genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

This is table  54  of  208  ( 24943 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21017214--21017252	20	2.0	19	85	14	53	43	2	0	53	1.14
21018584--21018662	34	2.3	34	97	0	149	35	17	21	25	1.95
21024615--21024659	20	2.2	20	100	0	90	31	24	11	33	1.90
21029194--21029251	9	6.4	9	89	0	89	24	6	22	46	1.76
21029194--21029252	18	3.3	18	90	0	100	23	6	22	47	1.75
21032761--21032799	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
21033017--21033114	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
21033019--21033107	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
21055057--21055161	47	2.2	48	84	6	133	57	4	6	31	1.46
21055422--21055461	3	13.3	3	84	10	55	67	0	0	32	0.91
21055424--21055475	12	4.1	12	81	16	52	69	1	0	28	0.99
21055682--21055720	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
21055878--21055935	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
21055891--21055969	21	3.8	19	80	12	77	39	16	7	36	1.77
21055925--21055968	21	2.1	21	100	0	88	38	13	9	38	1.77
21059938--21059968	6	5.2	6	100	0	62	19	0	0	80	0.71
21060058--21060094	16	2.3	17	86	13	60	62	0	0	37	0.96
21061479--21061530	9	5.8	9	95	0	86	23	9	28	38	1.86
21061691--21061715	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
21063923--21063965	20	2.1	21	91	4	70	53	4	32	9	1.53
21075208--21075234	14	1.9	14	100	0	54	22	14	18	44	1.86
21079817--21079860	11	4.2	11	82	11	56	20	4	27	47	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21079830--21079913	9	9.2	9	83	7	89	22	9	28	39	1.85
21079822--21079904	20	4.4	20	81	7	86	22	8	27	40	1.83
21083847--21083893	19	2.6	18	82	3	58	23	8	0	68	1.17
21084335--21084367	8	4.1	8	96	0	57	87	9	0	3	0.63
21085129--21085544	217	1.9	214	89	2	645	36	17	15	29	1.92
21085129--21085547	109	3.9	109	90	2	641	36	17	15	29	1.92
21085600--21085630	15	2.1	15	93	0	53	64	6	9	19	1.45
21106598--21106635	19	2.0	19	85	10	51	44	13	0	42	1.43
21130576--21130663	36	2.5	35	81	7	106	63	2	4	29	1.26
21130887--21130919	12	3.0	11	87	12	50	45	0	0	54	0.99
21130898--21130997	28	3.4	29	82	10	107	37	2	0	61	1.08
21130883--21131021	19	7.2	19	70	14	54	33	2	0	63	1.12
21143973--21144019	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
21146689--21147050	46	8.6	45	81	14	386	35	14	21	28	1.92
21146725--21146915	36	5.0	36	83	12	238	37	13	20	28	1.90
21146689--21147007	82	3.9	82	80	15	388	36	13	21	29	1.91
21146730--21146961	118	2.0	118	95	0	419	37	12	20	29	1.90
21154213--21154255	17	2.5	17	81	7	52	41	16	0	41	1.48
21155630--21155696	29	2.3	30	84	7	84	32	19	20	26	1.97
21159087--21159216	37	3.3	40	77	7	131	34	22	15	27	1.94
21159077--21159217	40	3.6	40	76	8	128	33	22	15	28	1.95
21159346--21159370	11	2.3	11	100	0	50	56	8	0	36	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21159542--21159599	9	6.4	9	81	0	71	39	20	12	27	1.88
21159550--21159599	18	2.8	18	90	0	82	38	22	14	26	1.91
21159542--21159599	27	2.1	27	90	0	89	39	20	12	27	1.88
21159762--21159791	12	2.5	12	94	0	51	33	0	0	66	0.92
21159804--21159847	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
21160864--21160931	12	6.0	12	72	19	65	54	2	1	41	1.24
21170567--21170600	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
21175207--21175240	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
21180412--21180441	14	2.1	14	93	0	51	50	20	0	30	1.49
21186831--21186865	17	2.1	17	94	0	61	34	14	17	34	1.90
21190938--21190971	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
21195577--21195610	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
21198219--21198244	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
21203386--21203432	18	2.5	20	86	10	71	65	2	29	2	1.15
21203382--21203435	22	2.4	22	79	17	58	68	1	27	1	1.10
21204968--21205011	21	2.1	21	100	0	88	34	13	34	18	1.90
21205127--21205176	6	8.3	6	84	0	64	0	32	38	30	1.58
21206872--21206953	38	2.2	38	95	0	146	40	2	3	53	1.32
21207162--21207474	97	3.2	94	96	0	482	56	12	0	30	1.40
21207101--21207474	27	15.0	27	73	19	305	54	13	0	30	1.43
21207181--21207225	22	2.1	21	91	4	72	60	13	0	26	1.34
21207157--21207478	146	2.2	146	90	1	520	55	12	0	31	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21207157--21207478	49	6.6	49	90	1	522	55	12	0	31	1.40
21207375--21207610	20	11.1	20	74	17	124	55	13	0	31	1.38
21207372--21207611	82	2.8	84	73	16	226	55	13	0	31	1.39
21207980--21208005	13	2.0	13	100	0	52	15	23	15	46	1.83
21208005--21208030	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
21210063--21210087	6	4.2	6	100	0	50	52	0	32	16	1.44
21210440--21210552	53	2.1	54	96	3	219	28	10	12	48	1.74
21212648--21212677	15	2.0	15	100	0	60	20	26	20	33	1.97
21212538--21212827	144	2.0	144	99	0	571	21	15	22	40	1.90
21212792--21212821	15	2.0	15	100	0	60	20	26	20	33	1.97
21215160--21215226	34	1.9	35	90	3	109	32	7	11	47	1.68
21215216--21215294	33	2.4	32	85	4	104	26	10	17	45	1.80
21215304--21215355	18	2.7	20	74	17	56	36	3	0	59	1.16
21216677--21216703	14	1.9	14	100	0	54	29	22	18	29	1.97
21217195--21217255	31	2.0	31	87	12	90	57	0	1	40	1.08
21217216--21217296	40	2.0	40	95	0	144	62	0	3	33	1.12
21217605--21217629	11	2.3	11	100	0	50	64	16	0	20	1.30
21220345--21220437	46	2.0	46	100	0	186	17	19	20	43	1.89
21221127--21221165	4	9.8	4	100	0	78	25	0	23	51	1.49
21221465--21221501	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
21230091--21230154	22	3.0	22	76	13	62	28	1	25	45	1.63
21231325--21231471	39	3.8	39	78	4	138	29	20	17	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21231320--21231496	77	2.3	77	78	3	176	31	19	16	32	1.94
21233547--21233584	18	2.1	18	85	9	51	39	0	2	57	1.12
21239132--21239205	37	2.0	37	91	0	121	48	14	16	20	1.81
21248065--21248114	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
21252704--21252753	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
21255645--21255889	46	5.6	45	74	12	204	26	22	20	30	1.98
21255641--21255852	44	4.9	42	73	11	135	27	22	19	30	1.98
21255641--21255863	87	2.6	87	72	11	206	27	22	18	30	1.97
21262206--21262233	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21262291--21262343	16	3.3	16	94	0	97	39	5	33	20	1.76
21262323--21262419	44	2.2	44	88	5	142	30	5	29	34	1.79
21262573--21262607	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21262670--21262721	14	3.6	14	75	14	52	53	0	1	44	1.11
21262567--21262787	117	1.9	120	89	5	351	50	4	2	42	1.36
21265413--21265505	46	2.0	46	95	0	168	40	20	12	25	1.88
21269355--21269448	46	2.0	46	91	0	152	30	26	7	35	1.84
21273510--21273551	14	3.0	14	76	13	50	40	9	11	38	1.75
21273520--21273586	34	1.9	35	90	3	109	32	8	11	46	1.72
21287093--21287122	11	2.7	11	94	0	51	70	3	0	26	1.03
21296714--21296738	12	2.1	12	100	0	50	28	0	8	64	1.22
21296761--21296955	103	1.9	105	89	6	306	33	0	12	53	1.39
21296898--21297156	102	2.6	96	79	13	296	32	1	13	52	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21296983--21297200	102	2.1	105	88	5	318	31	0	12	55	1.41
21297072--21297106	15	2.2	17	90	10	56	40	0	0	60	0.97
21297177--21297212	17	2.2	16	90	9	56	33	0	5	61	1.19
21306434--21306508	38	2.0	38	86	0	105	24	20	24	32	1.98
21314228--21314255	7	4.0	7	100	0	56	0	42	14	42	1.45
21314406--21314438	16	2.1	16	94	0	57	33	0	27	39	1.57
21314655--21314945	120	2.4	121	91	4	482	48	5	3	43	1.41
21314776--21314827	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
21314692--21314879	61	3.1	61	67	17	183	47	6	2	43	1.42
21314993--21315040	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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