genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

This is table  205  of  208  ( 24943 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63204736--63204791	29	1.9	29	92	0	94	33	19	5	41	1.74
63205938--63205999	3	20.7	3	100	0	124	33	0	0	66	0.92
63213375--63213415	21	2.0	21	81	18	50	31	19	26	21	1.97
63215123--63215308	72	2.6	72	89	3	241	27	19	20	31	1.97
63217098--63217318	72	3.1	71	92	3	329	27	20	21	30	1.98
63217154--63217267	36	3.2	36	62	9	88	25	21	20	32	1.98
63220121--63220456	166	2.0	165	96	1	620	39	15	13	31	1.86
63222896--63222934	18	2.1	18	85	4	51	25	5	5	64	1.35
63223096--63223131	16	2.2	16	90	5	54	44	2	0	52	1.15
63223322--63223354	17	1.9	17	93	0	57	24	3	12	60	1.46
63226477--63226605	50	2.4	52	85	10	156	37	18	11	31	1.87
63228154--63228314	86	1.9	86	90	0	259	34	11	18	36	1.87
63228159--63228344	86	2.2	86	86	0	257	34	10	17	37	1.83
63228964--63229023	21	3.0	20	80	7	59	33	6	5	55	1.48
63236931--63237096	89	1.9	87	81	7	201	37	6	17	39	1.74
63244751--63244870	59	2.0	59	100	0	240	29	25	18	26	1.98
63245847--63246205	72	5.0	72	88	2	517	27	19	21	31	1.97
63253126--63253152	12	2.2	12	100	0	54	25	59	7	7	1.51
63253430--63253730	150	2.0	150	100	0	602	42	16	11	29	1.83
63255916--63256108	87	2.2	88	85	3	255	37	22	8	31	1.85
63255961--63256137	87	2.0	89	85	4	243	38	20	10	30	1.86
63256213--63256245	11	3.1	11	86	4	50	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63256210--63256251	20	2.1	20	86	8	59	61	0	2	35	1.09
63256557--63256824	85	3.1	85	80	3	245	36	8	19	35	1.82
63257481--63257540	21	3.0	20	83	7	68	35	6	3	55	1.43
63262081--63262229	72	2.1	72	94	0	262	26	20	22	30	1.98
63264368--63264547	51	3.4	51	89	4	261	40	21	8	30	1.83
63269132--63269185	23	2.3	23	84	12	67	37	1	20	40	1.63
63269566--63269702	58	2.4	58	83	4	179	43	1	2	52	1.25
63269865--63269903	16	2.4	16	86	0	51	30	23	5	41	1.76
63271313--63271371	29	2.2	26	81	9	64	45	15	13	25	1.82
63276721--63276756	18	1.9	18	88	5	54	47	5	25	22	1.73
63279487--63279848	72	5.0	72	94	0	625	26	18	23	30	1.98
63281422--63281512	45	2.0	45	100	0	182	40	10	10	37	1.76
63286691--63286795	48	2.2	48	98	0	201	20	12	19	47	1.81
63291154--63291189	18	1.9	18	88	5	54	47	5	25	22	1.73
63293611--63293711	51	2.0	51	96	0	184	23	36	12	26	1.91
63294201--63294493	72	4.1	70	85	6	372	26	20	22	30	1.98
63294231--63294493	144	1.8	144	89	1	411	26	19	23	29	1.98
63294640--63294717	33	2.4	33	95	0	138	20	12	33	33	1.91
63296566--63296664	50	2.0	51	87	2	146	40	20	10	29	1.85
63296673--63296959	18	16.3	18	72	13	195	34	16	11	37	1.84
63296669--63296860	17	10.9	17	75	12	156	34	17	10	37	1.85
63296727--63297007	85	3.3	86	91	3	451	37	17	11	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63296936--63297038	49	2.1	49	92	0	170	41	19	11	27	1.86
63297026--63297050	6	4.2	6	100	0	50	52	16	16	16	1.76
63325330--63325846	262	2.0	261	91	0	836	34	17	14	33	1.90
63326201--63326236	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
63329870--63329983	36	3.2	36	61	22	85	27	21	19	31	1.97
63329455--63330035	72	8.1	72	95	0	984	27	20	22	30	1.98
63342024--63342053	13	2.3	13	94	0	51	63	10	0	26	1.26
63346040--63346070	15	2.1	15	100	0	62	12	6	45	35	1.68
63349966--63349991	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
63360851--63360891	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
63367330--63367550	72	3.1	72	91	0	352	27	19	24	28	1.99
63369482--63369524	11	4.0	11	84	6	61	20	46	4	27	1.71
63369481--63369523	21	2.0	21	90	4	68	20	46	2	30	1.63
63370055--63370147	18	5.2	18	90	0	141	29	25	15	30	1.95
63370061--63370147	36	2.4	36	98	0	165	29	25	13	31	1.94
63372999--63373041	11	4.0	11	84	6	61	20	46	4	27	1.71
63372998--63373040	21	2.0	21	90	4	68	20	46	2	30	1.63
63373528--63373643	56	2.1	57	88	4	173	41	19	9	29	1.83
63375640--63375743	29	3.7	27	76	13	95	60	0	0	37	1.10
63375663--63375803	10	15.1	10	67	12	61	60	2	2	34	1.23
63375693--63375744	20	2.7	19	82	8	70	63	0	1	34	1.06
63375663--63375744	9	8.9	9	70	16	53	62	0	1	36	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63375658--63375780	56	2.2	55	85	8	162	61	0	1	35	1.11
63376027--63376071	21	2.1	21	88	8	65	37	0	0	62	0.96
63376027--63376083	21	2.8	21	84	7	64	38	1	0	59	1.08
63376133--63376313	85	2.1	86	89	2	274	37	9	17	35	1.83
63376133--63376365	85	2.7	85	84	2	252	35	9	18	36	1.84
63376902--63376974	33	2.2	34	85	9	98	34	1	12	52	1.48
63377066--63377125	21	3.0	20	80	7	59	33	6	5	55	1.48
63383887--63384176	72	4.0	72	90	1	438	29	17	22	30	1.97
63385684--63385965	9	30.9	9	76	5	235	34	3	14	48	1.59
63385683--63385848	64	2.6	64	86	5	212	32	3	14	50	1.58
63385693--63385965	64	4.1	62	74	14	206	34	2	14	48	1.58
63386024--63386061	16	2.4	16	91	4	60	52	5	0	42	1.24
63386058--63386085	13	2.2	13	100	0	56	46	7	7	39	1.59
63386054--63386103	17	3.2	17	81	18	72	52	6	6	36	1.51
63387425--63387772	191	1.8	191	87	1	518	41	13	24	19	1.88
63388415--63388458	21	2.1	21	83	8	54	38	36	0	25	1.56
63388599--63388627	15	1.9	15	100	0	58	44	34	0	20	1.52
63388651--63388720	21	3.3	21	69	21	56	38	40	1	20	1.61
63389131--63390002	114	7.6	114	88	1	1214	24	20	21	33	1.97
63390210--63390234	13	1.9	13	100	0	50	44	8	0	48	1.32
63392707--63392814	50	2.2	50	84	3	137	37	19	12	30	1.89
63396149--63396204	23	2.4	23	82	8	78	33	1	23	41	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63396169--63396220	23	2.3	23	82	0	59	34	1	21	42	1.64
63396494--63396627	58	2.3	58	82	6	166	42	1	2	52	1.25
63396793--63396831	16	2.4	16	95	0	69	28	25	7	38	1.83
63399651--63399689	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
63402843--63402972	40	3.3	40	77	4	129	36	23	20	20	1.95
63409030--63409063	14	2.5	14	95	4	61	14	0	35	50	1.44
63409825--63410007	42	4.3	43	88	3	246	24	18	27	30	1.97
63409825--63410007	85	2.2	83	88	4	258	24	18	27	30	1.97
63413222--63413264	21	2.0	21	100	0	86	30	9	32	27	1.88
63413150--63413334	93	2.0	93	92	0	307	27	16	24	31	1.96
63413243--63413503	72	3.6	72	92	0	423	27	18	23	31	1.97
63420833--63420939	44	2.4	47	81	12	118	36	2	4	56	1.35
63420843--63420939	46	2.2	44	80	12	110	37	3	5	54	1.38
63423227--63423272	22	2.1	22	84	11	60	39	0	21	39	1.54
63426382--63426674	72	4.1	72	91	0	462	27	19	22	31	1.98
63430120--63430152	17	1.9	17	93	0	57	24	3	12	60	1.46
63430456--63430849	42	9.4	42	88	3	521	30	22	21	25	1.99
63430456--63430849	85	4.7	84	87	5	521	30	22	21	25	1.99
63431264--63431307	21	2.1	21	86	0	61	2	47	18	31	1.61
63436774--63437036	9	30.0	9	73	9	179	33	3	17	46	1.65
63436887--63437048	27	6.0	27	93	0	261	35	1	14	48	1.51
63437239--63437299	23	2.6	24	84	10	81	59	1	6	32	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63437263--63437328	34	2.1	31	82	17	84	54	3	9	33	1.47
63437275--63437478	34	5.8	33	77	15	203	52	2	8	36	1.47
63437265--63437536	68	3.6	75	84	11	364	52	2	8	36	1.45
63437335--63437501	34	4.9	34	78	1	192	54	2	7	35	1.42
63437488--63437513	12	2.2	12	100	0	52	53	0	15	30	1.42
63437265--63437540	145	1.9	141	87	7	378	53	2	8	35	1.46
63439389--63440182	261	3.0	261	93	1	1333	34	21	17	27	1.95
63440048--63440282	115	2.0	116	90	0	373	32	20	18	28	1.96
63440738--63440810	21	3.5	20	75	12	67	47	27	0	24	1.52
63440734--63440821	14	6.5	13	70	18	54	47	29	0	22	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208