102469--19102493	7	3.6	7	100	0	50	44	0	16	40	1.47
19108897--19109050	41	3.4	47	80	13	173	13	6	54	25	1.63
19108918--19109050	41	3.1	41	91	4	194	12	6	54	26	1.61
19117050--19117168	57	2.1	58	90	1	186	29	5	15	50	1.65
19121758--19121859	53	1.9	52	80	9	118	27	32	0	39	1.63
19123608--19123632	6	4.2	6	100	0	50	32	16	0	52	1.44
19125911--19125959	20	2.4	21	83	10	57	34	0	10	55	1.34
19127930--19127982	27	2.0	27	84	0	70	49	5	3	41	1.44
19130098--19130145	25	2.0	24	84	8	62	25	25	8	41	1.83
19144732--19144859	21	6.1	21	82	3	134	17	21	15	46	1.84
19144732--19144859	42	3.0	42	88	4	170	17	21	15	46	1.84
19144732--19144859	63	2.0	63	82	5	152	17	21	15	46	1.84
19172203--19172379	46	3.8	46	90	3	293	38	9	23	29	1.85
19203907--19204083	46	3.8	46	90	3	293	38	9	23	29	1.85
19244953--19245011	10	5.7	10	88	7	91	40	0	20	38	1.53
19244951--19245018	32	2.1	32	100	0	136	42	0	20	36	1.52
19246551--19246960	74	5.4	74	85	9	497	30	21	17	30	1.96
19246752--19246972	75	3.0	73	90	3	336	29	21	17	31	1.96
19246596--19246889	159	1.9	158	91	0	480	31	21	17	29	1.96
19258348--19258731	70	5.3	71	82	13	416	32	20	17	29	1.96
19258381--19258666	153	1.9	152	89	5	452	33	20	17	29	1.95
19259542--19259577	15	2.6	13	87	12	54	0	8	2	88	0.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19286809--19286900	21	4.5	21	74	8	73	43	16	19	20	1.88
19286933--19287015	21	4.0	21	78	6	87	42	15	20	21	1.89
19286918--19286998	42	1.9	42	87	0	117	41	16	20	20	1.89
19289728--19289884	37	4.0	37	82	14	199	26	21	15	36	1.93
19289801--19290167	46	7.6	46	86	7	437	29	22	14	34	1.93
19289844--19290161	52	6.3	52	86	7	417	28	22	13	34	1.93
19289801--19290153	196	1.8	196	92	0	598	28	22	14	34	1.93
19289801--19290167	98	3.7	97	84	9	492	29	22	14	34	1.93
19292912--19292947	17	2.2	16	90	5	54	11	5	13	69	1.34
19302535--19302670	73	1.9	71	92	3	227	54	11	11	22	1.68
19305414--19305509	30	3.2	31	75	8	90	47	6	2	43	1.40
19316055--19316096	20	2.1	20	82	8	50	40	9	2	47	1.49
19327186--19327218	16	2.1	16	88	5	50	63	12	0	24	1.28
19337204--19337253	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
19341843--19341892	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
19349043--19349069	14	1.9	14	100	0	54	14	7	0	77	0.97
19349073--19349180	51	2.1	51	81	8	121	30	18	7	43	1.77
19352105--19352143	21	1.9	21	89	5	62	41	7	10	41	1.68
19352105--19352151	21	2.3	21	85	3	60	40	6	8	44	1.60
19364561--19365719	231	5.0	231	100	0	2318	28	17	12	41	1.87
19369190--19369214	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
19369387--19369446	18	3.3	18	88	4	86	46	16	5	31	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19369377--19369445	27	2.6	27	88	0	93	46	17	5	30	1.71
19369378--19369437	9	6.7	9	80	0	66	45	18	6	30	1.75
19369551--19369604	18	3.0	18	86	0	63	22	0	38	38	1.54
19380454--19380586	39	3.4	39	74	10	103	32	27	18	21	1.97
19380688--19380771	39	2.2	39	80	8	91	35	21	2	40	1.66
19380698--19380774	40	2.0	40	84	7	104	33	23	2	40	1.68
19383686--19383736	24	2.1	24	96	0	93	23	27	3	45	1.70
19386077--19386122	22	2.1	22	84	8	58	45	4	15	34	1.66
19392422--19392473	21	2.4	22	80	3	61	61	5	1	30	1.30
19392436--19392532	9	10.3	9	73	13	54	63	2	4	29	1.24
19392437--19392480	22	2.1	21	84	12	56	72	4	2	20	1.13
19392792--19392826	8	4.4	8	88	0	52	22	0	2	74	0.95
19393155--19393225	19	3.7	19	75	17	58	35	1	4	59	1.26
19393155--19393208	20	2.7	19	82	8	54	37	1	5	55	1.34
19408921--19409031	55	2.0	55	92	0	186	17	18	20	43	1.88
19409013--19409074	21	3.0	21	80	0	88	16	25	17	40	1.90
19408982--19409074	42	2.2	42	90	0	141	15	23	18	43	1.87
19413104--19413146	21	2.0	22	86	4	61	27	0	2	69	1.00
19413105--19413161	28	2.0	27	80	12	62	28	0	5	66	1.13
19416071--19416116	23	2.0	23	100	0	92	26	13	8	52	1.69
19416975--19417035	30	2.0	31	87	3	88	37	0	42	19	1.52
19421326--19421372	24	2.0	23	84	12	60	29	14	4	51	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19421612--19421655	22	1.9	24	90	9	74	25	20	0	54	1.45
19422255--19422325	5	14.6	5	72	21	62	56	0	0	43	0.99
19422259--19422325	19	3.8	18	75	13	68	56	0	0	43	0.99
19422254--19422325	29	2.5	28	82	13	83	55	0	0	44	0.99
19422267--19422325	17	3.4	17	76	4	55	55	0	0	44	0.99
19423819--19423886	21	3.3	21	72	4	66	16	26	13	44	1.84
19426554--19426645	41	2.4	39	81	7	107	23	18	27	30	1.98
19426554--19426684	38	3.4	38	78	7	122	23	19	27	29	1.98
19434914--19434988	37	2.0	37	86	0	105	41	14	18	25	1.89
19435457--19435484	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
19440338--19440394	9	6.4	9	87	4	89	40	22	12	24	1.88
19442997--19443035	19	2.0	19	85	5	51	51	2	0	46	1.14
19456176--19456209	18	1.9	18	88	5	52	29	5	0	64	1.17
19458169--19458193	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
19458198--19458247	20	2.6	20	84	6	68	38	0	4	58	1.17
19464590--19464690	50	2.0	50	98	0	193	18	15	9	55	1.68
19472468--19472502	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
19473853--19473891	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
19474117--19474214	23	4.3	23	88	2	153	19	21	27	31	1.97
19482384--19482428	16	2.9	15	78	21	56	40	0	0	60	0.97
19489871--19489918	25	1.9	25	83	8	62	25	22	14	37	1.92
19491308--19491337	16	1.9	16	93	6	53	6	23	0	70	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19495709--19495755	21	2.3	21	88	3	69	38	6	12	42	1.69
19496325--19496362	9	4.3	9	86	3	51	47	5	0	47	1.24
19512310--19512338	15	1.9	15	100	0	58	75	6	17	0	1.01
19515256--19515351	19	4.9	18	71	17	59	39	1	4	55	1.26
19515257--19515351	10	9.5	10	71	23	67	38	1	4	55	1.26
19515314--19515352	2	21.5	2	80	19	50	46	0	0	53	1.00
19516193--19516247	27	2.1	26	89	3	83	52	0	12	34	1.40
19516193--19516247	26	2.1	27	86	10	78	52	0	12	34	1.40
19523792--19523853	22	2.7	22	87	5	79	48	3	1	46	1.28
19523830--19523883	16	3.4	16	94	0	90	46	5	5	42	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208