genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13989446--13989503	17	3.2	17	79	16	55	48	0	27	24	1.51
13989853--13989889	9	4.1	9	85	0	56	27	10	16	45	1.80
13998823--13998925	3	34.0	3	85	1	71	33	9	2	54	1.48
14003592--14003847	72	3.6	72	99	0	503	42	24	6	27	1.78
14003848--14003885	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
14008104--14008359	72	3.6	72	98	0	494	42	23	6	27	1.78
14008360--14008391	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
14008645--14008701	28	2.0	28	100	0	114	33	17	3	45	1.65
14017521--14017550	15	2.0	15	100	0	60	6	20	13	60	1.55
14027668--14027697	15	2.0	15	100	0	60	26	13	13	46	1.80
14028757--14028811	20	2.8	20	77	0	56	30	3	0	65	1.10
14028813--14028849	15	2.5	15	90	0	56	29	5	2	62	1.31
14036986--14037012	14	1.9	14	100	0	54	29	22	11	37	1.89
14049175--14049215	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
14053134--14053176	22	2.0	22	86	9	61	55	0	11	32	1.36
14058850--14058913	27	2.4	27	100	0	128	17	10	21	50	1.77
14059088--14059132	22	2.0	22	86	0	63	51	13	13	22	1.75
14059700--14059813	11	11.3	10	72	21	71	57	0	0	41	1.04
14059699--14059801	10	9.9	11	75	18	89	57	0	0	41	1.05
14059699--14059850	40	3.7	41	81	14	163	59	0	1	37	1.13
14059744--14059790	14	3.0	16	79	11	53	57	0	2	40	1.11
14059720--14059841	52	2.4	51	85	8	158	59	0	2	37	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14059699--14059849	82	1.8	82	83	8	200	59	0	1	37	1.14
14061785--14061817	17	2.0	17	88	5	50	45	0	6	48	1.27
14065004--14065076	18	4.1	18	87	0	110	31	21	13	32	1.93
14065001--14065072	36	2.0	36	94	0	126	29	23	15	31	1.95
14088996--14089070	18	4.2	18	92	0	123	33	17	22	26	1.96
14092707--14092758	23	2.2	24	83	10	63	48	1	3	46	1.31
14097059--14097098	21	1.9	21	84	0	53	62	7	5	25	1.42
14098171--14098225	25	2.1	25	83	6	65	16	1	7	74	1.12
14103622--14103733	25	4.5	25	76	2	91	32	19	25	23	1.98
14103662--14103782	50	2.4	50	81	2	136	34	20	23	20	1.96
14105997--14106060	20	3.2	20	78	14	78	64	1	4	29	1.23
14105956--14106069	30	3.7	30	71	6	86	62	0	3	33	1.18
14105997--14106132	11	14.0	10	67	21	58	62	2	5	30	1.29
14106309--14106390	19	4.4	19	70	17	64	29	4	1	64	1.22
14106300--14106390	29	3.2	27	78	9	101	28	4	2	64	1.24
14106316--14106411	29	3.3	28	73	15	88	33	5	1	60	1.26
14108035--14108092	8	7.4	8	74	16	50	32	1	0	65	1.03
14108028--14108092	31	2.1	29	88	8	94	33	1	0	64	1.03
14108047--14108101	24	2.3	24	84	6	76	30	3	0	65	1.10
14112140--14112252	30	3.9	29	74	18	94	58	2	1	37	1.23
14112262--14112309	25	1.9	25	91	0	78	58	0	2	39	1.10
14112864--14112913	25	2.0	25	92	0	82	42	0	2	56	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14112921--14113001	37	2.2	36	85	8	103	35	2	1	60	1.18
14112986--14113045	22	2.9	21	80	14	70	36	3	0	60	1.14
14112986--14113045	23	2.8	22	78	14	63	36	3	0	60	1.14
14116185--14116225	16	2.6	16	78	17	50	41	14	4	39	1.67
14118963--14118995	17	2.0	17	88	5	50	66	9	3	21	1.33
14119399--14119446	13	3.7	13	78	10	53	54	2	6	37	1.38
14119544--14119572	6	4.8	6	100	0	58	68	31	0	0	0.89
14124929--14124977	26	1.9	25	87	4	71	71	4	0	24	1.03
14125166--14125226	20	3.1	19	79	6	68	27	1	4	65	1.22
14125193--14125234	20	2.0	21	86	4	59	30	0	0	69	0.89
14130381--14130419	18	2.2	18	86	9	53	56	2	2	38	1.27
14132065--14132106	16	2.6	17	82	17	54	50	0	0	50	1.00
14158440--14158484	20	2.3	20	84	3	56	55	0	2	42	1.12
14160421--14160447	12	2.2	12	100	0	54	40	0	0	59	0.98
14169170--14169227	28	2.1	28	100	0	116	36	17	13	32	1.89
14170788--14170819	16	1.9	17	93	6	57	62	3	3	31	1.26
14170937--14170978	17	2.5	17	92	0	66	54	2	0	42	1.13
14171861--14171967	11	10.4	11	68	24	56	58	0	3	37	1.16
14171834--14171984	39	3.7	40	85	7	189	60	1	2	35	1.19
14171893--14171956	30	2.1	29	83	11	76	60	0	3	35	1.12
14173664--14173807	70	2.0	71	93	5	247	21	15	18	44	1.87
14174382--14174416	16	2.1	17	89	5	54	34	2	0	62	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14175961--14176099	46	3.0	46	92	0	233	28	25	10	35	1.90
14177313--14177360	17	2.9	17	90	3	71	54	18	0	27	1.44
14177517--14177562	24	1.9	24	86	0	65	34	13	30	21	1.91
14177665--14177728	14	4.4	14	70	24	51	53	1	0	45	1.10
14177664--14177730	17	4.3	17	68	27	58	55	1	0	43	1.09
14193224--14193276	23	2.3	23	90	0	88	32	28	20	18	1.97
14195580--14195686	53	2.0	53	96	0	196	47	23	3	25	1.68
14202358--14202395	13	3.0	13	80	7	51	26	0	7	65	1.19
14202359--14202409	27	2.0	26	88	7	77	25	3	7	62	1.40
14202360--14202415	27	2.2	25	83	6	67	26	5	8	58	1.50
14213749--14213794	17	2.7	17	86	0	65	41	0	0	58	0.98
14213770--14213844	38	2.0	38	100	0	150	33	2	0	64	1.08
14213824--14213884	23	2.7	22	80	9	61	39	1	3	55	1.26
14220241--14220297	27	2.1	27	100	0	114	19	7	21	52	1.69
14234839--14234878	20	2.0	20	90	0	62	55	7	0	37	1.29
14238494--14238608	51	2.3	48	82	7	122	19	10	6	63	1.48
14238544--14238576	17	1.9	17	93	0	57	9	9	6	75	1.18
14238172--14238558	158	2.4	158	93	0	630	26	9	9	55	1.61
14239103--14239205	27	3.8	27	89	2	136	19	22	37	20	1.94
14239267--14239313	18	2.5	20	79	10	62	63	2	34	0	1.06
14239263--14239316	22	2.4	23	84	12	76	64	1	33	0	1.04
14242788--14242829	16	2.7	15	85	7	57	57	2	2	38	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14242849--14242930	38	2.2	38	81	0	92	42	3	7	46	1.49
14242865--14242945	38	2.2	37	95	2	144	39	2	3	54	1.32
14243139--14243557	19	22.2	19	67	22	160	54	11	0	32	1.42
14243139--14243422	27	11.1	26	74	18	242	53	11	1	33	1.44
14243086--14243422	49	6.7	49	83	8	385	53	13	0	32	1.45
14243264--14243557	41	7.1	41	69	24	165	55	12	0	32	1.40
14243299--14243327	8	3.6	8	100	0	58	62	13	0	24	1.32
14243250--14243412	57	3.0	57	82	8	189	55	11	0	31	1.40
14243204--14243418	107	2.0	106	94	0	376	55	11	0	32	1.42
14243215--14243555	107	3.2	109	80	13	302	55	12	0	32	1.41
14243315--14243521	83	2.4	85	81	14	223	54	12	0	32	1.42
14243587--14243618	7	4.6	7	96	0	55	56	0	0	43	0.99
14243971--14244034	18	3.5	18	69	14	51	53	0	0	46	1.00
14244078--14244145	28	2.5	28	74	11	70	22	13	10	54	1.68
14244437--14244485	2	24.5	2	100	0	98	48	51	0	0	1.00
14250128--14250187	21	2.8	21	75	14	59	60	1	1	36	1.17
14250138--14250189	21	2.4	21	87	9	70	57	1	1	38	1.21
14255167--14255219	21	2.5	21	87	0	70	33	35	5	24	1.79
14255629--14255676	25	2.0	24	87	4	69	52	2	2	43	1.24
14256696--14256723	7	4.0	7	100	0	56	28	14	42	14	1.84
14258324--14258362	19	2.1	18	85	9	51	53	7	2	35	1.43
14259214--14259285	34	2.1	35	97	2	137	29	30	11	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14267591--14267647	25	2.2	26	81	6	71	66	0	5	28	1.13
14268082--14268122	19	2.1	20	86	4	57	56	2	9	31	1.45
14285839--14285909	31	2.3	31	87	2	99	32	12	11	43	1.78
14288048--14288074	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
14296544--14296634	41	2.2	41	94	0	155	27	19	23	29	1.98
14305763--14305802	12	3.3	12	89	0	62	50	5	2	42	1.37
14320409--14320469	26	2.3	26	91	5	97	47	3	1	47	1.28
14322796--14322827	16	1.9	17	93	6	57	75	0	0	25	0.81
14323435--14323506	34	2.1	34	89	5	110	16	5	9	68	1.37
14346167--14346191	3	8.3	3	100	0	50	0	36	0	64	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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