genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25508606--25508673	29	2.4	28	76	13	70	42	4	0	52	1.21
25508650--25508716	32	2.1	31	83	13	82	35	2	4	56	1.35
25509824--25509908	9	9.4	9	89	0	116	25	9	22	42	1.83
25514060--25514090	3	10.3	3	100	0	62	32	32	0	35	1.58
25514777--25514808	14	2.3	14	94	0	55	40	15	15	28	1.88
25514812--25514851	19	2.0	21	85	14	57	27	5	2	65	1.27
25515308--25515333	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
25520551--25520583	6	5.5	6	100	0	66	15	36	30	18	1.91
25523957--25523985	15	1.9	15	100	0	58	27	0	0	72	0.85
25526634--25526675	21	2.0	21	86	9	59	57	4	0	38	1.20
25529830--25529867	19	2.0	19	94	0	67	26	10	18	44	1.82
25529943--25529985	18	2.4	18	96	0	77	46	2	0	51	1.13
25532246--25532271	8	3.2	8	100	0	52	76	11	11	0	1.01
25536860--25536898	17	2.3	17	90	0	60	38	7	5	48	1.54
25541425--25541476	21	2.5	20	80	20	54	67	1	9	21	1.29
25541638--25541831	67	3.0	64	84	5	194	63	3	6	27	1.33
25541907--25542015	35	3.2	34	68	5	94	64	4	4	26	1.33
25541951--25542000	19	2.4	21	83	12	59	72	4	6	18	1.22
25541638--25542123	68	7.0	67	79	13	481	64	3	5	25	1.33
25542036--25542119	16	5.2	16	66	25	52	69	1	4	25	1.15
25542030--25542071	11	3.7	11	87	6	57	73	0	2	23	0.94
25545740--25545802	19	3.5	17	72	16	56	63	1	0	34	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25550870--25550959	18	5.0	18	87	0	135	31	15	24	28	1.96
25550870--25550959	36	2.5	36	92	0	153	31	15	24	28	1.96
25553784--25553824	18	2.2	19	86	4	57	43	0	2	53	1.13
25557641--25557696	20	2.9	19	86	5	60	57	1	10	30	1.43
25557650--25557696	20	2.3	20	92	0	76	57	2	8	31	1.41
25557644--25557717	15	5.0	15	76	14	64	54	1	10	33	1.44
25557644--25557717	8	9.9	8	69	19	52	54	1	10	33	1.44
25563109--25563138	15	2.0	15	93	0	51	0	23	13	63	1.29
25568901--25568973	13	5.7	13	73	9	51	75	4	13	6	1.15
25568872--25568942	31	2.2	32	82	12	92	70	7	9	12	1.33
25568926--25568973	6	7.7	6	84	9	51	77	2	16	4	1.03
25568932--25568967	19	1.9	19	88	5	56	77	2	16	2	1.00
25568926--25568973	19	2.6	18	77	9	51	77	2	16	4	1.03
25570562--25570696	43	3.2	43	64	17	100	29	23	22	24	1.99
25570552--25570786	85	2.8	85	92	0	380	31	24	21	22	1.98
25570585--25570715	43	3.1	43	64	18	110	32	23	21	22	1.98
25574854--25575190	129	2.6	131	89	3	495	36	18	15	29	1.92
25577502--25577957	18	25.5	18	68	13	210	43	10	14	31	1.79
25577512--25577630	53	2.3	50	85	5	157	46	13	12	27	1.79
25577523--25577625	16	6.1	16	82	8	116	47	13	12	26	1.78
25577502--25577947	35	12.5	34	70	14	161	43	10	14	30	1.79
25577502--25577957	17	25.5	17	67	14	152	43	10	14	31	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25577768--25577954	56	3.5	54	76	13	163	42	8	13	35	1.75
25578491--25578526	17	2.1	17	89	0	54	0	22	0	77	0.76
25578492--25578547	24	2.3	24	87	9	78	0	25	0	75	0.81
25578511--25578567	19	3.1	17	82	10	60	1	22	0	75	0.90
25578726--25578765	13	3.1	13	82	10	55	2	5	20	72	1.15
25578851--25578908	13	4.6	12	74	18	55	1	25	0	72	0.94
25579255--25579346	28	3.1	29	78	9	98	43	3	22	30	1.69
25579242--25579346	28	3.6	29	74	12	90	42	2	23	30	1.69
25579502--25580127	74	8.3	74	83	7	719	35	20	17	25	1.95
25580137--25580424	79	3.8	75	83	5	357	33	23	17	25	1.96
25579893--25580348	243	1.9	242	85	4	641	35	21	16	25	1.94
25581330--25581377	6	7.8	6	82	13	62	0	0	14	85	0.60
25581321--25581378	14	4.2	13	85	10	80	0	0	13	86	0.58
25581321--25581376	8	6.8	8	86	13	62	0	0	14	85	0.59
25581323--25581377	19	2.9	19	94	2	94	0	0	14	85	0.60
25587421--25587870	18	25.3	18	68	13	202	43	10	14	31	1.80
25587431--25587549	53	2.3	50	85	5	157	46	13	12	27	1.79
25587442--25587544	16	6.1	16	82	8	116	47	13	12	26	1.78
25587421--25587870	17	25.4	17	68	13	160	43	10	14	31	1.80
25587729--25587874	56	2.7	56	80	13	182	41	8	16	33	1.78
25587704--25587865	35	4.5	36	74	11	102	43	8	16	31	1.78
25588406--25588472	16	4.2	16	74	14	66	0	22	0	77	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25588406--25588482	16	4.7	17	68	12	54	1	22	0	76	0.86
25588411--25588480	23	2.9	24	80	8	61	1	20	0	78	0.83
25588603--25588651	24	2.0	24	84	0	62	0	14	20	65	1.27
25588617--25588673	19	2.8	20	75	17	55	1	7	17	73	1.14
25589174--25589258	29	2.9	29	84	5	100	43	2	18	35	1.63
25589208--25589267	29	2.1	28	84	3	75	41	5	16	36	1.70
25589380--25589441	32	2.0	32	84	12	85	14	1	8	75	1.10
25589384--25589423	18	2.3	19	79	16	50	10	2	10	77	1.08
25591528--25591577	20	2.5	20	83	0	55	54	6	4	36	1.44
25592304--25592356	27	2.0	27	100	0	106	13	7	15	64	1.49
25592794--25592829	16	2.2	16	90	0	54	63	0	0	36	0.94
25597324--25597490	79	2.1	80	87	4	239	45	14	5	34	1.68
25599046--25599108	31	2.0	32	96	3	119	42	15	9	31	1.79
25602679--25602712	15	2.2	16	94	5	61	55	26	11	5	1.58
25605507--25605565	28	2.1	27	85	14	77	67	0	6	25	1.15
25606246--25606475	43	5.3	43	81	0	208	30	30	15	23	1.95
25607166--25607211	24	1.9	24	95	0	83	56	13	10	19	1.66
25608565--25608601	17	2.1	18	90	5	58	45	5	5	43	1.49
25608693--25608741	3	16.3	3	91	0	62	65	8	0	26	1.20
25611693--25611750	29	2.0	29	86	6	82	41	3	6	48	1.47
25613641--25613666	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
25621286--25621322	18	2.1	18	84	0	56	45	8	0	45	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25622061--25622108	6	7.7	6	83	2	51	0	56	0	43	0.99
25622060--25622104	7	6.9	7	87	10	60	0	55	0	44	0.99
25622461--25622486	11	2.4	11	100	0	52	23	0	15	61	1.33
25624867--25624905	20	2.0	20	94	0	69	48	0	2	48	1.15
25625004--25625043	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
25625027--25625066	14	2.9	14	84	0	53	42	20	7	30	1.79
25624992--25625058	34	1.9	35	87	3	100	46	14	8	29	1.76
25625307--25625356	21	2.5	20	78	15	57	52	0	4	44	1.20
25627005--25627236	115	2.0	117	84	3	308	43	9	10	36	1.70
25628511--25628573	31	2.0	31	93	0	108	20	15	12	50	1.77
25628956--25629016	25	2.4	25	78	8	61	55	4	9	29	1.53
25635879--25635917	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
25647267--25647327	19	3.2	19	81	9	88	50	4	0	44	1.23
25651722--25651862	57	2.4	59	88	9	198	30	21	26	21	1.98
25653265--25653313	21	2.4	21	89	3	73	22	26	8	42	1.81
25653486--25653595	21	5.3	21	83	4	116	46	15	21	16	1.84
25662611--25662644	11	3.0	11	86	4	50	41	2	2	52	1.31
25671064--25671094	8	3.8	8	95	4	53	54	0	0	45	0.99
25671105--25671151	19	2.4	19	86	10	60	38	0	0	61	0.96
25671105--25671151	9	4.8	10	78	21	55	38	0	0	61	0.96
25671905--25671962	29	2.0	29	83	3	73	62	3	3	31	1.29
25672843--25672891	22	2.3	22	82	3	55	46	4	0	48	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25675186--25675376	44	4.3	44	78	4	206	29	15	27	27	1.96
25675186--25675387	88	2.3	88	92	0	332	30	15	26	27	1.96
25675471--25675934	50	9.3	50	67	4	263	31	22	19	26	1.98
25675435--25675995	100	5.6	100	85	0	692	30	22	21	25	1.98
25676009--25676475	40	11.1	40	70	13	296	33	23	19	23	1.97
25676004--25676523	128	4.1	127	93	1	898	33	23	19	23	1.97
25676004--25676523	255	2.0	255	94	1	918	33	23	19	23	1.97
25688573--25688625	16	3.5	16	76	23	60	39	3	3	52	1.37
25690252--25690301	23	2.2	23	85	0	64	44	20	10	26	1.82
25694662--25694686	9	2.8	9	100	0	50	44	24	0	32	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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