genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  53  of  208  ( 24943 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20625679--20625721	23	1.9	22	95	4	77	62	0	0	37	0.95
20627967--20627994	6	4.7	6	100	0	56	35	32	0	32	1.58
20643624--20643667	20	2.2	20	88	8	63	20	11	15	52	1.74
20656383--20656517	40	3.3	40	78	10	141	32	28	14	24	1.94
20674212--20674255	20	2.2	20	88	8	63	20	11	15	52	1.74
20687182--20687365	40	4.5	40	79	6	174	34	28	14	22	1.93
20691574--20691610	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
20691828--20691910	17	5.0	17	72	16	59	48	1	0	50	1.08
20691845--20691910	22	2.9	22	84	13	73	46	1	0	51	1.10
20691845--20691894	11	4.4	11	85	9	73	46	2	0	52	1.12
20691845--20691910	35	1.9	33	88	11	98	46	1	0	51	1.10
20694410--20694477	37	1.9	37	88	8	106	55	0	1	42	1.08
20694434--20694490	28	2.0	29	83	10	73	52	0	0	47	1.00
20694434--20694490	30	1.9	30	86	10	82	52	0	0	47	1.00
20696592--20696633	18	2.3	18	87	0	66	28	0	47	23	1.52
20698392--20698439	20	2.4	20	86	10	71	6	2	8	83	0.88
20698375--20698438	31	2.0	32	84	3	85	10	1	9	78	1.04
20698440--20698506	27	2.5	27	90	2	109	46	0	8	44	1.35
20698539--20698590	19	2.7	19	84	0	59	65	7	1	25	1.30
20699293--20699442	10	15.1	10	63	21	57	0	32	0	66	1.01
20699294--20699443	18	7.4	21	71	17	88	0	32	0	66	1.02
20699360--20699439	34	2.8	28	73	24	76	0	32	1	66	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20699318--20699408	38	2.4	38	94	0	164	1	35	0	63	1.02
20699400--20699442	22	1.9	23	85	4	61	0	30	2	67	1.03
20699362--20699443	28	2.7	30	73	19	80	0	32	1	65	1.00
20699572--20699607	18	1.9	18	88	5	54	2	2	8	86	0.77
20702431--20702514	31	2.7	31	88	0	123	19	15	10	54	1.69
20706902--20706939	18	2.1	19	85	5	51	10	13	0	76	1.02
20707949--20707991	5	8.4	5	97	2	77	2	0	37	60	1.10
20711444--20711478	18	1.9	18	88	11	54	74	0	0	25	0.82
20719125--20719161	2	18.5	2	89	10	58	48	0	2	48	1.15
20735236--20735275	19	2.1	19	86	9	55	70	0	2	27	1.01
20735246--20735311	27	2.5	26	82	9	71	65	1	3	30	1.17
20735269--20735324	27	2.0	28	83	10	71	62	5	1	30	1.28
20743119--20743154	15	2.3	16	90	4	56	50	0	0	50	1.00
20743425--20743494	36	1.9	36	88	0	104	45	2	12	38	1.57
20748900--20748946	20	2.5	20	89	6	71	63	0	6	29	1.19
20748969--20749005	18	2.1	18	89	0	56	70	2	0	27	1.01
20749049--20749075	10	2.7	10	100	0	54	66	0	0	33	0.92
20752257--20752310	22	2.5	22	82	11	67	68	3	3	24	1.22
20752258--20752300	20	2.2	19	84	16	52	67	2	4	25	1.22
20756339--20756397	29	2.0	29	86	0	82	42	11	25	20	1.86
20758914--20758994	38	2.1	38	81	4	92	17	2	16	64	1.40
20772810--20773176	46	7.6	49	85	10	449	34	13	22	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20772810--20773165	98	3.6	98	95	0	604	34	13	21	29	1.92
20773140--20773285	37	4.0	37	91	1	233	36	16	22	24	1.94
20793228--20793717	112	4.4	112	76	12	380	28	17	19	34	1.95
20793395--20793753	112	3.2	110	82	9	358	28	16	19	35	1.93
20793459--20793732	111	2.5	111	83	6	362	28	17	18	35	1.94
20793863--20794067	107	1.9	107	87	4	297	38	21	17	22	1.93
20793817--20794076	107	2.5	106	77	5	294	34	21	17	26	1.95
20796235--20796363	66	2.0	66	93	0	222	36	6	30	26	1.83
20804017--20804069	22	2.3	23	84	9	65	41	1	1	54	1.22
20806960--20807013	26	2.1	26	82	6	65	40	0	3	55	1.17
20807197--20807237	22	1.9	21	90	5	64	53	7	0	39	1.29
20843297--20843359	31	2.0	31	100	0	126	47	11	6	34	1.64
20845739--20845765	13	2.1	13	100	0	54	14	11	37	37	1.82
20848100--20848147	24	2.0	26	84	12	66	31	4	6	58	1.42
20854561--20854733	53	3.3	53	92	1	276	39	7	12	40	1.71
20854981--20855111	46	2.9	45	87	7	194	31	4	22	41	1.74
20856973--20857056	33	2.5	33	75	7	80	28	17	16	36	1.92
20857537--20857591	27	2.0	27	100	0	110	41	18	7	32	1.78
20857526--20857590	27	2.2	30	81	18	100	43	15	6	35	1.72
20859987--20860094	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
20860972--20861006	9	3.9	9	84	0	52	2	17	0	80	0.84
20860972--20861011	18	2.2	19	90	4	64	2	15	2	80	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20861015--20861087	5	14.6	5	76	20	64	54	4	1	39	1.28
20861016--20861058	19	2.3	19	92	8	70	55	0	2	41	1.12
20861022--20861086	24	2.7	24	80	9	69	56	4	1	36	1.29
20876422--20876473	27	1.9	26	81	14	61	40	7	17	34	1.78
20882766--20882817	21	2.5	21	87	0	68	23	7	36	32	1.83
20883178--20883222	17	2.6	17	78	0	63	51	0	0	48	1.00
20884718--20884759	20	2.0	21	90	4	68	16	7	14	61	1.53
20885436--20885481	23	2.1	21	92	8	74	47	0	2	50	1.13
20885438--20885480	18	2.4	18	80	7	52	44	0	2	53	1.13
20885981--20886042	32	2.0	32	96	3	117	37	3	0	59	1.13
20892043--20892105	30	2.1	30	93	0	108	22	3	15	58	1.51
20892155--20892221	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
20894106--20894215	38	2.8	39	80	6	125	32	26	19	21	1.97
20894106--20894215	41	2.8	38	82	6	123	32	26	19	21	1.97
20894307--20894360	18	3.1	17	81	7	72	35	20	0	44	1.52
20895054--20895115	25	2.4	25	84	7	72	1	27	4	66	1.21
20895312--20895356	18	2.5	18	85	7	56	53	4	0	42	1.21
20895587--20895619	9	3.8	9	96	4	59	69	6	0	24	1.10
20896060--20896104	24	1.9	23	81	4	54	40	13	4	42	1.64
20896622--20896690	29	2.4	27	77	13	75	50	8	14	26	1.71
20913439--20913464	4	6.5	4	100	0	52	0	23	50	26	1.50
20914495--20914537	22	1.9	23	85	4	61	44	13	6	34	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20919611--20919668	22	2.7	21	79	10	71	44	18	1	34	1.60
20924141--20924333	47	4.0	48	81	8	196	23	17	28	30	1.97
20927699--20927756	26	2.1	29	84	15	79	50	3	3	43	1.36
20929038--20929062	13	1.9	13	100	0	50	0	8	28	64	1.22
20929202--20929713	270	1.9	270	98	0	988	34	11	21	31	1.90
20934385--20934431	23	2.0	23	91	0	76	42	4	10	42	1.59
20934530--20934586	26	2.1	27	84	9	73	66	3	29	0	1.08
20940683--20940714	3	10.7	3	100	0	64	68	0	31	0	0.90
20947764--20947893	64	2.0	64	83	2	163	22	20	22	35	1.96
20948020--20948114	48	2.0	48	87	4	138	24	24	17	33	1.96
20948279--20948392	42	2.8	41	80	4	113	23	19	26	30	1.98
20948741--20948775	15	2.4	14	86	9	52	22	0	37	40	1.55
20948755--20948809	28	2.0	28	85	0	74	20	0	40	40	1.52
20948762--20948802	21	2.0	20	85	4	55	19	0	39	41	1.52
20949396--20949428	16	2.1	16	88	11	50	57	0	3	39	1.14
20951410--20951607	45	4.6	44	77	17	193	36	12	21	30	1.90
20951486--20951564	36	2.2	36	95	0	140	37	10	20	31	1.86
20956340--20956430	43	2.1	43	87	2	130	34	10	9	45	1.73
20956981--20957015	18	1.9	18	88	0	52	8	25	22	42	1.82
20963302--20963362	25	2.4	25	83	5	68	29	11	1	57	1.44
20965889--20965948	31	2.0	30	90	3	93	38	8	0	53	1.31
20980464--20980518	21	2.7	20	78	10	58	67	0	3	29	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20980476--20980531	10	5.7	10	79	10	53	64	0	1	33	1.04
20980484--20980587	21	5.2	19	76	15	86	62	1	0	34	1.13
20980485--20980588	20	5.2	20	73	17	92	61	1	0	35	1.14
20980574--20980623	26	2.0	26	84	4	66	62	2	2	34	1.18
20980738--20980786	19	2.6	19	75	12	55	48	18	0	32	1.48
20981043--20981274	9	24.6	9	68	16	80	36	3	1	58	1.24
20988566--20988601	3	12.0	3	100	0	72	0	33	33	33	1.58
20991530--20991563	3	12.0	3	87	12	54	67	0	0	32	0.91
20997132--20997216	42	2.0	42	95	4	154	42	22	5	29	1.77
21015807--21015864	21	2.8	20	79	5	62	36	6	3	53	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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