genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
454590--454776	101	1.8	102	86	8	270	26	23	27	21	1.99
458854--459215	46	8.6	45	79	15	359	35	13	22	28	1.92
458890--459080	36	5.0	36	82	12	238	37	13	20	28	1.90
458854--459172	82	3.9	82	80	15	379	36	13	21	28	1.92
458890--459124	118	2.0	118	93	0	398	37	13	20	28	1.91
460167--460266	51	2.0	51	84	4	130	44	2	26	28	1.65
460247--460301	22	2.4	23	87	6	85	41	0	30	27	1.56
460244--460301	11	5.2	11	82	2	71	41	0	32	25	1.56
474517--474562	20	2.3	20	85	10	60	43	2	0	54	1.12
478976--479046	31	2.3	30	83	7	81	39	18	9	32	1.83
478992--479067	31	2.4	31	80	6	82	40	19	7	31	1.80
481808--481846	18	2.2	18	85	0	51	48	7	2	41	1.45
481952--481986	15	2.3	15	90	0	52	0	25	0	74	0.82
481992--482036	11	4.3	10	80	8	54	4	11	8	75	1.17
481990--482033	16	2.8	16	86	6	63	4	11	11	72	1.25
482056--482118	7	8.6	7	75	19	58	53	3	1	41	1.26
482119--482143	7	3.6	7	100	0	50	12	12	12	64	1.51
482358--482411	27	2.0	27	100	0	108	22	18	25	33	1.97
483461--483494	18	2.0	16	88	11	50	26	2	0	70	1.01
483630--483672	19	2.3	19	84	8	52	34	2	4	58	1.32
500165--500192	12	2.3	12	100	0	56	42	10	14	32	1.80
500993--501026	9	3.9	9	88	7	52	79	0	8	11	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
502992--503022	15	2.1	15	93	0	53	16	3	0	80	0.83
509222--509985	89	8.6	89	91	1	1174	31	18	23	26	1.97
509222--509978	355	2.1	355	91	0	1208	31	17	23	26	1.97
509966--510063	44	2.2	44	78	5	101	33	18	24	23	1.97
511852--511880	12	2.3	13	94	5	51	31	13	0	55	1.39
511995--512025	15	2.1	15	93	0	53	16	3	0	80	0.83
513682--513747	30	2.2	30	91	0	105	22	22	16	37	1.93
518436--518479	16	2.8	15	80	10	52	77	0	22	0	0.77
518436--518480	15	2.9	15	84	12	56	77	0	22	0	0.76
520641--520740	45	2.2	45	83	3	130	41	17	18	24	1.90
522852--522878	5	5.4	5	100	0	54	0	18	18	62	1.32
541412--541455	18	2.5	17	77	3	52	36	0	2	61	1.09
542182--542212	13	2.4	13	94	0	53	29	16	3	51	1.59
546384--546410	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
551611--551649	18	2.2	18	86	9	53	66	0	5	28	1.12
557084--557134	24	2.1	24	100	0	102	52	25	3	17	1.61
558722--558769	20	2.5	20	86	3	71	31	8	0	60	1.26
558849--558909	28	2.3	27	85	5	79	36	1	0	62	1.05
559752--559901	54	2.7	55	87	2	203	38	19	18	24	1.93
564622--564682	30	2.0	30	96	0	113	36	21	9	32	1.86
564733--564764	15	2.1	15	94	0	55	75	3	0	21	0.95
565689--565733	19	2.4	19	85	7	56	42	8	0	48	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
567039--567063	12	2.1	12	100	0	50	40	0	28	32	1.57
570503--570804	151	2.0	151	95	0	541	36	15	16	31	1.90
572883--572915	5	6.6	5	100	0	66	78	21	0	0	0.75
579168--579216	24	2.0	24	100	0	98	40	16	30	12	1.85
579394--579434	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
584667--584733	29	2.4	27	77	7	71	46	5	5	41	1.53
590839--590891	16	3.3	16	91	0	88	39	5	32	22	1.78
590871--590961	46	2.0	46	93	4	159	26	4	30	38	1.76
590871--590977	46	2.5	44	83	11	134	28	4	30	35	1.78
591120--591158	17	2.5	15	84	15	60	61	0	0	38	0.96
591125--591158	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
591241--591274	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
591105--591593	117	4.3	116	93	3	791	51	3	1	42	1.30
591353--591391	17	2.5	15	84	15	60	61	0	0	38	0.96
591358--591391	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
591424--591463	20	2.0	21	85	5	55	60	5	0	35	1.19
591431--591510	28	2.8	28	81	11	92	56	1	0	42	1.07
591208--591543	43	8.3	41	65	24	137	51	4	1	42	1.31
591553--591616	32	2.0	32	81	0	74	48	3	0	48	1.17
597412--597463	26	2.0	25	82	14	61	59	3	0	36	1.16
597691--597734	23	1.9	23	81	9	54	27	4	2	65	1.23
599701--599746	23	2.0	23	95	0	83	28	21	6	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
601045--601094	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
605684--605733	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
625132--625174	15	2.8	15	75	3	50	76	0	0	23	0.78
625126--625174	23	2.1	23	92	0	80	75	0	0	24	0.80
627502--627680	89	2.0	89	100	0	358	30	11	12	46	1.76
628234--628258	9	2.8	9	100	0	50	48	0	0	52	1.00
635256--635337	3	28.3	3	72	9	55	37	0	2	59	1.11
635248--635296	19	2.5	20	81	15	59	40	0	0	59	0.98
635461--635499	3	13.7	3	84	10	55	33	0	0	66	0.92
635461--635499	8	4.6	9	84	12	55	33	0	0	66	0.92
635461--635490	11	2.7	11	100	0	60	30	0	0	70	0.88
635461--635499	14	2.7	15	84	11	55	33	0	0	66	0.92
635885--635918	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
636311--636347	19	1.9	19	100	0	74	29	10	27	32	1.90
638262--638312	23	2.2	23	96	0	93	23	21	27	27	1.99
640379--640478	18	5.3	18	70	22	71	60	6	2	32	1.32
646903--646942	20	2.1	19	86	13	55	62	2	2	32	1.22
654699--654927	101	2.3	100	90	1	350	31	14	24	29	1.94
660881--660950	35	2.0	34	94	2	122	38	21	4	35	1.73
663777--663810	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
668416--668449	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
677851--677880	12	2.5	12	100	0	60	33	43	16	6	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
680621--680679	29	2.1	29	84	6	77	25	1	1	71	1.05
680824--680990	89	1.8	92	80	11	202	39	9	14	35	1.79
680787--681011	89	2.5	84	72	15	193	41	8	13	36	1.75
681080--681128	23	2.1	24	84	3	64	57	14	6	22	1.59
683152--683196	21	2.1	21	95	0	81	55	2	4	37	1.32
688869--688903	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
688778--689160	120	3.2	120	99	0	757	43	2	4	48	1.37
688989--689023	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
689109--689143	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
689379--689446	16	4.2	16	96	0	127	38	35	0	26	1.57
716886--716928	17	2.4	17	84	7	50	53	2	0	44	1.13
728254--728287	6	5.7	6	100	0	68	35	29	0	35	1.58
734008--734045	18	2.1	19	90	5	60	52	5	21	21	1.66
743515--743789	112	2.4	112	78	5	270	31	19	22	26	1.98
743798--744114	114	2.8	114	81	4	336	31	20	23	24	1.98
744042--744190	76	1.9	76	83	4	192	32	19	22	26	1.97
743929--744305	191	2.0	190	82	3	463	32	19	23	24	1.98
744119--744373	115	2.2	114	82	4	325	31	18	23	26	1.97
745263--745303	14	2.7	15	85	7	57	19	0	39	41	1.52
747621--747669	21	2.3	21	89	6	73	36	18	42	2	1.62
748040--748219	42	4.2	43	76	2	157	30	18	21	29	1.97
749679--749753	8	9.2	8	75	13	57	42	1	0	56	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
749678--749751	5	14.8	5	83	8	89	41	1	0	56	1.07
749757--749802	24	1.9	24	86	8	67	73	0	26	0	0.83
749765--749804	20	2.0	20	90	0	62	70	0	30	0	0.88
750099--750134	18	1.9	19	88	5	56	50	0	16	33	1.46
758626--758697	21	3.4	21	88	0	90	20	29	26	23	1.99
760614--760675	25	2.4	26	84	7	74	62	4	3	29	1.31
761003--761041	20	1.9	21	89	5	62	43	2	0	53	1.14
765337--765362	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
765359--765413	11	5.5	11	85	14	68	27	0	0	72	0.85
778872--778907	10	3.5	10	88	7	54	19	0	0	80	0.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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