genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5741589--5741642	17	3.2	17	73	21	51	40	0	5	53	1.24
5742164--5742192	13	2.2	13	100	0	58	34	13	0	51	1.42
5748143--5748184	21	2.0	21	85	0	57	54	21	9	14	1.68
5749837--5749913	35	2.3	35	82	8	88	37	14	20	27	1.91
5751530--5751560	13	2.4	13	94	0	53	32	0	12	54	1.38
5751655--5751895	50	4.7	50	88	4	313	26	23	30	19	1.98
5751655--5751903	100	2.4	103	88	6	371	26	22	30	20	1.99
5766250--5766300	19	2.7	19	79	11	52	56	15	0	27	1.39
5766911--5766975	30	2.3	29	80	15	73	49	6	10	33	1.63
5772574--5772613	18	2.3	18	86	4	64	60	0	5	35	1.19
5775066--5775158	46	2.0	46	87	4	134	38	10	22	27	1.87
5787064--5787141	41	1.9	41	84	10	106	30	21	19	28	1.97
5786855--5787404	225	2.5	218	88	7	782	30	21	21	26	1.98
5788948--5788974	14	1.9	14	100	0	54	29	0	0	70	0.88
5789032--5789078	18	2.3	21	79	13	55	36	10	2	51	1.49
5789104--5789170	26	2.6	26	81	15	77	29	7	1	61	1.32
5789104--5789171	24	2.7	26	76	21	72	29	7	1	61	1.32
5789172--5789206	13	2.7	13	91	8	54	31	0	5	62	1.18
5789592--5789628	12	3.0	13	84	7	51	21	0	8	70	1.13
5794776--5794822	20	2.2	22	77	11	53	65	8	8	17	1.44
5795425--5795464	18	2.2	18	86	8	55	65	2	0	32	1.06
5798461--5798492	3	10.7	3	93	0	55	3	62	0	34	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5801960--5802366	101	4.0	101	83	3	514	29	23	14	32	1.95
5804999--5805051	25	2.2	24	89	3	79	35	22	24	16	1.95
5805351--5805409	23	2.6	22	89	2	91	45	23	3	27	1.68
5805375--5805440	32	2.0	33	94	2	116	48	21	3	27	1.64
5807505--5807529	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
5819806--5819838	11	3.0	11	91	8	50	45	0	54	0	0.99
5820888--5821173	44	6.5	44	79	5	276	29	25	15	29	1.96
5821286--5821474	91	2.0	94	89	7	289	29	21	19	30	1.97
5821380--5821742	134	2.7	134	94	1	635	28	22	20	28	1.98
5821510--5822200	229	3.0	229	97	0	1301	28	22	20	27	1.99
5821647--5821837	95	2.0	95	96	0	355	27	21	20	29	1.98
5821741--5822166	46	9.4	45	63	15	119	29	23	19	27	1.98
5821873--5822066	95	2.0	95	94	0	343	28	22	19	29	1.98
5821182--5822243	363	2.9	354	87	5	1176	29	22	20	27	1.98
5821968--5822243	134	2.1	134	94	1	482	30	22	19	27	1.98
5822191--5822625	86	5.1	86	92	0	674	26	23	22	26	2.00
5822191--5822625	171	2.5	172	91	1	701	26	23	22	26	2.00
5824777--5824815	19	2.1	19	100	0	78	43	5	15	35	1.69
5826773--5826816	19	2.3	20	84	7	56	40	11	20	27	1.86
5829760--5829792	11	3.0	11	91	8	50	45	0	54	0	0.99
5850626--5850708	8	9.2	9	69	20	50	34	3	0	61	1.13
5858914--5859060	59	2.5	59	83	3	170	31	8	15	44	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5859006--5859293	82	3.6	79	90	4	452	32	8	10	47	1.68
5861360--5861384	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
5861545--5861575	15	2.0	16	93	6	55	38	6	9	45	1.63
5862297--5862411	52	2.2	52	90	0	185	34	20	9	34	1.86
5864644--5864679	3	12.0	3	100	0	72	66	0	33	0	0.92
5869738--5869767	11	2.6	11	94	5	51	36	3	0	60	1.14
5883105--5883138	18	1.9	18	88	5	52	76	0	2	20	0.92
5896950--5897020	29	2.4	30	83	9	83	59	8	5	26	1.49
5897938--5898006	27	2.5	27	86	6	95	40	10	1	47	1.46
5898007--5898037	10	3.0	10	90	9	53	90	9	0	0	0.46
5898008--5898038	11	2.8	11	100	0	62	93	6	0	0	0.35
5898067--5898118	27	1.9	27	92	7	88	28	26	30	13	1.94
5898173--5898334	38	4.4	38	81	9	169	66	0	32	1	1.00
5898175--5898275	10	10.5	10	71	16	70	64	0	33	1	1.05
5898164--5898336	72	2.4	72	79	10	176	65	0	33	1	1.00
5898853--5898886	13	2.7	13	90	4	52	76	0	5	17	0.98
5899015--5899066	19	2.7	19	82	8	61	26	0	7	65	1.20
5899073--5899098	13	2.0	13	100	0	52	76	0	0	23	0.78
5899105--5899171	28	2.4	29	90	7	104	43	10	1	44	1.47
5899172--5899205	17	2.0	17	88	11	52	82	5	5	5	0.95
5901502--5901529	14	2.0	14	100	0	56	35	14	0	50	1.43
5901801--5901832	12	2.8	12	95	4	57	68	18	0	12	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5901979--5902046	27	2.5	27	90	0	100	20	27	26	25	1.99
5902118--5902182	26	2.4	26	87	7	85	47	1	10	40	1.48
5904465--5904516	24	2.2	24	85	0	68	40	5	5	48	1.51
5907954--5908099	37	4.0	37	91	1	233	24	22	16	36	1.94
5908063--5908429	46	7.6	46	83	10	428	29	22	13	34	1.92
5908106--5908423	52	6.3	52	84	9	435	29	22	13	34	1.92
5908074--5908429	98	3.6	98	93	0	586	29	21	14	34	1.93
5911681--5911732	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
5933515--5933556	20	2.2	20	91	4	68	45	0	16	38	1.48
5933635--5933682	20	2.4	20	89	0	69	47	8	12	31	1.71
5933871--5934059	20	9.1	20	72	9	110	39	4	16	39	1.70
5933843--5934084	40	5.9	40	72	11	170	38	4	16	40	1.70
5933887--5934021	67	2.0	67	81	2	155	39	5	17	38	1.72
5933954--5934078	20	6.3	19	78	7	90	37	4	19	39	1.70
5934175--5934365	20	9.6	20	72	5	127	35	6	15	42	1.73
5934173--5934275	39	2.6	39	78	1	116	33	5	15	44	1.70
5934155--5934325	79	2.2	80	78	6	195	38	7	14	40	1.72
5934215--5934352	60	2.3	60	78	3	154	34	7	15	42	1.74
5934545--5934597	20	2.7	20	87	0	79	41	0	20	37	1.53
5934641--5934706	20	3.3	20	79	12	73	40	1	15	42	1.56
5934697--5934744	20	2.4	20	86	6	62	39	2	18	39	1.63
5934974--5935092	20	5.9	20	72	9	91	39	5	15	39	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5934978--5935110	60	2.2	61	82	6	164	40	5	14	39	1.68
5934974--5935110	20	6.8	20	72	8	82	40	5	14	40	1.68
5936689--5936731	21	2.0	21	82	8	52	39	13	46	0	1.44
5954790--5954829	20	2.0	20	85	0	53	25	10	15	50	1.74
5956037--5956070	11	3.1	11	100	0	68	44	8	11	35	1.72
5956938--5956971	16	2.1	16	94	0	59	52	0	35	11	1.38
5967611--5967662	24	2.2	24	89	0	77	25	42	1	30	1.66
5967631--5968532	382	2.4	382	91	1	1450	25	50	2	21	1.61
5967631--5968538	48	19.0	48	74	7	695	25	50	2	21	1.62
5967631--5968532	96	9.4	96	93	1	1402	25	50	2	21	1.61
5971285--5971331	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
5972980--5973124	24	5.9	24	65	14	73	29	46	4	19	1.70
5972986--5973114	48	2.7	48	85	2	170	27	47	5	19	1.71
5972986--5973124	27	5.6	26	69	18	100	29	46	5	19	1.71
5973030--5973187	75	2.1	74	82	4	183	27	48	3	20	1.65
5973099--5973235	48	2.9	48	82	0	157	23	50	2	24	1.60
5988813--5988879	25	2.7	25	86	4	91	34	16	28	20	1.95
5991749--5991773	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
5993334--5993438	41	2.6	41	77	8	124	24	17	26	31	1.97
5995827--5995874	19	2.6	17	81	15	60	37	0	0	62	0.95
5995830--5995863	7	4.7	7	85	7	50	38	0	0	61	0.96
5995827--5995893	5	14.2	5	76	17	63	34	0	4	61	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5995830--5995873	22	1.9	24	90	9	74	38	0	0	61	0.96
5995830--5995868	12	3.4	12	82	13	55	38	0	0	61	0.96
5995826--5995893	15	4.9	14	79	13	70	33	0	4	61	1.16
5996713--5996758	21	2.2	21	88	7	67	41	0	4	54	1.20
5997989--5998108	60	2.0	60	100	0	240	30	10	26	33	1.89
6000416--6000522	45	2.4	45	80	3	135	44	18	14	21	1.86
6000557--6000660	45	2.3	45	83	0	127	39	18	18	24	1.92
6000724--6000811	45	2.0	45	88	0	131	43	18	14	23	1.87
6001014--6001097	40	2.1	40	82	4	98	44	21	5	28	1.76
6004553--6004591	19	2.1	19	100	0	78	35	12	15	35	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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