genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  58  of  208  ( 24943 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22110395--22110446	23	2.2	23	82	3	59	46	1	3	48	1.31
22111264--22111769	252	2.0	252	98	0	985	28	17	22	31	1.96
22118670--22118709	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
22118658--22118723	35	1.9	34	84	6	89	46	10	7	34	1.67
22120309--22120362	20	2.7	20	73	23	58	27	5	3	62	1.34
22123887--22123918	11	2.9	11	95	0	55	78	0	15	6	0.95
22124046--22124073	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
22136550--22136676	65	2.0	65	91	0	209	43	11	12	32	1.79
22140808--22140841	16	2.1	17	88	5	52	29	2	2	64	1.22
22167778--22167804	14	1.9	14	100	0	54	7	22	22	48	1.75
22167988--22168017	12	2.5	12	94	0	51	23	6	13	56	1.60
22169574--22169598	13	1.9	13	100	0	50	44	16	16	24	1.86
22171225--22171346	23	5.3	23	86	0	181	21	21	26	31	1.98
22171227--22171346	46	2.6	46	93	0	204	20	21	26	30	1.98
22174296--22174434	46	3.0	46	85	4	174	28	25	9	37	1.87
22176564--22176626	25	2.5	25	87	5	83	30	22	26	20	1.98
22185866--22185899	18	1.9	17	94	5	59	52	0	0	47	1.00
22187638--22187670	16	2.2	15	89	10	50	39	3	0	57	1.14
22188673--22188736	27	2.4	27	94	0	110	31	23	29	15	1.95
22188741--22188906	19	8.3	19	72	18	124	30	0	13	55	1.43
22188744--22189001	101	2.5	101	91	4	399	30	0	12	56	1.40
22188883--22189161	88	3.3	87	88	8	446	30	0	12	56	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22188969--22189140	80	2.2	80	94	0	308	30	0	12	56	1.37
22189037--22189073	19	1.9	19	94	0	65	35	0	16	48	1.46
22189136--22189204	19	3.4	19	85	14	102	30	0	15	53	1.43
22189114--22189190	27	3.0	27	85	11	117	29	0	15	54	1.42
22189573--22189597	7	3.6	7	100	0	50	76	0	12	12	1.04
22192101--22192145	4	11.2	4	95	0	81	48	24	2	24	1.62
22195702--22195743	17	2.4	18	80	4	50	59	4	0	35	1.19
22196684--22196741	22	2.6	22	78	13	57	29	3	5	62	1.33
22198162--22198422	103	2.6	101	81	4	285	27	25	15	31	1.96
22198162--22198422	33	7.7	33	68	9	96	27	25	15	31	1.96
22200083--22200170	41	2.1	43	85	6	117	32	2	6	57	1.37
22200092--22200183	41	2.2	42	81	11	109	32	3	7	56	1.44
22218754--22218778	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
22227668--22227696	14	2.1	14	100	0	58	27	13	6	51	1.66
22227956--22228002	20	2.4	19	82	10	58	53	0	10	36	1.36
22227959--22228005	21	2.3	20	81	3	58	53	0	10	36	1.36
22229458--22229491	16	2.2	16	89	5	52	23	17	20	38	1.93
22231371--22231406	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
22231979--22232037	29	2.0	29	83	6	75	44	13	1	40	1.54
22232002--22232037	15	2.5	14	91	8	63	44	11	0	44	1.39
22231230--22232498	631	2.0	630	98	0	2466	35	14	12	37	1.84
22233106--22233140	18	1.9	18	100	0	70	22	11	40	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22235166--22235223	21	2.8	21	76	12	66	29	10	0	60	1.30
22235167--22235230	21	3.0	20	75	8	58	26	9	1	62	1.35
22250877--22250920	13	3.5	13	76	17	56	40	0	0	59	0.98
22259462--22259513	3	17.3	3	87	0	59	5	38	0	55	1.24
22274150--22274184	17	2.1	17	100	0	70	34	11	20	34	1.88
22277722--22277824	34	3.1	32	73	18	95	38	4	1	54	1.33
22277674--22277824	33	4.9	31	69	16	100	39	3	1	54	1.28
22278694--22278747	25	2.2	24	81	12	65	55	3	9	31	1.49
22283095--22283222	57	2.2	57	90	0	202	42	27	13	16	1.85
22286653--22286728	26	2.9	26	92	0	125	52	7	5	34	1.53
22289115--22289146	2	16.0	2	100	0	64	0	0	50	50	1.00
22296615--22296665	2	26.0	2	96	4	95	0	49	0	50	1.00
22300658--22300733	38	2.0	38	100	0	152	55	5	5	34	1.45
22302395--22302680	42	6.8	42	91	2	441	32	20	22	24	1.98
22302395--22302766	84	4.5	82	84	3	438	31	20	21	26	1.98
22302395--22302766	126	3.0	127	85	3	459	31	20	21	26	1.98
22302833--22302866	14	2.4	14	95	0	59	52	20	8	17	1.71
22303089--22303159	21	3.4	21	80	0	79	2	45	18	33	1.64
22308610--22308774	7	19.0	9	65	32	69	33	0	20	45	1.52
22308624--22309041	18	21.6	19	66	24	82	32	0	20	46	1.56
22308655--22309060	26	16.1	26	87	6	579	32	0	20	46	1.56
22308655--22309060	51	8.0	51	88	6	571	32	0	20	46	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22308830--22309056	19	12.5	19	67	23	100	32	0	19	46	1.56
22309097--22309246	73	2.1	73	100	0	300	41	6	1	50	1.37
22309128--22309240	35	3.1	35	67	16	104	38	7	1	52	1.41
22309393--22309463	13	5.5	13	86	0	106	50	2	7	39	1.44
22309392--22309463	26	2.8	26	100	0	144	50	2	6	40	1.44
22309468--22309511	17	2.6	17	100	0	88	36	0	15	47	1.46
22312807--22312857	23	2.2	24	82	10	61	43	3	0	52	1.19
22312822--22312857	16	2.3	17	86	13	51	41	2	0	55	1.14
22313591--22313992	114	3.5	113	78	8	386	27	21	18	31	1.97
22315332--22315381	22	2.3	23	79	10	59	20	16	6	58	1.59
22317274--22317310	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
22320586--22320622	14	2.7	14	88	12	51	59	0	2	37	1.12
22322805--22323037	38	6.0	38	83	12	296	40	12	18	28	1.87
22322805--22323037	74	3.0	75	80	16	303	40	12	18	28	1.87
22322769--22323080	120	2.6	120	92	2	504	38	12	19	28	1.89
22330273--22330379	42	2.5	42	80	5	110	20	24	14	40	1.90
22330348--22330408	21	2.9	21	75	0	50	16	26	16	40	1.89
22330300--22330408	42	2.6	43	85	4	132	16	23	16	43	1.87
22333458--22333566	42	2.6	42	86	1	137	14	24	18	42	1.88
22333397--22333549	21	7.3	21	68	7	69	17	24	17	39	1.91
22333495--22333560	21	3.1	21	77	0	69	15	22	21	40	1.90
22341897--22341929	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22342051--22342115	30	2.2	30	91	0	103	56	13	3	26	1.52
22343358--22343405	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
22343354--22343405	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
22343353--22343409	24	2.4	24	79	5	71	64	1	3	29	1.20
22343518--22343571	23	2.5	22	75	13	60	57	5	5	31	1.45
22343534--22343619	25	3.7	24	79	10	81	55	5	6	31	1.50
22343641--22343774	25	5.6	25	71	11	93	58	2	3	35	1.28
22343608--22343699	29	3.3	28	69	14	66	59	2	5	32	1.32
22344255--22344399	30	4.8	30	88	1	186	20	4	48	27	1.67
22345460--22345494	14	2.5	14	95	0	61	60	8	14	17	1.58
22345387--22345550	89	1.9	87	87	5	240	34	21	17	26	1.95
22345514--22345712	73	2.8	71	83	3	256	33	20	14	32	1.92
22345711--22346775	74	13.9	73	73	12	681	33	21	17	27	1.96
22345474--22348224	224	12.1	218	78	13	1985	34	21	16	28	1.95
22346160--22346188	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
22346077--22346244	92	1.8	91	87	3	248	35	19	16	28	1.93
22346318--22346352	14	2.5	14	90	0	61	60	5	17	17	1.55
22346249--22346425	89	2.0	88	87	4	257	36	19	18	25	1.94
22345112--22348224	627	5.1	620	80	13	2845	34	21	16	28	1.95
22346786--22346814	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
22346704--22346888	91	2.1	88	86	7	257	37	18	17	26	1.93
22346794--22347032	73	3.3	73	91	4	367	34	20	17	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22347016--22347047	14	2.3	14	94	0	55	65	9	12	12	1.47
22346942--22347102	87	1.9	85	85	5	225	35	21	16	26	1.94
22346168--22348220	233	9.1	227	80	12	1771	34	20	16	28	1.95
22346869--22347194	160	2.0	159	86	4	451	34	21	16	27	1.95
22347067--22347267	73	2.8	72	84	3	251	32	21	13	31	1.93
22347259--22347400	72	2.0	73	88	1	214	40	23	14	21	1.90
22347552--22348206	76	8.5	75	79	12	636	32	20	16	31	1.94
22347558--22348220	148	4.3	147	81	11	760	33	19	15	30	1.94
22348224--22348398	70	2.5	70	85	2	219	33	22	14	29	1.94
22356140--22356175	19	1.9	18	88	5	54	63	8	2	25	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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