genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  7  of  208  ( 24943 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2565417--2565509	18	5.2	18	90	0	150	27	24	16	31	1.96
2565417--2565509	36	2.6	36	96	0	168	27	24	16	31	1.96
2587511--2587744	72	3.3	71	89	3	346	55	15	5	23	1.61
2617653--2617850	41	4.8	40	84	9	215	26	25	20	27	1.99
2617653--2617850	82	2.4	80	85	6	238	26	25	20	27	1.99
2637538--2637574	18	2.1	18	100	0	74	16	10	5	67	1.38
2642674--2643500	413	2.0	413	100	0	1654	35	20	14	28	1.93
2645245--2645280	16	2.1	18	90	10	58	41	0	0	58	0.98
2680134--2680159	11	2.4	11	100	0	52	30	0	7	61	1.24
2682924--2682967	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
2682928--2682970	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
2684016--2684087	31	2.4	30	86	4	92	40	5	6	47	1.54
2684229--2684280	23	2.1	27	82	17	76	55	15	0	28	1.40
2696950--2696999	23	2.2	24	85	7	68	50	4	2	44	1.32
2697112--2697146	17	2.0	18	94	5	63	34	14	0	51	1.42
2697213--2697245	17	2.0	17	88	5	50	12	15	9	63	1.51
2703723--2703784	30	2.1	30	93	0	106	40	6	24	29	1.80
2717715--2717773	29	2.0	29	100	0	118	35	10	13	40	1.78
2722134--2722165	10	2.8	12	81	18	50	50	0	0	50	1.00
2738871--2738898	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
2743689--2743743	19	2.8	20	83	5	67	38	1	3	56	1.28
2743689--2743745	20	2.9	20	84	5	71	36	1	3	57	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2743706--2743752	20	2.3	20	81	0	67	38	0	4	57	1.18
2771017--2771065	25	2.0	25	84	8	64	53	0	6	40	1.26
2775033--2775158	63	2.0	63	100	0	252	34	11	28	25	1.90
2780507--2780549	16	2.6	17	82	14	54	55	0	4	39	1.20
2784350--2784411	26	2.4	26	97	0	115	40	6	0	53	1.27
2785034--2785105	19	3.2	23	65	31	64	41	15	0	43	1.46
2785019--2785107	45	2.0	45	100	0	178	40	15	0	43	1.47
2785113--2785162	15	3.1	15	85	8	64	42	0	14	44	1.44
2785131--2785168	18	2.1	18	90	0	58	47	0	13	39	1.42
2785403--2785462	27	2.3	26	88	2	93	46	0	8	45	1.33
2787880--2787917	16	2.3	17	81	9	51	65	5	0	28	1.14
2789894--2789943	15	3.3	15	85	0	73	18	38	8	36	1.80
2789894--2789973	15	5.3	15	77	5	72	18	37	5	38	1.73
2789900--2789964	24	2.7	24	83	4	69	18	36	4	40	1.71
2789891--2789973	30	2.8	30	83	3	96	18	37	4	39	1.72
2789923--2789989	30	2.2	30	81	0	80	22	37	2	37	1.70
2797486--2797546	30	2.0	30	90	0	95	37	6	31	24	1.81
2811609--2811784	89	2.0	89	89	0	271	42	14	6	36	1.72
2812112--2812156	21	2.0	23	83	8	58	40	4	2	53	1.33
2820202--2820255	20	2.6	21	74	8	58	31	7	1	59	1.36
2820794--2820858	30	2.2	28	84	12	87	60	1	1	36	1.16
2820809--2820888	30	2.7	29	82	9	90	53	2	1	42	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2824336--2824365	15	2.1	15	93	6	53	66	0	0	33	0.92
2824527--2824570	13	3.3	13	81	6	52	47	9	11	31	1.71
2824540--2824570	14	2.2	14	94	0	53	54	9	6	29	1.57
2827904--2828029	22	5.3	24	81	6	109	39	20	24	15	1.91
2827948--2828029	25	3.3	25	82	1	94	39	21	24	14	1.91
2829091--2829127	16	2.3	16	95	0	65	59	0	0	40	0.97
2829090--2829121	8	4.0	8	91	0	55	59	0	0	40	0.97
2830726--2830784	21	2.8	21	71	0	64	40	16	25	16	1.90
2830703--2830807	42	2.5	42	80	0	129	45	17	21	15	1.85
2834503--2834544	12	3.5	12	84	12	59	54	0	9	35	1.33
2838021--2838118	51	1.9	51	91	0	160	20	21	19	38	1.93
2839769--2839835	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
2859020--2859694	336	2.0	336	99	0	1341	35	15	15	33	1.90
2859984--2860027	23	2.0	22	83	12	56	25	0	2	72	0.96
2861428--2861489	26	2.3	26	73	10	63	46	0	0	53	1.00
2861439--2861494	26	2.3	25	81	9	71	44	0	0	55	0.99
2864836--2864908	23	3.2	23	82	1	94	24	17	34	23	1.96
2866368--2866409	20	2.1	20	95	0	75	42	9	11	35	1.74
2868685--2868933	50	4.8	50	84	4	275	20	29	24	26	1.99
2868684--2868933	100	2.4	104	87	6	348	20	29	24	26	1.99
2869028--2869059	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
2871393--2871457	30	2.2	30	88	5	96	26	3	9	61	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2874719--2874778	5	12.2	5	84	10	79	36	0	1	61	1.06
2891107--2891137	2	15.5	2	93	0	53	3	45	0	51	1.17
2898171--2898260	36	2.5	35	80	5	99	23	18	34	23	1.96
2898430--2898528	50	2.0	50	84	4	128	37	20	24	18	1.94
2899838--2899876	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
2900094--2900215	23	5.3	23	82	0	154	23	21	24	30	1.99
2900094--2900208	46	2.5	46	89	0	176	23	21	24	30	1.99
2932327--2932358	15	2.1	16	94	5	57	40	0	0	59	0.97
2935354--2935391	18	2.1	18	85	9	51	39	0	0	60	0.97
2935440--2935480	19	2.2	19	86	8	57	17	4	12	65	1.42
2937611--2937653	19	2.3	19	84	4	61	60	4	0	34	1.17
2941861--2941885	9	2.8	9	100	0	50	24	60	8	8	1.52
2953794--2953818	9	2.8	9	100	0	50	24	0	8	68	1.16
2956286--2956315	14	2.1	14	100	0	60	6	23	20	50	1.71
2956552--2956649	51	1.9	51	83	4	126	44	11	2	41	1.51
2956905--2956961	6	9.3	6	78	1	51	45	0	1	52	1.11
2956904--2956945	18	2.3	18	83	0	66	50	0	2	47	1.14
2957746--2957789	20	2.3	19	85	14	56	70	2	6	20	1.21
2957714--2957828	59	2.0	58	86	5	160	63	1	5	29	1.26
2957756--2957840	20	4.2	19	71	15	64	65	4	5	23	1.34
2958044--2958117	36	2.1	36	97	0	139	39	13	2	44	1.58
2958044--2958104	19	3.3	19	72	9	72	36	14	3	45	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2958172--2958224	18	2.8	18	78	16	54	43	0	0	56	0.99
2958182--2958222	18	2.3	18	87	8	57	43	0	0	56	0.99
2961096--2961156	26	2.3	26	78	13	63	37	3	3	55	1.32
2970206--2970270	15	4.4	15	82	1	69	27	15	4	52	1.62
2970212--2970268	15	3.9	15	83	2	71	29	15	1	52	1.53
2986612--2986636	5	5.0	5	100	0	50	40	0	20	40	1.52
2994525--2994564	19	2.0	21	85	9	57	60	0	7	32	1.25
3002664--3002699	10	3.5	10	92	3	54	41	2	0	55	1.14
3005213--3005261	21	2.3	21	85	0	62	44	4	10	40	1.57
3009126--3009171	14	3.3	14	87	0	74	39	0	4	56	1.19
3010067--3010108	12	3.6	12	87	6	50	38	0	7	54	1.28
3031833--3032132	148	2.0	148	99	0	591	41	22	9	27	1.84
3041650--3041735	42	2.0	42	91	4	138	38	16	29	16	1.90
3071707--3071735	7	4.1	7	100	0	58	0	17	82	0	0.66
3072591--3072651	31	2.0	31	96	0	113	37	8	8	45	1.64
3072965--3073013	19	2.7	18	78	12	55	44	0	2	53	1.12
3075104--3075194	25	3.6	25	90	0	146	38	18	23	19	1.93
3076419--3076444	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
3077159--3077202	21	2.1	21	82	0	52	36	25	0	38	1.56
3077172--3077204	11	3.1	11	86	8	50	33	36	0	30	1.58
3079478--3079511	18	1.9	18	88	5	52	38	0	5	55	1.24
3079482--3079537	27	2.1	27	83	3	69	37	3	3	55	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3080148--3080190	22	2.0	22	86	9	61	55	2	0	41	1.12
3086682--3086748	33	2.0	33	82	11	82	41	4	2	50	1.37
3105283--3105340	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
3105552--3105583	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
3105678--3105919	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
3105678--3105927	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
3107967--3108042	33	2.3	33	95	0	134	25	7	19	47	1.76
3115480--3115513	18	1.9	17	88	5	50	17	2	2	76	1.04
3117580--3117612	16	2.0	17	94	5	59	0	9	0	90	0.44
3117584--3117613	15	2.0	15	93	0	51	0	10	0	90	0.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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