genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14793508--14793542	4	8.8	4	87	12	54	0	25	0	74	0.82
14802938--14802997	29	2.0	29	83	6	75	51	16	10	21	1.73
14806070--14806220	41	3.7	41	83	3	198	20	21	25	33	1.97
14806995--14807335	23	14.8	23	69	11	180	26	8	20	43	1.80
14807042--14807220	22	7.9	22	71	9	101	24	10	21	44	1.82
14806995--14807352	69	5.2	68	90	2	538	26	8	20	44	1.81
14807020--14807228	45	4.6	46	73	8	167	24	9	21	44	1.81
14809150--14809261	25	4.6	25	85	6	142	18	25	17	38	1.93
14818371--14819028	326	2.0	326	93	1	1131	26	23	19	30	1.98
14819615--14819880	84	3.2	84	92	1	435	24	26	17	31	1.97
14820608--14820668	17	3.4	17	70	12	59	50	14	3	31	1.59
14820599--14820694	37	2.6	36	91	6	149	48	14	5	31	1.66
14820816--14820897	38	2.3	33	84	14	94	18	2	26	52	1.58
14820806--14820903	39	2.5	39	96	1	180	19	3	25	52	1.61
14820925--14820959	17	2.1	17	100	0	70	34	0	0	65	0.93
14825063--14825164	51	2.0	51	92	0	168	29	21	17	31	1.96
14826735--14826773	17	2.3	17	100	0	78	33	12	5	48	1.63
14828435--14828662	103	2.2	103	88	2	325	29	29	21	19	1.97
14828600--14828705	43	2.5	43	98	0	203	33	29	15	22	1.94
14830229--14830290	21	3.0	21	87	0	88	19	35	9	35	1.85
14832515--14832568	21	2.7	20	82	5	63	25	18	18	37	1.94
14832521--14832610	42	2.2	42	82	6	103	24	21	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14832538--14832618	42	1.9	42	87	5	119	22	22	14	40	1.90
14832671--14832709	20	2.1	18	85	9	51	66	2	17	12	1.35
14833115--14833160	11	4.0	11	78	10	56	34	0	4	60	1.16
14837294--14837443	42	3.6	42	80	3	158	17	22	16	43	1.88
14838244--14838278	12	2.9	12	95	0	61	28	34	20	17	1.95
14838484--14838546	17	3.5	17	69	12	54	49	12	3	34	1.57
14838478--14838549	37	1.9	37	94	0	126	47	15	2	34	1.60
14838679--14838775	39	2.5	39	93	1	160	21	4	23	50	1.66
14839836--14839890	21	2.6	21	88	0	74	16	25	14	43	1.86
14839843--14839893	21	2.4	21	90	0	75	15	25	13	45	1.83
14839843--14839902	21	2.9	21	84	0	57	18	25	13	43	1.86
14844175--14844238	29	2.2	29	83	8	76	50	1	12	35	1.50
14855812--14856164	176	2.0	175	86	5	487	16	33	17	32	1.92
14856163--14856187	12	2.1	12	100	0	50	32	16	12	40	1.84
14861117--14861179	29	2.2	29	83	13	85	33	1	0	65	1.03
14861108--14861254	38	3.7	39	81	9	156	34	1	0	63	1.08
14861125--14861195	29	2.5	28	86	9	90	36	2	0	60	1.11
14861193--14861262	32	2.2	33	79	7	81	34	0	1	64	1.03
14869640--14869703	32	2.0	32	96	0	119	26	12	42	18	1.86
14878452--14878488	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
14878702--14878762	30	2.0	31	84	9	81	21	36	0	42	1.53
14891201--14891236	18	2.0	18	94	0	63	25	33	0	41	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14906776--14906867	48	1.9	47	88	2	139	45	17	25	11	1.82
14908220--14908453	48	5.1	48	67	10	200	31	20	24	23	1.98
14908186--14908828	91	7.2	90	90	3	727	31	19	24	25	1.98
14908247--14908740	44	11.0	45	66	13	175	31	19	23	25	1.98
14908551--14908800	45	5.6	44	71	9	202	30	19	24	26	1.98
14909049--14909136	44	2.0	45	86	2	124	29	13	26	30	1.94
14921317--14921513	105	1.9	105	87	2	288	32	17	24	24	1.96
14922009--14922069	18	3.3	18	65	17	52	50	3	14	31	1.59
14921999--14922074	38	2.0	38	100	0	152	50	2	15	31	1.58
14923296--14923339	22	2.0	22	86	0	61	63	2	4	29	1.26
14930254--14930288	17	2.1	17	94	0	61	42	11	14	31	1.81
14931529--14931615	3	28.3	3	76	13	79	28	3	3	64	1.26
14933090--14933191	40	2.5	40	85	0	132	28	22	18	30	1.97
14936729--14936770	4	10.5	4	100	0	84	26	0	23	50	1.50
14936983--14937055	38	1.9	38	86	5	103	10	16	34	38	1.84
14937250--14937325	22	3.2	22	63	22	55	51	3	15	28	1.62
14937246--14937345	49	2.0	49	100	0	200	51	4	14	31	1.60
14938696--14938736	21	2.0	21	85	9	57	39	0	14	46	1.45
14939187--14939245	25	2.3	26	91	2	93	13	25	22	38	1.90
14939284--14939335	24	2.2	24	92	0	86	19	25	17	38	1.93
14941811--14941948	45	3.0	44	81	7	168	38	10	22	28	1.88
14946631--14946714	21	3.9	23	80	12	106	36	25	21	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14946631--14946714	44	2.0	41	86	6	114	36	25	21	16	1.94
14947374--14947441	5	13.6	5	75	17	61	38	0	4	57	1.19
14947451--14947496	15	3.0	15	87	3	65	71	2	23	2	1.08
14948570--14948651	24	3.5	24	91	5	125	14	21	21	41	1.89
14954606--14954748	71	2.0	71	95	0	259	31	18	20	29	1.96
14955127--14955284	45	3.6	44	75	11	144	32	18	24	24	1.97
14955330--14955848	44	11.8	44	71	10	317	28	17	24	28	1.98
14955262--14955930	132	5.1	132	94	0	1151	28	18	24	28	1.98
14961151--14961202	16	3.4	16	84	7	72	69	0	17	13	1.19
14961148--14961189	8	5.2	8	94	0	75	73	0	14	11	1.09
14962334--14962479	45	3.3	43	75	4	123	27	21	23	27	1.99
14962513--14962899	44	8.8	44	69	11	204	28	18	24	28	1.98
14962445--14962982	132	4.1	132	92	0	853	28	18	24	28	1.98
14962476--14962919	44	10.1	45	64	15	135	28	19	23	29	1.98
14979887--14979928	19	2.1	19	86	8	57	0	16	9	73	1.08
14981964--14982022	30	2.0	30	83	6	75	44	6	10	38	1.65
14982147--14982172	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
14982221--14982254	13	2.6	13	85	0	50	17	20	35	26	1.95
14982429--14982516	29	3.0	30	80	6	99	30	21	6	40	1.79
14982908--14982968	13	4.7	12	77	16	59	81	6	9	1	0.92
14982908--14982969	14	4.5	14	78	11	65	80	8	9	1	0.97
14983240--14983290	25	2.1	25	89	10	79	76	1	21	0	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14983938--14983962	13	1.9	13	100	0	50	12	24	8	56	1.62
14984824--14985427	44	13.7	45	65	12	142	29	18	24	27	1.98
14984762--14985507	132	5.7	132	92	0	1197	29	18	24	28	1.98
14986973--14987012	15	2.8	15	88	7	57	12	12	10	65	1.49
14988348--14988392	19	2.5	17	86	10	63	35	13	8	42	1.75
14988352--14988449	19	5.3	18	70	20	60	38	10	10	40	1.73
14988348--14988393	18	2.5	19	89	6	69	36	13	8	41	1.75
14996704--14996762	28	2.1	27	81	9	66	35	10	10	44	1.72
15000583--15000613	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
15019335--15019373	17	2.2	18	86	13	55	56	0	0	43	0.99
15026429--15026462	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
15031068--15031101	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
15039507--15039567	13	4.7	13	93	0	104	40	26	8	24	1.83
15041989--15042032	22	2.0	23	86	4	63	34	0	0	65	0.93
15042591--15042640	18	2.6	19	87	6	66	32	0	2	66	1.03
15043867--15043998	25	5.5	24	83	10	139	39	18	22	19	1.92
15044859--15044915	26	2.1	27	84	9	73	1	26	3	68	1.15
15077180--15077239	30	2.0	30	100	0	120	23	13	20	43	1.86
15082539--15082580	15	2.5	17	85	14	61	38	4	0	57	1.20
15083236--15083396	60	2.6	59	82	5	180	32	0	11	55	1.40
15083253--15083396	60	2.4	60	88	4	209	33	0	10	55	1.39
15083509--15083547	16	2.4	16	91	0	69	33	2	5	58	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15083961--15084065	50	2.1	50	83	0	129	47	13	8	30	1.72
15093090--15093163	32	2.3	32	95	0	130	37	14	14	32	1.87
15093105--15093176	32	2.2	32	85	4	92	44	11	12	31	1.77
15115526--15115569	18	2.4	18	84	3	52	56	2	2	38	1.24
15123463--15123492	6	5.0	6	95	0	51	20	0	63	16	1.31
15123907--15123946	18	2.2	18	86	0	53	25	2	2	70	1.13
15127273--15127308	5	7.0	5	93	3	54	5	0	19	75	1.00
15131375--15131435	29	2.1	29	96	0	113	49	13	14	22	1.78
15136636--15136681	24	1.9	24	90	0	74	47	0	2	50	1.13
15144907--15144932	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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