genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  6  of  208  ( 24943 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2039620--2039665	23	2.0	23	86	0	65	34	13	10	41	1.79
2040718--2040756	20	1.9	21	84	5	53	66	7	0	25	1.18
2044165--2044205	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
2050416--2050463	20	2.3	20	79	10	53	41	8	4	45	1.53
2050482--2050520	14	2.7	15	84	8	53	51	0	0	48	1.00
2051233--2051664	133	3.2	133	79	7	426	33	14	20	31	1.93
2052016--2052068	21	2.6	20	79	5	61	20	3	37	37	1.71
2056882--2057927	522	2.0	522	95	0	1889	22	11	17	48	1.79
2058633--2058682	17	3.2	17	72	21	63	36	6	8	50	1.57
2058674--2058712	16	2.5	15	88	8	60	41	0	5	53	1.23
2058644--2058792	62	2.4	61	83	2	190	36	5	8	50	1.55
2058784--2058870	9	9.8	9	69	16	56	44	18	3	33	1.66
2058784--2058844	16	3.7	16	76	8	59	47	19	1	31	1.59
2058858--2059044	12	17.4	12	65	25	64	48	12	2	36	1.53
2058953--2059044	12	8.4	12	70	24	69	52	11	1	34	1.46
2058953--2059059	29	3.4	32	83	7	130	53	12	0	33	1.45
2059010--2059433	27	15.4	27	74	11	195	50	15	0	32	1.49
2059081--2059567	9	56.2	9	76	9	435	47	17	0	33	1.53
2059122--2059442	115	2.9	106	83	8	444	49	16	0	33	1.49
2059124--2059454	106	3.0	106	83	8	448	48	17	0	34	1.50
2059269--2059574	70	4.5	65	80	8	224	46	18	0	34	1.55
2059492--2059572	16	4.9	16	73	16	76	43	19	1	35	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2059538--2059574	7	5.0	7	87	12	56	54	16	0	29	1.43
2061930--2061988	19	3.0	19	82	9	57	35	5	1	57	1.31
2062114--2062151	18	2.1	18	85	9	51	26	2	13	57	1.49
2070780--2070826	24	2.0	24	86	0	67	31	10	27	29	1.90
2071346--2071469	56	2.1	61	91	8	204	37	19	10	32	1.86
2091156--2091199	22	2.0	22	82	8	54	50	9	0	40	1.34
2096960--2097076	46	2.6	46	94	2	202	33	16	23	27	1.95
2105587--2105611	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
2105852--2105906	19	2.7	21	81	18	62	56	7	1	34	1.38
2106349--2106379	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
2114770--2114803	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
2119409--2119442	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
2143179--2143218	20	2.0	20	85	0	53	32	12	12	42	1.80
2143166--2143231	35	1.9	34	90	3	105	31	10	15	42	1.81
2144361--2144405	18	2.5	18	96	0	81	42	0	55	2	1.12
2156436--2156460	13	1.9	13	100	0	50	4	16	0	80	0.87
2159777--2159816	17	2.4	17	86	0	53	32	2	2	62	1.22
2165977--2166020	21	2.1	21	82	0	52	13	2	61	22	1.43
2165983--2166056	21	3.5	21	83	3	78	13	4	59	22	1.51
2166162--2166269	39	2.8	39	85	0	144	17	2	60	19	1.48
2166244--2166296	15	3.5	15	84	0	52	13	1	66	18	1.34
2166331--2166376	21	2.2	21	84	0	56	17	10	67	4	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2166343--2166389	21	2.2	21	100	0	94	10	8	72	8	1.29
2175924--2175980	25	2.3	25	84	0	69	40	8	7	43	1.63
2185861--2185904	22	2.1	21	84	16	56	54	9	0	36	1.32
2186635--2186667	17	2.0	17	94	5	59	48	6	18	27	1.71
2192292--2192334	16	2.8	16	86	6	63	41	0	58	0	0.98
2192286--2192333	23	2.0	24	84	11	64	45	0	54	0	0.99
2194512--2194557	24	1.9	24	95	0	83	17	21	21	39	1.93
2196779--2196847	27	2.5	28	83	6	88	13	30	21	34	1.91
2218734--2218791	30	1.9	30	86	6	82	53	8	6	31	1.58
2221368--2221426	30	2.0	30	86	0	82	37	6	25	30	1.82
2221766--2221794	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
2221881--2221933	23	2.3	23	93	0	97	20	20	26	32	1.98
2222969--2223002	2	17.0	2	100	0	68	0	0	50	50	1.00
2224465--2224700	50	4.8	50	82	7	297	20	29	22	27	1.98
2224523--2224700	93	1.9	93	92	0	302	19	30	23	26	1.98
2225038--2225095	30	1.9	30	89	0	89	29	24	5	41	1.76
2228867--2228897	12	2.6	12	94	0	53	0	25	3	70	1.02
2229479--2229511	13	2.3	15	90	10	52	45	0	6	48	1.27
2230079--2230133	28	2.0	28	92	0	92	52	7	5	34	1.52
2230081--2230142	28	2.2	28	85	5	81	56	6	4	32	1.46
2242827--2242879	23	2.4	23	79	17	67	64	1	0	33	1.05
2253743--2253831	44	2.0	44	97	0	169	32	20	10	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2256394--2256433	14	2.9	14	84	0	53	40	10	7	42	1.67
2256359--2256425	34	1.9	35	84	3	91	44	7	8	38	1.64
2257006--2257049	16	2.8	16	79	3	54	45	9	18	27	1.79
2264786--2264815	16	1.9	15	93	6	51	46	10	6	36	1.64
2269729--2269769	21	2.0	21	95	0	73	31	2	0	65	1.05
2269941--2269971	7	4.6	7	96	4	55	58	0	0	41	0.98
2269919--2269971	21	2.5	20	79	14	52	58	1	1	37	1.20
2274197--2274322	28	4.5	28	82	4	155	31	11	26	30	1.92
2274995--2275123	47	2.8	46	82	8	131	27	11	17	43	1.83
2275048--2275151	23	4.5	23	73	11	95	28	16	15	39	1.89
2275033--2275128	47	2.0	47	88	4	140	29	14	14	41	1.85
2285274--2285421	74	2.0	74	94	0	260	22	19	14	43	1.88
2286524--2286579	23	2.4	23	79	5	60	7	12	30	50	1.67
2306936--2306994	24	2.5	24	82	0	73	10	57	1	30	1.42
2307083--2307175	36	2.6	36	82	0	105	13	48	20	17	1.81
2349054--2349091	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
2377356--2377395	20	2.0	20	100	0	80	45	25	15	15	1.84
2380116--2380211	48	2.0	48	100	0	192	43	16	8	31	1.78
2380357--2380404	19	2.7	18	78	9	53	39	6	0	54	1.26
2381315--2381341	8	3.4	8	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2381658--2381690	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
2394612--2394663	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2396577--2396628	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
2402303--2402386	42	2.0	42	100	0	168	30	7	35	26	1.83
2403389--2403542	53	2.8	55	82	8	179	22	20	11	46	1.81
2403995--2404056	32	1.9	33	87	9	92	58	3	4	33	1.36
2404619--2404678	32	1.9	32	86	6	88	31	3	3	61	1.28
2409207--2409241	18	1.9	18	88	0	52	22	42	5	28	1.76
2428362--2428388	13	2.1	13	100	0	54	22	14	22	40	1.90
2428733--2428772	20	2.0	20	100	0	80	65	10	10	15	1.48
2431816--2431854	16	2.4	16	91	8	62	38	0	0	61	0.96
2448841--2448868	10	2.8	10	100	0	56	0	57	0	42	0.99
2448841--2448873	12	3.0	11	87	12	50	0	60	0	39	0.97
2453050--2453079	9	3.2	9	90	9	51	43	0	13	43	1.43
2453050--2453089	19	2.1	19	85	0	53	40	0	12	47	1.41
2456714--2456748	18	1.9	18	88	0	52	25	0	0	74	0.82
2470599--2470624	11	2.4	11	100	0	52	38	0	7	53	1.30
2483586--2483637	21	2.5	21	83	0	68	25	7	36	30	1.84
2484542--2484576	10	3.6	10	88	7	54	77	0	0	22	0.78
2496528--2496581	23	2.6	19	75	18	54	42	0	1	55	1.10
2496520--2496573	11	4.6	12	76	17	51	40	0	0	59	0.98
2496536--2496587	21	2.3	23	80	12	63	42	0	1	55	1.10
2497108--2497145	19	2.1	19	85	5	51	65	0	0	34	0.93
2497626--2497673	23	2.0	24	88	4	71	45	0	2	52	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2514312--2514493	51	3.6	51	78	6	183	30	28	18	23	1.97
2514307--2514491	101	1.8	101	84	5	257	31	27	17	23	1.97
2533329--2533440	30	3.7	30	91	0	179	25	21	6	46	1.74
2533329--2533434	15	7.1	15	66	11	65	26	20	6	46	1.75
2537913--2537994	30	2.7	30	90	0	128	25	21	6	46	1.74
2537913--2537988	15	5.1	15	68	10	57	26	21	6	46	1.75
2544261--2544327	29	2.3	29	94	0	116	49	8	11	29	1.70
2551250--2551314	14	4.4	14	72	16	51	58	6	0	35	1.23
2551933--2552098	81	2.1	80	94	1	287	42	16	12	28	1.84
2555377--2555417	22	1.9	21	85	5	55	43	7	4	43	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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